# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.018 0.001 0.092 0.062 0.108 0.139 0.004 0.001 0.046 0.501 2 M 0.023 0.008 0.002 0.073 0.064 0.084 0.132 0.003 0.001 0.093 0.517 3 T 0.022 0.014 0.002 0.102 0.076 0.093 0.119 0.002 0.001 0.081 0.489 4 H 0.067 0.025 0.002 0.056 0.024 0.033 0.115 0.006 0.001 0.071 0.600 5 Y 0.127 0.019 0.005 0.036 0.020 0.018 0.140 0.009 0.002 0.170 0.454 6 S 0.080 0.121 0.004 0.027 0.008 0.011 0.111 0.007 0.001 0.062 0.568 7 D 0.073 0.313 0.002 0.007 0.003 0.006 0.058 0.007 0.001 0.032 0.499 8 N 0.035 0.611 0.002 0.004 0.003 0.005 0.046 0.007 0.001 0.050 0.237 9 T 0.007 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.016 0.050 10 L 0.008 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.033 0.026 11 K 0.011 0.843 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.002 0.001 0.103 0.024 12 V 0.008 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.065 0.016 13 A 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 14 H 0.008 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.009 15 Q 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.010 16 G 0.002 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.042 0.010 17 F 0.008 0.647 0.008 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.320 0.009 18 E 0.007 0.668 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.284 0.025 19 F 0.013 0.804 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.002 0.121 0.031 20 F 0.040 0.831 0.016 0.002 0.002 0.002 0.007 0.013 0.003 0.060 0.024 21 T 0.065 0.642 0.005 0.001 0.002 0.004 0.019 0.004 0.002 0.068 0.190 22 Q 0.037 0.214 0.015 0.012 0.007 0.013 0.070 0.006 0.004 0.288 0.334 23 G 0.071 0.094 0.065 0.025 0.012 0.020 0.107 0.016 0.020 0.313 0.257 24 L 0.234 0.094 0.009 0.024 0.012 0.009 0.101 0.010 0.003 0.092 0.413 25 A 0.067 0.132 0.002 0.009 0.003 0.005 0.068 0.007 0.001 0.036 0.671 26 T 0.048 0.195 0.003 0.013 0.002 0.004 0.104 0.004 0.001 0.072 0.555 27 G 0.030 0.384 0.005 0.014 0.004 0.005 0.081 0.009 0.001 0.050 0.418 28 E 0.039 0.770 0.002 0.003 0.003 0.003 0.022 0.009 0.001 0.031 0.119 29 W 0.039 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.014 0.041 30 Q 0.046 0.811 0.005 0.001 0.002 0.004 0.010 0.006 0.001 0.058 0.056 31 K 0.040 0.820 0.005 0.003 0.001 0.004 0.012 0.009 0.003 0.038 0.066 32 F 0.096 0.705 0.012 0.002 0.003 0.006 0.019 0.025 0.007 0.040 0.087 33 L 0.166 0.272 0.023 0.008 0.012 0.021 0.047 0.020 0.007 0.197 0.225 34 D 0.084 0.130 0.009 0.014 0.009 0.017 0.083 0.005 0.005 0.188 0.456 35 M 0.023 0.151 0.018 0.041 0.016 0.016 0.113 0.007 0.003 0.138 0.473 36 L 0.107 0.272 0.015 0.016 0.009 0.012 0.095 0.029 0.005 0.076 0.364 37 T 0.340 0.122 0.006 0.008 0.006 0.009 0.071 0.010 0.003 0.195 0.231 38 E 0.026 0.134 0.007 0.039 0.006 0.013 0.116 0.005 0.002 0.117 0.536 39 D 0.065 0.114 0.014 0.051 0.014 0.047 0.143 0.012 0.003 0.170 0.366 40 F 0.078 0.054 0.006 0.143 0.029 0.058 0.140 0.013 0.002 0.110 0.366 41 T 0.036 0.018 0.003 0.157 0.030 0.058 0.087 0.003 0.001 0.119 0.488 42 F 0.006 0.009 0.002 0.213 0.091 0.130 0.107 0.001 0.001 0.053 0.388 43 W 0.032 0.017 0.004 0.121 0.049 0.072 0.127 0.004 0.001 0.077 0.495 44 F 0.123 0.013 0.002 0.076 0.086 0.069 0.144 0.006 0.001 