# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.073 0.158 0.404 0.015 0.079 0.021 0.016 0.011 0.004 0.032 0.020 0.082 0.005 0.016 0.033 2 M 0.027 0.095 0.240 0.403 0.012 0.044 0.020 0.012 0.012 0.007 0.017 0.020 0.049 0.005 0.006 0.032 3 T 0.035 0.044 0.103 0.299 0.009 0.336 0.009 0.016 0.009 0.005 0.021 0.022 0.069 0.003 0.007 0.013 4 H 0.016 0.110 0.073 0.124 0.021 0.193 0.010 0.010 0.006 0.005 0.297 0.037 0.065 0.007 0.004 0.022 5 Y 0.024 0.210 0.051 0.113 0.018 0.085 0.014 0.019 0.006 0.003 0.117 0.246 0.058 0.010 0.014 0.012 6 S 0.009 0.033 0.086 0.038 0.020 0.224 0.055 0.018 0.006 0.007 0.103 0.129 0.205 0.023 0.025 0.019 7 D 0.016 0.084 0.042 0.019 0.002 0.071 0.006 0.036 0.007 0.004 0.281 0.102 0.245 0.003 0.042 0.039 8 N 0.018 0.035 0.024 0.016 0.001 0.045 0.006 0.002 0.013 0.007 0.140 0.418 0.232 0.003 0.004 0.036 9 T 0.018 0.013 0.044 0.007 0.001 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.080 0.185 0.588 0.001 0.004 0.006 10 L 0.001 0.008 0.016 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.147 0.719 0.001 0.001 0.003 11 K 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.102 0.862 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.971 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.001 0.002 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.002 0.003 23 G 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.898 0.021 0.001 0.055 24 L 0.007 0.006 0.020 0.004 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.865 0.008 0.037 0.022 25 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 0.002 0.073 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.051 0.811 0.001 0.005 26 T 0.008 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.095 0.001 0.001 0.007 0.004 0.084 0.002 0.777 0.004 27 G 0.001 0.009 0.017 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 0.044 0.080 0.019 0.016 0.122 0.001 0.002 0.675 28 E 0.409 0.007 0.009 0.004 0.001 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.124 0.306 0.001 0.002 0.005 29 W 0.001 0.011 0.047 0.002 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.381 0.059 0.471 0.001 0.001 0.002 30 Q 0.001 0.021 0.006 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.315 0.623 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.968 0.001 0.001 0.003 32 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.964 0.002 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.006 35 M 0.003 0.004 0.010 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.891 0.008 0.004 0.061 36 L 0.003 0.007 0.153 0.011 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.735 0.008 0.012 0.038 37 T 0.006 0.008 0.050 0.014 0.008 0.138 0.038 0.002 0.001 0.001 0.010 0.008 0.651 0.036 0.010 0.020 38 E 0.017 0.129 0.029 0.034 0.002 0.025 0.011 0.025 0.001 0.001 0.241 0.019 0.359 0.030 0.039 0.038 39 D 0.016 0.341 0.090 0.077 0.001 0.021 0.006 0.003 0.034 0.002 0.009 0.096 0.122 0.005 0.053 0.125 40 F 0.058 0.015 0.580 0.136 0.001 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.107 0.002 0.007 0.066 41 T 0.025 0.027 0.730 0.173 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.006 42 F 0.003 0.012 0.099 0.761 0.025 0.068 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 43 W 0.003 0.109 0.044 0.789 0.008 0.017 0.001 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 44 F 0.005 0.010 0.023 0.556 0.089 0.249 0.007 0.006 0.009 0.012 0.011 0.004 0.014 0.001 0.001 0.003 45 P 0.016 0.104 0.041 0.215 0.252 0.101 0.021 0.084 0.003 0.005 0.101 0.014 0.015 0.025 0.002 0.002 46 M 0.006 0.190 0.021 0.389 0.010 0.039 0.004 0.143 0.056 0.014 0.029 0.035 0.010 0.001 0.046 0.006 47 G 0.031 0.028 0.078 0.173 0.061 0.132 0.038 0.010 0.075 0.143 0.045 0.058 0.066 0.011 0.004 0.048 48 E 0.156 0.088 0.083 0.133 0.064 0.069 0.019 0.079 0.007 0.006 0.131 0.040 0.082 0.012 0.022 0.009 49 F 0.009 0.057 