# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.259 0.304 0.070 0.135 0.031 0.032 0.010 0.034 0.012 0.002 2 T 0.134 0.165 0.515 0.053 0.026 0.063 0.010 0.001 0.027 0.004 0.003 3 R 0.337 0.064 0.420 0.045 0.022 0.057 0.010 0.002 0.031 0.009 0.003 4 A 0.945 0.003 0.030 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 D 0.841 0.014 0.023 0.098 0.004 0.006 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 6 C 0.901 0.009 0.017 0.053 0.009 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 7 R 0.991 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 Q 0.961 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.508 0.007 0.016 0.424 0.004 0.002 0.033 0.001 0.005 0.001 0.001 22 G 0.141 0.003 0.022 0.048 0.043 0.004 0.119 0.498 0.003 0.121 0.001 23 F 0.535 0.086 0.174 0.148 0.010 0.023 0.012 0.002 0.009 0.002 0.001 24 Y 0.462 0.105 0.133 0.221 0.017 0.017 0.031 0.002 0.010 0.001 0.001 25 G 0.240 0.040 0.125 0.059 0.128 0.032 0.101 0.213 0.004 0.057 0.001 26 V 0.579 0.189 0.116 0.051 0.036 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 27 S 0.232 0.088 0.396 0.015 0.060 0.137 0.004 0.001 0.065 0.002 0.001 28 I 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.220 0.002 0.007 0.757 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 36 G 0.011 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.370 0.553 0.001 0.047 0.001 37 A 0.258 0.129 0.386 0.152 0.016 0.040 0.009 0.002 0.006 0.002 0.001 38 S 0.193 0.124 0.420 0.108 0.018 0.099 0.005 0.002 0.027 0.002 0.001 39 I 0.782 0.042 0.096 0.049 0.008 0.014 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 40 S 0.783 0.061 0.050 0.038 0.032 0.009 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 41 M 0.643 0.208 0.056 0.026 0.044 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 42 I 0.669 0.243 0.051 0.009 0.006 0.010 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 43 S 0.678 0.195 0.059 0.019 0.016 0.019 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 44 Y 0.522 0.248 0.063 0.081 0.040 0.013 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 45 H 0.388 0.148 0.178 0.158 0.029 0.046 0.025 0.003 0.022 0.002 0.002 46 F 0.217 0.146 0.171 0.277 0.051 0.019 0.073 0.005 0.033 0.007 0.001 47 G 0.201 0.014 0.140 0.102 0.068 0.017 0.099 0.108 0.007 0.240 0.004 48 G 0.213 0.025 0.223 0.167 0.095 0.051 0.047 0.073 0.018 0.086 0.002 49 K 0.930 0.005 0.039 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 G 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.958 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 F 0.949 0.003 0.006 0.035 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.967 0.004 0.007 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 C 0.756 0.009 0.013 0.210 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 F 0.517 0.018 0.053 0.362 0.004 0.006 0.030 0.002 0.008 0.001 0.001 65 G 0.501 0.017 0.075 0.072 0.029 0.010 0.150 0.103 0.005 0.036 0.001 66 Q 0.515 0.087 0.184 0.126 0.016 0.041 0.016 0.003 0.010 0.002 0.001 67 L 0.753 0.047 0.104 0.072 0.004 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 68 D 0.857 0.034 0.050 0.032 0.004 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 69 D 0.867 0.022 0.026 0.058 0.011 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 70 I 0.832 0.025 0.034 0.094 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 R 0.650 0.056 0.091 0.154 0.004 0.009 0.021 0.001 0.012 0.001 0.001 72 G 0.405 0.021 0.103 0.084 0.064 0.013 0.076 0.124 0.007 0.098 0.003 73 Q 0.446 0.090 0.249 0.135 0.012 0.020 0.015 0.005 0.022 0.004 0.002 74 A 0.269 0.056 0.261 0.309 0.016 0.016 0.053 0.003 0.008 0.003 0.005 75 G 0.150 0.013 0.105 0.097 0.064 0.012 0.038 0.331 0.004 0.184 0.002 76 D 0.048 0.073 0.626 0.014 0.031 0.033 0.007 0.001 0.160 0.007 0.001 77 P 0.941 0.001 0.050 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 W 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.986 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.863 0.008 0.012 0.105 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 92 H 0.733 0.021 0.045 0.167 0.005 0.008 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 93 R 0.776 0.016 0.043 0.127 0.005 0.005 0.020 0.002 0.002 0.002 0.001 94 N 0.392 0.019 0.047 0.474 0.015 0.014 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 95 N 0.147 0.050 0.354 0.033 0.028 0.033 0.032 0.002 0.312 0.009 0.001 96 P 0.969 0.001 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 Q 0.960 0.004 0.006 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.965 0.004 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.980 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.979 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 F 0.958 0.025 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 Y 0.886 0.032 0.029 0.034 0.006 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.866 0.023 0.026 0.064 0.003 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 104 S 0.876 0.025 0.016 0.057 0.011 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 105 E 0.753 0.036 0.036 0.152 0.005 0.006 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 106 L 0.518 0.076 0.104 0.217 0.018 0.018 0.033 0.003 0.012 0.001 0.001 107 