# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.241 0.108 0.060 0.137 0.113 0.083 0.112 0.071 0.041 0.023 0.013 2 M 0.029 0.029 0.021 0.042 0.046 0.068 0.129 0.121 0.192 0.179 0.145 3 T 0.122 0.120 0.067 0.161 0.160 0.105 0.111 0.067 0.046 0.026 0.014 4 H 0.285 0.153 0.104 0.180 0.105 0.055 0.051 0.032 0.019 0.010 0.006 5 Y 0.054 0.056 0.027 0.085 0.095 0.128 0.187 0.135 0.108 0.078 0.046 6 S 0.135 0.206 0.052 0.133 0.104 0.092 0.120 0.068 0.048 0.029 0.013 7 D 0.458 0.201 0.070 0.130 0.065 0.031 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 8 N 0.536 0.132 0.051 0.088 0.057 0.042 0.044 0.023 0.014 0.009 0.004 9 T 0.145 0.289 0.066 0.171 0.102 0.069 0.074 0.042 0.024 0.014 0.005 10 L 0.027 0.027 0.027 0.065 0.101 0.196 0.238 0.134 0.098 0.061 0.028 11 K 0.283 0.166 0.276 0.172 0.063 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 12 V 0.019 0.044 0.080 0.165 0.163 0.172 0.189 0.093 0.043 0.023 0.008 13 A 0.003 0.005 0.011 0.017 0.031 0.054 0.137 0.162 0.220 0.226 0.134 14 H 0.021 0.029 0.179 0.185 0.174 0.163 0.141 0.061 0.028 0.015 0.004 15 Q 0.010 0.043 0.467 0.221 0.116 0.073 0.043 0.017 0.006 0.003 0.001 16 G 0.002 0.004 0.014 0.015 0.029 0.044 0.127 0.152 0.221 0.212 0.179 17 F 0.001 0.002 0.004 0.009 0.023 0.060 0.169 0.162 0.230 0.217 0.123 18 E 0.022 0.052 0.511 0.220 0.101 0.044 0.026 0.012 0.007 0.004 0.002 19 F 0.006 0.009 0.046 0.058 0.103 0.199 0.300 0.145 0.071 0.043 0.020 20 F 0.002 0.003 0.006 0.007 0.010 0.019 0.056 0.098 0.239 0.283 0.278 21 T 0.010 0.013 0.023 0.055 0.090 0.135 0.253 0.163 0.128 0.088 0.041 22 Q 0.043 0.073 0.301 0.232 0.144 0.083 0.057 0.030 0.019 0.011 0.006 23 G 0.046 0.031 0.044 0.074 0.100 0.127 0.239 0.151 0.092 0.059 0.037 24 L 0.018 0.019 0.015 0.036 0.045 0.068 0.135 0.145 0.193 0.188 0.138 25 A 0.051 0.096 0.059 0.102 0.109 0.126 0.181 0.105 0.083 0.058 0.030 26 T 0.179 0.236 0.146 0.208 0.110 0.053 0.034 0.016 0.009 0.005 0.003 27 G 0.654 0.088 0.030 0.056 0.045 0.031 0.044 0.025 0.013 0.008 0.005 28 E 0.247 0.323 0.047 0.157 0.083 0.047 0.044 0.025 0.014 0.008 0.004 29 W 0.007 0.014 0.008 0.024 0.042 0.093 0.156 0.144 0.205 0.176 0.130 30 Q 0.279 0.119 0.147 0.199 0.126 0.058 0.040 0.019 0.007 0.003 0.002 31 K 0.060 0.104 0.188 0.276 0.155 0.096 0.077 0.027 0.010 0.005 0.002 32 F 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.023 0.056 0.095 0.241 0.296 0.263 33 L 0.002 0.004 0.005 0.024 0.058 