0.084 0.396 45 P 0.107 0.022 0.003 0.050 0.012 0.023 0.114 0.005 0.001 0.059 0.603 46 M 0.047 0.012 0.003 0.041 0.017 0.027 0.160 0.004 0.001 0.041 0.648 47 G 0.154 0.024 0.006 0.030 0.014 0.026 0.120 0.011 0.001 0.048 0.564 48 E 0.190 0.020 0.002 0.021 0.017 0.023 0.120 0.006 0.001 0.053 0.546 49 F 0.046 0.016 0.003 0.030 0.015 0.027 0.126 0.003 0.001 0.054 0.679 50 H 0.019 0.024 0.002 0.037 0.023 0.042 0.150 0.003 0.001 0.031 0.668 51 G 0.112 0.083 0.004 0.028 0.018 0.024 0.097 0.010 0.001 0.093 0.530 52 L 0.090 0.269 0.001 0.013 0.024 0.021 0.083 0.006 0.001 0.045 0.447 53 N 0.050 0.498 0.001 0.013 0.005 0.012 0.048 0.005 0.001 0.061 0.308 54 V 0.008 0.557 0.001 0.010 0.004 0.011 0.057 0.004 0.001 0.087 0.259 55 G 0.009 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.027 0.027 56 K 0.011 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.007 57 E 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.006 58 R 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.005 59 A 0.009 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.007 60 K 0.020 0.138 0.012 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.782 0.031 61 E 0.042 0.494 0.029 0.003 0.001 0.002 0.030 0.008 0.009 0.255 0.127 62 F 0.070 0.658 0.013 0.002 0.002 0.002 0.032 0.027 0.004 0.095 0.095 63 F 0.159 0.279 0.035 0.006 0.001 0.002 0.049 0.031 0.011 0.183 0.244 64 T 0.028 0.139 0.005 0.008 0.003 0.006 0.101 0.002 0.002 0.109 0.600 65 Y 0.022 0.117 0.008 0.025 0.005 0.008 0.092 0.005 0.002 0.149 0.569 66 V 0.091 0.210 0.012 0.033 0.010 0.010 0.167 0.012 0.003 0.138 0.314 67 S 0.165 0.223 0.003 0.009 0.003 0.006 0.084 0.011 0.002 0.075 0.420 68 E 0.096 0.070 0.006 0.036 0.003 0.008 0.103 0.006 0.002 0.211 0.457 69 S 0.030 0.068 0.016 0.060 0.013 0.030 0.164 0.004 0.003 0.187 0.426 70 F 0.087 0.140 0.006 0.057 0.022 0.034 0.118 0.009 0.001 0.058 0.469 71 H 0.124 0.127 0.006 0.031 0.023 0.045 0.093 0.010 0.002 0.083 0.455 72 T 0.046 0.106 0.003 0.036 0.029 0.062 0.106 0.004 0.001 0.058 0.549 73 G 0.056 0.045 0.005 0.062 0.057 0.123 0.115 0.004 0.001 0.106 0.426 74 I 0.016 0.007 0.003 0.058 0.116 0.164 0.164 0.001 0.001 0.099 0.370 75 Q 0.037 0.020 0.003 0.095 0.101 0.129 0.108 0.003 0.001 0.066 0.437 76 I 0.089 0.028 0.004 0.045 0.064 0.086 0.104 0.005 0.001 0.069 0.506 77 S 0.052 0.030 0.003 0.053 0.051 0.101 0.133 0.004 0.001 0.070 0.502 78 S 0.039 0.033 0.002 0.049 0.066 0.137 0.110 0.003 0.001 0.047 0.512 79 L 0.016 0.007 0.001 0.048 0.119 0.207 0.120 0.001 0.001 0.082 0.399 80 D 0.010 0.004 0.001 0.057 0.184 0.265 0.086 0.001 0.001 0.079 0.312 81 R 0.018 0.005 0.003 0.055 0.184 0.257 0.070 0.002 0.001 0.084 0.321 82 V 0.046 0.002 0.003 0.026 0.122 0.176 0.096 0.002 0.001 0.074 0.451 83 T 0.169 0.002 0.003 0.017 0.068 0.105 0.083 0.002 0.001 0.097 0.453 84 S 0.053 0.001 0.001 0.018 0.023 0.038 0.110 0.001 0.001 0.060 0.694 85 N 0.024 0.001 0.002 0.017 0.034 0.046 0.147 0.001 0.001 0.050 0.679 86 E 0.003 0.001 0.001 0.029 0.110 0.114 0.138 0.001 0.001 0.041 0.563 87 T 0.001 0.002 0.001 0.095 0.234 0.338 0.054 0.001 0.001 0.058 0.215 88 T 0.001 0.003 0.001 0.118 0.270 0.403 0.028 0.001 0.001 0.044 0.133 89 V 0.001 0.003 0.001 0.136 0.371 0.404 0.010 0.001 0.001 0.016 