# TARGET T0453 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 825 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.750 0.187 0.048 0.014 0.002 0.001 0.001 2 G 0.741 0.180 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 3 E 0.794 0.147 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 4 E 0.650 0.214 0.081 0.040 0.012 0.002 0.001 5 D 0.647 0.230 0.091 0.027 0.005 0.001 0.001 6 E 0.412 0.360 0.138 0.063 0.023 0.005 0.001 7 I 0.135 0.210 0.281 0.269 0.095 0.011 0.001 8 V 0.335 0.374 0.188 0.084 0.017 0.002 0.001 9 Q 0.534 0.328 0.100 0.033 0.005 0.001 0.001 10 R 0.473 0.276 0.150 0.084 0.015 0.001 0.001 11 E 0.780 0.173 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 12 D 0.751 0.201 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 13 G 0.424 0.309 0.152 0.086 0.025 0.004 0.001 14 S 0.163 0.336 0.284 0.154 0.051 0.011 0.001 15 W 0.022 0.048 0.092 0.240 0.342 0.227 0.029 16 L 0.026 0.113 0.238 0.310 0.225 0.080 0.007 17 V 0.015 0.028 0.054 0.150 0.345 0.353 0.055 18 D 0.043 0.185 0.288 0.306 0.130 0.044 0.005 19 G 0.033 0.104 0.138 0.239 0.266 0.196 0.023 20 M 0.041 0.182 0.283 0.283 0.151 0.056 0.004 21 V 0.021 0.071 0.118 0.243 0.347 0.189 0.011 22 S 0.074 0.332 0.307 0.206 0.067 0.013 0.001 23 L 0.028 0.110 0.204 0.329 0.251 0.076 0.003 24 D 0.291 0.478 0.178 0.043 0.009 0.001 0.001 25 R 0.062 0.325 0.357 0.194 0.053 0.008 0.001 26 F 0.007 0.015 0.050 0.233 0.492 0.198 0.005 27 R 0.038 0.224 0.363 0.262 0.095 0.017 0.001 28 E 0.289 0.512 0.156 0.035 0.007 0.002 0.001 29 F 0.035 0.122 0.302 0.340 0.170 0.030 0.001 30 F 0.016 0.036 0.144 0.370 0.344 0.088 0.003 31 E 0.301 0.442 0.194 0.051 0.011 0.001 0.001 32 L 0.116 0.130 0.199 0.274 0.205 0.072 0.005 33 E 0.356 0.379 0.178 0.070 0.015 0.002 0.001 34 A 0.139 0.172 0.241 0.250 0.162 0.034 0.001 35 P 0.583 0.248 0.107 0.049 0.012 0.002 0.001 36 L 0.488 0.277 0.138 0.066 0.025 0.005 0.001 37 P 0.549 0.202 0.130 0.081 0.031 0.007 0.001 38 G 0.709 0.200 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 39 E 0.644 0.232 0.085 0.032 0.006 0.001 0.001 40 A 0.634 0.247 0.081 0.032 0.006 0.001 0.001 41 G 0.598 0.253 0.097 0.041 0.010 0.001 0.001 42 G 0.559 0.276 0.105 0.045 0.013 0.002 0.001 43 N 0.344 0.348 0.171 0.099 0.030 0.006 0.001 44 I 0.058 0.132 0.195 0.282 0.244 0.081 0.008 45 H 0.080 0.203 0.268 0.256 0.146 0.043 0.004 46 T 0.039 0.087 0.124 0.225 0.284 0.202 0.038 47 L 0.014 0.019 0.037 0.103 0.252 0.436 0.138 48 A 0.014 0.032 0.050 0.113 0.211 0.409 0.170 49 G 0.029 0.059 0.087 0.158 0.237 0.309 0.121 50 V 0.018 0.032 0.054 0.126 0.219 0.366 0.185 51 M 0.021 0.023 0.026 0.069 0.147 0.392 0.322 52 L 0.032 0.056 0.100 0.175 0.241 0.281 0.114 53 Y 0.055 0.130 0.189 0.241 0.225 0.140 0.019 54 Q 0.042 0.100 0.174 0.277 0.266 0.122 0.019 55 L 0.026 0.053 0.115 0.226 0.295 0.244 0.041 56 G 0.135 0.290 0.230 0.177 0.111 0.051 0.006 57 R 0.100 0.251 0.248 0.224 0.126 0.046 0.005 58 V 0.053 0.136 0.196 0.277 0.228 0.103 0.007 59 P 0.075 0.138 0.227 0.305 0.202 0.050 0.003 60 S 0.418 0.366 0.144 0.056 0.014 0.003 0.001 61 V 0.360 0.316 0.185 0.104 0.030 0.005 0.001 62 T 0.328 0.323 0.187 0.116 0.037 0.008 0.001 63 D 0.185 0.313 0.223 0.174 0.085 0.019 0.001 64 R 0.150 0.381 0.296 0.137 0.032 0.005 0.001 65 F 0.031 0.065 0.113 0.279 0.355 0.152 0.004 66 E 0.105 0.344 0.320 0.182 0.045 0.005 0.001 67 W 0.075 0.134 0.205 0.324 0.217 0.045 0.001 68 N 0.324 0.446 0.169 0.052 0.008 0.001 0.001 69 G 0.337 0.494 0.132 0.031 0.005 0.001 0.001 70 F 0.006 0.046 0.145 0.377 0.344 0.081 0.002 71 S 0.017 0.215 0.389 0.289 0.079 0.011 0.001 72 F 0.002 0.007 0.025 0.125 0.433 0.386 0.022 73 E 0.006 0.114 0.368 0.375 0.121 0.015 0.001 74 V 0.004 0.019 0.061 0.234 0.438 0.235 0.009 75 V 0.056 0.299 0.306 0.231 0.089 0.018 0.001 76 D 0.250 0.454 0.205 0.073 0.015 0.002 0.001 77 M 0.076 0.152 0.250 0.343 0.158 0.021 0.001 78 D 0.498 0.366 0.100 0.030 0.005 0.001 0.001 79 R 0.616 0.275 0.080 0.024 0.005 0.001 0.001 80 T 0.325 0.366 0.191 0.086 0.026 0.005 0.001 81 R 0.093 0.193 0.235 0.252 0.177 0.048 0.002 82 V 0.057 0.083 0.168 0.300 0.277 0.105 0.009 83 D 0.162 0.322 0.227 0.165 0.094 0.029 0.002 84 K 0.047 0.129 0.279 0.319 0.170 0.053 0.003 85 I 0.021 0.025 0.053 0.178 0.342 0.335 0.045 86 L 0.091 0.217 0.270 0.241 0.137 0.040 0.003 87 V 0.092 0.091 0.130 0.248 0.306 0.127 0.006 88 Q 0.202 0.327 0.243 0.144 0.067 0.017 0.001 89 R 0.466 0.267 0.159 0.087 0.017 0.003 0.001 90 H 0.809 0.157 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 91 H 0.698 0.157 0.075 0.048 0.018 0.003 0.001