0.048 0.105 0.148 0.076 0.088 0.043 0.026 0.034 0.101 0.104 0.050 0.086 0.016 0.011 50 H 0.051 0.108 0.107 0.172 0.012 0.024 0.022 0.116 0.028 0.017 0.036 0.042 0.089 0.003 0.128 0.045 51 G 0.029 0.010 0.056 0.071 0.079 0.104 0.095 0.009 0.049 0.174 0.059 0.048 0.129 0.033 0.006 0.049 52 L 0.164 0.067 0.064 0.053 0.021 0.051 0.011 0.087 0.006 0.005 0.175 0.077 0.165 0.006 0.035 0.013 53 N 0.007 0.021 0.026 0.032 0.079 0.081 0.066 0.013 0.021 0.053 0.132 0.299 0.098 0.057 0.004 0.011 54 V 0.037 0.040 0.048 0.047 0.001 0.038 0.004 0.072 0.003 0.004 0.160 0.143 0.298 0.001 0.093 0.013 55 G 0.001 0.005 0.007 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 0.010 0.044 0.077 0.362 0.404 0.001 0.001 0.019 56 K 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.142 0.686 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.286 0.625 0.001 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.003 63 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.009 0.002 0.001 64 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.002 0.009 0.007 65 Y 0.002 0.004 0.006 0.005 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.760 0.014 0.002 0.188 66 V 0.011 0.004 0.097 0.007 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.786 0.011 0.018 0.014 67 S 0.003 0.026 0.049 0.013 0.001 0.046 0.016 0.002 0.001 0.001 0.017 0.032 0.746 0.013 0.014 0.020 68 E 0.010 0.028 0.019 0.033 0.002 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 0.091 0.042 0.698 0.013 0.011 0.025 69 S 0.013 0.058 0.077 0.053 0.003 0.023 0.035 0.003 0.005 0.001 0.022 0.068 0.508 0.040 0.019 0.074 70 F 0.024 0.033 0.230 0.069 0.003 0.011 0.031 0.004 0.003 0.001 0.021 0.015 0.434 0.003 0.049 0.067 71 H 0.009 0.009 0.067 0.034 0.182 0.056 0.230 0.004 0.001 0.005 0.008 0.019 0.105 0.259 0.002 0.012 72 T 0.026 0.039 0.052 0.078 0.004 0.026 0.008 0.340 0.003 0.001 0.058 0.007 0.088 0.004 0.258 0.006 73 G 0.007 0.040 0.038 0.103 0.004 0.030 0.007 0.004 0.294 0.103 0.024 0.077 0.070 0.005 0.006 0.188 74 I 0.603 0.023 0.081 0.167 0.001 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 0.011 0.021 0.054 0.001 0.005 0.014 75 Q 0.011 0.046 0.502 0.240 0.007 0.087 0.007 0.003 0.004 0.002 0.006 0.014 0.051 0.002 0.002 0.015 76 I 0.021 0.061 0.143 0.551 0.012 0.116 0.008 0.005 0.002 0.001 0.017 0.008 0.045 0.002 0.002 0.007 77 S 0.009 0.103 0.085 0.504 0.010 0.144 0.006 0.016 0.004 0.003 0.037 0.028 0.037 0.002 0.003 0.008 78 S 0.015 0.139 0.056 0.417 0.011 0.189 0.010 0.007 0.015 0.003 0.038 0.035 0.045 0.003 0.003 0.015 79 L 0.031 0.081 0.121 0.404 0.005 0.078 0.008 0.010 0.006 0.002 0.124 0.044 0.066 0.003 0.006 0.011 80 D 0.019 0.190 0.172 0.399 0.003 0.048 0.004 0.008 0.008 0.002 0.012 0.073 0.039 0.002 0.006 0.014 81 R 0.022 0.028 0.180 0.597 0.006 0.042 0.006 0.003 0.004 0.001 0.022 0.012 0.052 0.002 0.003 0.020 82 V 0.016 0.070 0.223 0.304 0.086 0.148 0.030 0.010 0.003 0.001 0.013 0.022 0.048 0.011 0.002 0.011 83 T 0.008 0.046 0.040 0.134 0.157 0.340 0.035 0.068 0.003 0.002 0.084 0.011 0.044 0.011 0.012 0.005 84 S 0.006 0.193 0.042 0.070 0.082 0.065 0.028 0.152 0.031 0.020 0.150 0.051 0.018 0.034 0.028 0.030 85 N 0.057 0.130 0.046 0.078 0.006 0.124 0.010 0.076 0.146 0.016 0.029 0.061 0.019 0.005 0.145 0.050 86 E 0.100 0.263 0.259 0.073 0.001 0.011 0.004 0.002 0.034 0.004 0.019 0.006 0.007 0.001 0.007 0.208 87 T 0.191 0.275 0.356 0.158 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 88 T 0.004 0.006 0.772 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.004 0.144 0.846 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.006 0.002 0.982 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.011 0.002 0.922 0.010 0.051 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.034 0.003 0.513 0.095 0.317 0.001 0.012 0.002 0.003 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.001 0.217 0.004 0.437 