# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.062 0.009 0.013 0.013 0.106 0.028 0.753 2 T 0.087 0.658 0.003 0.006 0.006 0.033 0.051 0.157 3 R 0.129 0.776 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.048 4 A 0.013 0.394 0.005 0.004 0.003 0.033 0.385 0.162 5 D 0.003 0.711 0.009 0.004 0.004 0.016 0.192 0.061 6 C 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.009 7 R 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 8 S 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 9 R 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 10 L 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 11 M 0.001 0.251 0.002 0.001 0.001 0.002 0.738 0.004 12 E 0.001 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.004 13 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 14 A 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 15 T 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 16 E 0.015 0.874 0.003 0.001 0.001 0.004 0.088 0.015 17 L 0.030 0.721 0.011 0.002 0.002 0.011 0.176 0.047 18 F 0.084 0.415 0.033 0.004 0.004 0.039 0.288 0.133 19 A 0.165 0.199 0.024 0.004 0.004 0.072 0.112 0.419 20 Q 0.095 0.111 0.035 0.004 0.005 0.093 0.048 0.609 21 K 0.053 0.106 0.040 0.005 0.006 0.100 0.042 0.649 22 G 0.120 0.125 0.039 0.007 0.006 0.126 0.039 0.537 23 F 0.096 0.081 0.080 0.004 0.009 0.100 0.178 0.452 24 Y 0.009 0.118 0.121 0.009 0.011 0.083 0.118 0.530 25 G 0.014 0.296 0.103 0.013 0.019 0.074 0.096 0.385 26 V 0.006 0.356 0.265 0.021 0.016 0.038 0.081 0.216 27 S 0.011 0.917 0.007 0.001 0.002 0.002 0.048 0.013 28 I 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 29 R 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 30 E 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.014 31 L 0.025 0.827 0.010 0.001 0.001 0.006 0.104 0.027 32 A 0.057 0.071 0.138 0.012 0.003 0.032 0.637 0.052 33 Q 0.836 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.111 34 A 0.029 0.003 0.015 0.001 0.001 0.084 0.030 0.838 35 A 0.008 0.008 0.057 0.001 0.002 0.142 0.017 0.764 36 G 0.020 0.011 0.013 0.002 0.002 0.149 0.025 0.778 37 A 0.007 0.008 0.058 0.005 0.003 0.157 0.014 0.748 38 S 0.134 0.248 0.092 0.011 0.031 0.065 0.138 0.282 39 I 0.035 0.065 0.236 0.011 0.016 0.100 0.196 0.341 40 S 0.008 0.054 0.417 0.055 0.091 0.063 0.139 0.172 41 M 0.020 0.057 0.289 0.073 0.248 0.041 0.132 0.140 42 I 0.011 0.051 0.291 0.210 0.199 0.042 0.079 0.116 43 S 0.016 0.023 0.169 0.169 0.263 0.083 0.061 0.217 44 Y 0.020 0.031 0.143 0.171 0.218 0.072 0.096 0.247 45 H 0.042 0.024 0.055 0.071 0.087 0.101 0.050 0.569 46 F 0.073 0.104 0.052 0.068 0.071 0.124 0.089 0.419 47 G 0.018 0.131 0.016 0.010 0.012 0.084 0.023 0.706 48 G 0.061 0.768 0.003 0.002 0.003 0.017 0.057 0.088 49 K 0.037 0.801 0.001 0.002 0.001 0.008 0.109 0.041 50 E 0.009 0.923 0.002 0.001 0.001 0.004 0.033 0.027 51 G 0.010 0.960 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.013 52 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 53 Y 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 54 A 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 55 A 0.007 0.917 0.002 0.001 0.001 0.002 0.064 0.007 56 V 0.012 0.912 0.003 0.001 0.001 0.003 0.059 0.009 57 L 0.015 0.905 0.003 0.001 0.001 0.006 0.050 0.019 58 Q 0.037 0.815 0.005 0.002 0.001 0.014 0.054 0.072 59 E 0.059 0.753 0.006 0.001 0.002 0.016 0.047 0.117 60 Q 0.074 0.732 0.010 0.002 0.002 0.020 0.046 0.114 61 F 0.250 0.321 0.016 0.004 0.003 0.048 0.127 0.231 62 A 0.075 0.257 0.017 0.003 0.004 0.066 0.066 0.512 63 C 0.080 0.395 0.014 0.002 0.003 0.049 0.032 0.426 64 F 0.190 0.454 0.008 0.003 0.002 0.046 0.072 0.225 65 G 0.038 0.459 0.012 0.003 0.004 0.051 0.061 0.372 66 Q 0.054 0.589 0.013 0.002 0.005 0.034 0.054 0.248 67 L 0.054 0.713 0.014 0.007 0.005 0.026 0.080 0.102 68 D 0.054 0.540 0.028 0.010 0.011 0.041 0.092 