# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.110 0.001 0.010 0.013 0.013 0.103 0.003 0.001 0.041 0.684 2 T 0.061 0.561 0.002 0.004 0.007 0.009 0.027 0.009 0.001 0.041 0.277 3 R 0.060 0.815 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.019 0.091 4 A 0.029 0.444 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 0.003 0.001 0.313 0.176 5 D 0.006 0.827 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.097 0.050 6 C 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 7 R 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 8 S 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 9 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 10 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 11 M 0.004 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.790 0.011 12 E 0.001 0.929 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.002 13 V 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 14 A 0.002 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 15 T 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 16 E 0.003 0.961 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.006 17 L 0.010 0.766 0.069 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.017 0.100 0.024 18 F 0.075 0.122 0.365 0.007 0.001 0.004 0.023 0.025 0.145 0.167 0.067 19 A 0.512 0.105 0.045 0.006 0.001 0.003 0.042 0.018 0.034 0.030 0.203 20 Q 0.152 0.035 0.006 0.025 0.003 0.004 0.067 0.011 0.006 0.034 0.657 21 K 0.018 0.019 0.006 0.031 0.005 0.005 0.139 0.004 0.005 0.036 0.733 22 G 0.095 0.033 0.005 0.023 0.005 0.016 0.140 0.020 0.003 0.059 0.601 23 F 0.101 0.022 0.004 0.023 0.011 0.007 0.096 0.014 0.001 0.064 0.656 24 Y 0.040 0.055 0.001 0.099 0.024 0.024 0.132 0.003 0.001 0.044 0.577 25 G 0.008 0.135 0.001 0.087 0.018 0.030 0.110 0.002 0.001 0.034 0.576 26 V 0.007 0.279 0.005 0.043 0.052 0.045 0.063 0.011 0.002 0.057 0.435 27 S 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 28 I 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 29 R 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.040 0.015 30 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 31 L 0.016 0.773 0.092 0.003 0.005 0.002 0.004 0.006 0.010 0.066 0.024 32 A 0.187 0.136 0.343 0.004 0.006 0.024 0.013 0.028 0.134 0.074 0.052 33 Q 0.664 0.022 0.007 0.002 0.002 0.005 0.028 0.007 0.007 0.022 0.235 34 A 0.028 0.005 0.002 0.010 0.005 0.003 0.051 0.002 0.001 0.036 0.856 35 A 0.007 0.003 0.001 0.017 0.003 0.005 0.247 0.001 0.001 0.033 0.681 36 G 0.009 0.007 0.002 0.029 0.005 0.017 0.145 0.003 0.001 0.051 0.732 37 A 0.009 0.040 0.002 0.023 0.013 0.005 0.179 0.003 0.001 0.039 0.688 38 S 0.111 0.487 0.003 0.082 0.013 0.024 0.048 0.009 0.001 0.079 0.143 39 I 0.079 0.248 0.003 0.131 0.016 0.027 0.048 0.006 0.001 0.157 0.285 40 S 0.011 0.270 0.006 0.204 0.048 0.074 0.048 0.003 0.001 0.107 0.227 41 M 0.030 0.129 0.010 0.168 0.074 0.231 0.044 0.010 0.002 0.111 0.190 42 I 0.027 0.076 0.007 0.126 0.223 0.219 0.047 0.010 0.002 0.063 0.201 43 S 0.023 0.039 0.003 0.115 0.195 0.203 0.071 0.005 0.002 0.062 0.282 44 Y 0.021 0.039 0.009 0.098 0.186 0.185 0.106 0.007 0.003 0.053 0.292 45 H 0.091 0.069 0.005 0.048 0.073 0.088 0.086 0.016 0.003 0.038 0.482 46 F 0.249 0.125 0.004 0.031 0.034 0.035 0.073 0.016 0.003 0.045 0.386 47 G 0.030 0.187 0.003 0.014 0.013 0.013 0.111 0.006 0.002 0.028 0.594 48 G 0.031 0.815 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.007 0.001 0.015 0.110 49 K 0.042 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.016 50 E 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 51 G 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 