0.041 0.135 0.001 0.055 0.010 0.005 0.065 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 95 D 0.005 0.083 0.011 0.188 0.158 0.179 0.026 0.026 0.026 0.040 0.093 0.133 0.013 0.016 0.001 0.003 96 E 0.033 0.140 0.094 0.212 0.005 0.019 0.004 0.161 0.022 0.006 0.076 0.054 0.052 0.001 0.112 0.010 97 G 0.017 0.027 0.092 0.235 0.019 0.062 0.033 0.004 0.075 0.097 0.024 0.058 0.128 0.013 0.005 0.113 98 L 0.213 0.040 0.100 0.086 0.086 0.069 0.012 0.027 0.003 0.002 0.067 0.029 0.226 0.009 0.017 0.014 99 F 0.001 0.004 0.005 0.007 0.387 0.007 0.081 0.005 0.001 0.003 0.011 0.009 0.006 0.473 0.001 0.001 100 L 0.003 0.011 0.004 0.012 0.001 0.005 0.002 0.391 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.001 0.549 0.001 101 G 0.002 0.007 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.303 0.156 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.498 102 K 0.946 0.001 0.020 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 103 P 0.007 0.045 0.671 0.062 0.030 0.105 0.017 0.009 0.002 0.001 0.017 0.009 0.015 0.004 0.002 0.004 104 Y 0.011 0.123 0.027 0.470 0.066 0.100 0.015 0.038 0.008 0.005 0.067 0.037 0.020 0.004 0.004 0.005 105 K 0.021 0.144 0.052 0.358 0.023 0.098 0.014 0.071 0.032 0.014 0.040 0.074 0.024 0.005 0.012 0.017 106 N 0.070 0.152 0.131 0.316 0.004 0.069 0.012 0.018 0.060 0.012 0.035 0.021 0.027 0.002 0.014 0.057 107 R 0.075 0.124 0.373 0.354 0.001 0.010 0.002 0.002 0.015 0.002 0.004 0.007 0.005 0.001 0.002 0.024 108 V 0.037 0.025 0.435 0.487 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 A 0.004 0.015 0.314 0.653 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.014 0.010 0.971 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 S 0.001 0.007 0.012 0.978 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.001 0.006 0.005 0.555 0.403 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.015 0.965 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.024 0.001 0.912 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 116 G 0.001 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.102 0.589 0.253 0.019 0.004 0.001 0.001 0.009 0.006 117 D 0.341 0.013 0.017 0.010 0.001 0.002 0.001 0.003 0.482 0.036 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.074 118 K 0.303 0.005 0.656 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 119 I 0.017 0.018 0.411 0.047 0.008 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 120 C 0.001 0.586 0.022 0.354 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 121 S 0.001 0.014 0.009 0.706 0.002 0.204 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.027 0.023 0.001 0.001 0.003 122 Y 0.018 0.050 0.249 0.363 0.008 0.026 0.003 0.006 0.001 0.001 0.130 0.016 0.124 0.001 0.001 0.003 123 R 0.002 0.022 0.019 0.772 0.008 0.041 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.049 0.069 0.003 0.001 0.001 124 E 0.008 0.074 0.066 0.398 0.025 0.073 0.007 0.013 0.004 0.001 0.024 0.015 0.265 0.003 0.004 0.018 125 Y 0.003 0.022 0.029 0.195 0.289 0.050 0.146 0.007 0.003 0.004 0.017 0.010 0.061 0.153 0.002 0.011 126 F 0.012 0.045 0.062 0.113 0.012 0.022 0.017 0.366 0.005 0.003 0.020 0.009 0.044 0.005 0.261 0.005 127 G 0.005 0.017 0.012 0.042 0.049 0.164 0.022 0.009 0.183 0.187 0.026 0.025 0.090 0.009 0.005 0.153 128 S 0.217 0.021 0.014 0.012 0.074 0.014 0.035 0.031 0.002 0.005 0.301 0.027 0.040 0.190 0.010 0.006 129 D 0.005 0.079 0.056 0.014 0.002 0.017 0.005 0.153 0.020 0.005 0.014 0.088 0.024 0.005 0.504 0.009 130 G 0.024 0.015 0.074 0.035 0.006 0.027 0.023 0.003 0.087 0.066 0.028 0.019 0.121 0.006 0.015 0.451 131 K 0.469 0.054 0.153 0.049 0.019 0.019 0.029 0.012 0.003 0.003 0.033 0.032 0.068 0.012 0.010 0.033 132 S 0.021 0.080 0.251 0.071 0.043 0.194 0.090 0.031 0.010 0.009 0.035 0.043 0.061 0.023 0.022 0.017 133 N 0.022 0.118 0.095 0.093 0.048 0.118 0.038 0.069 0.020 0.016 0.177 0.040 0.071 0.013 0.032 0.030