0.059 90 V 0.001 0.003 0.001 0.086 0.366 0.463 0.008 0.001 0.001 0.021 0.050 91 F 0.003 0.003 0.001 0.136 0.333 0.418 0.016 0.001 0.001 0.028 0.062 92 E 0.008 0.005 0.001 0.128 0.295 0.428 0.022 0.001 0.001 0.028 0.084 93 F 0.038 0.006 0.006 0.113 0.198 0.280 0.060 0.004 0.001 0.073 0.221 94 R 0.061 0.009 0.002 0.039 0.220 0.226 0.076 0.003 0.001 0.034 0.328 95 D 0.188 0.020 0.002 0.019 0.053 0.114 0.061 0.005 0.001 0.023 0.513 96 E 0.024 0.006 0.002 0.014 0.085 0.095 0.085 0.002 0.001 0.023 0.664 97 G 0.026 0.003 0.019 0.021 0.159 0.226 0.067 0.002 0.002 0.052 0.421 98 L 0.093 0.001 0.001 0.015 0.184 0.171 0.059 0.002 0.001 0.037 0.437 99 F 0.423 0.001 0.001 0.014 0.043 0.039 0.054 0.002 0.001 0.035 0.388 100 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.052 0.108 0.001 0.001 0.006 0.795 101 G 0.016 0.002 0.001 0.010 0.022 0.031 0.064 0.001 0.001 0.015 0.839 102 K 0.018 0.002 0.001 0.018 0.363 0.147 0.093 0.001 0.001 0.054 0.303 103 P 0.018 0.013 0.001 0.027 0.037 0.065 0.105 0.002 0.001 0.063 0.669 104 Y 0.132 0.018 0.002 0.025 0.117 0.159 0.090 0.003 0.001 0.072 0.384 105 K 0.036 0.021 0.001 0.054 0.037 0.136 0.110 0.002 0.001 0.053 0.549 106 N 0.010 0.008 0.002 0.042 0.099 0.255 0.092 0.001 0.001 0.089 0.403 107 R 0.005 0.003 0.002 0.116 0.232 0.341 0.054 0.001 0.001 0.102 0.144 108 V 0.003 0.002 0.001 0.165 0.251 0.419 0.030 0.001 0.001 0.044 0.084 109 A 0.002 0.001 0.001 0.089 0.266 0.469 0.028 0.001 0.001 0.028 0.118 110 V 0.001 0.001 0.001 0.108 0.315 0.483 0.016 0.001 0.001 0.012 0.065 111 S 0.001 0.001 0.001 0.056 0.303 0.531 0.015 0.001 0.001 0.022 0.072 112 F 0.001 0.001 0.001 0.040 0.479 0.405 0.014 0.001 0.001 0.015 0.046 113 D 0.033 0.001 0.003 0.048 0.286 0.345 0.036 0.001 0.001 0.055 0.192 114 V 0.366 0.001 0.001 0.032 0.079 0.067 0.052 0.002 0.001 0.095 0.305 115 R 0.088 0.002 0.001 0.019 0.016 0.024 0.087 0.002 0.001 0.031 0.731 116 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.015 0.019 0.071 0.001 0.001 0.015 0.865 117 D 0.007 0.002 0.001 0.026 0.247 0.078 0.055 0.001 0.001 0.059 0.523 118 K 0.003 0.006 0.001 0.055 0.381 0.374 0.028 0.001 0.001 0.064 0.087 119 I 0.004 0.012 0.001 0.038 0.198 0.254 0.038 0.001 0.001 0.078 0.375 120 C 0.003 0.008 0.001 0.030 0.468 0.361 0.015 0.001 0.001 0.036 0.078 121 S 0.006 0.033 0.001 0.042 0.198 0.476 0.022 0.001 0.001 0.059 0.161 122 Y 0.042 0.041 0.004 0.035 0.233 0.278 0.059 0.007 0.002 0.081 0.218 123 R 0.082 0.022 0.006 0.084 0.156 0.236 0.076 0.006 0.002 0.121 0.208 124 E 0.078 0.014 0.002 0.070 0.051 0.128 0.088 0.004 0.001 0.073 0.489 125 Y 0.038 0.006 0.004 0.076 0.050 0.078 0.150 0.003 0.001 0.076 0.517 126 F 0.019 0.007 0.004 0.041 0.040 0.053 0.151 0.003 0.001 0.047 0.633 127 G 0.242 0.028 0.002 0.017 0.026 0.028 0.089 0.007 0.001 0.047 0.515 128 S 0.122 0.019 0.002 0.012 0.014 0.017 0.113 0.007 0.001 0.053 0.640 129 D 0.061 0.014 0.006 0.027 0.019 0.034 0.156 0.006 0.002 0.087 0.588 130 G 0.104 0.010 0.005 0.028 0.025 0.045 0.131 0.005 0.002 0.060 0.587 131 K 0.094 0.008 0.002 0.021 0.025 0.038 0.124 0.003 0.001 0.040 0.644 132 S 0.079 0.011 0.002 0.013 0.014 0.025 0.109 0.003 0.001 0.037 0.709 133 N 0.047 0.013 0.001 0.017 0.018 0.027 0.139 0.002 0.001 0.032 0.702