# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.020 0.005 0.096 0.044 0.085 0.043 0.003 0.001 0.004 0.649 2 M 0.065 0.019 0.007 0.124 0.078 0.163 0.062 0.002 0.001 0.004 0.476 3 T 0.036 0.015 0.005 0.083 0.095 0.122 0.115 0.002 0.001 0.006 0.521 4 H 0.024 0.008 0.003 0.039 0.031 0.046 0.053 0.001 0.001 0.003 0.792 5 Y 0.032 0.017 0.003 0.045 0.025 0.050 0.326 0.001 0.001 0.006 0.495 6 S 0.066 0.018 0.001 0.020 0.009 0.023 0.413 0.002 0.001 0.009 0.438 7 D 0.160 0.054 0.002 0.017 0.008 0.015 0.112 0.002 0.001 0.011 0.619 8 N 0.129 0.064 0.007 0.007 0.004 0.005 0.164 0.002 0.001 0.008 0.612 9 T 0.058 0.058 0.009 0.006 0.002 0.004 0.432 0.002 0.001 0.005 0.425 10 L 0.058 0.242 0.005 0.008 0.008 0.019 0.226 0.002 0.001 0.005 0.427 11 K 0.027 0.420 0.001 0.003 0.006 0.008 0.118 0.001 0.001 0.002 0.414 12 V 0.025 0.657 0.002 0.001 0.002 0.002 0.113 0.001 0.001 0.001 0.197 13 A 0.013 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 14 H 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 15 Q 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 16 G 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 17 F 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 18 E 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 F 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 20 F 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 21 T 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 22 Q 0.009 0.963 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 23 G 0.031 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 24 L 0.051 0.895 0.011 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.021 25 A 0.059 0.775 0.035 0.005 0.003 0.007 0.017 0.032 0.001 0.001 0.067 26 T 0.116 0.592 0.035 0.011 0.007 0.012 0.014 0.041 0.001 0.004 0.169 27 G 0.190 0.151 0.032 0.010 0.005 0.004 0.042 0.033 0.001 0.007 0.526 28 E 0.122 0.050 0.284 0.010 0.003 0.003 0.246 0.004 0.001 0.007 0.271 29 W 0.058 0.138 0.044 0.031 0.009 0.032 0.175 0.004 0.001 0.006 0.502 30 Q 0.043 0.267 0.003 0.017 0.022 0.038 0.178 0.003 0.001 0.006 0.424 31 K 0.045 0.340 0.003 0.006 0.002 0.003 0.148 0.003 0.001 0.002 0.449 32 F 0.180 0.606 0.004 0.005 0.003 0.009 0.050 0.013 0.001 0.002 0.128 33 L 0.092 0.811 0.002 0.003 0.001 0.006 0.016 0.009 0.001 0.001 0.060 34 D 0.041 0.825 0.003 0.002 0.002 0.003 0.024 0.016 0.001 0.001 0.083 35 M 0.209 0.616 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.068 0.001 0.002 0.091 36 L 0.340 0.438 0.009 0.003 0.002 0.003 0.019 0.132 0.001 0.002 0.053 37 T 0.186 0.341 0.136 0.014 0.017 0.028 0.071 0.038 0.001 0.003 0.165 38 E 0.032 0.081 0.055 0.025 0.015 0.023 0.032 0.008 0.001 0.003 0.728 39 D 0.060 0.033 0.005 0.033 0.019 0.021 0.240 0.021 0.001 0.013 0.556 40 F 0.481 0.024 0.027 0.064 0.021 0.022 0.111 0.004 0.001 0.011 0.235 41 T 0.038 0.044 0.011 0.281 0.136 0.096 0.138 0.002 0.001 0.005 0.249 42 F 0.018 0.013 0.010 0.268 0.193 0.213 0.045 0.001 0.001 0.004 0.236 43 W 0.019 0.013 0.001 0.330 0.090 0.234 0.037 0.001 0.001 0.003 0.272 44 F 0.014 0.008 0.001 0.184 0.179 0.248 0.045 0.001 0.001 0.002 0.320 45 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 46 M 0.010 0.002 0.001 