# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.022 0.339 0.013 0.066 0.111 0.011 0.007 0.066 0.083 0.124 0.068 0.070 2 M 0.013 0.029 0.457 0.010 0.049 0.075 0.006 0.003 0.040 0.125 0.085 0.035 0.074 3 T 0.004 0.026 0.510 0.006 0.055 0.052 0.002 0.002 0.022 0.176 0.074 0.034 0.036 4 H 0.001 0.024 0.443 0.002 0.090 0.071 0.001 0.001 0.012 0.150 0.169 0.010 0.025 5 Y 0.001 0.015 0.450 0.002 0.081 0.083 0.001 0.001 0.006 0.177 0.169 0.007 0.009 6 S 0.001 0.010 0.453 0.001 0.072 0.104 0.001 0.001 0.004 0.166 0.181 0.003 0.004 7 D 0.001 0.007 0.240 0.001 0.090 0.255 0.001 0.001 0.002 0.181 0.218 0.002 0.004 8 N 0.001 0.005 0.138 0.001 0.053 0.544 0.001 0.001 0.001 0.120 0.133 0.002 0.002 9 T 0.001 0.003 0.090 0.001 0.043 0.790 0.001 0.001 0.001 0.029 0.039 0.001 0.003 10 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.885 0.001 0.001 0.002 0.003 0.079 0.001 0.001 24 L 0.001 0.003 0.040 0.001 0.019 0.789 0.001 0.001 0.004 0.019 0.122 0.002 0.001 25 A 0.001 0.004 0.111 0.001 0.042 0.535 0.001 0.001 0.003 0.060 0.239 0.001 0.002 26 T 0.001 0.002 0.070 0.001 0.028 0.330 0.001 0.001 0.001 0.093 0.472 0.001 0.001 27 G 0.001 0.003 0.115 0.001 0.030 0.318 0.001 0.001 0.001 0.212 0.318 0.001 0.001 28 E 0.001 0.011 0.339 0.001 0.035 0.397 0.001 0.001 0.003 0.104 0.106 0.002 0.002 29 W 0.001 0.004 0.069 0.001 0.050 0.815 0.001 0.001 0.002 0.023 0.033 0.001 0.004 30 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.089 0.867 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.002 0.001 31 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.086 0.867 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 32 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.029 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.050 0.905 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.090 0.804 0.001 0.001 0.001 0.008 0.083 0.001 0.001 35 M 0.001 0.002 0.024 0.001 0.063 0.734 0.001 0.001 0.001 0.021 0.150 0.002 0.002 36 L 0.001 0.004 0.174 0.001 0.063 0.442 0.001 0.001 0.005 0.081 0.221 0.003 0.003 37 T 0.001 0.007 0.302 0.002 0.103 0.285 0.001 0.001 0.005 0.144 0.137 0.003 0.009 38 E 0.001 0.004 0.120 0.008 0.120 0.178 0.001 0.001 0.005 0.228 0.325 0.004 0.005 39 D 0.002 0.006 0.207 0.014 0.067 0.077 0.002 0.003 0.030 0.191 0.380 0.011 0.011 40 F 0.012 0.012 0.474 0.011 0.049 0.057 0.014 0.023 0.119 0.092 0.072 0.016 0.051 41 T 0.065 0.023 0.147 0.043 0.033 0.044 0.068 0.113 0.239 0.057 0.039 0.072 0.057 42 F 0.099 0.011 0.063 0.009 0.018 0.021 0.141 0.149 0.261 0.016 0.019 0.072 0.121 43 W 0.189 0.033 0.086 0.044 0.008 0.014 0.109 0.123 0.145 0.024 0.021 0.046 0.158 44 F 0.031 0.014 0.439 0.022 0.006 0.008 0.013 0.014 0.079 0.094 0.016 0.209 0.057 45 P 0.012 0.009 0.430 0.006 0.037 0.019 0.005 0.002 0.039 0.095 0.159 0.016 0.172 46 M 0.005 0.019 0.242 0.022 0.046 0.025 0.002 0.001 0.011 0.215 0.368 0.027 0.018 47 G 0.003 0.019 0.384 0.005 0.050 0.029 0.001 0.001 0.008 0.325 0.131 0.021 0.024 48 E 0.003 0.023 0.367 0.004 0.091 0.057 0.001 0.001 0.009 0.187 0.202 0.013 0.041 49 F 0.005 0.038 0.254 0.008 0.087 0.081 0.002 0.001 0.013 0.139 0.318 0.025 0.028 50 H 0.009 0.036 0.305 0.009 0.058 0.077 0.003 0.001 0.011 0.181 0.240 0.023 0.047 51 G 0.006 0.039 0.408 0.006 0.046 0.111 0.002 0.003 