0.225 69 D 0.163 0.281 0.021 0.009 0.012 0.040 0.105 0.370 70 I 0.228 0.094 0.068 0.021 0.020 0.078 0.120 0.371 71 R 0.177 0.030 0.080 0.010 0.011 0.083 0.041 0.567 72 G 0.365 0.011 0.009 0.001 0.002 0.037 0.024 0.551 73 Q 0.172 0.011 0.009 0.001 0.002 0.062 0.047 0.697 74 A 0.002 0.008 0.011 0.001 0.002 0.121 0.013 0.843 75 G 0.005 0.058 0.003 0.001 0.001 0.089 0.005 0.837 76 D 0.019 0.902 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 0.033 77 P 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.010 78 L 0.002 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.894 0.004 79 A 0.001 0.827 0.009 0.002 0.001 0.004 0.140 0.016 80 V 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 81 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 82 T 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 83 A 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 84 Y 0.008 0.191 0.005 0.001 0.001 0.003 0.786 0.007 85 L 0.002 0.892 0.003 0.003 0.001 0.007 0.074 0.019 86 R 0.013 0.864 0.011 0.001 0.001 0.010 0.058 0.043 87 W 0.005 0.902 0.011 0.003 0.002 0.009 0.036 0.034 88 T 0.021 0.822 0.012 0.002 0.003 0.011 0.092 0.038 89 I 0.058 0.662 0.026 0.011 0.006 0.026 0.116 0.096 90 Q 0.116 0.297 0.044 0.010 0.012 0.048 0.239 0.234 91 R 0.150 0.267 0.046 0.013 0.010 0.063 0.082 0.369 92 H 0.517 0.015 0.009 0.002 0.004 0.056 0.052 0.344 93 R 0.011 0.012 0.023 0.005 0.007 0.167 0.024 0.750 94 N 0.009 0.034 0.008 0.001 0.003 0.082 0.009 0.855 95 N 0.214 0.492 0.002 0.003 0.001 0.034 0.122 0.131 96 P 0.042 0.481 0.005 0.004 0.002 0.059 0.074 0.332 97 Q 0.031 0.664 0.016 0.003 0.012 0.026 0.045 0.203 98 L 0.026 0.759 0.024 0.005 0.016 0.020 0.060 0.090 99 L 0.009 0.331 0.101 0.029 0.049 0.033 0.379 0.069 100 R 0.004 0.246 0.053 0.087 0.083 0.026 0.442 0.058 101 F 0.020 0.360 0.134 0.082 0.115 0.030 0.147 0.112 102 Y 0.072 0.322 0.135 0.098 0.072 0.045 0.108 0.148 103 T 0.122 0.071 0.069 0.049 0.042 0.097 0.293 0.257 104 S 0.100 0.051 0.082 0.028 0.028 0.121 0.154 0.436 105 E 0.127 0.018 0.037 0.007 0.012 0.108 0.058 0.632 106 L 0.044 0.022 0.023 0.012 0.010 0.131 0.029 0.728 107 T 0.022 0.006 0.018 0.003 0.006 0.165 0.024 0.755 108 N 0.010 0.029 0.019 0.004 0.006 0.154 0.043 0.734 109 P 0.043 0.390 0.008 0.002 0.003 0.066 0.059 0.430 110 T 0.051 0.833 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.061 111 P 0.021 0.821 0.003 0.001 0.001 0.013 0.039 0.101 112 C 0.081 0.762 0.011 0.001 0.003 0.012 0.051 0.079 113 F 0.163 0.573 0.017 0.003 0.004 0.017 0.162 0.061 114 A 0.085 0.259 0.020 0.008 0.011 0.059 0.234 0.325 115 A 0.049 0.124 0.018 0.008 0.015 0.093 0.179 0.514 116 I 0.014 0.371 0.037 0.011 0.013 0.093 0.083 0.378 117 V 0.025 0.734 0.010 0.003 0.003 0.034 0.024 0.167 118 S 0.093 0.804 0.002 0.001 0.001 0.010 0.045 0.045 119 P 0.026 0.388 0.014 0.001 0.001 0.035 0.376 0.159 120 A 0.008 0.777 0.012 0.001 0.001 0.015 0.121 0.066 121 I 0.015 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.060 0.013 122 A 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.027 123 S 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 124 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 125 I 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 126 R 0.009 0.872 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.012 127 L 0.004 0.210 0.009 0.001 0.001 0.006 0.749 0.023 128 L 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.007 129 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 130 E 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 131 S 0.004 0.922 0.002 0.001 0.001 0.003 0.061 0.008 132 I 0.023 0.917 0.002 0.001 0.001 0.002 0.051 0.005 133 E 0.025 0.058 0.008 0.001 0.001 0.025 0.774 0.109 134 A 0.006 0.341 0.026 0.002 0.002 0.087 0.203 0.332 135 G 0.043 0.133 0.207 0.003 0.002 0.085 0.354 0.172 136 M 0.538 