# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.670 0.087 0.034 0.050 0.039 0.025 0.040 0.025 0.016 0.010 0.005 2 T 0.201 0.426 0.107 0.142 0.058 0.030 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 3 R 0.096 0.289 0.096 0.176 0.124 0.085 0.076 0.032 0.015 0.007 0.003 4 A 0.811 0.072 0.037 0.040 0.019 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 5 D 0.335 0.160 0.226 0.183 0.061 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 6 C 0.006 0.038 0.070 0.110 0.143 0.165 0.200 0.136 0.069 0.052 0.011 7 R 0.003 0.008 0.029 0.051 0.098 0.232 0.324 0.141 0.066 0.040 0.006 8 S 0.009 0.016 0.845 0.096 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.004 0.018 0.195 0.211 0.197 0.208 0.129 0.029 0.006 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.153 0.248 0.546 11 M 0.001 0.001 0.006 0.011 0.064 0.183 0.390 0.170 0.096 0.057 0.021 12 E 0.003 0.007 0.925 0.054 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.014 0.016 0.048 0.205 0.479 0.138 0.057 0.028 0.013 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.198 0.333 0.428 15 T 0.001 0.003 0.029 0.051 0.140 0.229 0.348 0.115 0.049 0.027 0.007 16 E 0.001 0.009 0.839 0.103 0.032 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.002 0.002 0.013 0.014 0.036 0.150 0.397 0.198 0.097 0.061 0.030 18 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.009 0.030 0.064 0.218 0.326 0.343 19 A 0.004 0.006 0.039 0.046 0.090 0.142 0.254 0.149 0.126 0.096 0.047 20 Q 0.016 0.055 0.460 0.195 0.106 0.077 0.049 0.017 0.012 0.009 0.003 21 K 0.026 0.042 0.069 0.098 0.117 0.183 0.249 0.118 0.055 0.028 0.015 22 G 0.184 0.088 0.036 0.083 0.072 0.076 0.128 0.119 0.092 0.068 0.052 23 F 0.022 0.026 0.024 0.048 0.065 0.087 0.144 0.142 0.153 0.156 0.133 24 Y 0.053 0.117 0.088 0.156 0.162 0.129 0.133 0.074 0.045 0.029 0.013 25 G 0.205 0.127 0.069 0.155 0.122 0.110 0.105 0.049 0.030 0.017 0.010 26 V 0.081 0.022 0.022 0.037 0.047 0.068 0.146 0.147 0.157 0.147 0.125 27 S 0.024 0.124 0.029 0.200 0.204 0.122 0.128 0.084 0.044 0.028 0.016 28 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.042 0.086 0.214 0.272 0.361 29 R 0.060 0.036 0.092 0.221 0.266 0.159 0.108 0.036 0.015 0.005 0.003 30 E 0.025 0.043 0.208 0.303 0.184 0.094 0.100 0.029 0.009 0.004 0.002 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.025 0.037 0.204 0.290 0.430 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.055 0.202 0.362 0.334 33 Q 0.001 0.014 0.508 0.244 0.141 0.060 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 34 A 0.001 0.008 0.113 0.086 0.130 0.246 0.232 0.092 0.044 0.031 0.018 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.054 0.229 0.264 0.414 36 G 0.267 0.150 0.043 0.179 0.137 0.066 0.089 0.040 0.017 0.006 0.006 37 A 0.006 0.004 0.026 0.015 0.023 0.025 0.056 0.078 0.178 0.211 0.379 38 S 0.028 0.090 0.060 0.138 0.169 0.128 0.153 0.091 0.063 0.045 0.035 39 I 0.011 0.019 0.017 0.052 0.066 0.121 0.175 0.162 0.167 0.129 0.081 40 S 0.047 0.054 0.048 0.122 0.123 0.146 0.155 0.128 0.079 