# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.330 0.129 0.015 0.215 0.014 0.029 0.053 0.022 0.047 0.057 2 T 0.033 0.479 0.312 0.016 0.086 0.005 0.005 0.021 0.009 0.014 0.020 3 R 0.038 0.106 0.027 0.008 0.071 0.008 0.018 0.514 0.171 0.027 0.012 4 A 0.001 0.006 0.005 0.002 0.002 0.005 0.011 0.781 0.171 0.013 0.002 5 D 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.892 0.064 0.022 0.002 6 C 0.003 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.923 0.043 0.012 0.002 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.031 0.001 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 9 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.006 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 11 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.008 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.053 0.005 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.813 0.161 0.017 0.001 20 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.155 0.794 0.032 0.007 0.001 21 K 0.005 0.604 0.278 0.010 0.022 0.007 0.030 0.021 0.009 0.012 0.004 22 G 0.052 0.009 0.013 0.014 0.014 0.005 0.003 0.013 0.016 0.420 0.440 23 F 0.138 0.126 0.062 0.028 0.135 0.029 0.050 0.166 0.136 0.077 0.052 24 Y 0.020 0.106 0.059 0.035 0.044 0.098 0.280 0.168 0.094 0.074 0.023 25 G 0.135 0.099 0.054 0.034 0.152 0.016 0.018 0.098 0.065 0.224 0.105 26 V 0.049 0.354 0.070 0.008 0.274 0.026 0.030 0.112 0.031 0.027 0.019 27 S 0.149 0.392 0.101 0.001 0.268 0.001 0.001 0.036 0.004 0.010 0.038 28 I 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.697 0.270 0.010 0.003 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.087 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.018 0.003 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.007 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.903 0.090 0.002 0.001 33 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.844 0.110 0.023 0.001 34 A 0.007 0.007 0.007 0.003 0.004 0.005 0.145 0.731 0.051 0.037 0.002 35 A 0.005 0.801 0.102 0.008 0.036 0.004 0.013 0.013 0.007 0.005 0.004 36 G 0.023 0.005 0.007 0.011 0.007 0.009 0.011 0.034 0.036 0.548 0.309 37 A 0.050 0.403 0.128 0.013 0.178 0.010 0.028 0.054 0.041 0.070 0.025 38 S 0.124 0.305 0.133 0.017 0.255 0.013 0.018 0.052 0.031 0.019 0.034 39 I 0.031 0.056 0.015 0.009 0.056 0.021 0.039 0.314 0.409 0.036 0.014 40 S 0.037 0.035 0.018 0.009 0.061 0.021 0.040 0.477 0.171 0.107 0.023 41 M 0.132 0.079 0.013 0.005 0.258 0.007 0.019 0.326 0.077 0.058 0.027 42 I 0.168 0.053 0.017 0.010 0.218 0.013 0.037 0.351 0.067 0.036 0.030 43 S 0.158 0.089 0.025 0.010 0.268 0.011 0.032 0.272 0.067 0.024 0.044 44 Y 0.128 0.087 0.027 0.012 0.248 0.010 0.046 0.263 0.095 0.048 0.037 45 H 0.210 0.068 0.027 0.017 0.165 0.014 0.091 0.209 0.060 0.076 0.061 46 F 0.064 0.127 0.058 0.030 0.110 0.039 0.101 0.174 0.076 0.150 0.070 47 G 0.011 0.046 0.062 0.224 0.024 0.104 0.079 0.144 0.072 0.205 0.030 48 G 0.036 0.197 0.434 0.102 0.074 0.008 0.005 0.057 0.026 0.044 0.017 49 K 0.004 0.010 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.556 0.381 0.027 0.003 50 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.885 0.090 0.008 0.001 51 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.036 0.005 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.002 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.002 0.001 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.054 0.002 0.001 59 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.950 0.019 0.002 0.001 60 Q 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.017 0.876 0.067 0.021 0.002 61 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 0.780 0.167 0.019 0.004 62 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.033 0.796 0.131 0.020 0.002 63 C 0.009 0.021 0.013 0.003 0.012 0.007 0.118 0.611 0.095 0.104 0.006 64 F 0.039 0.152 0.040 0.010 0.075 0.012 0.040 0.364 0.122 0.115 0.031 65 G 0.025 0.077 0.069 0.029 0.039 0.030 0.043 0.424 0.132 0.099 0.032 66 Q 0.053 0.145 0.044 0.004 0.083 0.006 0.023 0.468 0.081 0.070 0.022 67 L 0.018 0.024 0.006 0.002 0.024 0.005 0.008 0.580 0.276 0.050 0.009 68 D 0.007 0.016 0.006 0.004 0.012 0.010 0.024 0.724 0.178 0.016 0.004 69 D 0.014 0.016 0.007 0.002 0.026 0.006 0.027 0.644 0.147 0.103 0.008 70 I 0.021 0.019 0.009 