# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.029 0.009 0.024 0.028 0.040 0.063 0.003 0.001 0.003 0.637 2 T 0.008 0.004 0.001 0.005 0.005 0.008 0.045 0.001 0.001 0.001 0.924 3 R 0.012 0.004 0.001 0.005 0.004 0.013 0.034 0.001 0.001 0.001 0.926 4 A 0.016 0.014 0.001 0.007 0.004 0.013 0.189 0.001 0.001 0.002 0.754 5 D 0.122 0.042 0.003 0.005 0.003 0.005 0.251 0.001 0.001 0.005 0.563 6 C 0.157 0.341 0.010 0.006 0.002 0.004 0.135 0.002 0.001 0.003 0.341 7 R 0.027 0.731 0.006 0.003 0.002 0.003 0.052 0.002 0.001 0.001 0.174 8 S 0.017 0.682 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 0.002 0.001 0.001 0.261 9 R 0.023 0.759 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 0.001 0.001 0.175 10 L 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.030 11 M 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 12 E 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 13 V 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 14 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 15 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 18 F 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.985 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.007 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.004 21 K 0.107 0.776 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.016 22 G 0.496 0.180 0.053 0.002 0.003 0.004 0.006 0.138 0.001 0.001 0.116 23 F 0.037 0.017 0.823 0.010 0.002 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.090 24 Y 0.043 0.024 0.042 0.113 0.044 0.049 0.096 0.005 0.001 0.002 0.582 25 G 0.043 0.012 0.009 0.081 0.017 0.027 0.071 0.002 0.001 0.004 0.736 26 V 0.142 0.067 0.013 0.335 0.034 0.058 0.104 0.002 0.001 0.008 0.236 27 S 0.030 0.029 0.002 0.056 0.008 0.018 0.214 0.001 0.001 0.002 0.641 28 I 0.013 0.092 0.003 0.068 0.005 0.022 0.163 0.001 0.001 0.001 0.632 29 R 0.003 0.049 0.001 0.008 0.001 0.005 0.341 0.001 0.001 0.001 0.592 30 E 0.024 0.122 0.001 0.004 0.001 0.001 0.394 0.001 0.001 0.001 0.454 31 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 32 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 33 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 34 A 0.021 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 35 A 0.100 0.777 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 0.009 36 G 0.306 0.148 0.087 0.001 0.002 0.002 0.004 0.374 0.001 0.001 0.075 37 A 0.016 0.015 0.939 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.015 38 S 0.017 0.025 0.020 0.091 0.017 0.013 0.121 0.004 0.001 0.001 0.690 39 I 0.004 0.007 0.003 0.019 0.007 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.923 40 S 0.012 0.044 0.002 0.200 0.030 0.110 0.260 0.001 0.001 0.014 0.328 41 M 0.159 0.047 0.004 0.098 0.021 0.044 0.380 0.001 0.001 0.008 0.238 42 I 0.029 0.670 0.009 0.123 0.041 0.046 0.022 0.003 0.001 0.001 0.055 43 S 0.015 0.517 0.004 0.085 0.085 0.125 0.022 0.004 0.001 0.002 0.142 44 Y 0.032 0.386 0.003 0.070 0.091 0.122 0.030 0.011 0.001 0.002 0.253 45 H 0.069 0.208 0.006 0.017 0.117 0.176 0.055 0.013 0.001 0.002 0.337 46 F 0.045 0.139 0.035 0.028 0.099 0.221 0.053 0.012 0.001 0.002 0.367 47 G 0.033 0.072 0.020 0.010 0.024 0.051 0.089 0.005 0.001 0.002 0.694 48 G 0.037 0.018 0.005 0.006 0.004 0.007 0.137 0.001 0.001 0.002 0.783 49 K 0.184 0.083 0.010 0.006 0.004 0.008 0.093 0.001 0.001 0.003 0.608 50 E 0.023 0.160 0.002 0.003 0.003 0.007 0.236 0.001 0.001 0.002 0.564 51 G 0.072 0.195 0.003 0.005 0.002 0.005 0.289 0.002 0.001 0.002 0.425 52 L 0.031 0.859 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.080 53 Y 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 54 A 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.047 55 A 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 56 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 57 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 58 Q 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 59 E 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 60 Q 0.025 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.018 61 F 0.033 0.906 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.032 62 A 0.032 0.851 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.078 63 C 0.124 0.711 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 0.119 64 F 0.177 0.704 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.072 65 G 0.063 0.423 0.020 0.004 0.002 0.003 0.026 0.016 0.001 0.001 0.443 66 Q 0.074 0.311 0.024 0.006 0.001 0.002 0.076 0.009 0.001 0.001 0.496 67 L 0.131 0.435 0.007 0.012 0.002 0.004 0.028 0.007 0.001 0.001 0.372 68 D 0.064 0.456 