# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.461 0.190 0.073 0.099 0.041 0.015 0.003 0.028 0.002 0.001 2 M 0.096 0.486 0.223 0.062 0.049 0.050 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 3 T 0.102 0.299 0.275 0.075 0.071 0.099 0.023 0.002 0.049 0.004 0.001 4 H 0.328 0.175 0.183 0.145 0.061 0.051 0.019 0.003 0.030 0.004 0.003 5 Y 0.295 0.192 0.147 0.216 0.056 0.038 0.022 0.004 0.024 0.004 0.001 6 S 0.381 0.106 0.180 0.127 0.059 0.048 0.037 0.009 0.034 0.018 0.002 7 D 0.578 0.032 0.123 0.181 0.015 0.022 0.031 0.004 0.008 0.006 0.001 8 N 0.449 0.033 0.106 0.195 0.032 0.037 0.080 0.038 0.010 0.019 0.001 9 T 0.613 0.052 0.147 0.128 0.012 0.025 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 10 L 0.867 0.023 0.063 0.023 0.005 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 11 K 0.974 0.003 0.011 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.982 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.974 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.959 0.004 0.004 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 21 T 0.951 0.007 0.014 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.900 0.015 0.013 0.058 0.006 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 23 G 0.831 0.024 0.026 0.052 0.038 0.008 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 24 L 0.756 0.092 0.055 0.070 0.010 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 25 A 0.730 0.047 0.076 0.058 0.038 0.022 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 26 T 0.454 0.029 0.093 0.348 0.013 0.012 0.040 0.002 0.007 0.002 0.001 27 G 0.142 0.003 0.020 0.018 0.021 0.005 0.101 0.545 0.001 0.146 0.001 28 E 0.551 0.049 0.139 0.200 0.018 0.026 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 29 W 0.854 0.028 0.054 0.030 0.007 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 30 Q 0.977 0.004 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.980 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.966 0.004 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 L 0.983 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.971 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.845 0.011 0.010 0.120 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 36 L 0.592 0.059 0.064 0.228 0.013 0.010 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 37 T 0.455 0.081 0.177 0.139 0.019 0.047 0.053 0.002 0.023 0.003 0.001 38 E 0.646 0.026 0.087 0.189 0.010 0.014 0.018 0.002 0.005 0.002 0.001 39 D 0.216 0.079 0.078 0.462 0.043 0.033 0.063 0.008 0.014 0.002 0.001 40 F 0.150 0.355 0.220 0.097 0.068 0.033 0.042 0.007 0.024 0.002 0.001 41 T 0.065 0.667 0.168 0.031 0.022 0.034 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 42 F 0.037 0.662 0.167 0.020 0.057 0.038 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 43 W 0.047 0.578 0.228 0.033 0.029 0.057 0.005 0.001 0.021 0.001 0.002 44 F 0.011 0.413 0.260 0.003 0.059 0.015 0.004 0.001 0.232 0.003 0.001 45 P 0.085 0.008 0.771 0.009 0.003 0.047 0.002 0.001 0.004 0.001 0.070 46 M 0.167 0.232 0.264 0.198 0.053 0.021 0.029 0.011 0.021 0.003 0.001 47 G 0.063 0.060 0.147 0.044 0.171 0.030 0.062 0.148 0.023 0.251 0.001 48 E 0.380 0.140 0.265 0.127 0.038 0.022 0.005 0.001 0.016 0.003 0.003 49 F 0.327 0.122 0.195 0.199 0.039 0.044 0.023 0.004 0.036 0.008 0.002 50 H 0.152 0.071 0.166 0.342 0.076 0.023 0.091 0.026 0.014 0.036 0.002 51 G 0.063 0.037 0.097 0.062 0.121 0.018 0.098 0.264 0.018 0.222 0.001 52 L 0.380 0.114 0.317 0.127 0.021 0.018 0.004 0.001 0.011 0.003 0.002 53 N 0.232 0.100 0.260 0.150 0.057 0.076 0.049 0.015 0.036 0.025 0.002 54 V 0.239 0.101 0.303 0.234 0.046 0.032 0.020 0.004 0.012 0.006 0.002 55 G 0.112 0.016 0.133 0.025 0.099 0.043 0.048 0.095 0.017 0.412 0.001 56 K 0.976 0.001 0.014 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.979 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 T 0.925 0.004 0.004 0.061 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.776 0.015 0.031 0.145 0.007 0.009 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 66 V 0.702 0.050 0.078 0.139 0.005 0.013 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 67 S 0.651 0.042 0.100 0.108 0.024 0.025 0.033 0.002 0.013 0.002 0.001 68 E 0.684 0.052 0.068 0.129 0.019 0.020 0.016 0.002 0.008 0.001 0.001 69 S 0.517 0.097 0.091 0.210 0.027 0.022 0.016 0.002 0.016 0.001 0.001 70 F 0.370 0.190 0.156 0.150 0.050 0.026 0.023 0.004 0.026 0.004 0.001 71 H 0.234 0.188 0.280 0.102 0.043 0.070 0.039 0.003 0.035 0.004 0.002 72 T 0.250 0.174 0.265 0.211 0.031 0.019 0.030 0.003 0.014 0.002 0.002 73 G 0.093 0.042 0.087 0.039 0.135 0.017 0.086 0.331 0.008 0.163 0.001 74 I 0.213 0.323 0.295 0.073 0.052 0.021 