# TARGET T0453 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184.823 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.572 0.168 0.038 0.084 0.050 0.034 0.027 0.014 0.008 0.004 0.001 2 G 0.409 0.213 0.053 0.113 0.077 0.055 0.042 0.021 0.010 0.005 0.001 3 E 0.176 0.299 0.085 0.168 0.120 0.068 0.042 0.022 0.012 0.006 0.002 4 E 0.156 0.178 0.066 0.190 0.180 0.110 0.072 0.030 0.013 0.005 0.001 5 D 0.448 0.221 0.108 0.128 0.061 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 E 0.293 0.235 0.154 0.205 0.071 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 7 I 0.027 0.021 0.022 0.051 0.076 0.124 0.235 0.166 0.138 0.097 0.043 8 V 0.030 0.115 0.214 0.253 0.162 0.097 0.083 0.025 0.013 0.005 0.002 9 Q 0.026 0.114 0.249 0.249 0.138 0.093 0.079 0.028 0.015 0.007 0.003 10 R 0.018 0.048 0.091 0.163 0.168 0.175 0.175 0.082 0.045 0.023 0.011 11 E 0.452 0.164 0.131 0.105 0.065 0.039 0.025 0.009 0.005 0.003 0.002 12 D 0.194 0.260 0.178 0.202 0.088 0.040 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 13 G 0.502 0.171 0.072 0.112 0.067 0.038 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 14 S 0.036 0.123 0.079 0.187 0.171 0.145 0.132 0.059 0.037 0.019 0.012 15 W 0.004 0.010 0.010 0.040 0.072 0.126 0.241 0.186 0.147 0.101 0.064 16 L 0.011 0.023 0.029 0.109 0.139 0.165 0.204 0.132 0.101 0.055 0.031 17 V 0.008 0.005 0.007 0.016 0.023 0.038 0.120 0.171 0.222 0.211 0.178 18 D 0.054 0.112 0.079 0.292 0.215 0.106 0.073 0.035 0.020 0.009 0.005 19 G 0.047 0.042 0.019 0.066 0.071 0.094 0.183 0.155 0.137 0.121 0.066 20 M 0.073 0.088 0.095 0.230 0.190 0.137 0.110 0.038 0.021 0.011 0.006 21 V 0.007 0.011 0.012 0.023 0.037 0.059 0.190 0.185 0.198 0.161 0.117 22 S 0.021 0.321 0.098 0.282 0.129 0.067 0.045 0.017 0.010 0.006 0.004 23 L 0.002 0.004 0.005 0.016 0.042 0.093 0.218 0.165 0.193 0.147 0.114 24 D 0.652 0.125 0.132 0.064 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.004 0.028 0.038 0.331 0.289 0.175 0.101 0.023 0.007 0.002 0.001 26 F 0.001 0.002 0.007 0.004 0.005 0.009 0.040 0.094 0.218 0.292 0.329 27 R 0.003 0.005 0.038 0.126 0.248 0.282 0.216 0.051 0.024 0.006 0.002 28 E 0.016 0.039 0.796 0.110 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.004 0.010 0.033 0.078 0.188 0.363 0.170 0.089 0.046 0.018 30 F 0.005 0.002 0.004 0.004 0.005 0.016 0.106 0.187 0.257 0.235 0.178 31 E 0.131 0.179 0.272 0.235 0.119 0.041 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 32 L 0.007 0.014 0.040 0.038 0.053 0.092 0.218 0.185 0.171 0.128 0.055 33 E 0.343 0.257 0.099 0.137 0.074 0.039 0.030 0.010 0.006 0.003 0.002 34 A 0.028 0.017 0.011 0.029 0.045 0.086 0.195 0.163 0.173 0.152 0.102 35 P 0.209 0.253 0.075 0.151 0.107 0.062 0.051 0.029 0.024 0.021 0.018 36 L 0.068 0.080 0.049 0.121 0.154 0.139 0.169 0.091 0.063 0.040 0.025 37 P 0.257 0.180 0.048 0.146 0.117 0.083 0.080 0.038 0.025 0.017 0.009 38 G 0.365 0.171 0.080 0.158 0.106 0.054 0.034 0.013 0.009 0.006 0.004 39 E 0.410 0.152 0.048 0.119 0.071 0.050 0.062 0.031 0.025 0.020 0.013 40 A 0.449 0.213 0.084 0.117 0.061 0.035 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 41 G 0.358 0.245 0.065 0.134 0.076 0.053 0.037 0.014 0.009 0.005 0.003 42 G 0.259 0.182 0.058 0.163 0.125 0.089 0.064 0.028 0.017 0.010 0.006 43 N 0.136 0.200 0.071 0.218 0.176 0.098 0.061 0.019 0.012 0.006 0.004 44 I 0.014 0.016 0.010 0.060 0.095 0.114 0.205 0.175 0.156 0.104 0.051 45 H 0.039 0.060 0.043 0.175 0.225 0.195 0.153 0.057 0.032 0.014 0.008 46 T 0.009 0.015 0.020 0.052 0.067 0.095 