0.136 0.269 0.172 0.158 0.126 0.045 34 D 0.010 0.045 0.603 0.219 0.072 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 35 M 0.004 0.003 0.015 0.022 0.048 0.205 0.324 0.153 0.111 0.085 0.030 36 L 0.001 0.004 0.004 0.007 0.008 0.019 0.053 0.083 0.248 0.316 0.257 37 T 0.009 0.012 0.021 0.054 0.105 0.134 0.215 0.154 0.136 0.091 0.068 38 E 0.196 0.121 0.296 0.190 0.091 0.043 0.033 0.015 0.008 0.004 0.003 39 D 0.017 0.025 0.034 0.088 0.114 0.144 0.262 0.152 0.084 0.051 0.028 40 F 0.004 0.005 0.004 0.009 0.011 0.028 0.057 0.088 0.220 0.292 0.281 41 T 0.032 0.056 0.046 0.141 0.159 0.143 0.151 0.102 0.081 0.052 0.035 42 F 0.012 0.011 0.027 0.033 0.044 0.074 0.125 0.144 0.196 0.199 0.135 43 W 0.013 0.021 0.020 0.063 0.082 0.109 0.174 0.156 0.155 0.126 0.081 44 F 0.015 0.013 0.013 0.034 0.045 0.070 0.133 0.163 0.205 0.182 0.126 45 P 0.067 0.058 0.048 0.112 0.113 0.105 0.138 0.113 0.108 0.079 0.059 46 M 0.049 0.045 0.033 0.090 0.091 0.103 0.158 0.124 0.133 0.102 0.072 47 G 0.157 0.106 0.040 0.113 0.099 0.092 0.120 0.089 0.082 0.060 0.041 48 E 0.232 0.148 0.053 0.151 0.105 0.079 0.085 0.056 0.043 0.029 0.019 49 F 0.096 0.076 0.032 0.100 0.093 0.113 0.139 0.108 0.101 0.084 0.059 50 H 0.148 0.102 0.039 0.130 0.114 0.096 0.115 0.091 0.075 0.053 0.036 51 G 0.124 0.128 0.038 0.106 0.091 0.101 0.124 0.092 0.088 0.066 0.042 52 L 0.070 0.057 0.023 0.101 0.112 0.107 0.140 0.117 0.117 0.084 0.071 53 N 0.358 0.113 0.041 0.087 0.074 0.063 0.088 0.060 0.052 0.040 0.023 54 V 0.112 0.107 0.034 0.189 0.178 0.119 0.110 0.070 0.043 0.024 0.015 55 G 0.065 0.174 0.028 0.057 0.055 0.060 0.117 0.106 0.131 0.128 0.079 56 K 0.056 0.054 0.026 0.150 0.219 0.189 0.167 0.069 0.040 0.018 0.010 57 E 0.792 0.073 0.072 0.042 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.008 0.028 0.023 0.141 0.146 0.262 0.241 0.075 0.047 0.023 0.007 59 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.036 0.071 0.227 0.321 0.327 60 K 0.009 0.019 0.206 0.233 0.255 0.148 0.085 0.028 0.010 0.004 0.001 61 E 0.004 0.024 0.731 0.155 0.051 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.057 0.128 0.121 0.248 0.263 0.162 63 F 0.002 0.003 0.004 0.009 0.019 0.047 0.151 0.156 0.236 0.243 0.130 64 T 0.011 0.036 0.570 0.199 0.097 0.044 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 65 Y 0.036 0.041 0.161 0.136 0.160 0.166 0.190 0.070 0.023 0.011 0.005 66 V 0.008 0.012 0.010 0.014 0.018 0.034 0.102 0.147 0.229 