0.006 0.014 0.004 0.009 0.058 0.006 0.001 0.001 0.381 69 D 0.080 0.442 0.010 0.014 0.002 0.005 0.076 0.007 0.001 0.002 0.363 70 I 0.147 0.609 0.006 0.011 0.002 0.004 0.034 0.008 0.001 0.002 0.177 71 R 0.103 0.723 0.005 0.011 0.002 0.005 0.024 0.012 0.001 0.001 0.113 72 G 0.128 0.538 0.018 0.011 0.006 0.009 0.025 0.030 0.001 0.002 0.233 73 Q 0.180 0.438 0.027 0.006 0.004 0.006 0.026 0.043 0.001 0.002 0.267 74 A 0.140 0.207 0.033 0.011 0.004 0.006 0.034 0.025 0.001 0.002 0.538 75 G 0.149 0.077 0.035 0.014 0.004 0.008 0.079 0.017 0.001 0.003 0.613 76 D 0.065 0.049 0.013 0.006 0.006 0.002 0.206 0.004 0.001 0.003 0.646 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 L 0.003 0.021 0.001 0.003 0.003 0.028 0.576 0.001 0.001 0.002 0.362 79 A 0.113 0.088 0.001 0.002 0.001 0.002 0.306 0.001 0.001 0.007 0.480 80 V 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.055 81 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 82 T 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 83 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 84 Y 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 85 L 0.002 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 86 R 0.002 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 87 W 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 88 T 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 89 I 0.004 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 90 Q 0.006 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 91 R 0.017 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 92 H 0.040 0.916 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.014 93 R 0.061 0.785 0.032 0.002 0.002 0.004 0.004 0.043 0.001 0.001 0.066 94 N 0.233 0.431 0.046 0.003 0.002 0.004 0.021 0.081 0.001 0.001 0.178 95 N 0.392 0.220 0.051 0.004 0.005 0.005 0.039 0.042 0.001 0.002 0.240 96 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 97 Q 0.009 0.013 0.011 0.003 0.003 0.008 0.535 0.001 0.001 0.002 0.417 98 L 0.267 0.094 0.005 0.005 0.003 0.004 0.221 0.001 0.001 0.008 0.392 99 L 0.029 0.770 0.006 0.010 0.013 0.013 0.042 0.002 0.001 0.001 0.116 100 R 0.011 0.794 0.005 0.013 0.014 0.018 0.032 0.002 0.001 0.001 0.110 101 F 0.013 0.861 0.001 0.015 0.008 0.015 0.011 0.002 0.001 0.001 0.074 102 Y 0.014 0.898 0.001 0.015 0.011 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.033 103 T 0.018 0.872 0.003 0.017 0.012 0.025 0.005 0.008 0.001 0.001 0.040 104 S 0.042 0.764 0.014 0.014 0.016 0.029 0.011 0.016 0.001 0.001 0.093 105 E 0.172 0.592 0.017 0.010 0.009 0.018 0.024 0.030 0.001 0.001 0.127 106 L 0.272 0.466 0.046 0.012 0.015 0.030 0.017 0.036 0.001 0.002 0.104 107 T 0.283 0.271 0.036 0.015 0.011 0.025 0.025 0.071 0.001 0.002 0.261 108 N 0.243 0.094 0.073 0.019 0.013 0.015 0.048 0.039 0.001 0.004 0.452 109 P 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.978 110 T 0.009 0.005 0.004 0.009 0.006 0.011 0.427 0.001 0.001 0.001 0.528 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.995 112 C 0.031 0.028 0.001 0.009 0.003 0.009 0.165 0.001 0.001 0.001 0.751 113 F 0.215 0.112 0.003 0.010 0.003 0.007 0.102 0.001 0.001 0.006 0.541 114 A 0.086 0.502 0.002 0.016 0.008 0.021 0.040 0.002 0.001 0.001 0.322 115 A 0.076 0.541 0.003 0.014 0.005 0.008 0.028 0.005 0.001 0.001 0.318 116 I 0.125 0.703 0.003 0.004 0.002 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.137 117 V 0.083 0.804 0.006 0.003 0.001 0.004 0.011 0.016 0.001 0.001 0.071 118 S 0.076 0.677 0.016 0.003 0.005 0.009 0.019 0.019 0.001 0.001 0.176 119 P 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.973 120 A 0.053 0.324 0.008 0.002 0.001 0.004 0.139 0.004 0.001 0.001 0.465 121 I 0.106 0.638 0.006 0.001 0.001 0.001 0.073 0.004 0.001 0.001 0.170 122 A 0.017 0.844 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.120 123 S 0.012 0.810 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.154 124 V 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.043 125 I 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 126 R 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 127 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 128 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 129 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 130 E 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 131 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 132 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 135 G 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.003 136 M 0.001 0.961 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 137 T 0.004 0.966 