# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.023 0.067 0.025 0.044 0.062 0.008 0.720 2 M 0.069 0.027 0.162 0.082 0.175 0.071 0.008 0.405 3 T 0.037 0.030 0.129 0.087 0.108 0.126 0.007 0.477 4 H 0.036 0.027 0.042 0.034 0.067 0.068 0.007 0.718 5 Y 0.074 0.031 0.073 0.028 0.062 0.208 0.011 0.514 6 S 0.078 0.027 0.018 0.013 0.020 0.341 0.017 0.486 7 D 0.104 0.047 0.017 0.005 0.013 0.099 0.013 0.702 8 N 0.074 0.065 0.009 0.004 0.006 0.264 0.011 0.567 9 T 0.155 0.053 0.010 0.003 0.005 0.432 0.019 0.324 10 L 0.104 0.298 0.015 0.005 0.012 0.169 0.009 0.389 11 K 0.029 0.505 0.005 0.003 0.007 0.109 0.003 0.339 12 V 0.026 0.653 0.004 0.001 0.003 0.085 0.004 0.224 13 A 0.019 0.912 0.003 0.001 0.002 0.013 0.002 0.048 14 H 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.030 15 Q 0.013 0.943 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.035 16 G 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 17 F 0.009 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 18 E 0.007 0.952 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.029 19 F 0.014 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.034 20 F 0.018 0.954 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 21 T 0.009 0.958 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 22 Q 0.017 0.935 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.032 23 G 0.067 0.859 0.007 0.001 0.002 0.006 0.013 0.045 24 L 0.072 0.841 0.020 0.003 0.003 0.008 0.013 0.040 25 A 0.091 0.675 0.058 0.007 0.007 0.030 0.027 0.105 26 T 0.150 0.393 0.046 0.005 0.009 0.030 0.065 0.303 27 G 0.241 0.163 0.066 0.004 0.006 0.063 0.060 0.397 28 E 0.118 0.097 0.061 0.005 0.004 0.263 0.024 0.429 29 W 0.053 0.200 0.084 0.004 0.012 0.132 0.006 0.509 30 Q 0.028 0.364 0.014 0.003 0.010 0.138 0.004 0.440 31 K 0.092 0.323 0.011 0.001 0.005 0.141 0.011 0.417 32 F 0.060 0.793 0.007 0.001 0.003 0.020 0.004 0.112 33 L 0.051 0.861 0.003 0.001 0.002 0.014 0.005 0.062 34 D 0.061 0.830 0.002 0.001 0.001 0.016 0.011 0.078 35 M 0.214 0.663 0.006 0.001 0.002 0.009 0.024 0.082 36 L 0.326 0.555 0.010 0.002 0.003 0.008 0.031 0.066 37 T 0.214 0.451 0.064 0.011 0.007 0.034 0.044 0.175 38 E 0.097 0.182 0.053 0.010 0.007 0.025 0.034 0.592 39 D 0.164 0.113 0.118 0.014 0.016 0.121 0.046 0.408 40 F 0.352 0.067 0.199 0.021 0.014 0.096 0.034 0.217 41 T 0.041 0.051 0.575 0.087 0.054 0.045 0.006 0.141 42 F 0.019 0.020 0.412 0.151 0.143 0.034 0.006 0.216 43 W 0.014 0.014 0.380 0.079 0.167 0.032 0.006 0.309 44 F 0.012 0.007 0.322 0.177 0.223 0.051 0.003 0.205 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 46 M 0.008 0.002 0.157 0.047 0.167 0.109 0.003 0.508 47 G 0.074 0.007 0.048 0.023 0.034 0.122 0.009 0.684 48 E 0.134 0.007 0.022 0.018 0.037 0.068 0.009 0.706 49 F 0.070 0.009 0.024 0.020 0.032 0.099 0.006 0.740 50 H 0.122 0.015 0.035 0.027 0.040 0.143 0.009 0.610 51 G 0.166 0.026 0.024 0.022 0.043 0.122 0.011 0.585 52 L 0.136 0.028 0.028 0.023 0.039 0.068 0.010 0.667 53 N 0.087 0.038 0.034 0.020 0.039 0.140 0.008 0.633 54 V 0.087 0.038 0.023 0.008 0.014 0.135 0.009 0.686 55 G 0.110 0.073 0.031 0.006 0.019 0.147 0.012 0.602 56 K 0.067 0.100 0.024 0.005 0.014 0.149 0.006 0.636 57 E 0.008 0.091 0.004 0.001 0.003 0.075 0.002 0.817 58 R 0.030 0.484 0.004 0.001 0.004 0.081 0.003 0.394 59 A 0.033 0.867 0.002 0.001 0.002 0.025 0.002 0.070 60 K 0.017 0.918 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.049 61 E 0.022 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.040 62 F 0.055 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.028 63 F 0.046 0.917 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 64 T 0.067 0.846 0.013 0.002 0.001 0.009 0.015 0.047 65 Y 0.130 0.665 0.015 