52 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 53 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 54 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 55 A 0.002 0.973 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.004 56 V 0.008 0.941 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.007 57 L 0.019 0.911 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.019 0.020 58 Q 0.033 0.857 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.027 0.050 59 E 0.039 0.760 0.017 0.002 0.001 0.001 0.013 0.008 0.014 0.045 0.101 60 Q 0.107 0.578 0.021 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 0.018 0.059 0.169 61 F 0.188 0.327 0.021 0.005 0.001 0.002 0.045 0.020 0.020 0.071 0.301 62 A 0.093 0.186 0.013 0.006 0.002 0.002 0.079 0.014 0.012 0.057 0.536 63 C 0.070 0.414 0.006 0.005 0.001 0.002 0.042 0.012 0.005 0.026 0.416 64 F 0.137 0.410 0.005 0.006 0.002 0.002 0.043 0.016 0.005 0.051 0.324 65 G 0.056 0.506 0.007 0.006 0.002 0.003 0.046 0.012 0.005 0.049 0.308 66 Q 0.042 0.726 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.006 0.002 0.020 0.174 67 L 0.096 0.631 0.007 0.006 0.003 0.003 0.022 0.016 0.004 0.063 0.150 68 D 0.080 0.545 0.012 0.011 0.005 0.006 0.040 0.012 0.006 0.087 0.194 69 D 0.135 0.410 0.008 0.011 0.005 0.008 0.051 0.011 0.005 0.080 0.276 70 I 0.169 0.147 0.014 0.017 0.010 0.010 0.062 0.014 0.007 0.108 0.442 71 R 0.190 0.035 0.013 0.012 0.006 0.010 0.102 0.014 0.009 0.093 0.518 72 G 0.294 0.011 0.003 0.006 0.004 0.006 0.036 0.011 0.003 0.034 0.594 73 Q 0.077 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.077 0.002 0.001 0.034 0.792 74 A 0.003 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.278 0.001 0.001 0.009 0.697 75 G 0.004 0.104 0.001 0.004 0.001 0.001 0.085 0.002 0.001 0.024 0.775 76 D 0.031 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.021 77 P 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 78 L 0.005 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.786 0.012 79 A 0.001 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 80 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 81 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 82 T 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 83 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 84 Y 0.005 0.410 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.560 0.010 85 L 0.003 0.958 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.004 86 R 0.007 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.013 87 W 0.005 0.927 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.030 0.021 88 T 0.027 0.807 0.012 0.002 0.001 0.002 0.011 0.006 0.012 0.079 0.042 89 I 0.068 0.714 0.022 0.003 0.002 0.002 0.020 0.008 0.014 0.070 0.077 90 Q 0.121 0.295 0.030 0.009 0.004 0.004 0.060 0.018 0.023 0.149 0.288 91 R 0.124 0.109 0.032 0.011 0.007 0.011 0.048 0.027 0.022 0.114 0.494 92 H 0.270 0.037 0.009 0.014 0.007 0.010 0.061 0.012 0.011 0.068 0.501 93 R 0.024 0.017 0.005 0.013 0.005 0.007 0.105 0.003 0.003 0.026 0.793 94 N 0.011 0.064 0.003 0.007 0.004 0.004 0.124 0.004 0.002 0.019 0.759 95 N 0.173 0.564 0.002 0.003 0.003 0.004 0.053 0.012 0.001 0.044 0.142 96 P 0.073 0.633 0.002 0.004 0.003 0.003 0.037 0.004 0.001 0.071 0.171 97 Q 0.011 0.759 0.002 0.007 0.002 0.005 0.016 0.002 0.001 0.063 0.131 98 L 0.009 0.838 0.003 0.008 0.006 0.008 0.008 0.002 0.001 0.050 0.067 99 L 0.009 0.101 0.002 0.019 0.024 0.028 0.023 0.003 0.001 0.718 0.071 100 R 0.005 0.131 0.005 0.040 0.032 0.034 0.024 0.002 0.002 0.659 0.066 101 F 0.016 0.410 0.017 0.076 0.083 0.038 0.036 0.004 0.006 0.175 0.140 102 Y 0.065 