# TARGET T0453 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184.823 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.001 0.024 0.673 0.002 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.205 0.059 0.005 0.011 2 G 0.001 0.003 0.258 0.001 0.141 0.037 0.001 0.001 0.001 0.107 0.448 0.001 0.003 3 E 0.001 0.014 0.136 0.003 0.200 0.049 0.001 0.001 0.001 0.169 0.415 0.006 0.007 4 E 0.002 0.011 0.299 0.004 0.274 0.053 0.001 0.001 0.001 0.158 0.160 0.013 0.028 5 D 0.019 0.014 0.291 0.076 0.110 0.027 0.001 0.001 0.002 0.157 0.183 0.053 0.067 6 E 0.048 0.020 0.251 0.016 0.051 0.021 0.003 0.001 0.008 0.042 0.057 0.238 0.245 7 I 0.092 0.003 0.049 0.016 0.004 0.001 0.004 0.001 0.003 0.010 0.003 0.016 0.800 8 V 0.030 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.005 9 Q 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.970 10 R 0.022 0.007 0.195 0.301 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.007 0.013 0.365 0.080 11 E 0.028 0.004 0.106 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.117 0.291 0.137 0.303 12 D 0.002 0.001 0.036 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.753 0.024 0.026 13 G 0.010 0.001 0.161 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.383 0.270 0.123 0.027 14 S 0.170 0.003 0.122 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.016 0.054 0.601 15 W 0.664 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.131 16 L 0.791 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.112 17 V 0.702 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.193 0.072 18 D 0.655 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.009 0.004 0.071 0.218 19 G 0.472 0.001 0.020 0.007 0.001 0.001 0.025 0.001 0.005 0.037 0.025 0.272 0.134 20 M 0.428 0.006 0.043 0.003 0.002 0.001 0.048 0.001 0.006 0.015 0.011 0.032 0.406 21 V 0.030 0.016 0.123 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.018 0.001 0.770 0.020 22 S 0.001 0.010 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.475 23 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.083 0.870 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 26 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.039 0.798 0.001 0.001 0.001 0.005 0.144 0.001 0.001 30 F 0.001 0.012 0.138 0.002 0.022 0.405 0.001 0.002 0.012 0.117 0.284 0.002 0.002 31 E 0.001 0.013 0.202 0.013 0.049 0.125 0.001 0.003 0.016 0.242 0.323 0.007 0.005 32 L 0.006 0.011 0.510 0.003 0.021 0.063 0.006 0.019 0.063 0.148 0.091 0.019 0.039 33 E 0.006 0.052 0.520 0.005 0.014 0.030 0.014 0.012 0.113 0.127 0.054 0.013 0.040 34 A 0.001 0.013 0.721 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.055 0.163 0.009 0.022 0.008 35 P 0.001 0.013 0.886 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.049 0.010 0.002 0.011 36 L 0.001 0.022 0.855 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.100 0.009 0.004 0.002 37 P 0.001 0.012 0.308 0.004 0.039 0.012 0.001 0.001 0.003 0.167 0.448 0.001 0.006 38 G 0.001 0.015 0.193 0.001 0.065 0.008 0.001 0.001 0.002 0.163 0.542 0.005 0.005 39 E 0.001 0.028 0.499 0.002 0.071 0.012 0.001 0.001 0.003 0.227 0.130 0.009 0.018 40 A 0.002 0.041 0.261 0.003 0.063 0.030 0.001 0.001 0.005 0.165 0.385 0.014 0.029 41 G 0.002 0.023 0.168 0.005 0.031 0.030 0.001 0.001 0.002 0.240 0.473 0.014 0.013 42 G 0.002 0.013 0.372 0.005 0.013 0.023 0.001 0.001 0.001 0.348 0.190 0.015 0.017 43 N 0.009 0.031 0.466 0.003 0.022 0.074 0.002 0.001 0.004 0.184 0.090 0.030 0.083 44 I 0.038 0.032 0.225 0.005 0.040 0.303 0.007 0.001 0.006 0.088 0.081 0.056 0.117 45 H 0.081 0.015 0.147 0.018 0.021 0.453 0.010 0.002 0.006 0.063 0.045 0.082 0.057 46 T 0.036 0.012 0.078 0.002 0.008 0.691 0.007 0.001 0.005 