0.002 0.002 0.011 0.036 0.140 66 V 0.129 0.699 0.032 0.004 0.006 0.009 0.022 0.099 67 S 0.046 0.583 0.091 0.013 0.010 0.033 0.013 0.212 68 E 0.050 0.351 0.065 0.013 0.012 0.072 0.017 0.420 69 S 0.181 0.304 0.063 0.012 0.019 0.082 0.031 0.307 70 F 0.219 0.262 0.093 0.027 0.030 0.074 0.035 0.260 71 H 0.098 0.152 0.125 0.038 0.034 0.134 0.022 0.397 72 T 0.060 0.084 0.067 0.035 0.052 0.050 0.016 0.637 73 G 0.085 0.071 0.110 0.065 0.109 0.094 0.016 0.450 74 I 0.092 0.043 0.127 0.100 0.086 0.138 0.015 0.398 75 Q 0.049 0.036 0.162 0.151 0.169 0.068 0.010 0.355 76 I 0.045 0.032 0.097 0.145 0.228 0.063 0.009 0.382 77 S 0.030 0.021 0.092 0.115 0.168 0.076 0.010 0.488 78 S 0.037 0.012 0.087 0.123 0.209 0.082 0.012 0.439 79 L 0.049 0.012 0.061 0.124 0.177 0.097 0.010 0.470 80 D 0.022 0.010 0.069 0.192 0.247 0.104 0.006 0.350 81 R 0.032 0.012 0.066 0.208 0.270 0.071 0.007 0.335 82 V 0.029 0.018 0.074 0.165 0.298 0.059 0.005 0.351 83 T 0.018 0.015 0.073 0.201 0.325 0.095 0.007 0.267 84 S 0.037 0.014 0.040 0.104 0.157 0.136 0.018 0.493 85 N 0.061 0.007 0.032 0.062 0.081 0.217 0.028 0.512 86 E 0.128 0.003 0.029 0.042 0.042 0.229 0.039 0.488 87 T 0.137 0.005 0.063 0.099 0.079 0.311 0.018 0.288 88 T 0.023 0.003 0.146 0.244 0.301 0.112 0.004 0.167 89 V 0.005 0.001 0.185 0.301 0.416 0.032 0.001 0.060 90 V 0.001 0.001 0.223 0.239 0.471 0.010 0.001 0.055 91 F 0.001 0.001 0.160 0.368 0.445 0.005 0.001 0.021 92 E 0.001 0.001 0.164 0.282 0.438 0.016 0.001 0.096 93 F 0.003 0.002 0.140 0.265 0.435 0.024 0.002 0.129 94 R 0.005 0.003 0.089 0.228 0.410 0.056 0.003 0.206 95 D 0.013 0.007 0.038 0.112 0.287 0.091 0.006 0.447 96 E 0.048 0.013 0.024 0.062 0.162 0.132 0.011 0.547 97 G 0.119 0.015 0.018 0.057 0.097 0.213 0.020 0.460 98 L 0.152 0.033 0.038 0.085 0.120 0.183 0.017 0.373 99 F 0.087 0.056 0.029 0.126 0.141 0.109 0.012 0.439 100 L 0.072 0.036 0.020 0.052 0.086 0.144 0.012 0.578 101 G 0.114 0.018 0.034 0.043 0.105 0.053 0.036 0.598 102 K 0.209 0.008 0.074 0.133 0.106 0.184 0.012 0.274 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 104 Y 0.002 0.001 0.055 0.240 0.591 0.023 0.001 0.088 105 K 0.023 0.003 0.050 0.077 0.093 0.119 0.003 0.631 106 N 0.037 0.004 0.110 0.159 0.247 0.053 0.007 0.383 107 R 0.040 0.003 0.184 0.230 0.269 0.087 0.006 0.181 108 V 0.014 0.001 0.210 0.310 0.229 0.061 0.003 0.173 109 A 0.001 0.001 0.092 0.423 0.454 0.006 0.001 0.024 110 V 0.001 0.001 0.124 0.360 0.462 0.011 0.001 0.041 111 S 0.001 0.001 0.128 0.271 0.497 0.012 0.001 0.090 112 F 0.001 0.001 0.081 0.399 0.489 0.005 0.001 0.026 113 D 0.001 0.001 0.058 0.355 0.450 0.016 0.001 0.119 114 V 0.002 0.001 0.089 0.286 0.462 0.027 0.001 0.133 115 R 0.003 0.002 0.046 0.164 0.315 0.198 0.003 0.268 116 G 0.019 0.002 0.025 0.030 0.082 0.195 0.015 0.633 117 D 0.179 0.005 0.047 0.047 0.082 0.165 0.037 0.438 118 K 0.158 0.003 0.056 0.059 0.055 0.290 0.015 0.364 119 I 0.019 0.003 0.039 0.113 0.160 0.135 0.003 0.527 120 C 0.004 0.001 0.068 0.308 0.519 0.021 0.001 0.078 121 S 0.007 0.006 0.034 0.138 0.212 0.149 0.002 0.453 122 Y 0.016 0.009 0.131 0.109 0.410 0.055 0.003 0.266 123 R 0.009 0.021 0.077 0.174 0.285 0.154 0.005 0.274 124 E 0.047 0.031 0.062 0.102 0.110 0.178 0.019 0.452 125 Y 0.083 0.186 0.062 0.094 0.220 0.060 0.010 0.285 126 F 0.060 0.190 0.094 0.101 0.247 0.054 0.011 0.243 127 G 0.072 0.121 0.047 0.082 0.156 0.079 0.028 0.415 128 S 0.121 0.062 0.049 0.042 0.072 0.070 0.025 0.559 129 D 0.057 0.030 0.025 0.022 0.034 0.139 0.021 0.673 130 G 0.230 0.021 0.074 0.022 0.037 0.167 0.033 0.416 131 K 0.153 0.031 0.070 0.029 0.033 0.210 0.016 0.458 132 S 0.069 0.025 0.039 0.034 0.045 0.188 0.010 0.590 133 N 0.070 0.029 0.029 0.013 0.040 0.081 0.009 0.729