# TARGET T0454 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0454.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.765 0.141 0.078 0.014 0.003 0.001 0.001 2 T 0.765 0.185 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 3 R 0.789 0.156 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 4 A 0.768 0.174 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 5 D 0.560 0.332 0.085 0.020 0.003 0.001 0.001 6 C 0.172 0.271 0.298 0.162 0.090 0.007 0.001 7 R 0.076 0.203 0.257 0.335 0.106 0.022 0.001 8 S 0.359 0.346 0.215 0.059 0.018 0.002 0.001 9 R 0.033 0.173 0.374 0.294 0.110 0.015 0.001 10 L 0.004 0.008 0.018 0.065 0.307 0.544 0.054 11 M 0.006 0.035 0.128 0.360 0.301 0.155 0.016 12 E 0.120 0.360 0.361 0.105 0.036 0.015 0.003 13 V 0.006 0.048 0.191 0.394 0.265 0.087 0.009 14 A 0.003 0.010 0.018 0.060 0.253 0.510 0.146 15 T 0.015 0.104 0.217 0.321 0.227 0.101 0.014 16 E 0.076 0.292 0.321 0.203 0.077 0.026 0.004 17 L 0.012 0.054 0.151 0.279 0.298 0.183 0.023 18 F 0.008 0.013 0.023 0.069 0.230 0.462 0.195 19 A 0.033 0.099 0.156 0.266 0.264 0.155 0.028 20 Q 0.152 0.267 0.248 0.203 0.087 0.035 0.008 21 K 0.117 0.202 0.246 0.209 0.131 0.080 0.015 22 G 0.084 0.121 0.145 0.205 0.234 0.175 0.037 23 F 0.095 0.146 0.170 0.209 0.207 0.145 0.028 24 Y 0.169 0.253 0.184 0.203 0.116 0.062 0.012 25 G 0.099 0.202 0.304 0.203 0.119 0.063 0.011 26 V 0.035 0.067 0.131 0.217 0.272 0.250 0.028 27 S 0.025 0.101 0.205 0.254 0.252 0.131 0.031 28 I 0.005 0.012 0.025 0.082 0.255 0.517 0.104 29 R 0.030 0.202 0.345 0.280 0.109 0.029 0.004 30 E 0.014 0.148 0.308 0.350 0.132 0.041 0.007 31 L 0.003 0.008 0.023 0.091 0.410 0.419 0.047 32 A 0.005 0.021 0.073 0.251 0.385 0.236 0.029 33 Q 0.107 0.377 0.335 0.131 0.039 0.010 0.001 34 A 0.047 0.239 0.298 0.253 0.120 0.038 0.005 35 A 0.011 0.034 0.062 0.197 0.344 0.320 0.032 36 G 0.081 0.299 0.267 0.212 0.096 0.038 0.007 37 A 0.043 0.080 0.101 0.211 0.273 0.243 0.049 38 S 0.063 0.150 0.175 0.233 0.199 0.135 0.045 39 I 0.067 0.126 0.161 0.237 0.198 0.152 0.060 40 S 0.106 0.163 0.186 0.209 0.181 0.112 0.044 41 M 0.051 0.067 0.088 0.145 0.211 0.284 0.154 42 I 0.049 0.050 0.055 0.098 0.182 0.346 0.220 43 S 0.091 0.131 0.151 0.209 0.178 0.160 0.080 44 Y 0.095 0.130 0.161 0.191 0.186 0.165 0.072 45 H 0.058 0.072 0.115 0.175 0.225 0.265 0.091 46 F 0.070 0.085 0.135 0.198 0.248 0.217 0.046 47 G 0.181 0.273 0.244 0.166 0.083 0.046 0.008 48 G 0.118 0.202 0.234 0.194 0.155 0.080 0.017 49 K 0.038 0.075 0.124 