0.011 0.171 0.135 0.034 0.029 52 L 0.003 0.022 0.294 0.004 0.089 0.238 0.001 0.002 0.011 0.117 0.179 0.010 0.032 53 N 0.003 0.016 0.192 0.005 0.100 0.263 0.001 0.001 0.005 0.091 0.296 0.016 0.010 54 V 0.001 0.013 0.131 0.001 0.058 0.244 0.001 0.001 0.002 0.117 0.420 0.004 0.007 55 G 0.001 0.008 0.388 0.001 0.021 0.286 0.001 0.001 0.002 0.164 0.122 0.003 0.003 56 K 0.001 0.001 0.044 0.001 0.022 0.896 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.020 0.001 0.020 0.837 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.001 0.001 66 V 0.001 0.003 0.089 0.001 0.024 0.728 0.001 0.001 0.003 0.038 0.110 0.002 0.003 67 S 0.001 0.005 0.238 0.003 0.045 0.505 0.001 0.001 0.005 0.073 0.117 0.003 0.005 68 E 0.001 0.004 0.092 0.002 0.116 0.506 0.001 0.001 0.003 0.072 0.193 0.005 0.004 69 S 0.002 0.008 0.089 0.002 0.134 0.440 0.001 0.001 0.008 0.054 0.239 0.004 0.018 70 F 0.007 0.031 0.217 0.011 0.092 0.327 0.002 0.003 0.015 0.126 0.111 0.035 0.023 71 H 0.006 0.014 0.297 0.007 0.086 0.245 0.002 0.002 0.018 0.111 0.145 0.020 0.047 72 T 0.006 0.007 0.136 0.015 0.078 0.176 0.002 0.001 0.011 0.087 0.438 0.013 0.027 73 G 0.012 0.009 0.185 0.024 0.062 0.119 0.003 0.001 0.016 0.126 0.373 0.040 0.030 74 I 0.036 0.019 0.299 0.010 0.059 0.107 0.006 0.003 0.031 0.113 0.105 0.064 0.147 75 Q 0.073 0.042 0.256 0.022 0.035 0.058 0.012 0.005 0.037 0.087 0.059 0.123 0.190 76 I 0.065 0.022 0.287 0.025 0.026 0.047 0.013 0.006 0.039 0.083 0.044 0.144 0.198 77 S 0.058 0.014 0.324 0.039 0.025 0.035 0.012 0.003 0.029 0.089 0.065 0.096 0.211 78 S 0.046 0.011 0.364 0.035 0.032 0.032 0.009 0.002 0.035 0.084 0.062 0.149 0.139 79 L 0.072 0.011 0.258 0.023 0.058 0.033 0.009 0.002 0.029 0.065 0.062 0.089 0.288 80 D 0.113 0.020 0.172 0.037 0.042 0.028 0.013 0.003 0.027 0.070 0.044 0.253 0.177 81 R 0.103 0.022 0.145 0.011 0.032 0.021 0.011 0.004 0.027 0.045 0.032 0.169 0.376 82 V 0.098 0.041 0.241 0.022 0.025 0.020 0.009 0.003 0.025 0.053 0.058 0.149 0.259 83 T 0.039 0.029 0.341 0.011 0.025 0.012 0.004 0.001 0.017 0.099 0.109 0.143 0.171 84 S 0.010 0.011 0.163 0.024 0.021 0.005 0.002 0.001 0.006 0.150 0.482 0.037 0.087 85 N 0.004 0.005 0.165 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.233 0.477 0.046 0.026 86 E 0.013 0.007 0.234 0.060 0.012 0.001 0.002 0.001 0.009 0.275 0.257 0.043 0.088 87 T 0.099 0.013 0.191 0.048 0.004 0.001 0.013 0.001 0.027 0.153 0.060 0.236 0.152 88 T 0.409 0.005 0.048 0.012 0.001 0.001 0.056 0.006 0.031 0.008 0.001 0.078 0.346 89 V 0.644 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 0.130 0.010 0.013 0.001 0.001 0.141 0.037 90 V 0.771 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.096 0.022 0.005 0.001 0.001 0.022 0.078 91 F 0.807 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.067 0.016 0.004 0.001 0.001 0.069 0.028 92 E 0.725 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.044 0.011 0.012 0.001 0.001 0.061 0.134 93 F 0.445 0.004 0.043 0.013 0.001 0.001 0.031 0.007 0.031 0.012 0.006 0.167 0.239 94 R 0.114 0.015 0.203 0.053 0.009 0.004 0.010 0.002 0.036 0.102 0.075 0.149 0.227 95 D 0.047 0.011 0.145 0.034 0.030 0.011 0.003 0.001 0.009 0.205 0.229 0.126 0.150 96 E 0.029 0.013 0.080 0.035 0.052 0.020 0.002 0.001 0.005 0.194 0.431 0.060 0.080 97 G 0.049 0.033 0.128 0.018 