0.003 0.027 0.008 0.048 0.624 0.149 0.083 0.010 71 R 0.033 0.125 0.046 0.021 0.072 0.029 0.066 0.327 0.149 0.105 0.027 72 G 0.043 0.064 0.075 0.044 0.052 0.026 0.052 0.261 0.148 0.189 0.045 73 Q 0.041 0.110 0.104 0.026 0.081 0.034 0.070 0.226 0.118 0.149 0.041 74 A 0.042 0.186 0.067 0.022 0.076 0.022 0.092 0.216 0.102 0.138 0.037 75 G 0.018 0.054 0.070 0.059 0.026 0.052 0.055 0.133 0.089 0.382 0.062 76 D 0.041 0.508 0.185 0.006 0.184 0.003 0.002 0.038 0.009 0.012 0.013 77 P 0.008 0.019 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.570 0.340 0.044 0.004 78 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.081 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 80 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.031 0.004 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.004 0.001 82 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 87 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.007 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.016 0.002 0.001 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.072 0.003 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.939 0.039 0.002 0.001 91 R 0.004 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.044 0.838 0.074 0.020 0.002 92 H 0.017 0.017 0.006 0.003 0.021 0.005 0.038 0.649 0.171 0.060 0.014 93 R 0.012 0.031 0.011 0.006 0.023 0.011 0.060 0.643 0.145 0.045 0.013 94 N 0.016 0.056 0.045 0.011 0.027 0.026 0.090 0.219 0.109 0.378 0.024 95 N 0.136 0.247 0.042 0.004 0.402 0.003 0.006 0.075 0.027 0.026 0.033 96 P 0.004 0.009 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.548 0.396 0.018 0.003 97 Q 0.003 0.006 0.003 0.001 0.003 0.004 0.019 0.794 0.133 0.031 0.003 98 L 0.014 0.015 0.004 0.001 0.020 0.002 0.005 0.797 0.092 0.044 0.006 99 L 0.017 0.011 0.004 0.002 0.022 0.004 0.007 0.847 0.071 0.010 0.005 100 R 0.012 0.015 0.005 0.003 0.027 0.003 0.019 0.844 0.061 0.007 0.004 101 F 0.031 0.011 0.003 0.003 0.019 0.001 0.037 0.852 0.027 0.012 0.003 102 Y 0.030 0.025 0.005 0.003 0.028 0.003 0.023 0.791 0.059 0.026 0.007 103 T 0.018 0.029 0.007 0.004 0.030 0.007 0.015 0.708 0.143 0.028 0.011 104 S 0.009 0.024 0.008 0.004 0.021 0.008 0.028 0.660 0.203 0.028 0.007 105 E 0.021 0.031 0.013 0.004 0.040 0.011 0.093 0.474 0.213 0.089 0.012 106 L 0.066 0.059 0.016 0.005 0.109 0.011 0.064 0.245 0.198 0.194 0.033 107 T 0.040 0.126 0.064 0.026 0.089 0.048 0.122 0.139 0.127 0.168 0.051 108 N 0.083 0.229 0.207 0.021 0.175 0.010 0.024 0.056 0.030 0.102 0.063 109 P 0.030 0.284 0.150 0.022 0.049 0.014 0.036 0.089 0.103 0.201 0.023 110 T 0.040 0.434 0.203 0.012 0.141 0.005 0.007 0.096 0.029 0.018 0.016 111 P 0.003 0.012 0.003 0.001 0.005 0.003 0.009 0.709 0.244 0.010 0.002 112 C 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.002 0.015 0.800 0.122 0.041 0.003 113 F 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.752 0.142 0.075 0.003 114 A 0.004 0.007 0.003 0.002 0.006 0.004 0.009 0.829 0.123 0.012 0.003 115 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.003 0.022 0.820 0.115 0.020 0.002 116 I 0.009 0.008 0.004 0.001 0.009 0.002 0.036 0.779 0.084 0.064 0.004 117 V 0.017 0.035 0.014 0.005 0.019 0.010 0.022 0.508 0.138 0.221 0.012 118 S 0.016 0.097 0.042 0.008 0.043 0.008 0.023 0.634 0.100 0.021 0.009 119 P 0.002 0.011 0.006 0.001 0.005 0.004 0.018 0.809 0.129 0.013 0.002 120 A 0.005 0.012 0.007 0.001 0.005 0.002 0.018 0.776 0.109 0.061 0.004 121 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.883 0.078 0.019 0.002 122 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.034 0.001 0.001 123 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.024 0.002 0.001 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.025 0.005 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 0.001 128 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.003 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 132 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.030 0.002 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.030 0.001 0.001 134 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.965 0.009 0.001 0.001 135 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.911 0.053 0.018 0.002 136 M 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.835 0.128 0.013 0.003 137 T 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.080 