# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.028 0.051 0.049 0.080 0.074 0.008 0.655 2 T 0.019 0.009 0.011 0.014 0.026 0.187 0.003 0.731 3 R 0.014 0.009 0.007 0.007 0.016 0.047 0.001 0.900 4 A 0.048 0.050 0.017 0.010 0.024 0.221 0.007 0.622 5 D 0.143 0.097 0.008 0.005 0.007 0.284 0.008 0.446 6 C 0.129 0.439 0.012 0.005 0.015 0.071 0.012 0.319 7 R 0.072 0.616 0.016 0.006 0.018 0.034 0.007 0.232 8 S 0.037 0.615 0.008 0.003 0.005 0.044 0.007 0.283 9 R 0.053 0.696 0.005 0.002 0.003 0.043 0.006 0.192 10 L 0.021 0.869 0.008 0.001 0.002 0.017 0.003 0.080 11 M 0.011 0.905 0.006 0.001 0.002 0.015 0.002 0.058 12 E 0.004 0.947 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.035 13 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 14 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 T 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 17 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 18 F 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 A 0.009 0.983 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 20 Q 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 21 K 0.059 0.823 0.003 0.001 0.001 0.004 0.067 0.043 22 G 0.268 0.395 0.049 0.002 0.001 0.007 0.147 0.131 23 F 0.074 0.170 0.532 0.014 0.005 0.026 0.018 0.159 24 Y 0.032 0.222 0.200 0.061 0.028 0.073 0.011 0.373 25 G 0.100 0.161 0.058 0.006 0.015 0.031 0.012 0.617 26 V 0.287 0.257 0.116 0.010 0.010 0.064 0.013 0.243 27 S 0.048 0.216 0.050 0.011 0.013 0.153 0.007 0.502 28 I 0.020 0.174 0.031 0.009 0.022 0.105 0.003 0.636 29 R 0.008 0.203 0.008 0.003 0.007 0.322 0.002 0.447 30 E 0.008 0.168 0.001 0.001 0.001 0.635 0.001 0.186 31 L 0.007 0.968 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 32 A 0.002 0.990 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 33 Q 0.016 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 34 A 0.019 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 35 A 0.041 0.792 0.001 0.001 0.001 0.002 0.143 0.019 36 G 0.425 0.211 0.029 0.002 0.001 0.003 0.261 0.069 37 A 0.029 0.034 0.852 0.007 0.002 0.010 0.007 0.059 38 S 0.016 0.061 0.130 0.083 0.025 0.190 0.010 0.485 39 I 0.034 0.050 0.061 0.015 0.031 0.041 0.004 0.765 40 S 0.027 0.084 0.143 0.019 0.028 0.164 0.004 0.532 41 M 0.064 0.134 0.045 0.051 0.043 0.322 0.011 0.331 42 I 0.083 0.533 0.046 0.058 0.121 0.026 0.005 0.127 43 S 0.035 0.667 0.067 0.049 0.106 0.010 0.005 0.061 44 Y 0.099 0.481 0.046 0.070 0.128 0.017 0.017 0.142 45 H 0.173 0.441 0.021 0.020 0.048 0.046 0.036 0.215 46 F 0.139 0.335 0.021 0.039 0.067 0.032 0.043 0.325 47 G 0.044 0.089 0.026 0.013 0.018 0.124 0.013 0.674 48 G 0.029 0.040 0.005 0.002 0.003 0.294 0.008 0.618 49 K 0.178 0.180 0.011 0.004 0.010 0.075 0.012 0.530 50 E 0.030 0.384 0.012 0.003 0.003 0.126 0.003 0.441 51 G 0.019 0.592 0.004 0.001 0.001 0.065 0.003 0.316 52 L 0.032 0.907 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.050 53 Y 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 54 A 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 55 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 57 L 0.003 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 58 Q 0.019 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 59 E 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 60 Q 0.031 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.035 61 F 0.050 0.882 0.016 0.001 0.001 0.002 0.012 0.037 62 A 0.036 0.782 0.079 0.003 0.002 0.016 0.012 0.069 63 C 0.115 0.702 0.007 0.002 0.001 0.017 0.022 0.135 64 F 0.125 0.750 0.014 0.001 0.001 0.005 0.016 0.088 65 G 0.064 0.508 0.029 0.003 0.002 0.061 0.024 0.308 66 Q 0.095 0.150 0.019 0.003 0.003 0.060 0.021 0.649 67 L 0.145 0.347 0.089 0.011 0.013 0.062 0.013 0.320 68 D 0.057 