0.064 0.026 0.003 0.001 0.005 0.176 0.212 0.172 0.113 98 L 0.054 0.039 0.227 0.011 0.067 0.033 0.003 0.001 0.007 0.087 0.087 0.126 0.258 99 F 0.068 0.031 0.232 0.029 0.056 0.020 0.004 0.001 0.006 0.068 0.072 0.146 0.268 100 L 0.046 0.011 0.183 0.036 0.049 0.014 0.004 0.001 0.007 0.112 0.294 0.144 0.100 101 G 0.024 0.015 0.250 0.020 0.023 0.006 0.002 0.001 0.006 0.231 0.211 0.037 0.175 102 K 0.004 0.015 0.520 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.122 0.008 0.288 0.032 103 P 0.006 0.042 0.430 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.011 0.041 0.014 0.019 0.422 104 Y 0.006 0.026 0.433 0.020 0.016 0.003 0.002 0.001 0.014 0.095 0.024 0.289 0.072 105 K 0.010 0.009 0.314 0.049 0.048 0.002 0.003 0.001 0.024 0.123 0.066 0.055 0.296 106 N 0.029 0.008 0.226 0.096 0.041 0.001 0.007 0.004 0.049 0.176 0.059 0.178 0.125 107 R 0.176 0.006 0.081 0.048 0.008 0.001 0.033 0.008 0.073 0.042 0.010 0.196 0.319 108 V 0.635 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.073 0.009 0.020 0.003 0.001 0.086 0.149 109 A 0.752 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.084 0.018 0.015 0.001 0.001 0.058 0.038 110 V 0.803 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.090 0.010 0.006 0.001 0.001 0.055 0.024 111 S 0.899 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 0.005 0.002 0.001 0.001 0.017 0.032 112 F 0.876 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.066 0.020 113 D 0.773 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 0.003 0.005 0.001 0.001 0.054 0.140 114 V 0.186 0.012 0.111 0.010 0.002 0.001 0.018 0.005 0.040 0.021 0.012 0.219 0.365 115 R 0.014 0.004 0.110 0.099 0.005 0.001 0.006 0.001 0.017 0.142 0.417 0.090 0.096 116 G 0.001 0.001 0.004 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.875 0.006 0.003 117 D 0.002 0.005 0.064 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.230 0.657 0.013 0.009 118 K 0.039 0.060 0.259 0.005 0.006 0.001 0.005 0.001 0.008 0.103 0.011 0.344 0.160 119 I 0.096 0.052 0.065 0.004 0.003 0.001 0.016 0.002 0.020 0.013 0.002 0.026 0.700 120 C 0.131 0.014 0.049 0.184 0.001 0.001 0.021 0.003 0.008 0.012 0.001 0.538 0.036 121 S 0.223 0.002 0.054 0.018 0.003 0.002 0.032 0.002 0.009 0.005 0.002 0.094 0.554 122 Y 0.329 0.003 0.030 0.026 0.017 0.013 0.028 0.005 0.014 0.006 0.005 0.083 0.440 123 R 0.358 0.005 0.018 0.088 0.031 0.021 0.010 0.003 0.010 0.009 0.006 0.347 0.094 124 E 0.155 0.006 0.073 0.007 0.058 0.059 0.013 0.003 0.035 0.025 0.031 0.081 0.454 125 Y 0.057 0.024 0.286 0.009 0.041 0.075 0.016 0.010 0.053 0.068 0.090 0.123 0.149 126 F 0.029 0.034 0.365 0.019 0.021 0.068 0.006 0.002 0.024 0.138 0.189 0.046 0.058 127 G 0.005 0.013 0.447 0.003 0.017 0.038 0.001 0.001 0.007 0.266 0.143 0.022 0.037 128 S 0.002 0.013 0.249 0.004 0.069 0.073 0.001 0.001 0.003 0.215 0.338 0.013 0.022 129 D 0.001 0.012 0.251 0.004 0.088 0.057 0.001 0.001 0.004 0.165 0.397 0.011 0.009 130 G 0.001 0.015 0.312 0.002 0.104 0.053 0.001 0.001 0.009 0.253 0.222 0.007 0.021 131 K 0.002 0.031 0.414 0.002 0.049 0.052 0.001 0.001 0.008 0.194 0.198 0.032 0.015 132 S 0.003 0.065 0.424 0.002 0.042 0.033 0.001 0.001 0.009 0.222 0.150 0.011 0.037 133 N 0.001 0.007 0.787 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.121 0.054 0.007 0.003