0.061 0.082 0.225 0.073 0.001 0.001 0.005 0.541 47 G 0.091 0.005 0.002 0.041 0.033 0.064 0.096 0.001 0.001 0.010 0.657 48 E 0.098 0.008 0.002 0.021 0.023 0.040 0.107 0.001 0.001 0.005 0.695 49 F 0.082 0.019 0.002 0.028 0.018 0.036 0.111 0.001 0.001 0.008 0.695 50 H 0.117 0.031 0.004 0.030 0.027 0.038 0.091 0.003 0.001 0.008 0.652 51 G 0.099 0.028 0.008 0.028 0.019 0.029 0.089 0.003 0.001 0.007 0.691 52 L 0.077 0.032 0.012 0.041 0.029 0.053 0.094 0.002 0.001 0.004 0.656 53 N 0.033 0.036 0.002 0.031 0.021 0.034 0.115 0.002 0.001 0.006 0.720 54 V 0.110 0.051 0.015 0.030 0.017 0.026 0.163 0.002 0.001 0.007 0.580 55 G 0.063 0.098 0.005 0.016 0.008 0.020 0.310 0.004 0.001 0.006 0.470 56 K 0.081 0.081 0.007 0.013 0.007 0.011 0.089 0.001 0.001 0.003 0.706 57 E 0.006 0.233 0.001 0.003 0.002 0.003 0.126 0.001 0.001 0.001 0.625 58 R 0.060 0.204 0.002 0.002 0.002 0.003 0.510 0.004 0.001 0.003 0.211 59 A 0.036 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.025 60 K 0.023 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.039 61 E 0.021 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.056 62 F 0.063 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.031 63 F 0.043 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.019 64 T 0.028 0.848 0.032 0.002 0.002 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.067 65 Y 0.097 0.696 0.025 0.004 0.004 0.004 0.019 0.025 0.001 0.002 0.125 66 V 0.186 0.630 0.029 0.007 0.003 0.005 0.011 0.028 0.001 0.002 0.100 67 S 0.082 0.510 0.025 0.019 0.013 0.021 0.037 0.024 0.001 0.002 0.269 68 E 0.065 0.232 0.030 0.019 0.009 0.012 0.050 0.011 0.001 0.003 0.568 69 S 0.157 0.256 0.010 0.028 0.011 0.017 0.099 0.024 0.001 0.006 0.392 70 F 0.266 0.181 0.022 0.038 0.018 0.032 0.078 0.020 0.001 0.009 0.336 71 H 0.119 0.177 0.025 0.060 0.043 0.061 0.117 0.009 0.001 0.007 0.382 72 T 0.053 0.088 0.026 0.049 0.035 0.058 0.038 0.004 0.001 0.004 0.645 73 G 0.072 0.087 0.005 0.098 0.077 0.107 0.109 0.007 0.001 0.012 0.425 74 I 0.151 0.063 0.023 0.082 0.063 0.077 0.124 0.004 0.001 0.009 0.404 75 Q 0.075 0.074 0.007 0.151 0.105 0.196 0.077 0.003 0.001 0.005 0.306 76 I 0.058 0.048 0.007 0.114 0.128 0.210 0.061 0.003 0.001 0.007 0.364 77 S 0.039 0.042 0.004 0.091 0.096 0.140 0.069 0.004 0.001 0.006 0.509 78 S 0.054 0.019 0.006 0.064 0.060 0.122 0.073 0.002 0.001 0.006 0.593 79 L 0.050 0.022 0.008 0.085 0.090 0.129 0.149 0.002 0.001 0.011 0.454 80 D 0.046 0.016 0.005 0.058 0.134 0.167 0.133 0.002 0.001 0.010 0.429 81 R 0.068 0.024 0.004 0.066 0.150 0.220 0.090 0.001 0.001 0.006 0.370 82 V 0.036 0.034 0.002 0.060 0.185 0.259 0.107 0.001 0.001 0.004 0.311 83 T 0.037 0.038 0.002 0.057 0.177 0.241 0.137 0.003 0.001 0.010 0.299 84 S 0.051 0.049 0.004 0.046 0.097 0.126 0.120 0.005 0.001 0.016 0.486 85 N 0.106 0.013 0.007 0.026 0.044 0.041 0.161 0.003 0.001 0.036 0.563 86 E 0.184 0.003 0.019 0.021 0.028 0.018 0.217 0.001 0.001 0.078 0.430 87 T 0.107 0.002 0.015 0.050 0.086 0.078 0.411 0.001 0.001 0.038 0.213 88 T 0.012 0.002 0.004 0.085 0.256 0.368 0.116 0.001 0.001 0.011 0.147 89 V 0.001 0.001 0.001 0.089 0.322 0.541 0.015 0.001 0.001 0.001 0.029 90 V 0.001 0.001 0.001 0.087 0.287 0.531 0.015 