# TARGET T0453 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184.823 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.010 0.005 0.013 0.013 0.039 0.054 0.866 2 G 0.025 0.025 0.070 0.046 0.092 0.168 0.573 3 E 0.042 0.026 0.114 0.048 0.174 0.147 0.448 4 E 0.052 0.015 0.146 0.033 0.120 0.068 0.566 5 D 0.101 0.008 0.197 0.039 0.117 0.114 0.423 6 E 0.264 0.018 0.139 0.047 0.083 0.124 0.323 7 I 0.609 0.027 0.030 0.040 0.034 0.035 0.225 8 V 0.819 0.025 0.004 0.019 0.018 0.006 0.109 9 Q 0.856 0.023 0.002 0.005 0.010 0.004 0.099 10 R 0.443 0.028 0.008 0.009 0.043 0.034 0.436 11 E 0.226 0.011 0.019 0.006 0.132 0.265 0.342 12 D 0.018 0.002 0.009 0.001 0.199 0.733 0.039 13 G 0.054 0.001 0.011 0.001 0.299 0.525 0.110 14 S 0.462 0.014 0.003 0.001 0.058 0.004 0.458 15 W 0.951 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 16 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 17 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 18 D 0.838 0.002 0.001 0.002 0.030 0.006 0.122 19 G 0.751 0.002 0.003 0.002 0.079 0.044 0.118 20 M 0.759 0.010 0.002 0.002 0.052 0.032 0.142 21 V 0.602 0.038 0.001 0.002 0.132 0.002 0.223 22 S 0.201 0.026 0.001 0.003 0.036 0.002 0.731 23 L 0.002 0.001 0.063 0.916 0.001 0.013 0.005 24 D 0.001 0.001 0.069 0.918 0.002 0.009 0.001 25 R 0.001 0.001 0.057 0.934 0.001 0.004 0.004 26 F 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.004 0.002 27 R 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.006 0.001 28 E 0.002 0.001 0.006 0.971 0.001 0.019 0.002 29 F 0.004 0.001 0.013 0.930 0.004 0.040 0.009 30 F 0.017 0.010 0.025 0.742 0.020 0.153 0.033 31 E 0.026 0.008 0.030 0.256 0.043 0.469 0.168 32 L 0.093 0.021 0.017 0.076 0.124 0.071 0.597 33 E 0.097 0.039 0.010 0.021 0.115 0.052 0.665 34 A 0.063 0.027 0.003 0.003 0.223 0.016 0.666 35 P 0.044 0.028 0.004 0.001 0.134 0.021 0.768 36 L 0.026 0.033 0.004 0.002 0.132 0.017 0.785 37 P 0.028 0.026 0.029 0.008 0.148 0.215 0.545 38 G 0.010 0.012 0.133 0.018 0.126 0.482 0.219 39 E 0.023 0.013 0.223 0.048 0.124 0.290 0.279 40 A 0.029 0.039 0.173 0.048 0.120 0.413 0.177 41 G 0.024 0.010 0.085 0.022 0.173 0.542 0.144 42 G 0.041 0.010 0.052 0.027 0.316 0.197 0.358 43 N 0.108 0.048 0.073 0.069 0.180 0.186 0.336 44 I 0.192 0.047 0.051 0.114 0.129 0.116 0.351 45 H 0.306 0.015 0.019 0.098 0.165 0.078 0.320 46 T 0.337 0.030 0.012 0.387 0.080 0.023 0.131 47 L 0.104 0.004 0.005 0.845 0.008 0.008 0.025 48 A 0.037 0.001 0.003 0.939 0.003 0.007 0.010 49 G 0.038 0.001 0.003 0.948 0.002 0.003 0.005 50 V 0.012 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.003 51 M 0.006 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 52 L 0.006 0.001 0.002 0.988 0.001 0.002 0.001 53 Y 0.005 0.001 0.002 0.986 0.001 0.006 0.001 54 Q 0.003 0.001 0.003 0.963 0.001 0.029 0.001 55 L 0.001 0.001 0.019 0.394 0.006 0.567 0.011 56 G 0.001 0.001 0.007 0.018 0.021 0.914 0.038 57 R 0.036 0.016 0.014 0.009 0.354 0.112 0.459 58 V 0.082 0.039 0.001 0.001 0.421 0.002 0.454 59 P 0.053 0.035 0.001 0.001 0.032 0.009 0.870 60 S 0.079 0.025 0.006 0.001 0.110 0.044 0.735 61 V 0.021 0.006 0.019 0.001 0.181 0.729 0.043 62 T 0.068 0.003 0.021 0.001 0.231 0.551 0.127 63 D 0.357 0.012 0.009 0.001 0.102 0.009 0.510 64 R 0.915 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.060 65 F 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 66 E 0.980 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 67 W 0.920 0.004 0.002 0.001 0.004 0.014 0.055 68 N 0.098 0.001 0.005 0.001 0.087 0.758 0.051 69 G 0.080 0.001 0.002 0.001 0.059 0.843 0.016 70 F 0.871 0.008 0.001 0.001 0.025 0.010 0.086 71 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 72 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 73 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 74 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 76 D 0.694 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.292 77 M 0.218 0.006 0.015 0.002 0.209 0.144 0.407 78 D 0.120 0.011 0.026 0.004 0.292 0.374 0.172 79 R 0.046 0.002 0.033 0.002 0.480 0.314 0.123 80 T 0.192 0.011 0.030 0.004 0.279 0.124 0.360 81 R 0.572 0.073 0.035 0.003 0.136 0.056 0.125 82 V 0.746 0.008 0.012 0.001 0.019 0.008 0.208 83 D 0.642 0.001 0.006 0.001 0.217 0.016 0.118 84 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 85 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 86 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 87 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 88 Q 0.841 0.002 0.001 0.001 0.019 0.003 0.134 89 R 0.284 0.007 0.002 0.001 0.201 0.015 0.490 90 H 0.032 0.007 0.003 0.001 0.127 0.027 0.804 91 H 0.008 0.002 0.004 0.001 0.043 0.016 0.927