0.404 0.014 0.047 0.049 0.072 0.031 0.009 0.006 0.115 0.188 103 T 0.114 0.083 0.006 0.025 0.021 0.049 0.074 0.009 0.004 0.307 0.309 104 S 0.071 0.054 0.013 0.039 0.042 0.051 0.125 0.006 0.006 0.201 0.392 105 E 0.114 0.020 0.005 0.031 0.023 0.030 0.118 0.007 0.004 0.101 0.548 106 L 0.051 0.008 0.002 0.018 0.015 0.019 0.081 0.006 0.001 0.046 0.753 107 T 0.018 0.007 0.001 0.010 0.009 0.009 0.072 0.002 0.001 0.024 0.848 108 N 0.041 0.082 0.002 0.014 0.010 0.012 0.106 0.004 0.001 0.045 0.682 109 P 0.030 0.286 0.001 0.007 0.006 0.005 0.101 0.004 0.001 0.034 0.526 110 T 0.053 0.727 0.001 0.003 0.002 0.003 0.034 0.004 0.001 0.056 0.118 111 P 0.040 0.812 0.003 0.003 0.002 0.002 0.014 0.003 0.001 0.043 0.078 112 C 0.043 0.798 0.006 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.002 0.037 0.088 113 F 0.101 0.747 0.008 0.003 0.003 0.005 0.009 0.011 0.004 0.032 0.080 114 A 0.138 0.241 0.005 0.008 0.016 0.016 0.042 0.015 0.003 0.232 0.284 115 A 0.042 0.257 0.006 0.012 0.012 0.013 0.079 0.006 0.004 0.206 0.362 116 I 0.025 0.495 0.008 0.008 0.009 0.007 0.054 0.005 0.004 0.059 0.328 117 V 0.029 0.744 0.004 0.002 0.003 0.004 0.017 0.009 0.003 0.024 0.162 118 S 0.032 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.014 0.040 119 P 0.020 0.700 0.002 0.002 0.002 0.002 0.017 0.003 0.001 0.157 0.095 120 A 0.005 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.039 0.025 121 I 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 122 A 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 123 S 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 124 V 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 125 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 126 R 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 127 L 0.005 0.513 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.448 0.025 128 L 0.002 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.002 129 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 130 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 131 S 0.003 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.003 132 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 133 E 0.020 0.199 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.730 0.036 134 A 0.007 0.270 0.065 0.004 0.001 0.001 0.016 0.002 0.022 0.564 0.048 135 G 0.150 0.158 0.253 0.011 0.002 0.003 0.034 0.015 0.108 0.149 0.118 136 M 0.469 0.043 0.029 0.005 0.002 0.003 0.030 0.017 0.019 0.036 0.346 137 T 0.126 0.021 0.003 0.011 0.002 0.003 0.108 0.007 0.004 0.023 0.692 138 R 0.021 0.023 0.001 0.018 0.005 0.008 0.208 0.002 0.001 0.025 0.688 139 G 0.031 0.025 0.002 0.050 0.010 0.019 0.228 0.005 0.001 0.072 0.557 140 L 0.021 0.026 0.006 0.105 0.035 0.036 0.156 0.004 0.001 0.066 0.542 141 F 0.044 0.024 0.003 0.084 0.034 0.054 0.152 0.007 0.001 0.071 0.526 142 R 0.295 0.019 0.001 0.108 0.022 0.035 0.060 0.010 0.001 0.092 0.358 143 R 0.024 0.008 0.001 0.072 0.012 0.010 0.052 0.001 0.001 0.049 0.771 144 D 0.007 0.046 0.001 0.048 0.009 0.013 0.088 0.002 0.001 0.053 0.733 145 L 0.011 0.073 0.001 0.012 0.004 0.004 0.079 0.003 0.001 0.246 0.568 146 H 0.028 0.205 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 0.685 0.056 147 A 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 148 V 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 149 N 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 150 S 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 151 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 152 L 0.001 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 153 A 0.001 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 