0.393 0.039 0.022 0.015 0.106 0.009 0.359 69 D 0.087 0.474 0.031 0.004 0.008 0.028 0.010 0.357 70 I 0.123 0.608 0.027 0.004 0.009 0.049 0.013 0.167 71 R 0.123 0.531 0.009 0.007 0.010 0.114 0.026 0.180 72 G 0.339 0.323 0.015 0.004 0.007 0.038 0.067 0.207 73 Q 0.357 0.206 0.049 0.005 0.004 0.048 0.060 0.272 74 A 0.106 0.061 0.032 0.007 0.004 0.069 0.030 0.691 75 G 0.152 0.045 0.024 0.004 0.007 0.064 0.031 0.673 76 D 0.156 0.021 0.023 0.003 0.003 0.317 0.006 0.471 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 L 0.005 0.022 0.003 0.001 0.002 0.532 0.001 0.434 79 A 0.039 0.051 0.001 0.001 0.001 0.654 0.001 0.255 80 V 0.011 0.930 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.041 81 M 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 82 T 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 Y 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 85 L 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 86 R 0.009 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 87 W 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 T 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 89 I 0.006 0.981 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 90 Q 0.012 0.935 0.021 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 91 R 0.034 0.922 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.025 92 H 0.104 0.830 0.008 0.001 0.001 0.002 0.021 0.033 93 R 0.167 0.694 0.025 0.004 0.003 0.009 0.036 0.061 94 N 0.247 0.305 0.023 0.006 0.008 0.044 0.099 0.269 95 N 0.341 0.180 0.022 0.008 0.007 0.089 0.071 0.282 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 97 Q 0.010 0.014 0.010 0.003 0.003 0.575 0.003 0.381 98 L 0.281 0.072 0.015 0.006 0.004 0.245 0.008 0.368 99 L 0.034 0.631 0.027 0.019 0.028 0.056 0.002 0.203 100 R 0.024 0.708 0.039 0.017 0.028 0.031 0.002 0.150 101 F 0.022 0.843 0.028 0.012 0.021 0.006 0.002 0.066 102 Y 0.015 0.901 0.012 0.012 0.027 0.004 0.004 0.024 103 T 0.015 0.889 0.016 0.015 0.025 0.004 0.006 0.030 104 S 0.034 0.751 0.046 0.022 0.037 0.010 0.018 0.081 105 E 0.130 0.562 0.040 0.016 0.022 0.029 0.054 0.148 106 L 0.249 0.325 0.044 0.019 0.025 0.052 0.063 0.223 107 T 0.222 0.207 0.054 0.016 0.021 0.098 0.065 0.316 108 N 0.331 0.072 0.039 0.014 0.016 0.083 0.049 0.395 109 P 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.971 110 T 0.031 0.014 0.012 0.006 0.008 0.298 0.006 0.625 111 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 112 C 0.027 0.037 0.013 0.004 0.007 0.283 0.002 0.627 113 F 0.186 0.245 0.026 0.006 0.010 0.139 0.004 0.384 114 A 0.069 0.690 0.016 0.004 0.009 0.020 0.003 0.189 115 A 0.056 0.767 0.012 0.003 0.006 0.016 0.005 0.136 116 I 0.154 0.720 0.008 0.002 0.004 0.012 0.016 0.084 117 V 0.086 0.827 0.009 0.002 0.007 0.004 0.014 0.050 118 S 0.075 0.627 0.020 0.006 0.007 0.040 0.021 0.205 119 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 120 A 0.068 0.186 0.018 0.003 0.005 0.191 0.012 0.516 121 I 0.177 0.392 0.016 0.003 0.003 0.087 0.007 0.315 122 A 0.034 0.748 0.008 0.001 0.002 0.025 0.002 0.179 123 S 0.018 0.805 0.004 0.001 0.001 0.023 0.002 0.147 124 V 0.018 0.899 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.068 125 I 0.006 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 126 R 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 127 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 128 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 130 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 131 S 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 132 I 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 133 E 0.008 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 134 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 135 G 0.083 