0.055 0.043 41 M 0.004 0.007 0.012 0.034 0.045 0.058 0.138 0.188 0.205 0.178 0.130 42 I 0.003 0.004 0.008 0.013 0.019 0.027 0.065 0.102 0.205 0.255 0.299 43 S 0.019 0.024 0.046 0.108 0.141 0.126 0.164 0.119 0.113 0.080 0.059 44 Y 0.034 0.033 0.053 0.087 0.099 0.136 0.183 0.126 0.119 0.081 0.050 45 H 0.019 0.031 0.029 0.088 0.111 0.088 0.189 0.178 0.121 0.076 0.072 46 F 0.042 0.030 0.024 0.033 0.040 0.059 0.138 0.116 0.184 0.186 0.148 47 G 0.183 0.192 0.116 0.246 0.139 0.057 0.035 0.014 0.009 0.004 0.004 48 G 0.215 0.177 0.080 0.128 0.097 0.069 0.083 0.058 0.044 0.033 0.016 49 K 0.018 0.033 0.017 0.066 0.091 0.137 0.219 0.143 0.130 0.099 0.047 50 E 0.109 0.127 0.156 0.202 0.119 0.114 0.086 0.040 0.026 0.015 0.006 51 G 0.066 0.079 0.153 0.248 0.157 0.142 0.100 0.032 0.014 0.007 0.003 52 L 0.002 0.003 0.008 0.010 0.020 0.024 0.085 0.156 0.205 0.241 0.248 53 Y 0.001 0.003 0.008 0.023 0.055 0.086 0.181 0.185 0.196 0.187 0.073 54 A 0.010 0.021 0.270 0.184 0.160 0.154 0.115 0.039 0.027 0.014 0.005 55 A 0.011 0.016 0.163 0.164 0.166 0.162 0.200 0.074 0.025 0.012 0.006 56 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.042 0.065 0.238 0.314 0.320 57 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.020 0.085 0.107 0.248 0.292 0.237 58 Q 0.004 0.018 0.420 0.201 0.154 0.104 0.056 0.018 0.013 0.008 0.003 59 E 0.013 0.029 0.288 0.157 0.144 0.162 0.138 0.043 0.015 0.007 0.003 60 Q 0.006 0.010 0.018 0.029 0.038 0.093 0.220 0.192 0.186 0.139 0.069 61 F 0.007 0.005 0.010 0.018 0.029 0.068 0.202 0.182 0.196 0.177 0.106 62 A 0.038 0.086 0.499 0.210 0.097 0.038 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 63 C 0.034 0.066 0.158 0.126 0.136 0.152 0.180 0.080 0.037 0.021 0.010 64 F 0.028 0.026 0.023 0.040 0.056 0.089 0.183 0.173 0.164 0.128 0.090 65 G 0.325 0.117 0.103 0.130 0.100 0.067 0.075 0.043 0.022 0.011 0.006 66 Q 0.115 0.140 0.209 0.224 0.135 0.070 0.055 0.027 0.014 0.007 0.004 67 L 0.018 0.016 0.021 0.035 0.057 0.074 0.187 0.184 0.174 0.133 0.099 68 D 0.149 0.119 0.121 0.181 0.139 0.098 0.100 0.047 0.026 0.014 0.006 69 D 0.079 0.117 0.296 0.253 0.126 0.061 0.037 0.017 0.008 0.005 0.002 70 I 0.040 0.031 0.044 0.064 0.080 0.123 0.197 0.143 0.124 0.101 0.053 71 R 0.088 0.093 0.062 0.135 0.122 0.106 0.165 0.104 0.067 0.041 0.018 72 G 0.149 0.159 0.206 0.178 0.106 0.073 0.060 0.031 0.019 0.013 0.006 73 Q 0.163 0.257 0.130 0.179 0.109 0.066 0.049 0.024 0.012 0.007 0.004 74 A 0.414 0.174 0.043 0.099 0.072 0.053 0.062 0.041 0.023 0.013 0.007 75 G 0.543 0.098 0.042 0.075 0.058 0.049 0.060 0.035 0.021 0.012 0.007 76 D 0.129 0.213 0.099 0.226 0.143 0.077 0.055 0.029 0.015 0.009 0.005 77 P 0.017 0.035 0.021 0.040 0.062 0.092 0.182 0.164 0.169 0.138 0.078 78 L 0.050 0.039 0.046 0.136 0.179 0.196 0.190 0.085 0.046 0.023 0.011 79 A 0.104 0.082 0.348 0.245 0.104 0.050 0.037 0.017 0.007 0.004 0.001 80 V 0.003 0.011 0.022 0.085 0.121 0.211 0.270 0.123 0.084 0.048 0.021 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.023 0.056 0.199 0.308 0.407 82 T 0.004 0.014 