# TARGET T0453 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 825 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.006 0.008 0.056 0.064 0.146 0.065 0.656 2 G 0.011 0.009 0.106 0.223 0.113 0.240 0.298 3 E 0.019 0.010 0.091 0.183 0.151 0.235 0.310 4 E 0.030 0.015 0.126 0.129 0.100 0.136 0.464 5 D 0.123 0.009 0.131 0.159 0.087 0.122 0.370 6 E 0.267 0.009 0.173 0.154 0.071 0.073 0.253 7 I 0.589 0.013 0.062 0.108 0.044 0.015 0.168 8 V 0.745 0.007 0.026 0.098 0.016 0.011 0.097 9 Q 0.789 0.024 0.012 0.088 0.013 0.016 0.058 10 R 0.520 0.012 0.016 0.090 0.041 0.066 0.256 11 E 0.177 0.005 0.016 0.017 0.179 0.282 0.324 12 D 0.004 0.001 0.007 0.001 0.084 0.895 0.008 13 G 0.011 0.001 0.007 0.001 0.141 0.816 0.024 14 S 0.611 0.009 0.002 0.001 0.042 0.017 0.319 15 W 0.960 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 16 L 0.981 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 17 V 0.942 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 18 D 0.724 0.003 0.004 0.001 0.065 0.022 0.181 19 G 0.614 0.003 0.013 0.003 0.144 0.061 0.161 20 M 0.621 0.010 0.007 0.004 0.075 0.029 0.254 21 V 0.625 0.059 0.001 0.002 0.062 0.003 0.248 22 S 0.468 0.075 0.001 0.004 0.020 0.001 0.431 23 L 0.002 0.001 0.022 0.949 0.006 0.009 0.011 24 D 0.001 0.001 0.022 0.958 0.004 0.012 0.003 25 R 0.001 0.001 0.018 0.968 0.002 0.011 0.002 26 F 0.001 0.001 0.003 0.985 0.003 0.005 0.002 27 R 0.001 0.001 0.008 0.970 0.004 0.013 0.004 28 E 0.001 0.001 0.015 0.945 0.004 0.031 0.004 29 F 0.001 0.001 0.018 0.907 0.004 0.067 0.004 30 F 0.005 0.011 0.020 0.508 0.047 0.371 0.039 31 E 0.012 0.007 0.010 0.057 0.103 0.472 0.339 32 L 0.028 0.016 0.011 0.030 0.150 0.033 0.732 33 E 0.080 0.039 0.024 0.046 0.117 0.030 0.666 34 A 0.057 0.022 0.036 0.062 0.142 0.065 0.615 35 P 0.019 0.012 0.021 0.042 0.066 0.050 0.789 36 L 0.010 0.009 0.023 0.057 0.060 0.044 0.798 37 P 0.014 0.008 0.060 0.162 0.071 0.185 0.501 38 G 0.008 0.006 0.122 0.162 0.150 0.197 0.356 39 E 0.011 0.006 0.170 0.228 0.156 0.173 0.257 40 A 0.012 0.007 0.186 0.275 0.124 0.214 0.182 41 G 0.008 0.006 0.135 0.380 0.130 0.198 0.143 42 G 0.011 0.007 0.068 0.381 0.148 0.231 0.155 43 N 0.022 0.007 0.040 0.373 0.131 0.214 0.212 44 I 0.060 0.013 0.024 0.318 0.101 0.114 0.371 45 H 0.065 0.011 0.018 0.394 0.120 0.052 0.339 46 T 0.118 0.017 0.016 0.567 0.061 0.037 0.185 47 L 0.027 0.003 0.007 0.903 0.008 0.019 0.032 48 A 0.008 0.001 0.003 0.957 0.006 0.010 0.015 49 G 0.006 0.001 0.003 0.975 0.003 0.004 0.009 50 V 0.007 0.001 0.001 0.980 0.003 0.003 0.005 51 M 0.006 0.001 0.001 0.986 0.001 0.002 0.003 52 L 0.006 0.001 0.006 0.974 0.004 0.005 0.004 53 Y 0.005 0.001 0.018 0.948 0.004 0.019 0.005 54 Q 0.005 0.001 0.022 0.890 0.005 0.072 0.005 55 L 0.007 0.004 0.018 0.429 0.027 0.490 0.026 56 G 0.023 0.003 0.008 0.028 0.161 0.457 0.320 57 R 0.070 0.012 0.007 0.003 0.132 0.016 0.760 58 V 0.259 0.174 0.007 0.002 0.095 0.004 0.459 59 P 0.078 0.042 0.013 0.003 0.057 0.018 0.788 60 S 0.033 0.009 0.027 0.002 0.163 0.094 0.672 61 V 0.009 0.003 0.024 0.002 0.251 0.667 0.044 62 T 0.016 0.002 0.024 0.001 0.247 0.631 0.078 63 D 0.252 0.007 0.006 0.001 0.096 0.015 0.623 64 R 0.845 0.021 0.001 0.001 0.015 0.002 0.116 65 F 0.960 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 66 E 0.952 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 67 W 0.901 0.004 0.002 0.001 0.007 0.010 0.077 68 N 0.073 0.003 0.018 0.001 0.063 0.831 0.012 69 G 0.037 0.001 0.009 0.001 0.090 0.839 0.024 70 F 0.632 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.340 71 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 72 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 E 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 74 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 75 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 76 D 0.832 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.150 77 M 0.268 0.003 0.008 0.001 0.158 0.373 0.189 78 D 0.050 0.009 0.014 0.001 0.376 0.407 0.143 79 R 0.029 0.002 0.013 0.001 0.627 0.242 0.086 80 T 0.239 0.017 0.012 0.001 0.219 0.179 0.333 81 R 0.808 0.041 0.002 0.001 0.017 0.006 0.126 82 V 0.910 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.076 83 D 0.938 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.038 84 K 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 85 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 86 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 87 V 0.929 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.064 88 Q 0.647 0.005 0.001 0.001 0.055 0.003 0.288 89 R 0.299 0.020 0.004 0.004 0.134 0.029 0.509 90 H 0.046 0.027 0.005 0.003 0.010 0.052 0.857 91 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.998