0.001 0.001 0.001 0.078 91 F 0.001 0.001 0.001 0.081 0.363 0.523 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 92 E 0.001 0.001 0.001 0.095 0.262 0.464 0.020 0.001 0.001 0.001 0.155 93 F 0.005 0.001 0.001 0.079 0.255 0.472 0.019 0.001 0.001 0.001 0.169 94 R 0.006 0.002 0.001 0.064 0.180 0.424 0.061 0.001 0.001 0.006 0.255 95 D 0.018 0.003 0.001 0.027 0.097 0.171 0.113 0.001 0.001 0.009 0.560 96 E 0.058 0.008 0.004 0.031 0.048 0.091 0.170 0.001 0.001 0.014 0.576 97 G 0.089 0.010 0.005 0.018 0.057 0.095 0.253 0.002 0.001 0.026 0.446 98 L 0.173 0.027 0.012 0.033 0.086 0.130 0.170 0.002 0.001 0.012 0.354 99 F 0.041 0.076 0.006 0.050 0.152 0.162 0.103 0.003 0.001 0.008 0.399 100 L 0.050 0.054 0.007 0.054 0.082 0.155 0.077 0.004 0.001 0.006 0.512 101 G 0.076 0.042 0.008 0.044 0.063 0.122 0.072 0.012 0.001 0.018 0.544 102 K 0.282 0.016 0.045 0.031 0.070 0.063 0.162 0.001 0.001 0.012 0.318 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 Y 0.013 0.003 0.001 0.036 0.159 0.546 0.045 0.001 0.001 0.008 0.189 105 K 0.060 0.018 0.002 0.038 0.064 0.107 0.078 0.001 0.001 0.005 0.628 106 N 0.081 0.011 0.002 0.044 0.218 0.217 0.049 0.001 0.001 0.005 0.372 107 R 0.184 0.009 0.004 0.080 0.146 0.183 0.126 0.001 0.001 0.016 0.250 108 V 0.030 0.006 0.002 0.145 0.277 0.337 0.058 0.001 0.001 0.004 0.140 109 A 0.003 0.002 0.001 0.112 0.323 0.506 0.009 0.001 0.001 0.002 0.042 110 V 0.001 0.001 0.001 0.150 0.347 0.477 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 111 S 0.002 0.001 0.001 0.087 0.283 0.538 0.004 0.001 0.001 0.001 0.085 112 F 0.001 0.001 0.001 0.061 0.382 0.534 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 113 D 0.001 0.001 0.001 0.032 0.427 0.458 0.006 0.001 0.001 0.001 0.075 114 V 0.002 0.001 0.001 0.055 0.270 0.587 0.012 0.001 0.001 0.001 0.074 115 R 0.001 0.001 0.001 0.042 0.231 0.380 0.176 0.001 0.001 0.005 0.165 116 G 0.021 0.001 0.001 0.014 0.030 0.052 0.073 0.001 0.001 0.030 0.778 117 D 0.140 0.001 0.004 0.020 0.028 0.022 0.127 0.001 0.001 0.053 0.605 118 K 0.199 0.001 0.024 0.026 0.035 0.044 0.395 0.001 0.001 0.055 0.221 119 I 0.008 0.002 0.002 0.041 0.076 0.144 0.120 0.001 0.001 0.007 0.600 120 C 0.002 0.001 0.001 0.024 0.320 0.607 0.010 0.001 0.001 0.002 0.034 121 S 0.004 0.004 0.001 0.034 0.174 0.394 0.055 0.001 0.001 0.001 0.334 122 Y 0.012 0.003 0.001 0.038 0.241 0.440 0.022 0.001 0.001 0.001 0.243 123 R 0.007 0.008 0.001 0.062 0.275 0.404 0.056 0.001 0.001 0.005 0.182 124 E 0.026 0.013 0.001 0.051 0.205 0.236 0.092 0.001 0.001 0.004 0.370 125 Y 0.067 0.025 0.001 0.067 0.205 0.367 0.043 0.001 0.001 0.003 0.221 126 F 0.036 0.034 0.004 0.047 0.153 0.311 0.069 0.003 0.001 0.008 0.335 127 G 0.043 0.029 0.004 0.028 0.126 0.151 0.102 0.004 0.001 0.009 0.503 128 S 0.056 0.018 0.010 0.022 0.019 0.042 0.056 0.002 0.001 0.008 0.767 129 D 0.038 0.016 0.004 0.015 0.037 0.043 0.296 0.003 0.001 0.016 0.533 130 G 0.223 0.012 0.016 0.017 0.024 0.030 0.196 0.002 0.001 0.032 0.449 131 K 0.099 0.042 0.009 0.029 0.031 0.043 0.308 0.002 0.001 0.009 0.428 132 S 0.049 0.038 0.005 0.029 0.047 0.093 0.190 0.003 0.001 0.014 0.532 133 N 0.079 0.037 0.004 0.021 0.049 0.075 0.109 0.003 0.001 0.016 0.606