# TARGET T0453 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184.823 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.087 0.098 0.209 0.236 0.029 0.106 0.118 0.004 0.109 0.003 0.001 2 G 0.153 0.020 0.141 0.070 0.083 0.008 0.071 0.342 0.003 0.107 0.002 3 E 0.407 0.132 0.240 0.138 0.030 0.019 0.008 0.006 0.013 0.006 0.001 4 E 0.355 0.129 0.324 0.093 0.037 0.019 0.011 0.007 0.011 0.012 0.001 5 D 0.411 0.101 0.264 0.102 0.044 0.019 0.037 0.008 0.010 0.003 0.001 6 E 0.272 0.172 0.303 0.140 0.062 0.021 0.013 0.004 0.011 0.002 0.001 7 I 0.102 0.471 0.318 0.025 0.041 0.025 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 8 V 0.031 0.820 0.073 0.007 0.021 0.011 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 9 Q 0.022 0.202 0.713 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 10 R 0.120 0.393 0.347 0.018 0.027 0.040 0.008 0.001 0.043 0.002 0.001 11 E 0.438 0.196 0.148 0.038 0.069 0.024 0.014 0.010 0.025 0.036 0.002 12 D 0.103 0.031 0.117 0.537 0.017 0.008 0.160 0.003 0.017 0.005 0.001 13 G 0.002 0.001 0.008 0.007 0.013 0.001 0.057 0.865 0.001 0.046 0.001 14 S 0.016 0.591 0.308 0.021 0.046 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 15 W 0.003 0.676 0.207 0.003 0.066 0.019 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 16 L 0.007 0.709 0.242 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 V 0.004 0.776 0.090 0.002 0.049 0.025 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 18 D 0.038 0.212 0.617 0.017 0.010 0.078 0.003 0.001 0.018 0.001 0.004 19 G 0.032 0.321 0.084 0.028 0.477 0.008 0.017 0.016 0.007 0.010 0.001 20 M 0.020 0.677 0.151 0.023 0.074 0.021 0.007 0.001 0.022 0.003 0.001 21 V 0.002 0.676 0.220 0.002 0.057 0.020 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 22 S 0.001 0.044 0.613 0.001 0.002 0.295 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 23 L 0.987 0.001 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.923 0.002 0.002 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.170 0.014 0.014 0.788 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 31 E 0.026 0.007 0.014 0.026 0.003 0.035 0.866 0.009 0.013 0.002 0.001 32 L 0.156 0.424 0.233 0.107 0.040 0.023 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 33 E 0.114 0.168 0.271 0.206 0.033 0.128 0.023 0.002 0.052 0.002 0.002 34 A 0.027 0.373 0.447 0.007 0.058 0.021 0.011 0.001 0.052 0.002 0.001 35 P 0.078 0.028 0.795 0.012 0.001 0.066 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 36 L 0.023 0.255 0.574 0.004 0.012 0.036 0.004 0.001 0.091 0.001 0.001 37 P 0.059 0.009 0.884 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 38 G 0.137 0.020 0.166 0.023 0.085 0.005 0.017 0.344 0.003 0.200 0.001 39 E 0.439 0.076 0.312 0.097 0.029 0.019 0.009 0.004 0.007 0.005 0.002 40 A 0.234 0.090 0.370 0.238 0.016 0.018 0.013 0.004 0.014 0.003 0.001 41 G 0.124 0.020 0.179 0.089 0.068 0.005 0.128 0.236 0.006 0.146 0.001 42 G 0.145 0.015 0.164 0.057 0.061 0.004 0.057 0.222 0.002 0.271 0.001 43 N 0.177 0.128 0.249 0.217 0.056 0.071 0.054 0.016 0.024 0.006 0.002 44 I 0.245 0.325 0.240 0.071 0.046 0.045 0.010 0.002 0.015 0.002 0.001 45 H 0.328 0.206 0.230 0.103 0.029 0.073 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 46 T 0.596 0.184 0.103 0.035 0.050 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 47 L 0.953 0.012 0.011 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.973 0.009 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 G 0.992 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 M 0.995 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.988 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Y 0.972 0.009 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.927 0.013 0.010 0.039 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.355 0.015 0.056 0.563 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 56 G 0.056 0.002 0.016 0.031 0.020 0.001 0.143 0.636 0.001 0.094 0.001 57 R 0.155 0.191 0.319 0.182 0.033 0.062 0.031 0.004 0.016 0.005 0.001 58 V 0.017 0.315 0.368 0.005 0.011 0.049 0.026 0.001 0.207 0.001 0.001 59 P 0.151 0.014 0.789 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 60 S 0.076 0.405 0.343 0.027 0.065 0.045 0.006 0.002 0.028 0.001 0.001 61 V 0.190 0.300 0.342 0.078 0.023 0.035 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 62 T 0.152 0.110 0.115 0.160 0.267 0.008 0.049 0.070 0.018 0.050 0.001 63 D 0.076 0.159 0.353 0.118 0.174 0.042 0.041 0.016 0.011 0.009 0.003 64 R 0.012 0.807 0.095 0.011 0.056 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 65 F 0.007 0.799 0.111 0.005 0.041 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 66 E 0.009 0.831 0.097 0.004 0.029 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 67 W 0.049 0.665 0.082 0.020 0.055 0.046 0.006 0.001 0.075 0.002 0.001 68 N 0.030 0.092 0.140 0.130 0.039 0.024 0.475 0.004 0.053 0.012 0.001 69 G 0.005 0.003 0.016 0.022 0.034 0.001 0.155 0.734 0.001 0.027 0.001 70 F 0.005 0.583 0.338 0.007 0.054 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 S 0.002 0.755 0.174 0.004 0.019 0.034 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 72 F 0.001 0.818 0.050 0.001 0.124 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 73 E 0.001 0.773 0.190 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 V 0.001 0.129 0.748 0.001 0.001 0.117 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 75 V 0.307 0.357 0.023 0.265 0.017 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 76 D 0.001 0.566 0.090 0.003 0.324 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 77 M 0.054 0.696 0.078 0.044 0.044 0.016 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 78 D 0.056 0.177 0.412 0.042 0.043 0.122 0.041 0.002 0.090 0.015 0.001 79 R 0.330 0.041 0.049 0.311 0.029 0.023 0.128 0.074 0.007 0.007 0.001 80 T 0.220 0.214 0.158 0.286 0.068 0.012 0.019 0.009 0.012 0.002 0.001 81 R 0.109 0.312 0.196 0.156 0.044 0.061 0.092 0.004 0.024 0.002 0.001 82 V 0.011 0.374 0.516 0.002 0.017 0.059 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 D 0.545 0.023 0.023 0.398 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.001 0.767 0.023 0.001 0.205 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 I 0.001 0.928 0.031 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 86 L 0.001 0.641 0.289 0.001 0.010 0.035 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 87 V 0.004 0.724 0.156 0.008 0.025 0.054 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 88 Q 0.006 0.579 0.263 0.008 0.033 0.042 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 89 R 0.045 0.297 0.552 0.017 0.026 0.039 0.006 0.001 0.013 0.002 0.002 90 H 0.048 0.260 0.448 0.048 0.026 0.079 0.028 0.005 0.054 0.003 0.002 91 H 0.121 0.189 0.277 0.045 0.117 0.023 0.061 0.070 0.020 0.076 0.002