0.241 0.256 0.219 0.047 50 E 0.077 0.220 0.261 0.267 0.118 0.050 0.007 51 G 0.073 0.215 0.280 0.247 0.137 0.042 0.005 52 L 0.008 0.018 0.036 0.101 0.301 0.427 0.110 53 Y 0.006 0.025 0.051 0.135 0.219 0.423 0.142 54 A 0.029 0.123 0.244 0.294 0.193 0.095 0.022 55 A 0.023 0.129 0.218 0.302 0.208 0.094 0.025 56 V 0.006 0.017 0.040 0.095 0.253 0.449 0.139 57 L 0.008 0.022 0.037 0.108 0.281 0.429 0.115 58 Q 0.056 0.197 0.277 0.293 0.128 0.042 0.009 59 E 0.065 0.207 0.230 0.249 0.160 0.074 0.015 60 Q 0.047 0.112 0.151 0.213 0.233 0.214 0.030 61 F 0.032 0.067 0.130 0.280 0.320 0.150 0.020 62 A 0.172 0.394 0.250 0.124 0.042 0.016 0.002 63 C 0.058 0.136 0.208 0.273 0.227 0.090 0.007 64 F 0.045 0.073 0.148 0.282 0.292 0.146 0.013 65 G 0.362 0.357 0.185 0.073 0.017 0.005 0.001 66 Q 0.209 0.323 0.268 0.132 0.057 0.011 0.001 67 L 0.048 0.064 0.114 0.273 0.321 0.171 0.009 68 D 0.210 0.293 0.281 0.152 0.050 0.013 0.001 69 D 0.329 0.421 0.159 0.068 0.019 0.005 0.001 70 I 0.124 0.162 0.215 0.275 0.178 0.044 0.001 71 R 0.240 0.249 0.235 0.184 0.073 0.018 0.001 72 G 0.566 0.258 0.113 0.049 0.012 0.002 0.001 73 Q 0.651 0.222 0.088 0.029 0.009 0.002 0.001 74 A 0.522 0.266 0.141 0.051 0.015 0.004 0.001 75 G 0.454 0.273 0.161 0.081 0.026 0.005 0.001 76 D 0.273 0.383 0.191 0.106 0.037 0.010 0.001 77 P 0.046 0.076 0.117 0.219 0.325 0.202 0.015 78 L 0.047 0.134 0.256 0.333 0.173 0.051 0.006 79 A 0.111 0.345 0.278 0.172 0.067 0.024 0.003 80 V 0.011 0.052 0.175 0.323 0.315 0.111 0.013 81 M 0.002 0.005 0.011 0.045 0.221 0.541 0.175 82 T 0.012 0.092 0.244 0.307 0.224 0.101 0.020 83 A 0.019 0.131 0.208 0.298 0.209 0.104 0.032 84 Y 0.005 0.016 0.037 0.086 0.202 0.474 0.180 85 L 0.004 0.013 0.024 0.082 0.209 0.411 0.256 86 R 0.023 0.129 0.218 0.280 0.201 0.108 0.040 87 W 0.024 0.089 0.143 0.246 0.252 0.187 0.059 88 T 0.024 0.068 0.104 0.174 0.239 0.290 0.101 89 I 0.018 0.032 0.066 0.160 0.312 0.322 0.089 90 Q 0.100 0.251 0.264 0.208 0.109 0.055 0.012 91 R 0.073 0.165 0.237 0.254 0.171 0.088 0.012 92 H 0.058 0.072 0.106 0.210 0.309 0.218 0.027 93 R 0.187 0.262 0.235 0.194 0.086 0.032 0.004 94 N 0.384 0.332 0.161 0.079 0.032 0.011 0.002 95 N 0.182 0.213 0.211 0.204 0.122 0.059 0.009 96 P 0.191 0.221 0.213 0.212 0.102 0.051 0.009 97 Q 0.178 0.248 0.248 0.167 0.101 0.048 0.010 98 L 0.040 0.072 0.118 0.191 0.242 0.251 0.087 99 L 0.014 0.027 0.045 0.097 0.206 0.411 0.201 100 R 0.030 0.070 0.118 0.204 0.233 0.220 0.125 101 F 0.020 0.035 0.056 0.104 0.185 