# TARGET T0453 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0453.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184.823 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.869 0.100 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 2 G 0.798 0.142 0.041 0.014 0.004 0.001 0.001 3 E 0.801 0.147 0.038 0.012 0.002 0.001 0.001 4 E 0.640 0.243 0.091 0.023 0.003 0.001 0.001 5 D 0.739 0.194 0.054 0.012 0.002 0.001 0.001 6 E 0.527 0.307 0.124 0.037 0.006 0.001 0.001 7 I 0.076 0.110 0.248 0.368 0.183 0.016 0.001 8 V 0.249 0.385 0.241 0.102 0.021 0.002 0.001 9 Q 0.445 0.386 0.126 0.036 0.006 0.001 0.001 10 R 0.550 0.244 0.131 0.061 0.014 0.001 0.001 11 E 0.862 0.110 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 12 D 0.806 0.148 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 13 G 0.504 0.271 0.145 0.065 0.013 0.001 0.001 14 S 0.286 0.335 0.214 0.117 0.039 0.008 0.001 15 W 0.070 0.116 0.186 0.276 0.247 0.095 0.009 16 L 0.061 0.130 0.224 0.263 0.215 0.095 0.012 17 V 0.056 0.070 0.107 0.200 0.279 0.247 0.041 18 D 0.110 0.260 0.264 0.205 0.105 0.048 0.009 19 G 0.061 0.086 0.110 0.214 0.278 0.218 0.032 20 M 0.082 0.172 0.229 0.260 0.172 0.076 0.009 21 V 0.047 0.091 0.156 0.261 0.276 0.151 0.018 22 S 0.125 0.309 0.263 0.171 0.089 0.037 0.005 23 L 0.018 0.052 0.126 0.264 0.336 0.188 0.016 24 D 0.364 0.381 0.170 0.062 0.018 0.005 0.001 25 R 0.104 0.335 0.327 0.177 0.048 0.008 0.001 26 F 0.010 0.012 0.037 0.213 0.481 0.235 0.012 27 R 0.048 0.235 0.366 0.254 0.084 0.013 0.001 28 E 0.307 0.505 0.140 0.037 0.008 0.002 0.001 29 F 0.032 0.131 0.291 0.338 0.166 0.039 0.003 30 F 0.021 0.038 0.110 0.286 0.375 0.162 0.009 31 E 0.185 0.441 0.260 0.087 0.021 0.005 0.001 32 L 0.093 0.131 0.199 0.283 0.218 0.071 0.004 33 E 0.178 0.325 0.253 0.144 0.069 0.028 0.002 34 A 0.145 0.128 0.185 0.284 0.204 0.051 0.003 35 P 0.469 0.279 0.138 0.074 0.031 0.009 0.001 36 L 0.286 0.268 0.211 0.157 0.065 0.012 0.001 37 P 0.577 0.267 0.101 0.042 0.012 0.002 0.001 38 G 0.676 0.240 0.062 0.017 0.003 0.001 0.001 39 E 0.663 0.219 0.079 0.031 0.007 0.001 0.001 40 A 0.650 0.244 0.080 0.023 0.003 0.001 0.001 41 G 0.595 0.268 0.107 0.026 0.004 0.001 0.001 42 G 0.491 0.342 0.128 0.035 0.004 0.001 0.001 43 N 0.215 0.428 0.248 0.089 0.017 0.002 0.001 44 I 0.006 0.028 0.114 0.355 0.392 0.103 0.003 45 H 0.008 0.057 0.171 0.313 0.292 0.144 0.014 46 T 0.005 0.013 0.033 0.102 0.257 0.464 0.127 47 L 0.004 0.010 0.019 0.053 0.150 0.429 0.336 48 A 0.004 0.012 0.026 0.059 0.124 0.338 0.439 49 G 0.006 0.014 0.035 0.085 0.160 0.324 0.375 50 V 0.005 0.008 0.013 0.034 0.104 0.373 0.462 51 M 0.008 0.012 0.017 0.047 0.129 0.401 0.386 52 L 0.022 0.035 0.057 0.127 0.211 0.382 0.167 53 Y 0.040 0.084 0.147 0.245 0.245 0.194 0.046 54 Q 0.051 0.111 0.171 0.241 0.227 0.172 0.028 55 L 0.085 0.097 0.138 0.218 0.263 0.174 0.026 56 G 0.345 0.298 0.164 0.107 0.057 0.026 0.004 57 R 0.150 0.259 0.280 0.201 0.083 0.024 0.002 58 V 0.064 0.087 0.138 0.251 0.304 0.148 0.009 59 P 0.166 0.252 0.247 0.198 0.105 0.030 0.003 60 S 0.524 0.296 0.113 0.044 0.017 0.005 0.001 61 V 0.417 0.274 0.182 0.094 0.028 0.005 0.001 62 T 0.447 0.311 0.145 0.074 0.019 0.003 0.001 63 D 0.233 0.213 0.210 0.198 0.110 0.034 0.003 64 R 0.202 0.359 0.261 0.123 0.044 0.011 0.001 65 F 0.067 0.066 0.115 0.285 0.328 0.131 0.008 66 E 0.165 0.364 0.275 0.142 0.042 0.010 0.001 67 W 0.131 0.196 0.233 0.243 0.155 0.039 0.002 68 N 0.360 0.361 0.191 0.071 0.016 0.002 0.001 69 G 0.356 0.407 0.171 0.054 0.010 0.001 0.001 70 F 0.079 0.154 0.237 0.294 0.180 0.053 0.003 71 S 0.045 0.256 0.377 0.239 0.073 0.010 0.001 72 F 0.034 0.039 0.071 0.225 0.384 0.236 0.010 73 E 0.045 0.226 0.341 0.277 0.094 0.017 0.001 74 V 0.078 0.096 0.124 0.249 0.294 0.153 0.006 75 V 0.201 0.313 0.296 0.156 0.031 0.003 0.001 76 D 0.481 0.369 0.110 0.032 0.007 0.001 0.001 77 M 0.438 0.218 0.186 0.119 0.033 0.006 0.001 78 D 0.703 0.177 0.076 0.031 0.011 0.002 0.001 79 R 0.793 0.155 0.039 0.010 0.002 0.001 0.001 80 T 0.517 0.293 0.125 0.047 0.015 0.003 0.001 81 R 0.345 0.263 0.223 0.120 0.043 0.006 0.001 82 V 0.185 0.150 0.193 0.286 0.153 0.031 0.001 83 D 0.344 0.455 0.143 0.043 0.012 0.003 0.001 84 K 0.157 0.261 0.295 0.216 0.062 0.008 0.001 85 I 0.100 0.065 0.076 0.212 0.329 0.206 0.013 86 L 0.041 0.240 0.337 0.266 0.095 0.021 0.001 87 V 0.058 0.062 0.098 0.278 0.361 0.137 0.006 88 Q 0.136 0.354 0.347 0.137 0.023 0.002 0.001 89 R 0.597 0.303 0.078 0.020 0.002 0.001 0.001 90 H 0.829 0.128 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 91 H 0.866 0.098 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001