# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.034 0.033 0.057 0.102 0.123 0.045 0.561 2 M 0.046 0.027 0.047 0.060 0.077 0.132 0.067 0.545 3 T 0.071 0.035 0.043 0.047 0.071 0.121 0.101 0.510 4 H 0.165 0.043 0.026 0.018 0.025 0.110 0.101 0.513 5 Y 0.092 0.037 0.032 0.014 0.016 0.121 0.159 0.529 6 S 0.080 0.148 0.013 0.004 0.007 0.098 0.058 0.591 7 D 0.105 0.328 0.007 0.004 0.005 0.070 0.065 0.416 8 N 0.021 0.599 0.008 0.006 0.007 0.049 0.077 0.232 9 T 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.031 10 L 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.017 11 K 0.005 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.011 12 V 0.003 0.916 0.001 0.001 0.001 0.002 0.064 0.012 13 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 14 H 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.014 15 Q 0.003 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.023 16 G 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 17 F 0.009 0.157 0.008 0.001 0.001 0.003 0.814 0.008 18 E 0.015 0.602 0.007 0.001 0.001 0.013 0.316 0.044 19 F 0.017 0.785 0.015 0.002 0.002 0.015 0.079 0.084 20 F 0.024 0.766 0.044 0.003 0.004 0.013 0.093 0.054 21 T 0.072 0.627 0.010 0.004 0.009 0.033 0.107 0.138 22 Q 0.059 0.114 0.069 0.008 0.010 0.054 0.433 0.252 23 G 0.069 0.042 0.154 0.011 0.013 0.092 0.419 0.200 24 L 0.191 0.057 0.066 0.013 0.014 0.130 0.082 0.447 25 A 0.084 0.098 0.019 0.003 0.007 0.071 0.025 0.693 26 T 0.081 0.131 0.013 0.003 0.006 0.112 0.049 0.607 27 G 0.043 0.292 0.019 0.009 0.010 0.126 0.094 0.407 28 E 0.026 0.749 0.008 0.003 0.004 0.031 0.051 0.128 29 W 0.031 0.900 0.003 0.001 0.002 0.008 0.012 0.043 30 Q 0.061 0.803 0.006 0.002 0.003 0.017 0.044 0.064 31 K 0.035 0.756 0.008 0.002 0.004 0.022 0.088 0.085 32 F 0.073 0.667 0.012 0.003 0.005 0.022 0.134 0.083 33 L 0.100 0.112 0.034 0.004 0.005 0.033 0.631 0.082 34 D 0.101 0.101 0.026 0.005 0.007 0.113 0.209 0.437 35 M 0.039 0.099 0.041 0.010 0.015 0.126 0.074 0.597 36 L 0.071 0.096 0.071 0.014 0.021 0.166 0.107 0.454 37 T 0.173 0.063 0.017 0.006 0.010 0.123 0.246 0.363 38 E 0.033 0.061 0.051 0.012 0.025 0.139 0.097 0.583 39 D 0.025 0.076 0.152 0.034 0.075 0.135 0.081 0.422 40 F 0.026 0.023 0.264 0.068 0.118 0.096 0.109 0.296 41 T 0.025 0.016 0.273 0.080 0.120 0.064 0.128 0.294 42 F 0.013 0.009 0.244 0.147 0.235 0.066 0.049 0.237 43 W 0.022 0.009 0.242 0.075 0.098 0.097 0.052 0.406 44 F 0.150 0.021 0.134 0.088 0.101 0.104 0.081 0.320 45 P 0.085 0.023 0.065 0.028 0.047 0.123 0.068 0.561 46 M 0.060 0.013 0.040 0.027 0.043 0.148 0.049 0.620 47 G 0.097 0.021 0.038 0.031 0.044 0.130 0.066 0.573 48 E 0.204 0.026 0.020 0.019 0.024 0.119 0.063 0.526 49 F 0.087 0.016 0.022 0.020 0.031 0.127 0.048 0.649 50 H 0.045 0.021 0.024 0.019 0.030 0.146 0.039 0.675 51 G 0.094 0.039 0.038 0.022 0.043 0.132 0.109 0.522 52 L 0.088 0.070 0.031 0.023 0.026 0.121 0.038 0.604 53 N 0.098 0.210 0.026 0.018 0.026 0.099 0.044 0.478 54 V 0.017 0.299 0.022 0.012 0.019 0.110 0.077 0.444 55 G 0.015 0.858 0.004 0.002 0.004 0.015 0.038 0.064 56 K 0.017 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.018 57 E 0.010 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.021 58 R 0.011 0.924 0.003 0.001 0.002 0.005 0.031 0.025 59 A 0.035 0.844 0.004 0.001 0.001 0.005 0.091 0.020 60 K 0.032 0.146 0.009 0.001 0.001 0.012 0.765 0.033 61 E 0.034 0.404 0.017 0.002 0.002 0.041 0.333 0.167 62 F 0.080 0.477 0.043 0.004 0.005 0.033 0.227 0.132 63 F 0.091 0.145 0.060 0.007 0.008 0.062 0.426 0.200 64 T 0.054 0.090 0.021 0.006 0.010 0.122 0.104 0.592 65 Y 0.034 0.097 0.060 0.010 0.014 0.100 0.139 0.547 66 V 0.059 0.087 0.073 0.013 