0.171 0.204 0.265 0.173 0.102 0.036 0.017 0.009 0.004 83 A 0.005 0.016 0.371 0.160 0.122 0.121 0.117 0.044 0.023 0.014 0.005 84 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.044 0.120 0.121 0.254 0.256 0.183 85 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.060 0.092 0.248 0.303 0.276 86 R 0.006 0.020 0.272 0.214 0.203 0.128 0.078 0.034 0.022 0.014 0.008 87 W 0.006 0.009 0.080 0.057 0.092 0.161 0.271 0.157 0.083 0.056 0.027 88 T 0.003 0.009 0.013 0.030 0.042 0.078 0.182 0.182 0.201 0.163 0.098 89 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.032 0.106 0.129 0.234 0.252 0.224 90 Q 0.030 0.053 0.306 0.248 0.172 0.090 0.055 0.022 0.013 0.007 0.004 91 R 0.016 0.025 0.088 0.101 0.121 0.171 0.251 0.111 0.062 0.036 0.019 92 H 0.004 0.006 0.008 0.010 0.015 0.032 0.081 0.099 0.219 0.255 0.272 93 R 0.047 0.047 0.049 0.113 0.145 0.142 0.214 0.111 0.068 0.043 0.021 94 N 0.089 0.216 0.316 0.212 0.083 0.041 0.020 0.009 0.006 0.004 0.002 95 N 0.067 0.082 0.050 0.108 0.128 0.148 0.191 0.105 0.060 0.037 0.024 96 P 0.348 0.122 0.044 0.103 0.081 0.076 0.088 0.061 0.038 0.025 0.014 97 Q 0.115 0.117 0.105 0.190 0.141 0.115 0.109 0.053 0.030 0.017 0.009 98 L 0.008 0.015 0.028 0.050 0.069 0.095 0.169 0.147 0.178 0.146 0.094 99 L 0.003 0.005 0.010 0.020 0.034 0.062 0.145 0.151 0.220 0.199 0.151 100 R 0.009 0.032 0.111 0.170 0.168 0.160 0.143 0.081 0.061 0.040 0.023 101 F 0.003 0.004 0.017 0.022 0.040 0.065 0.149 0.185 0.193 0.186 0.135 102 Y 0.001 0.002 0.006 0.012 0.019 0.030 0.081 0.136 0.237 0.262 0.216 103 T 0.004 0.005 0.013 0.025 0.040 0.061 0.131 0.141 0.222 0.198 0.160 104 S 0.027 0.033 0.094 0.137 0.149 0.134 0.162 0.101 0.081 0.051 0.032 105 E 0.011 0.019 0.036 0.071 0.095 0.119 0.218 0.171 0.124 0.086 0.051 106 L 0.008 0.008 0.012 0.021 0.028 0.048 0.113 0.136 0.211 0.220 0.195 107 T 0.077 0.093 0.087 0.149 0.139 0.124 0.144 0.072 0.056 0.036 0.023 108 N 0.101 0.133 0.104 0.169 0.136 0.106 0.102 0.060 0.043 0.028 0.017 109 P 0.178 0.154 0.043 0.099 0.084 0.089 0.128 0.082 0.066 0.050 0.028 110 T 0.277 0.172 0.048 0.132 0.094 0.081 0.085 0.047 0.034 0.020 0.012 111 P 0.407 0.158 0.087 0.146 0.085 0.047 0.034 0.018 0.009 0.005 0.003 112 C 0.065 0.067 0.047 0.124 0.132 0.139 0.164 0.107 0.074 0.051 0.030 113 F 0.006 0.012 0.013 0.031 0.048 0.084 0.179 0.172 0.191 0.167 0.098 114 A 0.024 0.033 0.082 0.152 0.175 0.183 0.178 0.082 0.050 0.031 0.011 115 A 0.055 0.064 0.297 0.220 0.129 0.095 0.074 0.033 0.018 0.011 0.004 116 I 0.015 0.021 0.035 0.078 0.096 0.151 0.230 0.142 0.117 0.077 0.038 117 V 0.006 0.010 0.011 0.014 0.021 0.044 0.129 0.135 0.226 0.240 0.164 118 S 0.054 0.121 0.242 0.252 0.170 0.081 0.046 0.018 0.009 0.005 0.002 119 P 0.418 0.136 0.190 0.134 0.065 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 120 A 0.080 0.070 0.039 0.088 0.104 0.118 0.186 0.136 0.089 0.059 0.032 121 I 0.017 0.035 0.024 0.063 0.088 0.147 0.244 0.161 0.113 0.077 0.030 122 A 0.095 0.067 0.318 0.212 0.133 0.082 0.055 0.021 0.010 0.005 0.002 123 S 0.078 0.122 