154 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 155 A 0.011 0.575 0.013 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.357 0.018 156 G 0.011 0.806 0.032 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.018 0.102 0.017 157 M 0.036 0.808 0.015 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.011 0.058 0.051 158 V 0.019 0.833 0.010 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.010 0.035 0.074 159 N 0.021 0.776 0.005 0.004 0.003 0.005 0.013 0.005 0.005 0.055 0.106 160 Y 0.029 0.271 0.005 0.008 0.007 0.010 0.046 0.008 0.003 0.468 0.144 161 F 0.021 0.156 0.010 0.015 0.009 0.008 0.046 0.006 0.006 0.598 0.125 162 F 0.032 0.561 0.013 0.018 0.011 0.010 0.033 0.006 0.010 0.126 0.181 163 L 0.043 0.574 0.008 0.019 0.020 0.019 0.019 0.007 0.004 0.076 0.211 164 S 0.046 0.086 0.003 0.012 0.016 0.034 0.053 0.007 0.003 0.536 0.205 165 T 0.041 0.247 0.018 0.023 0.021 0.024 0.088 0.005 0.008 0.304 0.219 166 L 0.096 0.246 0.020 0.027 0.023 0.021 0.097 0.009 0.009 0.114 0.338 167 A 0.125 0.217 0.009 0.014 0.017 0.025 0.055 0.015 0.004 0.067 0.452 168 T 0.139 0.057 0.003 0.013 0.016 0.029 0.100 0.009 0.002 0.149 0.482 169 E 0.053 0.051 0.005 0.033 0.039 0.049 0.118 0.003 0.002 0.142 0.503 170 G 0.049 0.027 0.003 0.032 0.029 0.041 0.160 0.005 0.001 0.104 0.548 171 L 0.081 0.011 0.003 0.030 0.036 0.053 0.077 0.008 0.001 0.088 0.611 172 T 0.093 0.005 0.001 0.029 0.025 0.028 0.093 0.002 0.001 0.067 0.657 173 S 0.018 0.004 0.001 0.020 0.012 0.021 0.141 0.001 0.001 0.026 0.757 174 H 0.018 0.005 0.001 0.009 0.006 0.007 0.117 0.002 0.001 0.027 0.809 175 S 0.329 0.040 0.001 0.012 0.009 0.010 0.066 0.008 0.001 0.069 0.456 176 P 0.048 0.048 0.001 0.007 0.003 0.003 0.104 0.002 0.001 0.027 0.757 177 D 0.018 0.311 0.001 0.008 0.002 0.004 0.093 0.002 0.001 0.045 0.515 178 Q 0.013 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.046 179 D 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 180 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 181 E 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 182 L 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 183 I 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 184 R 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 185 Q 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 186 Y 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 187 V 0.005 0.224 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.752 0.009 188 A 0.006 0.641 0.034 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.280 0.011 189 I 0.037 0.665 0.069 0.007 0.002 0.001 0.011 0.005 0.043 0.093 0.066 190 F 0.110 0.479 0.044 0.006 0.002 0.004 0.024 0.021 0.044 0.081 0.185 191 T 0.161 0.324 0.014 0.005 0.002 0.003 0.047 0.018 0.016 0.053 0.356 192 R 0.103 0.233 0.014 0.012 0.005 0.008 0.130 0.014 0.009 0.076 0.396 193 G 0.106 0.107 0.013 0.023 0.007 0.014 0.137 0.021 0.007 0.093 0.471 194 I 0.086 0.043 0.012 0.037 0.015 0.015 0.131 0.014 0.005 0.073 0.568 195 M 0.088 0.027 0.011 0.045 0.019 0.025 0.129 0.010 0.006 0.062 0.578 196 A 0.106 0.014 0.004 0.024 0.012 0.014 0.110 0.009 0.003 0.034 0.669 197 D 0.237 0.019 0.002 0.016 0.009 0.011 0.081 0.013 0.002 0.032 0.578 198 G 0.221 0.009 0.001 0.013 0.009 0.012 0.080 0.008 0.001 0.038 0.609 199 G 0.063 0.005 0.001 0.023 0.011 0.022 0.108 0.003 0.001 0.034 0.730 200 A 0.020 0.004 0.001 0.018 0.013 0.020 0.103 0.002 0.001 0.022 0.797 201 A 0.038 0.005 0.001 0.018 0.029 0.027 0.134 0.003 0.001 0.031 0.714 202 P 0.089 0.009 0.001 0.017 0.025 0.030 0.132 0.003 0.001 0.043 0.651 203 A 0.053 0.013 0.001 0.020 0.028 0.032 0.122 0.002 0.001 0.033 0.696