0.023 0.013 0.024 0.099 47 L 0.006 0.002 0.018 0.001 0.006 0.932 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.008 0.008 48 A 0.009 0.001 0.011 0.001 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.003 0.011 49 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.858 0.001 0.001 0.001 0.003 0.121 0.001 0.001 55 L 0.001 0.003 0.049 0.001 0.014 0.380 0.001 0.001 0.001 0.023 0.525 0.001 0.001 56 G 0.001 0.004 0.084 0.001 0.015 0.032 0.001 0.001 0.001 0.081 0.780 0.002 0.001 57 R 0.001 0.018 0.551 0.004 0.014 0.009 0.001 0.001 0.003 0.210 0.167 0.004 0.018 58 V 0.001 0.016 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.277 0.008 0.034 0.010 59 P 0.001 0.015 0.790 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.040 0.004 0.067 60 S 0.001 0.035 0.571 0.012 0.035 0.002 0.001 0.001 0.014 0.164 0.107 0.029 0.027 61 V 0.006 0.030 0.227 0.039 0.100 0.006 0.004 0.001 0.028 0.216 0.208 0.040 0.095 62 T 0.011 0.007 0.325 0.096 0.068 0.006 0.003 0.001 0.011 0.145 0.172 0.055 0.101 63 D 0.156 0.004 0.183 0.040 0.013 0.001 0.008 0.001 0.011 0.092 0.035 0.215 0.241 64 R 0.347 0.010 0.037 0.011 0.001 0.001 0.035 0.003 0.023 0.008 0.002 0.179 0.342 65 F 0.443 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 0.008 0.002 0.001 0.299 0.201 66 E 0.391 0.003 0.042 0.039 0.001 0.001 0.039 0.001 0.016 0.004 0.003 0.104 0.358 67 W 0.178 0.007 0.068 0.010 0.002 0.001 0.019 0.001 0.005 0.014 0.023 0.344 0.330 68 N 0.005 0.001 0.023 0.073 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.759 0.033 0.021 69 G 0.006 0.001 0.021 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.847 0.007 0.016 70 F 0.217 0.004 0.155 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.032 0.006 0.375 0.192 71 S 0.325 0.004 0.022 0.002 0.001 0.001 0.058 0.001 0.005 0.005 0.001 0.125 0.455 72 F 0.530 0.001 0.020 0.016 0.001 0.001 0.081 0.002 0.002 0.001 0.001 0.160 0.188 73 E 0.447 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.060 0.001 0.002 0.002 0.001 0.404 0.068 74 V 0.206 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.041 0.001 0.006 0.001 0.001 0.034 0.686 75 V 0.287 0.001 0.026 0.383 0.002 0.001 0.026 0.001 0.005 0.004 0.004 0.184 0.078 76 D 0.234 0.004 0.083 0.008 0.003 0.001 0.021 0.001 0.010 0.021 0.009 0.135 0.470 77 M 0.076 0.019 0.144 0.007 0.016 0.003 0.009 0.001 0.006 0.072 0.051 0.172 0.424 78 D 0.005 0.007 0.234 0.054 0.045 0.011 0.001 0.001 0.003 0.157 0.365 0.087 0.030 79 R 0.002 0.003 0.105 0.011 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.315 0.471 0.012 0.037 80 T 0.023 0.004 0.348 0.018 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.188 0.204 0.063 0.124 81 R 0.129 0.066 0.174 0.003 0.017 0.003 0.022 0.001 0.008 0.074 0.033 0.212 0.258 82 V 0.128 0.012 0.212 0.017 0.012 0.002 0.022 0.002 0.012 0.022 0.009 0.072 0.477 83 D 0.074 0.001 0.044 0.759 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.025 0.002 0.064 0.019 84 K 0.503 0.001 0.009 0.004 0.002 0.001 0.054 0.007 0.017 0.005 0.001 0.177 0.220 85 I 0.682 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.140 0.008 0.009 0.001 0.001 0.038 0.113 86 L 0.618 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.193 0.007 0.015 0.001 0.001 0.129 0.027 87 V 0.312 0.001 0.048 0.013 0.001 0.001 0.140 0.010 0.038 0.003 0.002 0.053 0.379 88 Q 0.174 0.003 0.294 0.047 0.001 0.001 0.042 0.002 0.049 0.047 0.010 0.172 0.158 89 R 0.025 0.012 0.398 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 0.166 0.007 0.178 0.160 90 H 0.001 0.006 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.006 0.009 0.046 91 H 0.001 0.009 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 0.008 0.008