0.225 0.200 67 S 0.076 0.062 0.037 0.106 0.140 0.138 0.184 0.115 0.071 0.046 0.025 68 E 0.250 0.168 0.239 0.189 0.078 0.032 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 69 S 0.102 0.073 0.051 0.110 0.117 0.127 0.185 0.102 0.068 0.041 0.024 70 F 0.036 0.033 0.018 0.048 0.055 0.083 0.156 0.152 0.169 0.148 0.101 71 H 0.107 0.186 0.127 0.221 0.142 0.084 0.062 0.035 0.020 0.011 0.006 72 T 0.099 0.071 0.076 0.131 0.121 0.118 0.136 0.097 0.071 0.049 0.031 73 G 0.206 0.107 0.054 0.128 0.104 0.084 0.115 0.078 0.059 0.041 0.024 74 I 0.061 0.064 0.042 0.121 0.118 0.123 0.155 0.117 0.096 0.066 0.037 75 Q 0.045 0.048 0.046 0.089 0.095 0.118 0.148 0.120 0.126 0.101 0.064 76 I 0.052 0.059 0.050 0.112 0.117 0.124 0.169 0.116 0.096 0.065 0.039 77 S 0.114 0.110 0.083 0.170 0.140 0.103 0.109 0.074 0.051 0.030 0.018 78 S 0.093 0.083 0.049 0.113 0.102 0.093 0.131 0.107 0.102 0.078 0.051 79 L 0.038 0.037 0.024 0.086 0.100 0.116 0.168 0.141 0.131 0.098 0.060 80 D 0.177 0.133 0.095 0.174 0.124 0.088 0.087 0.054 0.035 0.022 0.010 81 R 0.062 0.059 0.063 0.143 0.133 0.150 0.161 0.095 0.068 0.044 0.022 82 V 0.038 0.038 0.027 0.060 0.069 0.099 0.168 0.138 0.153 0.129 0.081 83 T 0.091 0.121 0.060 0.129 0.116 0.104 0.136 0.086 0.074 0.053 0.030 84 S 0.233 0.259 0.093 0.167 0.095 0.052 0.044 0.025 0.015 0.011 0.006 85 N 0.426 0.206 0.042 0.115 0.068 0.043 0.042 0.026 0.015 0.010 0.005 86 E 0.408 0.170 0.035 0.122 0.081 0.057 0.054 0.035 0.020 0.012 0.006 87 T 0.081 0.078 0.041 0.129 0.124 0.138 0.155 0.110 0.072 0.047 0.025 88 T 0.017 0.032 0.033 0.088 0.107 0.164 0.181 0.121 0.120 0.087 0.050 89 V 0.003 0.008 0.012 0.023 0.036 0.070 0.134 0.138 0.220 0.206 0.151 90 V 0.006 0.013 0.025 0.068 0.097 0.115 0.154 0.137 0.161 0.134 0.090 91 F 0.007 0.007 0.018 0.032 0.052 0.076 0.144 0.156 0.193 0.184 0.131 92 E 0.014 0.024 0.041 0.119 0.145 0.131 0.171 0.132 0.105 0.073 0.043 93 F 0.005 0.007 0.010 0.017 0.028 0.056 0.128 0.135 0.222 0.220 0.172 94 R 0.052 0.087 0.080 0.202 0.179 0.108 0.117 0.074 0.050 0.031 0.020 95 D 0.151 0.176 0.096 0.147 0.094 0.090 0.105 0.058 0.041 0.029 0.014 96 E 0.205 0.159 0.054 0.174 0.122 0.088 0.081 0.051 0.034 0.020 0.013 97 G 0.377 0.152 0.041 0.096 0.066 0.056 0.078 0.058 0.037 0.026 0.014 98 L 0.065 0.067 0.051 0.143 0.135 0.162 0.137 0.084 0.070 0.053 0.032 99 F 0.042 0.056 0.034 0.051 0.062 0.129 0.157 0.119 0.146 0.127 0.076 100 L 0.080 0.122 0.046 0.183 0.151 