0.249 0.252 0.147 0.074 0.051 0.018 0.006 0.003 0.001 124 V 0.001 0.003 0.006 0.009 0.018 0.028 0.093 0.150 0.246 0.266 0.179 125 I 0.004 0.005 0.015 0.040 0.102 0.224 0.329 0.130 0.083 0.051 0.016 126 R 0.012 0.026 0.763 0.146 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.002 0.004 0.016 0.027 0.056 0.259 0.375 0.125 0.075 0.047 0.015 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.066 0.231 0.320 0.347 129 A 0.004 0.006 0.076 0.102 0.222 0.256 0.224 0.067 0.026 0.012 0.004 130 E 0.012 0.023 0.786 0.129 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.001 0.002 0.006 0.010 0.023 0.092 0.256 0.172 0.199 0.139 0.100 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.046 0.187 0.288 0.453 133 E 0.007 0.022 0.468 0.223 0.166 0.066 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 134 A 0.007 0.022 0.412 0.181 0.133 0.127 0.083 0.021 0.008 0.004 0.002 135 G 0.003 0.003 0.007 0.008 0.013 0.035 0.111 0.136 0.231 0.227 0.227 136 M 0.017 0.012 0.014 0.041 0.072 0.104 0.232 0.198 0.143 0.113 0.054 137 T 0.023 0.142 0.433 0.199 0.087 0.057 0.030 0.012 0.008 0.006 0.002 138 R 0.047 0.057 0.078 0.144 0.178 0.183 0.174 0.075 0.035 0.018 0.011 139 G 0.606 0.096 0.036 0.051 0.035 0.034 0.057 0.041 0.023 0.015 0.007 140 L 0.073 0.091 0.057 0.194 0.152 0.148 0.138 0.065 0.044 0.024 0.014 141 F 0.005 0.006 0.009 0.009 0.015 0.027 0.071 0.096 0.198 0.259 0.305 142 R 0.035 0.098 0.086 0.215 0.220 0.137 0.100 0.051 0.030 0.018 0.010 143 R 0.168 0.128 0.145 0.159 0.109 0.097 0.093 0.049 0.029 0.016 0.007 144 D 0.135 0.115 0.056 0.207 0.150 0.115 0.105 0.055 0.032 0.019 0.012 145 L 0.017 0.011 0.008 0.018 0.026 0.050 0.116 0.139 0.215 0.221 0.178 146 H 0.067 0.144 0.082 0.246 0.190 0.105 0.078 0.042 0.023 0.014 0.008 147 A 0.005 0.008 0.019 0.024 0.040 0.072 0.135 0.139 0.201 0.191 0.165 148 V 0.024 0.032 0.046 0.139 0.175 0.166 0.187 0.106 0.064 0.037 0.024 149 N 0.011 0.023 0.046 0.105 0.114 0.130 0.230 0.136 0.103 0.068 0.034 150 S 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.032 0.077 0.093 0.217 0.254 0.299 151 A 0.001 0.002 0.005 0.012 0.025 0.050 0.126 0.127 0.233 0.231 0.189 152 L 0.001 0.006 0.041 0.062 0.092 0.118 0.220 0.145 0.146 0.104 0.066 153 A 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.028 0.091 0.129 0.224 0.239 0.261 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.043 0.186 0.290 0.452 155 A 0.001 0.001 0.006 0.013 0.033 0.048 0.124 0.171 0.212 0.188 0.203 156 G 0.001 0.003 0.023 0.028 0.046 0.064 0.147 0.183 0.195 0.178 0.133 157 M 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.023 0.076 0.129 0.213 0.252 0.277 158 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.020 0.056 0.108 0.225 0.279 0.292 159 N 0.003 0.011 0.031 0.068 0.104 0.115 0.186 0.163 0.144 0.103 0.070 160 Y 0.003 0.006 0.025 0.036 0.058 0.083 0.182 0.201 0.164 0.140 0.101 161 F 0.004 0.007 0.020 0.031 0.042 0.070 0.145 0.151 0.189 0.187 0.154 162 F 0.004 0.006 0.015 0.020 0.029 0.048 0.112 0.126 0.214 0.221 0.205 163 L 0.006 