0.054 0.022 0.003 0.001 0.048 0.065 0.268 137 T 0.110 0.041 0.009 0.001 0.001 0.082 0.023 0.734 138 R 0.007 0.015 0.052 0.003 0.005 0.138 0.017 0.762 139 G 0.057 0.044 0.034 0.016 0.035 0.125 0.056 0.634 140 L 0.016 0.013 0.073 0.036 0.035 0.139 0.033 0.654 141 F 0.072 0.022 0.077 0.028 0.059 0.094 0.058 0.590 142 R 0.248 0.035 0.054 0.019 0.020 0.074 0.159 0.392 143 R 0.096 0.028 0.026 0.005 0.008 0.078 0.022 0.738 144 D 0.019 0.069 0.009 0.005 0.010 0.117 0.035 0.736 145 L 0.016 0.110 0.021 0.007 0.011 0.156 0.099 0.580 146 H 0.020 0.324 0.006 0.004 0.003 0.023 0.563 0.057 147 A 0.012 0.773 0.003 0.001 0.001 0.013 0.142 0.055 148 V 0.006 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.009 149 N 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 150 S 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 151 A 0.002 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 152 L 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.002 153 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 154 L 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 155 A 0.004 0.279 0.010 0.002 0.002 0.003 0.694 0.005 156 G 0.006 0.780 0.007 0.004 0.002 0.005 0.179 0.017 157 M 0.029 0.884 0.010 0.002 0.003 0.005 0.042 0.024 158 V 0.013 0.835 0.014 0.006 0.004 0.016 0.051 0.060 159 N 0.016 0.805 0.015 0.003 0.009 0.021 0.071 0.060 160 Y 0.041 0.487 0.053 0.008 0.017 0.032 0.299 0.062 161 F 0.023 0.093 0.054 0.027 0.020 0.057 0.606 0.119 162 F 0.025 0.398 0.064 0.039 0.038 0.085 0.148 0.204 163 L 0.073 0.337 0.060 0.015 0.025 0.086 0.088 0.317 164 S 0.060 0.155 0.049 0.021 0.018 0.096 0.326 0.275 165 T 0.045 0.219 0.034 0.022 0.024 0.114 0.132 0.409 166 L 0.130 0.148 0.047 0.018 0.040 0.085 0.105 0.427 167 A 0.103 0.164 0.026 0.024 0.029 0.098 0.065 0.491 168 T 0.082 0.050 0.023 0.017 0.036 0.128 0.127 0.535 169 E 0.035 0.026 0.053 0.039 0.064 0.159 0.122 0.501 170 G 0.048 0.020 0.055 0.026 0.050 0.143 0.077 0.582 171 L 0.064 0.023 0.041 0.040 0.036 0.135 0.064 0.598 172 T 0.143 0.010 0.026 0.015 0.024 0.141 0.050 0.591 173 S 0.013 0.005 0.032 0.008 0.015 0.194 0.042 0.690 174 H 0.011 0.011 0.026 0.004 0.007 0.144 0.032 0.766 175 S 0.192 0.254 0.007 0.005 0.004 0.074 0.149 0.314 176 P 0.076 0.235 0.003 0.002 0.001 0.086 0.063 0.534 177 D 0.018 0.510 0.005 0.001 0.002 0.049 0.069 0.347 178 Q 0.007 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.031 179 D 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 180 E 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 181 E 0.002 0.883 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.007 182 L 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 183 I 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 184 R 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 185 Q 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 186 Y 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 187 V 0.003 0.228 0.004 0.001 0.001 0.002 0.759 0.003 188 A 0.002 0.694 0.011 0.003 0.001 0.006 0.268 0.014 189 I 0.034 0.671 0.057 0.003 0.003 0.012 0.179 0.042 190 F 0.055 0.692 0.039 0.006 0.003 0.027 0.088 0.090 191 T 0.074 0.466 0.033 0.004 0.006 0.067 0.085 0.265 192 R 0.076 0.277 0.064 0.013 0.017 0.086 0.097 0.371 193 G 0.102 0.178 0.048 0.015 0.034 0.084 0.077 0.461 194 I 0.056 0.054 0.060 0.045 0.061 0.120 0.078 0.526 195 M 0.059 0.022 0.046 0.029 0.067 0.132 0.054 0.590 196 A 0.111 0.016 0.050 0.019 0.031 0.106 0.037 0.631 197 D 0.241 0.018 0.021 0.012 0.016 0.072 0.041 0.579 198 G 0.110 0.008 0.015 0.008 0.015 0.100 0.030 0.715 199 G 0.016 0.004 0.020 0.013 0.026 0.120 0.023 0.780 200 A 0.015 0.003 0.030 0.022 0.044 0.139 0.027 0.719 201 A 0.048 0.009 0.023 0.039 0.042 0.139 0.039 0.662 202 P 0.070 0.010 0.017 0.019 0.030 0.119 0.045 0.690 203 A 0.093 0.024 0.031 0.029 0.052 0.111 0.087 0.573