0.108 0.121 0.084 0.056 0.032 0.017 101 G 0.164 0.060 0.024 0.054 0.053 0.070 0.125 0.108 0.134 0.130 0.078 102 K 0.222 0.222 0.075 0.241 0.121 0.051 0.032 0.018 0.010 0.005 0.003 103 P 0.090 0.097 0.040 0.122 0.117 0.125 0.133 0.102 0.076 0.060 0.039 104 Y 0.015 0.018 0.009 0.037 0.057 0.090 0.142 0.158 0.172 0.151 0.151 105 K 0.193 0.185 0.071 0.192 0.135 0.071 0.073 0.040 0.022 0.013 0.006 106 N 0.021 0.015 0.022 0.056 0.068 0.098 0.146 0.126 0.170 0.162 0.115 107 R 0.033 0.059 0.046 0.152 0.154 0.142 0.165 0.101 0.075 0.048 0.025 108 V 0.005 0.012 0.015 0.048 0.063 0.094 0.185 0.160 0.183 0.139 0.096 109 A 0.002 0.003 0.006 0.011 0.022 0.037 0.053 0.079 0.173 0.240 0.374 110 V 0.005 0.010 0.015 0.036 0.065 0.089 0.173 0.165 0.188 0.166 0.088 111 S 0.006 0.014 0.022 0.081 0.123 0.122 0.160 0.137 0.141 0.114 0.079 112 F 0.004 0.002 0.004 0.006 0.013 0.023 0.071 0.120 0.220 0.247 0.291 113 D 0.052 0.129 0.090 0.330 0.203 0.081 0.063 0.025 0.015 0.006 0.004 114 V 0.003 0.004 0.005 0.005 0.012 0.012 0.038 0.067 0.139 0.187 0.529 115 R 0.096 0.340 0.071 0.213 0.156 0.056 0.035 0.016 0.009 0.006 0.003 116 G 0.639 0.149 0.034 0.078 0.033 0.022 0.022 0.010 0.007 0.004 0.002 117 D 0.517 0.137 0.043 0.112 0.060 0.046 0.037 0.021 0.013 0.008 0.005 118 K 0.049 0.130 0.042 0.181 0.151 0.142 0.149 0.077 0.046 0.022 0.011 119 I 0.011 0.017 0.018 0.027 0.038 0.070 0.106 0.121 0.190 0.209 0.192 120 C 0.023 0.036 0.063 0.119 0.142 0.176 0.183 0.109 0.078 0.049 0.023 121 S 0.113 0.126 0.158 0.234 0.117 0.076 0.076 0.045 0.030 0.018 0.007 122 Y 0.012 0.013 0.017 0.046 0.062 0.088 0.166 0.166 0.185 0.148 0.097 123 R 0.043 0.046 0.044 0.107 0.107 0.119 0.169 0.134 0.112 0.080 0.039 124 E 0.045 0.083 0.146 0.212 0.153 0.113 0.107 0.068 0.037 0.023 0.012 125 Y 0.021 0.022 0.036 0.051 0.069 0.121 0.185 0.155 0.145 0.127 0.067 126 F 0.047 0.044 0.027 0.062 0.063 0.106 0.192 0.147 0.153 0.110 0.049 127 G 0.233 0.175 0.098 0.191 0.109 0.059 0.059 0.035 0.023 0.012 0.008 128 S 0.149 0.061 0.040 0.064 0.071 0.079 0.143 0.119 0.116 0.091 0.068 129 D 0.179 0.211 0.060 0.193 0.130 0.069 0.067 0.045 0.026 0.013 0.008 130 G 0.203 0.096 0.039 0.078 0.075 0.076 0.121 0.109 0.092 0.067 0.046 131 K 0.232 0.221 0.079 0.182 0.114 0.059 0.050 0.030 0.017 0.009 0.006 132 S 0.303 0.229 0.063 0.121 0.077 0.055 0.065 0.039 0.025 0.015 0.008 133 N 0.411 0.174 0.049 0.130 0.086 0.047 0.045 0.027 0.016 0.009 0.005