0.837 0.046 0.016 0.002 138 R 0.004 0.655 0.180 0.011 0.025 0.011 0.054 0.038 0.013 0.007 0.003 139 G 0.029 0.017 0.016 0.020 0.016 0.012 0.006 0.030 0.031 0.433 0.390 140 L 0.120 0.205 0.064 0.012 0.191 0.010 0.058 0.142 0.060 0.090 0.048 141 F 0.101 0.334 0.103 0.018 0.180 0.017 0.027 0.048 0.036 0.076 0.061 142 R 0.057 0.351 0.207 0.057 0.151 0.023 0.023 0.054 0.042 0.012 0.022 143 R 0.016 0.042 0.026 0.014 0.034 0.055 0.176 0.357 0.211 0.052 0.016 144 D 0.080 0.063 0.033 0.007 0.108 0.007 0.033 0.107 0.063 0.417 0.081 145 L 0.057 0.276 0.051 0.011 0.173 0.017 0.027 0.138 0.085 0.128 0.038 146 H 0.126 0.287 0.081 0.005 0.342 0.004 0.003 0.089 0.018 0.014 0.031 147 A 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.611 0.348 0.014 0.003 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.053 0.004 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.024 0.003 0.001 150 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 152 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.010 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 157 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.015 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.942 0.042 0.002 0.001 159 N 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.926 0.045 0.005 0.001 160 Y 0.006 0.007 0.002 0.002 0.010 0.001 0.015 0.869 0.074 0.011 0.003 161 F 0.016 0.015 0.004 0.003 0.016 0.002 0.043 0.822 0.065 0.012 0.004 162 F 0.021 0.023 0.008 0.003 0.028 0.004 0.029 0.747 0.091 0.032 0.013 163 L 0.018 0.035 0.013 0.005 0.027 0.009 0.031 0.665 0.127 0.056 0.013 164 S 0.028 0.079 0.026 0.008 0.055 0.010 0.030 0.579 0.113 0.055 0.017 165 T 0.024 0.058 0.015 0.004 0.055 0.006 0.021 0.607 0.160 0.039 0.013 166 L 0.025 0.031 0.011 0.003 0.044 0.006 0.036 0.674 0.127 0.033 0.010 167 A 0.046 0.032 0.015 0.007 0.043 0.012 0.056 0.562 0.113 0.096 0.018 168 T 0.045 0.069 0.028 0.018 0.066 0.029 0.060 0.444 0.132 0.086 0.024 169 E 0.033 0.071 0.034 0.029 0.053 0.039 0.066 0.373 0.167 0.104 0.030 170 G 0.065 0.084 0.043 0.014 0.119 0.017 0.050 0.222 0.136 0.200 0.049 171 L 0.129 0.152 0.055 0.013 0.180 0.014 0.046 0.159 0.093 0.110 0.050 172 T 0.065 0.201 0.124 0.039 0.138 0.047 0.066 0.113 0.076 0.076 0.056 173 S 0.111 0.186 0.076 0.029 0.200 0.020 0.057 0.121 0.080 0.081 0.040 174 H 0.043 0.090 0.074 0.046 0.081 0.044 0.113 0.117 0.148 0.205 0.038 175 S 0.073 0.272 0.290 0.016 0.230 0.005 0.007 0.020 0.015 0.025 0.046 176 P 0.038 0.077 0.016 0.005 0.065 0.007 0.027 0.286 0.347 0.103 0.029 177 D 0.012 0.095 0.107 0.029 0.035 0.064 0.103 0.224 0.127 0.184 0.021 178 Q 0.090 0.410 0.096 0.006 0.144 0.004 0.006 0.114 0.023 0.085 0.021 179 D 0.004 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.739 0.215 0.019 0.003 180 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.001 0.001 181 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.025 0.004 0.001 183 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 184 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 185 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 186 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.007 0.001 0.001 189 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.979 0.009 0.001 0.001 190 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.925 0.049 0.008 0.001 191 T 0.002 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.018 0.843 0.111 0.011 0.002 192 R 0.009 0.036 0.016 0.008 0.014 0.011 0.113 0.604 0.135 0.049 0.006 193 G 0.052 0.104 0.053 0.014 0.110 0.011 0.048 0.295 0.130 0.134 0.046 194 I 0.118 0.125 0.026 0.008 0.192 0.009 0.057 0.229 0.103 0.094 0.040 195 M 0.107 0.187 0.121 0.018 0.202 0.013 0.037 0.134 0.052 0.055 0.073 196 A 0.053 0.193 0.142 0.044 0.104 0.039 0.070 0.198 0.071 0.051 0.037 197 D 0.036 0.194 0.110 0.075 0.065 0.065 0.118 0.149 0.083 0.075 0.030 198 G 0.036 0.117 0.103 0.122 0.052 0.047 0.054 0.096 0.081 0.229 0.063 199 G 0.054 0.131 0.116 0.066 0.082 0.026 0.042 0.095 0.092 0.236 0.061 200 A 0.074 0.229 0.166 0.042 0.152 0.017 0.035 0.067 0.072 0.101 0.046 201 A 0.039 0.344 0.334 0.046 0.102 0.011 0.020 0.032 0.027 0.025 0.020 202 P 0.047 0.334 0.277 0.026 0.106 0.012 0.028 0.065 0.051 0.029 0.026 203 A 0.062 0.264 0.098 0.017 0.139 0.019 0.050 0.151 0.115 0.054 0.031