0.224 0.179 0.161 0.113 0.065 47 L 0.002 0.002 0.003 0.009 0.016 0.033 0.118 0.163 0.233 0.245 0.179 48 A 0.002 0.005 0.009 0.021 0.028 0.053 0.179 0.179 0.225 0.189 0.111 49 G 0.003 0.007 0.027 0.047 0.052 0.086 0.189 0.165 0.151 0.153 0.120 50 V 0.002 0.003 0.022 0.011 0.009 0.013 0.060 0.117 0.202 0.281 0.280 51 M 0.001 0.002 0.017 0.021 0.017 0.018 0.075 0.142 0.225 0.261 0.221 52 L 0.001 0.002 0.046 0.017 0.017 0.022 0.070 0.105 0.216 0.247 0.257 53 Y 0.002 0.003 0.039 0.055 0.095 0.152 0.283 0.153 0.119 0.063 0.036 54 Q 0.002 0.013 0.063 0.072 0.090 0.135 0.276 0.152 0.125 0.052 0.020 55 L 0.004 0.006 0.012 0.023 0.029 0.053 0.170 0.175 0.206 0.181 0.142 56 G 0.401 0.171 0.107 0.141 0.078 0.046 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 57 R 0.045 0.143 0.088 0.198 0.195 0.138 0.114 0.044 0.021 0.009 0.003 58 V 0.012 0.014 0.006 0.021 0.025 0.037 0.092 0.134 0.214 0.226 0.220 59 P 0.064 0.064 0.030 0.093 0.133 0.160 0.214 0.095 0.070 0.038 0.037 60 S 0.338 0.272 0.108 0.134 0.066 0.033 0.027 0.011 0.006 0.004 0.002 61 V 0.162 0.127 0.032 0.154 0.136 0.131 0.122 0.058 0.037 0.025 0.017 62 T 0.433 0.148 0.047 0.124 0.091 0.058 0.041 0.022 0.017 0.010 0.008 63 D 0.076 0.097 0.049 0.149 0.128 0.129 0.167 0.083 0.057 0.037 0.027 64 R 0.037 0.094 0.070 0.271 0.197 0.138 0.106 0.043 0.024 0.013 0.007 65 F 0.007 0.003 0.003 0.008 0.014 0.029 0.085 0.133 0.245 0.254 0.217 66 E 0.027 0.129 0.115 0.372 0.207 0.091 0.040 0.011 0.005 0.002 0.001 67 W 0.006 0.010 0.014 0.033 0.040 0.061 0.127 0.161 0.212 0.189 0.148 68 N 0.189 0.142 0.064 0.299 0.164 0.081 0.042 0.013 0.005 0.002 0.001 69 G 0.316 0.252 0.081 0.217 0.085 0.031 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.022 0.078 0.153 0.253 0.267 0.204 71 S 0.012 0.131 0.075 0.431 0.237 0.090 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 72 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.102 0.306 0.312 0.246 73 E 0.024 0.086 0.055 0.430 0.284 0.094 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 74 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.026 0.077 0.232 0.295 0.357 75 V 0.006 0.022 0.018 0.200 0.263 0.245 0.174 0.043 0.020 0.005 0.003 76 D 0.271 0.347 0.084 0.152 0.069 0.036 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 77 M 0.010 0.013 0.013 0.042 0.054 0.081 0.150 0.149 0.176 0.179 0.133 78 D 0.174 0.447 0.091 0.168 0.071 0.026 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 79 R 0.506 0.199 0.066 0.154 0.053 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.379 0.219 0.099 0.129 0.071 0.053 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 81 R 0.024 0.053 0.063 0.197 0.160 0.202 0.195 0.062 0.030 0.012 0.004 82 V 0.003 0.003 0.011 0.019 0.039 0.081 0.219 0.199 0.208 0.144 0.074 83 D 0.033 0.065 0.420 0.290 0.109 0.048 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 84 K 0.007 0.043 0.120 0.330 0.267 0.158 0.057 0.013 0.004 0.001 0.001 85 I 0.003 0.003 0.011 0.007 0.010 0.020 0.089 0.149 0.274 0.255 0.179 86 L 0.013 0.040 0.111 0.322 0.310 0.126 0.064 0.010 0.003 0.001 0.001 87 V 0.002 0.006 0.027 0.013 0.017 0.021 0.116 0.162 0.286 0.238 0.111 88 Q 0.049 0.164 0.172 0.360 0.162 0.056 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 89 R 0.149 0.176 0.050 0.097 0.101 0.117 0.172 0.080 0.037 0.017 0.004 90 H 0.445 0.217 0.089 0.127 0.060 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 91 H 0.465 0.215 0.062 0.103 0.070 0.038 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001