0.011 0.025 0.047 0.070 0.093 0.154 0.139 0.180 0.150 0.124 164 S 0.021 0.029 0.049 0.084 0.101 0.116 0.186 0.134 0.124 0.093 0.063 165 T 0.049 0.052 0.066 0.134 0.130 0.127 0.162 0.103 0.082 0.055 0.040 166 L 0.028 0.026 0.025 0.054 0.068 0.092 0.155 0.152 0.152 0.128 0.119 167 A 0.044 0.053 0.041 0.094 0.100 0.087 0.134 0.128 0.125 0.098 0.094 168 T 0.088 0.076 0.047 0.103 0.113 0.106 0.144 0.103 0.095 0.070 0.055 169 E 0.201 0.115 0.064 0.152 0.130 0.089 0.094 0.061 0.046 0.028 0.021 170 G 0.204 0.090 0.045 0.125 0.107 0.090 0.120 0.081 0.064 0.045 0.029 171 L 0.025 0.030 0.018 0.049 0.056 0.090 0.142 0.127 0.177 0.159 0.127 172 T 0.078 0.108 0.050 0.133 0.139 0.123 0.141 0.088 0.069 0.046 0.026 173 S 0.229 0.134 0.078 0.162 0.114 0.080 0.083 0.051 0.035 0.022 0.013 174 H 0.210 0.125 0.048 0.125 0.099 0.099 0.118 0.068 0.052 0.037 0.020 175 S 0.169 0.223 0.044 0.138 0.102 0.086 0.100 0.057 0.041 0.027 0.013 176 P 0.321 0.195 0.054 0.132 0.094 0.068 0.064 0.034 0.020 0.012 0.006 177 D 0.560 0.146 0.052 0.083 0.051 0.036 0.035 0.017 0.010 0.006 0.003 178 Q 0.132 0.387 0.067 0.163 0.095 0.060 0.046 0.025 0.013 0.008 0.004 179 D 0.066 0.099 0.031 0.101 0.123 0.151 0.192 0.115 0.070 0.038 0.015 180 E 0.577 0.084 0.096 0.110 0.060 0.033 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 181 E 0.069 0.091 0.272 0.298 0.150 0.063 0.038 0.013 0.004 0.002 0.001 182 L 0.001 0.003 0.010 0.016 0.030 0.068 0.150 0.164 0.236 0.230 0.093 183 I 0.001 0.001 0.005 0.011 0.033 0.119 0.287 0.178 0.175 0.144 0.047 184 R 0.002 0.013 0.824 0.118 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.002 0.006 0.064 0.078 0.128 0.277 0.311 0.090 0.027 0.014 0.004 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.050 0.207 0.323 0.396 187 V 0.001 0.001 0.006 0.014 0.051 0.119 0.310 0.203 0.142 0.105 0.048 188 A 0.003 0.019 0.630 0.182 0.084 0.037 0.022 0.009 0.006 0.004 0.002 189 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.063 0.200 0.150 0.217 0.196 0.152 190 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.035 0.075 0.224 0.291 0.354 191 T 0.003 0.006 0.020 0.036 0.065 0.102 0.177 0.158 0.175 0.157 0.100 192 R 0.011 0.020 0.083 0.119 0.149 0.174 0.196 0.111 0.071 0.043 0.024 193 G 0.026 0.026 0.031 0.064 0.070 0.104 0.203 0.156 0.138 0.109 0.073 194 I 0.006 0.006 0.006 0.013 0.019 0.042 0.094 0.116 0.217 0.242 0.240 195 M 0.036 0.066 0.043 0.121 0.132 0.142 0.164 0.103 0.091 0.064 0.038 196 A 0.070 0.081 0.072 0.123 0.114 0.120 0.148 0.095 0.079 0.058 0.042 197 D 0.323 0.231 0.064 0.135 0.086 0.055 0.050 0.025 0.015 0.009 0.007 198 G 0.374 0.206 0.031 0.105 0.069 0.051 0.059 0.042 0.029 0.020 0.014 199 G 0.410 0.166 0.029 0.100 0.076 0.052 0.053 0.043 0.031 0.022 0.017 200 A 0.360 0.187 0.047 0.120 0.081 0.063 0.058 0.036 0.024 0.016 0.009 201 A 0.159 0.190 0.064 0.152 0.112 0.099 0.088 0.054 0.040 0.024 0.016 202 P 0.242 0.160 0.043 0.120 0.103 0.078 0.092 0.068 0.047 0.027 0.021 203 A 0.279 0.124 0.047 0.116 0.094 0.067 0.086 0.070 0.055 0.035 0.027