0.321 0.278 102 Y 0.011 0.017 0.028 0.058 0.136 0.383 0.366 103 T 0.020 0.030 0.047 0.107 0.207 0.331 0.257 104 S 0.066 0.131 0.159 0.213 0.193 0.159 0.079 105 E 0.076 0.132 0.183 0.210 0.193 0.161 0.045 106 L 0.063 0.078 0.117 0.209 0.269 0.228 0.036 107 T 0.225 0.261 0.209 0.172 0.088 0.039 0.006 108 N 0.311 0.279 0.197 0.122 0.063 0.025 0.003 109 P 0.226 0.185 0.178 0.198 0.135 0.068 0.009 110 T 0.367 0.257 0.197 0.123 0.039 0.015 0.002 111 P 0.474 0.303 0.148 0.051 0.017 0.006 0.001 112 C 0.092 0.156 0.254 0.261 0.173 0.058 0.005 113 F 0.045 0.060 0.091 0.193 0.327 0.253 0.031 114 A 0.106 0.217 0.292 0.240 0.109 0.033 0.004 115 A 0.210 0.367 0.228 0.128 0.047 0.016 0.002 116 I 0.048 0.108 0.214 0.289 0.235 0.096 0.009 117 V 0.042 0.052 0.088 0.195 0.342 0.247 0.034 118 S 0.157 0.304 0.264 0.189 0.066 0.018 0.002 119 P 0.315 0.352 0.199 0.087 0.034 0.012 0.001 120 A 0.083 0.144 0.202 0.249 0.206 0.105 0.012 121 I 0.077 0.122 0.185 0.265 0.217 0.117 0.017 122 A 0.244 0.329 0.230 0.134 0.047 0.014 0.002 123 S 0.123 0.261 0.307 0.187 0.090 0.029 0.003 124 V 0.019 0.033 0.052 0.133 0.313 0.392 0.057 125 I 0.020 0.069 0.203 0.316 0.265 0.110 0.016 126 R 0.123 0.413 0.286 0.120 0.039 0.017 0.003 127 L 0.007 0.046 0.186 0.350 0.295 0.106 0.010 128 L 0.002 0.005 0.011 0.048 0.248 0.561 0.126 129 A 0.010 0.107 0.323 0.333 0.174 0.047 0.005 130 E 0.049 0.313 0.354 0.194 0.069 0.019 0.003 131 S 0.004 0.021 0.078 0.219 0.385 0.267 0.025 132 I 0.003 0.007 0.021 0.095 0.351 0.459 0.065 133 E 0.054 0.316 0.379 0.188 0.052 0.011 0.001 134 A 0.064 0.340 0.309 0.203 0.069 0.015 0.001 135 G 0.017 0.047 0.108 0.281 0.374 0.168 0.006 136 M 0.056 0.196 0.245 0.311 0.146 0.043 0.003 137 T 0.336 0.410 0.165 0.062 0.022 0.005 0.001 138 R 0.230 0.357 0.209 0.151 0.043 0.008 0.001 139 G 0.196 0.359 0.217 0.150 0.059 0.018 0.001 140 L 0.068 0.177 0.289 0.274 0.154 0.036 0.002 141 F 0.025 0.034 0.076 0.212 0.419 0.221 0.013 142 R 0.074 0.234 0.301 0.258 0.105 0.026 0.002 143 R 0.280 0.341 0.208 0.110 0.045 0.015 0.002 144 D 0.217 0.317 0.238 0.145 0.057 0.023 0.003 145 L 0.035 0.069 0.115 0.278 0.321 0.164 0.019 146 H 0.102 0.266 0.284 0.191 0.097 0.050 0.011 147 A 0.026 0.054 0.089 0.174 0.275 0.297 0.085 148 V 0.035 0.119 0.158 0.260 0.232 0.149 0.047 149 N 0.019 0.048 0.079 0.156 0.252 0.271 0.174 150 S 0.006 0.009 0.015 0.030 0.077 0.321 0.543 151 A 0.004 0.010 0.020 0.058 0.129 0.322 0.456 152 L 0.005 0.014 0.024 0.068 0.157 0.277 0.455 153 