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 75 Q 0.155 0.346 0.298 0.065 0.053 0.046 0.009 0.001 0.025 0.002 0.001 76 I 0.124 0.498 0.218 0.046 0.053 0.026 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 77 S 0.135 0.327 0.299 0.065 0.088 0.041 0.013 0.001 0.027 0.002 0.002 78 S 0.115 0.345 0.278 0.065 0.088 0.044 0.015 0.003 0.043 0.003 0.002 79 L 0.199 0.291 0.339 0.059 0.043 0.034 0.009 0.001 0.021 0.001 0.002 80 D 0.158 0.347 0.260 0.080 0.060 0.053 0.014 0.002 0.024 0.001 0.001 81 R 0.122 0.469 0.200 0.047 0.086 0.030 0.008 0.002 0.034 0.001 0.001 82 V 0.160 0.411 0.260 0.055 0.040 0.046 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 83 T 0.128 0.441 0.173 0.112 0.054 0.038 0.014 0.002 0.035 0.002 0.001 84 S 0.143 0.191 0.189 0.155 0.101 0.045 0.104 0.018 0.030 0.024 0.001 85 N 0.052 0.121 0.126 0.264 0.098 0.047 0.192 0.038 0.040 0.022 0.001 86 E 0.080 0.264 0.308 0.143 0.087 0.020 0.047 0.014 0.023 0.010 0.004 87 T 0.032 0.482 0.261 0.064 0.094 0.028 0.014 0.003 0.018 0.002 0.002 88 T 0.004 0.825 0.090 0.007 0.054 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 89 V 0.001 0.885 0.074 0.001 0.021 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 V 0.002 0.844 0.099 0.001 0.013 0.036 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 F 0.003 0.769 0.120 0.002 0.058 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 92 E 0.006 0.815 0.085 0.003 0.046 0.026 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 93 F 0.012 0.550 0.247 0.010 0.078 0.066 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 94 R 0.137 0.431 0.217 0.046 0.086 0.031 0.008 0.001 0.036 0.005 0.002 95 D 0.156 0.204 0.226 0.088 0.141 0.066 0.059 0.004 0.044 0.010 0.002 96 E 0.287 0.180 0.148 0.233 0.076 0.013 0.033 0.005 0.017 0.005 0.002 97 G 0.148 0.099 0.115 0.057 0.212 0.024 0.050 0.166 0.013 0.116 0.001 98 L 0.271 0.309 0.324 0.045 0.021 0.019 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 99 F 0.422 0.277 0.111 0.067 0.037 0.032 0.011 0.002 0.036 0.004 0.001 100 L 0.129 0.046 0.157 0.525 0.016 0.011 0.103 0.001 0.008 0.002 0.001 101 G 0.005 0.002 0.011 0.012 0.014 0.003 0.213 0.675 0.001 0.062 0.001 102 K 0.006 0.320 0.554 0.003 0.018 0.005 0.002 0.001 0.089 0.002 0.001 103 P 0.059 0.004 0.852 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 104 Y 0.089 0.472 0.189 0.118 0.053 0.028 0.007 0.008 0.034 0.001 0.001 105 K 0.103 0.313 0.332 0.084 0.099 0.021 0.014 0.003 0.022 0.004 0.003 106 N 0.057 0.188 0.214 0.145 0.205 0.043 0.068 0.023 0.040 0.016 0.002 107 R 0.032 0.499 0.206 0.065 0.149 0.020 0.012 0.003 0.013 0.002 0.002 108 V 0.005 0.865 0.058 0.006 0.045 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 109 A 0.002 0.761 0.170 0.003 0.017 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 V 0.002 0.876 0.072 0.002 0.023 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 111 S 0.003 0.816 0.097 0.003 0.043 0.029 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 112 F 0.001 0.884 0.038 0.001 0.053 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 113 D 0.002 0.441 0.389 0.002 0.020 0.134 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 114 V 0.013 0.663 0.227 0.006 0.026 0.037 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 115 R 0.054 0.449 0.284 0.046 0.082 0.023 0.026 0.001 0.028 0.004 0.002 116 G 0.015 0.011 0.025 0.014 0.121 0.007 0.121 0.337 0.003 0.345 0.001 117 D 0.158 0.115 0.196 0.250 0.114 0.024 0.072 0.032 0.015 0.021 0.001 118 K 0.072 0.414 0.280 0.068 0.077 0.020 0.023 0.007 0.032 0.007 0.001 119 I 0.095 0.302 0.460 0.039 0.029 0.048 0.009 0.001 0.013 0.001 0.005 120 C 0.074 0.663 0.147 0.032 0.054 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 121 S 0.083 0.451 0.214 0.033 0.150 0.037 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 122 Y 0.120 0.511 0.211 0.035 0.054 0.042 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 123 R 0.268 0.402 0.200 0.024 0.046 0.020 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 124 E 0.341 0.194 0.267 0.064 0.037 0.058 0.016 0.001 0.021 0.001 0.001 125 Y 0.206 0.298 0.122 0.208 0.069 0.023 0.018 0.003 0.050 0.002 0.001 126 F 0.152 0.224 0.263 0.175 0.061 0.029 0.047 0.005 0.035 0.008 0.001 127 G 0.049 0.040 0.168 0.051 0.112 0.045 0.123 0.083 0.030 0.298 0.001 128 S 0.657 0.040 0.132 0.130 0.010 0.010 0.003 0.001 0.008 0.004 0.004 129 D 0.197 0.040 0.133 0.490 0.025 0.022 0.064 0.009 0.012 0.008 0.001 130 G 0.085 0.030 0.075 0.063 0.081 0.016 0.131 0.359 0.011 0.149 0.001 131 K 0.259 0.220 0.306 0.128 0.030 0.027 0.009 0.002 0.015 0.003 0.002 132 S 0.193 0.181 0.303 0.161 0.044 0.051 0.025 0.006 0.025 0.008 0.002 133 N 0.183 0.152 0.214 0.183 0.084 0.047 0.067 0.013 0.037 0.017 0.002