# TARGET T0453 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 825 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.001 0.022 0.785 0.001 0.020 0.018 0.001 0.001 0.002 0.105 0.030 0.002 0.014 2 G 0.001 0.004 0.149 0.002 0.176 0.149 0.001 0.001 0.001 0.120 0.393 0.002 0.004 3 E 0.001 0.017 0.151 0.004 0.192 0.138 0.001 0.001 0.001 0.119 0.365 0.002 0.010 4 E 0.001 0.007 0.394 0.005 0.154 0.082 0.001 0.001 0.001 0.258 0.057 0.026 0.017 5 D 0.003 0.012 0.393 0.036 0.115 0.064 0.001 0.001 0.002 0.075 0.120 0.004 0.176 6 E 0.025 0.019 0.271 0.021 0.054 0.086 0.004 0.001 0.005 0.048 0.073 0.301 0.093 7 I 0.035 0.016 0.136 0.025 0.012 0.040 0.006 0.001 0.003 0.024 0.008 0.034 0.661 8 V 0.016 0.005 0.084 0.007 0.002 0.025 0.003 0.001 0.004 0.007 0.002 0.733 0.111 9 Q 0.020 0.009 0.125 0.004 0.002 0.012 0.003 0.001 0.003 0.006 0.005 0.023 0.786 10 R 0.023 0.029 0.341 0.100 0.023 0.035 0.005 0.001 0.009 0.032 0.040 0.141 0.223 11 E 0.011 0.011 0.159 0.007 0.024 0.010 0.001 0.001 0.002 0.199 0.234 0.210 0.133 12 D 0.001 0.001 0.027 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.849 0.003 0.007 13 G 0.010 0.001 0.068 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.544 0.079 0.024 14 S 0.289 0.003 0.078 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.033 0.005 0.051 0.517 15 W 0.576 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 0.034 0.002 0.006 0.003 0.001 0.283 0.076 16 L 0.665 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.049 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.234 17 V 0.597 0.002 0.026 0.007 0.001 0.001 0.043 0.002 0.009 0.003 0.001 0.241 0.068 18 D 0.421 0.002 0.077 0.041 0.003 0.002 0.030 0.002 0.020 0.030 0.008 0.047 0.318 19 G 0.248 0.009 0.212 0.017 0.020 0.004 0.022 0.001 0.034 0.091 0.063 0.167 0.112 20 M 0.189 0.016 0.196 0.023 0.011 0.004 0.018 0.001 0.034 0.142 0.033 0.042 0.293 21 V 0.018 0.030 0.267 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.089 0.002 0.526 0.032 22 S 0.001 0.013 0.603 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.021 0.001 0.001 0.342 23 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.013 0.918 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.001 0.001 30 F 0.001 0.003 0.016 0.001 0.010 0.551 0.001 0.001 0.001 0.033 0.382 0.001 0.001 31 E 0.001 0.002 0.140 0.002 0.011 0.086 0.001 0.001 0.001 0.060 0.694 0.001 0.002 32 L 0.001 0.014 0.676 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 0.005 0.203 0.050 0.004 0.015 33 E 0.001 0.052 0.742 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.012 0.098 0.028 0.013 0.034 34 A 0.001 0.024 0.660 0.002 0.022 0.023 0.001 0.001 0.012 0.178 0.031 0.022 0.025 35 P 0.001 0.016 0.636 0.004 0.046 0.027 0.001 0.001 0.005 0.138 0.098 0.003 0.027 36 L 0.001 0.016 0.569 0.004 0.030 0.027 0.001 0.001 0.006 0.255 0.074 0.011 0.008 37 P 0.001 0.027 0.618 0.001 0.043 0.035 0.001 0.001 0.005 0.149 0.086 0.006 0.030 38 G 0.001 0.027 0.520 0.003 0.070 0.041 0.001 0.001 0.003 0.242 0.073 0.009 0.012 39 E 0.001 0.006 0.275 0.001 0.216 0.112 0.001 0.001 0.001 0.179 0.198 0.004 0.008 40 A 0.001 0.005 0.174 0.001 0.246 0.201 0.001 0.001 0.001 0.098 0.268 0.002 0.004 41 G 0.001 0.011 0.226 0.001 0.222 0.148 0.001 0.001 0.001 0.122 0.258 0.002 0.008 42 G 0.001 0.017 0.259 0.004 0.081 0.186 0.001 0.001 0.002 0.166 0.266 0.008 0.009 43 N 0.001 0.011 0.352 0.018 0.046 0.133 0.001 0.001 0.004 0.228 0.184 0.006 0.017 44 I 0.005 0.015 0.516 0.003 0.026 0.165 0.001 0.001 0.017 0.128 0.064 0.016 0.043 45 H 0.022 0.014 0.253 0.011 0.014 0.245 0.003 0.007 0.043 0.166 0.067 0.119 0.037 46 T 0.015 0.026 0.118 0.001 0.015 0.522 0.009 0.022 0.080 0.042 0.034 0.009 0.107 47 L 0.017 0.009 0.077 0.029 0.005 0.727 0.009 0.019 0.041 0.017 0.016 0.018 0.017 48 A 0.013 0.002 0.018 0.003 0.004 0.910 0.005 0.006 0.008 0.007 0.007 0.006 0.012 