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.018 136 M 0.036 0.890 0.042 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 137 T 0.029 0.796 0.040 0.009 0.004 0.016 0.019 0.086 138 R 0.096 0.664 0.019 0.005 0.005 0.006 0.056 0.148 139 G 0.469 0.194 0.057 0.007 0.005 0.013 0.120 0.135 140 L 0.212 0.094 0.294 0.045 0.016 0.079 0.023 0.237 141 F 0.029 0.064 0.217 0.091 0.098 0.061 0.008 0.432 142 R 0.049 0.042 0.104 0.116 0.165 0.080 0.006 0.439 143 R 0.015 0.013 0.022 0.010 0.018 0.063 0.002 0.858 144 D 0.063 0.030 0.044 0.018 0.042 0.200 0.016 0.587 145 L 0.375 0.032 0.027 0.008 0.014 0.078 0.020 0.447 146 H 0.030 0.057 0.018 0.011 0.013 0.436 0.005 0.430 147 A 0.006 0.019 0.003 0.001 0.003 0.060 0.001 0.906 148 V 0.021 0.188 0.012 0.002 0.007 0.200 0.003 0.567 149 N 0.022 0.411 0.004 0.001 0.002 0.244 0.002 0.314 150 S 0.006 0.932 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.046 151 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 152 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 153 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 157 M 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 158 V 0.007 0.976 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 159 N 0.015 0.931 0.016 0.002 0.001 0.003 0.009 0.023 160 Y 0.029 0.914 0.016 0.002 0.001 0.003 0.009 0.026 161 F 0.059 0.827 0.020 0.002 0.002 0.008 0.018 0.064 162 F 0.035 0.832 0.035 0.007 0.007 0.009 0.010 0.063 163 L 0.049 0.673 0.079 0.018 0.025 0.025 0.017 0.113 164 S 0.085 0.569 0.038 0.023 0.024 0.037 0.020 0.204 165 T 0.071 0.408 0.041 0.014 0.017 0.044 0.024 0.381 166 L 0.091 0.293 0.057 0.021 0.027 0.106 0.024 0.381 167 A 0.105 0.327 0.054 0.030 0.037 0.168 0.024 0.254 168 T 0.116 0.438 0.054 0.035 0.049 0.054 0.021 0.233 169 E 0.101 0.343 0.065 0.023 0.033 0.067 0.026 0.341 170 G 0.165 0.182 0.069 0.022 0.031 0.059 0.035 0.437 171 L 0.210 0.133 0.084 0.046 0.065 0.099 0.028 0.335 172 T 0.090 0.102 0.066 0.075 0.068 0.144 0.021 0.432 173 S 0.079 0.023 0.026 0.014 0.025 0.053 0.015 0.764 174 H 0.117 0.024 0.041 0.008 0.017 0.162 0.019 0.613 175 S 0.134 0.010 0.016 0.007 0.009 0.350 0.014 0.459 176 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 177 D 0.030 0.007 0.009 0.002 0.006 0.409 0.003 0.534 178 Q 0.186 0.008 0.002 0.001 0.001 0.465 0.003 0.335 179 D 0.102 0.122 0.003 0.001 0.002 0.170 0.005 0.595 180 E 0.050 0.222 0.007 0.001 0.001 0.156 0.004 0.559 181 E 0.019 0.238 0.002 0.001 0.001 0.398 0.002 0.341 182 L 0.019 0.911 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.046 183 I 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 184 R 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 185 Q 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 186 Y 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 187 V 0.002 0.982 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 188 A 0.003 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 189 I 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 T 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 192 R 0.011 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 193 G 0.147 0.720 0.008 0.001 0.001 0.003 0.084 0.036 194 I 0.152 0.665 0.055 0.004 0.003 0.009 0.044 0.068 195 M 0.070 0.514 0.162 0.025 0.025 0.023 0.025 0.155 196 A 0.125 0.204 0.064 0.021 0.027 0.033 0.023 0.502 197 D 0.120 0.142 0.041 0.023 0.021 0.077 0.034 0.542 198 G 0.125 0.040 0.030 0.009 0.009 0.081 0.037 0.669 199 G 0.138 0.023 0.057 0.013 0.012 0.176 0.030 0.550 200 A 0.183 0.028 0.077 0.023 0.026 0.127 0.023 0.514 201 A 0.102 0.023 0.075 0.035 0.042 0.155 0.007 0.560 202 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 203 A 0.020 0.007 0.031 0.028 0.074 0.100 0.002 0.739