0.019 0.152 0.113 0.486 67 S 0.240 0.082 0.019 0.007 0.010 0.083 0.103 0.456 68 E 0.079 0.041 0.052 0.014 0.020 0.107 0.111 0.577 69 S 0.036 0.023 0.076 0.017 0.033 0.142 0.094 0.579 70 F 0.081 0.028 0.048 0.026 0.030 0.140 0.045 0.603 71 H 0.114 0.041 0.054 0.034 0.048 0.103 0.083 0.524 72 T 0.047 0.034 0.032 0.029 0.059 0.116 0.063 0.621 73 G 0.068 0.025 0.065 0.052 0.094 0.124 0.098 0.475 74 I 0.027 0.014 0.100 0.109 0.132 0.098 0.106 0.413 75 Q 0.041 0.022 0.082 0.078 0.122 0.095 0.065 0.495 76 I 0.078 0.017 0.051 0.077 0.097 0.104 0.071 0.506 77 S 0.034 0.020 0.061 0.090 0.151 0.103 0.055 0.485 78 S 0.053 0.030 0.027 0.065 0.127 0.105 0.073 0.520 79 L 0.034 0.014 0.051 0.120 0.152 0.100 0.114 0.415 80 D 0.029 0.011 0.060 0.106 0.170 0.103 0.119 0.403 81 R 0.028 0.004 0.056 0.135 0.186 0.086 0.071 0.434 82 V 0.047 0.002 0.053 0.105 0.139 0.092 0.050 0.511 83 T 0.171 0.002 0.023 0.048 0.076 0.108 0.075 0.497 84 S 0.021 0.001 0.015 0.013 0.028 0.119 0.027 0.775 85 N 0.047 0.008 0.021 0.024 0.032 0.179 0.087 0.602 86 E 0.007 0.007 0.053 0.057 0.112 0.173 0.037 0.554 87 T 0.001 0.005 0.103 0.174 0.405 0.046 0.060 0.205 88 T 0.001 0.005 0.114 0.207 0.489 0.020 0.073 0.091 89 V 0.001 0.004 0.127 0.396 0.380 0.009 0.039 0.044 90 V 0.003 0.004 0.150 0.342 0.386 0.011 0.049 0.057 91 F 0.004 0.002 0.137 0.381 0.392 0.012 0.026 0.047 92 E 0.007 0.002 0.107 0.281 0.392 0.032 0.043 0.135 93 F 0.026 0.003 0.057 0.300 0.336 0.051 0.046 0.181 94 R 0.077 0.008 0.034 0.123 0.148 0.082 0.053 0.476 95 D 0.147 0.014 0.019 0.094 0.113 0.082 0.064 0.466 96 E 0.034 0.010 0.032 0.048 0.125 0.096 0.044 0.611 97 G 0.040 0.003 0.049 0.125 0.172 0.074 0.054 0.483 98 L 0.073 0.002 0.033 0.137 0.167 0.073 0.031 0.483 99 F 0.141 0.002 0.017 0.059 0.064 0.084 0.038 0.596 100 L 0.005 0.001 0.011 0.030 0.089 0.090 0.012 0.762 101 G 0.027 0.005 0.015 0.038 0.072 0.097 0.032 0.714 102 K 0.009 0.003 0.025 0.345 0.156 0.074 0.031 0.357 103 P 0.059 0.010 0.029 0.033 0.056 0.098 0.067 0.648 104 Y 0.167 0.017 0.023 0.054 0.064 0.135 0.087 0.454 105 K 0.024 0.016 0.029 0.025 0.082 0.120 0.035 0.670 106 N 0.023 0.011 0.036 0.085 0.173 0.138 0.050 0.484 107 R 0.002 0.004 0.087 0.187 0.438 0.052 0.058 0.172 108 V 0.001 0.002 0.064 0.240 0.495 0.028 0.067 0.103 109 A 0.001 0.001 0.037 0.315 0.572 0.008 0.023 0.042 110 V 0.001 0.001 0.022 0.525 0.413 0.004 0.014 0.021 111 S 0.001 0.001 0.014 0.348 0.579 0.007 0.013 0.038 112 F 0.001 0.001 0.026 0.456 0.470 0.007 0.005 0.035 113 D 0.001 0.001 0.028 0.359 0.517 0.012 0.016 0.066 114 V 0.098 0.001 0.021 0.174 0.166 0.060 0.051 0.429 115 R 0.589 0.002 0.008 0.017 0.013 0.045 0.074 0.253 116 G 0.032 0.002 0.005 0.005 0.037 0.067 0.019 0.833 117 D 0.016 0.002 0.013 0.071 0.165 0.074 0.025 0.635 118 K 0.001 0.001 0.024 0.390 0.473 0.013 0.015 0.084 119 I 0.007 0.005 0.045 0.263 0.197 0.047 0.075 0.360 120 C 0.006 0.003 0.033 0.496 0.363 0.015 0.018 0.066 121 S 0.010 0.014 0.046 0.238 0.407 0.028 0.056 0.201 122 Y 0.028 0.018 0.028 0.241 0.395 0.047 0.040 0.203 123 R 0.038 0.018 0.075 0.321 0.251 0.058 0.045 0.193 124 E 0.043 0.016 0.076 0.151 0.246 0.084 0.055 0.330 125 Y 0.039 0.009 0.067 0.107 0.163 0.117 0.073 0.427 126 F 0.038 0.011 0.041 0.053 0.081 0.133 0.039 0.605 127 G 0.276 0.037 0.015 0.028 0.035 0.083 0.098 0.427 128 S 0.087 0.022 0.015 0.022 0.035 0.116 0.051 0.652 129 D 0.068 0.008 0.028 0.031 0.051 0.127 0.053 0.634 130 G 0.120 0.004 0.035 0.051 0.080 0.111 0.052 0.547 131 K 0.089 0.002 0.016 0.027 0.039 0.116 0.036 0.675 132 S 0.028 0.002 0.013 0.015 0.026 0.130 0.025 0.762 133 N 0.037 0.006 0.022 0.015 0.035 0.138 0.050 0.698