A 0.002 0.004 0.007 0.018 0.057 0.231 0.681 154 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.192 0.783 155 A 0.002 0.005 0.009 0.032 0.085 0.235 0.631 156 G 0.003 0.005 0.009 0.023 0.066 0.225 0.669 157 M 0.002 0.004 0.007 0.017 0.049 0.216 0.704 158 V 0.002 0.004 0.007 0.019 0.058 0.255 0.655 159 N 0.009 0.025 0.042 0.100 0.175 0.251 0.398 160 Y 0.012 0.022 0.035 0.072 0.145 0.306 0.408 161 F 0.014 0.022 0.035 0.071 0.151 0.323 0.383 162 F 0.025 0.037 0.053 0.102 0.185 0.311 0.287 163 L 0.054 0.073 0.088 0.146 0.209 0.247 0.183 164 S 0.111 0.122 0.122 0.163 0.173 0.188 0.121 165 T 0.177 0.174 0.154 0.167 0.138 0.124 0.066 166 L 0.177 0.151 0.144 0.172 0.158 0.138 0.060 167 A 0.213 0.183 0.138 0.155 0.136 0.121 0.054 168 T 0.241 0.191 0.157 0.160 0.127 0.087 0.037 169 E 0.312 0.252 0.155 0.135 0.079 0.049 0.018 170 G 0.190 0.158 0.178 0.183 0.155 0.107 0.029 171 L 0.143 0.115 0.153 0.195 0.202 0.162 0.030 172 T 0.185 0.205 0.216 0.184 0.135 0.063 0.011 173 S 0.246 0.258 0.193 0.167 0.093 0.038 0.004 174 H 0.246 0.257 0.196 0.177 0.094 0.027 0.002 175 S 0.339 0.332 0.161 0.116 0.040 0.011 0.001 176 P 0.481 0.275 0.143 0.071 0.025 0.004 0.001 177 D 0.465 0.301 0.124 0.087 0.019 0.003 0.001 178 Q 0.572 0.272 0.109 0.035 0.010 0.002 0.001 179 D 0.245 0.276 0.240 0.169 0.060 0.011 0.001 180 E 0.507 0.310 0.123 0.050 0.008 0.001 0.001 181 E 0.191 0.376 0.262 0.118 0.044 0.008 0.001 182 L 0.022 0.051 0.128 0.280 0.357 0.155 0.008 183 I 0.014 0.060 0.172 0.318 0.299 0.126 0.012 184 R 0.125 0.365 0.303 0.141 0.049 0.015 0.002 185 Q 0.016 0.094 0.216 0.307 0.275 0.081 0.011 186 Y 0.003 0.007 0.017 0.051 0.192 0.522 0.209 187 V 0.005 0.031 0.086 0.198 0.294 0.301 0.086 188 A 0.020 0.123 0.224 0.289 0.201 0.105 0.038 189 I 0.003 0.014 0.032 0.083 0.215 0.422 0.232 190 F 0.002 0.004 0.008 0.023 0.077 0.383 0.503 191 T 0.007 0.029 0.059 0.157 0.258 0.295 0.195 192 R 0.025 0.103 0.173 0.252 0.212 0.150 0.086 193 G 0.015 0.041 0.096 0.162 0.262 0.319 0.105 194 I 0.015 0.024 0.048 0.113 0.278 0.409 0.114 195 M 0.068 0.158 0.224 0.245 0.204 0.090 0.012 196 A 0.193 0.253 0.218 0.194 0.101 0.036 0.005 197 D 0.407 0.279 0.172 0.093 0.035 0.012 0.001 198 G 0.541 0.246 0.110 0.069 0.026 0.007 0.001 199 G 0.579 0.245 0.101 0.053 0.018 0.004 0.001 200 A 0.675 0.194 0.086 0.032 0.011 0.002 0.001 201 A 0.503 0.243 0.131 0.086 0.030 0.006 0.001 202 P 0.571 0.243 0.106 0.051 0.022 0.006 0.001 203 A 0.471 0.246 0.134 0.096 0.042 0.010 0.001