49 G 0.015 0.001 0.010 0.001 0.010 0.926 0.003 0.003 0.008 0.006 0.007 0.004 0.006 50 V 0.030 0.001 0.006 0.002 0.006 0.910 0.005 0.011 0.008 0.003 0.006 0.003 0.008 51 M 0.077 0.001 0.003 0.001 0.005 0.875 0.010 0.008 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 52 L 0.081 0.001 0.004 0.002 0.007 0.867 0.006 0.002 0.003 0.002 0.008 0.008 0.010 53 Y 0.032 0.001 0.006 0.006 0.013 0.872 0.004 0.001 0.001 0.003 0.050 0.004 0.008 54 Q 0.022 0.004 0.012 0.001 0.015 0.819 0.004 0.001 0.002 0.013 0.088 0.005 0.013 55 L 0.003 0.005 0.016 0.001 0.026 0.296 0.002 0.001 0.002 0.015 0.627 0.002 0.004 56 G 0.002 0.001 0.082 0.003 0.019 0.039 0.001 0.001 0.001 0.064 0.782 0.003 0.004 57 R 0.002 0.029 0.476 0.003 0.042 0.017 0.001 0.001 0.003 0.246 0.114 0.012 0.056 58 V 0.002 0.232 0.334 0.001 0.025 0.003 0.002 0.001 0.015 0.164 0.039 0.059 0.124 59 P 0.001 0.030 0.792 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.096 0.018 0.010 0.040 60 S 0.001 0.024 0.641 0.009 0.022 0.001 0.001 0.001 0.004 0.175 0.106 0.003 0.016 61 V 0.001 0.002 0.032 0.003 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.097 0.817 0.003 0.004 62 T 0.001 0.001 0.093 0.012 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.151 0.705 0.002 0.008 63 D 0.013 0.009 0.655 0.003 0.004 0.005 0.004 0.002 0.020 0.116 0.012 0.051 0.107 64 R 0.096 0.023 0.139 0.018 0.001 0.007 0.053 0.020 0.055 0.019 0.002 0.056 0.511 65 F 0.211 0.009 0.038 0.003 0.001 0.003 0.068 0.088 0.028 0.003 0.001 0.442 0.105 66 E 0.288 0.006 0.023 0.014 0.001 0.002 0.087 0.046 0.026 0.003 0.004 0.033 0.467 67 W 0.094 0.006 0.119 0.017 0.008 0.005 0.018 0.005 0.027 0.027 0.031 0.484 0.158 68 N 0.008 0.003 0.100 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 0.004 0.191 0.534 0.019 0.064 69 G 0.005 0.001 0.077 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.240 0.599 0.015 0.019 70 F 0.164 0.003 0.089 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.006 0.028 0.006 0.520 0.158 71 S 0.393 0.003 0.023 0.005 0.001 0.001 0.042 0.001 0.009 0.003 0.001 0.061 0.459 72 F 0.677 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.078 0.001 0.003 0.001 0.001 0.145 0.079 73 E 0.563 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.008 0.001 0.001 0.244 0.120 74 V 0.176 0.001 0.044 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.026 0.709 75 V 0.240 0.003 0.041 0.437 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.009 0.001 0.189 0.059 76 D 0.175 0.007 0.077 0.006 0.004 0.003 0.008 0.001 0.011 0.019 0.002 0.142 0.547 77 M 0.096 0.006 0.142 0.014 0.035 0.015 0.008 0.001 0.003 0.056 0.064 0.109 0.452 78 D 0.011 0.005 0.161 0.056 0.040 0.015 0.001 0.001 0.001 0.208 0.296 0.135 0.072 79 R 0.006 0.003 0.095 0.034 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.328 0.390 0.024 0.090 80 T 0.045 0.004 0.222 0.014 0.010 0.006 0.005 0.001 0.002 0.170 0.100 0.198 0.225 81 R 0.160 0.026 0.063 0.012 0.002 0.001 0.035 0.001 0.006 0.019 0.005 0.225 0.445 82 V 0.252 0.008 0.069 0.037 0.001 0.001 0.044 0.002 0.015 0.007 0.002 0.138 0.424 83 D 0.238 0.002 0.033 0.309 0.002 0.001 0.050 0.001 0.010 0.015 0.002 0.218 0.118 84 K 0.418 0.002 0.025 0.021 0.002 0.001 0.062 0.001 0.018 0.006 0.001 0.093 0.348 85 I 0.557 0.001 0.031 0.035 0.003 0.002 0.078 0.002 0.012 0.006 0.001 0.072 0.201 86 L 0.530 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.107 0.005 0.034 0.003 0.001 0.218 0.080 87 V 0.249 0.004 0.070 0.006 0.002 0.002 0.053 0.003 0.068 0.015 0.002 0.074 0.452 88 Q 0.047 0.005 0.367 0.013 0.001 0.003 0.014 0.001 0.073 0.068 0.005 0.281 0.122 89 R 0.006 0.016 0.507 0.004 0.004 0.008 0.003 0.001 0.052 0.128 0.045 0.048 0.179 90 H 0.001 0.007 0.942 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 0.011 0.002 0.013 91 H 0.001 0.003 0.966 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.003