T 0.332 0.102 0.102 0.391 0.015 0.015 0.028 0.003 0.011 0.001 0.001 108 N 0.036 0.113 0.424 0.023 0.056 0.042 0.060 0.003 0.228 0.013 0.001 109 P 0.508 0.004 0.413 0.039 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 110 T 0.191 0.076 0.513 0.019 0.014 0.033 0.015 0.002 0.131 0.005 0.001 111 P 0.939 0.001 0.048 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 C 0.871 0.012 0.019 0.085 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 113 F 0.931 0.005 0.011 0.048 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.973 0.008 0.010 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.972 0.007 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 I 0.876 0.012 0.030 0.071 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.827 0.032 0.044 0.081 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 118 S 0.643 0.048 0.192 0.013 0.004 0.032 0.018 0.001 0.049 0.002 0.001 119 P 0.960 0.001 0.026 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 A 0.868 0.009 0.039 0.067 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 121 I 0.979 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 A 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 S 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.966 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.950 0.002 0.008 0.029 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 136 M 0.958 0.006 0.013 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 T 0.934 0.008 0.011 0.039 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 138 R 0.264 0.011 0.025 0.662 0.004 0.002 0.026 0.002 0.004 0.001 0.001 139 G 0.019 0.002 0.009 0.008 0.028 0.002 0.097 0.777 0.001 0.057 0.001 140 L 0.224 0.228 0.395 0.080 0.014 0.035 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 141 F 0.111 0.285 0.403 0.089 0.017 0.069 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 142 R 0.154 0.291 0.341 0.038 0.043 0.072 0.010 0.002 0.043 0.004 0.002 143 R 0.523 0.078 0.243 0.075 0.027 0.026 0.009 0.003 0.006 0.006 0.004 144 D 0.140 0.079 0.144 0.338 0.083 0.096 0.078 0.016 0.017 0.007 0.001 145 L 0.449 0.097 0.241 0.149 0.022 0.017 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 146 H 0.168 0.084 0.496 0.032 0.025 0.071 0.019 0.001 0.094 0.009 0.001 147 A 0.976 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.968 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 Y 0.886 0.014 0.010 0.069 0.008 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 161 F 0.899 0.034 0.021 0.027 0.003 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 162 F 0.804 0.056 0.051 0.048 0.011 0.016 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 163 L 0.688 0.047 0.058 0.161 0.009 0.018 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 164 S 0.680 0.042 0.067 0.130 0.022 0.018 0.022 0.006 0.010 0.003 0.001 165 T 0.793 0.038 0.054 0.079 0.007 0.010 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 166 L 0.750 0.049 0.058 0.106 0.007 0.012 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 167 A 0.698 0.060 0.090 0.095 0.018 0.013 0.012 0.003 0.009 0.002 0.001 168 T 0.536 0.088 0.098 0.216 0.016 0.015 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 169 E 0.410 0.085 0.117 0.205 0.036 0.018 0.089 0.012 0.021 0.005 0.002 170 G 0.392 0.043 0.126 0.083 0.101 0.021 0.057 0.112 0.011 0.054 0.002 171 L 0.415 0.152 0.199 0.163 0.018 0.023 0.011 0.002 0.014 0.001 0.002 172 T 0.250 0.238 0.225 0.149 0.044 0.028 0.024 0.003 0.032 0.003 0.002 173 S 0.262 0.137 0.244 0.144 0.061 0.039 0.059 0.014 0.020 0.013 0.007 174 H 0.185 0.111 0.245 0.318 0.031 0.043 0.030 0.012 0.015 0.006 0.005 175 S 0.016 0.146 0.466 0.008 0.047 0.027 0.012 0.001 0.268 0.008 0.001 176 P 0.579 0.002 0.349 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 177 D 0.408 0.062 0.145 0.289 0.020 0.021 0.025 0.018 0.010 0.002 0.001 178 Q 0.443 0.080 0.307 0.085 0.028 0.019 0.005 0.001 0.031 0.002 0.001 179 D 0.925 0.004 0.048 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 E 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 188 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 189 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 190 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 191 T 0.971 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 R 0.833 0.002 0.003 0.142 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 193 G 0.805 0.007 0.022 0.107 0.013 0.003 0.017 0.019 0.002 0.004 0.001 194 I 0.529 0.088 0.078 0.251 0.006 0.019 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 195 M 0.335 0.191 0.263 0.062 0.028 0.037 0.043 0.002 0.035 0.003 0.002 196 A 0.403 0.075 0.310 0.086 0.032 0.029 0.013 0.007 0.019 0.019 0.007 197 D 0.216 0.075 0.341 0.165 0.020 0.038 0.073 0.011 0.037 0.012 0.012 198 G 0.146 0.020 0.126 0.092 0.078 0.007 0.088 0.207 0.012 0.218 0.007 199 G 0.208 0.053 0.232 0.069 0.063 0.015 0.080 0.141 0.012 0.109 0.018 200 A 0.136 0.180 0.295 0.281 0.034 0.023 0.021 0.005 0.014 0.002 0.009 201 A 0.010 0.241 0.462 0.005 0.076 0.014 0.004 0.001 0.181 0.007 0.001 202 P 0.057 0.004 0.844 0.006 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.003 0.058 203 A 0.172 0.094 0.536 0.071 0.032 0.035 0.017 0.012 0.018 0.008 0.005