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.006 138 R 0.127 0.750 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 0.028 139 G 0.516 0.230 0.028 0.005 0.004 0.004 0.005 0.121 0.001 0.002 0.085 140 L 0.040 0.040 0.763 0.011 0.005 0.004 0.032 0.010 0.001 0.002 0.093 141 F 0.018 0.017 0.021 0.056 0.023 0.043 0.044 0.003 0.001 0.001 0.774 142 R 0.037 0.022 0.010 0.074 0.062 0.119 0.070 0.002 0.001 0.004 0.599 143 R 0.059 0.019 0.002 0.062 0.017 0.034 0.049 0.001 0.001 0.004 0.753 144 D 0.175 0.016 0.006 0.031 0.016 0.040 0.111 0.002 0.001 0.010 0.593 145 L 0.385 0.040 0.020 0.064 0.010 0.017 0.121 0.003 0.001 0.012 0.327 146 H 0.022 0.022 0.002 0.015 0.010 0.011 0.544 0.001 0.001 0.005 0.368 147 A 0.011 0.013 0.001 0.003 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.002 0.862 148 V 0.008 0.078 0.001 0.004 0.003 0.012 0.437 0.001 0.001 0.004 0.452 149 N 0.044 0.146 0.001 0.003 0.002 0.003 0.491 0.001 0.001 0.002 0.308 150 S 0.006 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.044 151 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 152 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 153 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 155 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 156 G 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 157 M 0.008 0.968 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 158 V 0.008 0.969 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 159 N 0.022 0.903 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.039 160 Y 0.041 0.847 0.021 0.002 0.001 0.002 0.007 0.022 0.001 0.001 0.057 161 F 0.046 0.831 0.031 0.004 0.003 0.004 0.011 0.016 0.001 0.001 0.053 162 F 0.046 0.744 0.023 0.010 0.006 0.010 0.023 0.018 0.001 0.001 0.120 163 L 0.076 0.658 0.022 0.018 0.011 0.017 0.026 0.021 0.001 0.002 0.150 164 S 0.118 0.499 0.019 0.024 0.014 0.022 0.046 0.022 0.001 0.003 0.232 165 T 0.149 0.314 0.026 0.016 0.012 0.020 0.067 0.015 0.001 0.004 0.376 166 L 0.105 0.272 0.026 0.030 0.016 0.030 0.135 0.010 0.001 0.004 0.372 167 A 0.106 0.299 0.016 0.037 0.024 0.040 0.147 0.010 0.001 0.005 0.314 168 T 0.124 0.444 0.015 0.031 0.023 0.037 0.062 0.011 0.001 0.006 0.247 169 E 0.142 0.378 0.016 0.034 0.026 0.046 0.071 0.011 0.001 0.007 0.267 170 G 0.172 0.208 0.013 0.037 0.024 0.048 0.119 0.012 0.001 0.007 0.359 171 L 0.216 0.212 0.031 0.039 0.043 0.075 0.082 0.012 0.001 0.007 0.284 172 T 0.089 0.152 0.011 0.052 0.037 0.058 0.125 0.013 0.001 0.005 0.459 173 S 0.112 0.065 0.017 0.031 0.025 0.041 0.057 0.009 0.001 0.006 0.637 174 H 0.082 0.027 0.014 0.024 0.010 0.024 0.100 0.004 0.001 0.006 0.710 175 S 0.067 0.014 0.007 0.014 0.015 0.011 0.319 0.002 0.001 0.006 0.546 176 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.989 177 D 0.012 0.009 0.002 0.015 0.006 0.017 0.394 0.001 0.001 0.003 0.542 178 Q 0.142 0.021 0.002 0.003 0.002 0.003 0.309 0.001 0.001 0.011 0.508 179 D 0.033 0.134 0.002 0.002 0.001 0.002 0.143 0.001 0.001 0.003 0.679 180 E 0.012 0.122 0.002 0.001 0.001 0.005 0.345 0.001 0.001 0.006 0.504 181 E 0.037 0.215 0.001 0.001 0.001 0.001 0.468 0.001 0.001 0.002 0.275 182 L 0.012 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.036 183 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 184 R 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 185 Q 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 186 Y 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 187 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 188 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 189 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 190 F 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 191 T 0.002 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 192 R 0.016 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.014 193 G 0.111 0.760 0.010 0.002 0.001 0.001 0.005 0.051 0.001 0.001 0.058 194 I 0.131 0.615 0.123 0.004 0.003 0.004 0.010 0.045 0.001 0.001 0.064 195 M 0.080 0.398 0.122 0.023 0.013 0.023 0.036 0.042 0.001 0.002 0.263 196 A 0.113 0.203 0.038 0.035 0.022 0.039 0.058 0.031 0.001 0.003 0.458 197 D 0.151 0.124 0.024 0.043 0.031 0.038 0.062 0.018 0.001 0.005 0.504 198 G 0.112 0.033 0.018 0.025 0.015 0.024 0.059 0.006 0.001 0.005 0.702 199 G 0.064 0.013 0.019 0.049 0.010 0.017 0.295 0.002 0.001 0.011 0.520 200 A 0.169 0.008 0.022 0.045 0.014 0.021 0.138 0.002 0.001 0.016 0.563 201 A 0.089 0.013 0.012 0.040 0.047 0.038 0.119 0.002 0.001 0.006 0.633 202 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 203 A 0.006 0.001 0.001 0.024 0.017 0.082 0.025 0.001 0.001 0.001 0.846