This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA T A 3 3 NATAA R A 4 4 NATAA A A 5 5 NATAA D A 6 6 NATRO C A 7 7 NATAA R A 8 8 NATAA S A 9 9 NATAA R A 10 10 NATAA L A 11 11 NATAA M A 12 12 NATAA E A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA A A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA E A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA Q A 21 21 NATAA K A 22 22 NATAA G A 23 23 NATAA F A 24 24 NATAA Y A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA V A 27 27 NATAA S A 28 28 NATAA I A 29 29 NATAA R A 30 30 NATAA E A 31 31 NATAA L A 32 32 NATAA A A 33 33 NATAA Q A 34 34 NATAA A A 35 35 NATAA A A 36 36 NATAA G A 37 37 NATAA A A 38 38 NATAA S A 39 39 NATAA I A 40 40 NATAA S A 41 41 NATAA M A 42 42 NATAA I A 43 43 NATAA S A 44 44 NATAA Y A 45 45 NATAA H A 46 46 NATAA F A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA G A 49 49 NATAA K A 50 50 NATAA E A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA Y A 54 54 NATAA A A 55 55 NATAA A A 56 56 NATAA V A 57 57 NATAA L A 58 58 NATAA Q A 59 59 NATAA E A 60 60 NATAA Q A 61 61 NATAA F A 62 62 NATAA A A 63 63 NATRO C A 64 64 NATAA F A 65 65 NATAA G A 66 66 NATAA Q A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA D A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA I A 71 71 NATAA R A 72 72 NATAA G A 73 73 NATAA Q A 74 74 NATAA A A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA D A 77 77 NATRO P A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA A A 80 80 NATAA V A 81 81 NATAA M A 82 82 NATAA T A 83 83 NATAA A A 84 84 NATAA Y A 85 85 NATAA L A 86 86 NATAA R A 87 87 NATAA W A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA Q A 91 91 NATAA R A 92 92 NATAA H A 93 93 NATAA R A 94 94 NATAA N A 95 95 NATAA N A 96 96 NATRO P A 97 97 NATAA Q A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA L A 100 100 NATAA R A 101 101 NATAA F A 102 102 NATAA Y A 103 103 NATAA T A 104 104 NATAA S A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA L A 107 107 NATAA T A 108 108 NATAA N A 109 109 NATRO P A 110 110 NATAA T A 111 111 NATRO P A 112 112 NATRO C A 113 113 NATAA F A 114 114 NATAA A A 115 115 NATAA A A 116 116 NATAA I A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA S A 119 119 NATRO P A 120 120 NATAA A A 121 121 NATAA I A 122 122 NATAA A A 123 123 NATAA S A 124 124 NATAA V A 125 125 NATAA I A 126 126 NATAA R A 127 127 NATAA L A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA A A 130 130 NATAA E A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA I A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA G A 136 136 NATAA M A 137 137 NATAA T A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA G A 140 140 NATAA L A 141 141 NATAA F A 142 142 NATAA R A 143 143 NATAA R A 144 144 NATAA D A 145 145 NATAA L A 146 146 NATAA H A 147 147 NATAA A A 148 148 NATAA V A 149 149 NATAA N A 150 150 NATAA S A 151 151 NATAA A A 152 152 NATAA L A 153 153 NATAA A A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA G A 157 157 NATAA M A 158 158 NATAA V A 159 159 NATAA N A 160 160 NATAA Y A 161 161 NATAA F A 162 162 NATAA F A 163 163 NATAA L A 164 164 NATAA S A 165 165 NATAA T A 166 166 NATAA L A 167 167 NATAA A A 168 168 NATAA T A 169 169 NATAA E A 170 170 NATAA G A 171 171 NATAA L A 172 172 NATAA T A 173 173 NATAA S A 174 174 NATAA H A 175 175 NATAA S A 176 176 NATRO P A 177 177 NATAA D A 178 178 NATAA Q A 179 179 NATAA D A 180 180 NATAA E A 181 181 NATAA E A 182 182 NATAA L A 183 183 NATAA I A 184 184 NATAA R A 185 185 NATAA Q A 186 186 NATAA Y A 187 187 NATAA V A 188 188 NATAA A A 189 189 NATAA I A 190 190 NATAA F A 191 191 NATAA T A 192 192 NATAA R A 193 193 NATAA G A 194 194 NATAA I A 195 195 NATAA M A 196 196 NATAA A A 197 197 NATAA D A 198 198 NATAA G A 199 199 NATAA G A 200 200 NATAA A A 201 201 NATAA A A 202 202 NATRO P A 203 203 NATAA A