# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.095 0.026 0.008 0.351 0.010 0.020 0.059 0.031 0.082 0.088 2 M 0.204 0.149 0.048 0.018 0.305 0.020 0.022 0.043 0.027 0.081 0.083 3 T 0.089 0.338 0.145 0.033 0.229 0.020 0.021 0.043 0.022 0.028 0.030 4 H 0.121 0.142 0.076 0.019 0.200 0.017 0.039 0.162 0.091 0.083 0.050 5 Y 0.088 0.157 0.087 0.020 0.149 0.023 0.041 0.161 0.093 0.135 0.046 6 S 0.048 0.259 0.140 0.039 0.101 0.032 0.041 0.175 0.078 0.060 0.027 7 D 0.019 0.073 0.043 0.032 0.031 0.026 0.051 0.439 0.185 0.077 0.023 8 N 0.016 0.049 0.036 0.016 0.029 0.012 0.022 0.495 0.157 0.143 0.025 9 T 0.020 0.060 0.014 0.002 0.036 0.004 0.010 0.639 0.125 0.075 0.015 10 L 0.008 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.004 0.861 0.072 0.015 0.005 11 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.934 0.050 0.003 0.001 12 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.018 0.006 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.040 0.004 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.001 0.001 16 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.019 0.013 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.057 0.004 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.937 0.057 0.001 0.001 19 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.023 0.012 0.001 20 F 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.878 0.079 0.017 0.004 21 T 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.880 0.090 0.005 0.002 22 Q 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.017 0.875 0.074 0.014 0.001 23 G 0.008 0.035 0.007 0.001 0.020 0.001 0.020 0.779 0.068 0.057 0.004 24 L 0.023 0.028 0.018 0.002 0.026 0.003 0.026 0.733 0.095 0.031 0.015 25 A 0.015 0.011 0.021 0.030 0.010 0.044 0.076 0.640 0.074 0.065 0.013 26 T 0.003 0.418 0.129 0.114 0.012 0.052 0.123 0.117 0.019 0.011 0.003 27 G 0.012 0.005 0.011 0.048 0.007 0.009 0.005 0.068 0.045 0.594 0.196 28 E 0.022 0.225 0.037 0.003 0.071 0.004 0.011 0.441 0.106 0.062 0.018 29 W 0.036 0.033 0.004 0.002 0.031 0.003 0.016 0.701 0.115 0.033 0.025 30 Q 0.004 0.006 0.002 0.003 0.005 0.006 0.014 0.862 0.089 0.007 0.003 31 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.921 0.054 0.008 0.001 32 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.886 0.074 0.027 0.001 33 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.739 0.233 0.011 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.668 0.289 0.010 0.001 35 M 0.004 0.015 0.009 0.001 0.007 0.002 0.107 0.661 0.150 0.043 0.002 36 L 0.062 0.122 0.038 0.003 0.083 0.007 0.075 0.172 0.075 0.320 0.041 37 T 0.130 0.251 0.109 0.015 0.196 0.008 0.013 0.107 0.063 0.057 0.051 38 E 0.014 0.026 0.017 0.013 0.027 0.033 0.125 0.451 0.253 0.032 0.010 39 D 0.089 0.058 0.032 0.009 0.118 0.010 0.058 0.183 0.091 0.298 0.054 40 F 0.245 0.144 0.013 0.001 0.421 0.003 0.016 0.051 0.047 0.019 0.038 41 T 0.214 0.078 0.013 0.008 0.426 0.029 0.042 0.073 0.019 0.031 0.066 42 F 0.273 0.101 0.022 0.007 0.437 0.010 0.012 0.040 0.016 0.031 0.052 43 W 0.180 0.117 0.046 0.018 0.349 0.023 0.052 0.053 0.026 0.065 0.069 44 F 0.141 0.215 0.128 0.030 0.302 0.016 0.019 0.050 0.025 0.035 0.039 45 P 0.127 0.141 0.059 0.027 0.212 0.029 0.057 0.119 0.086 0.085 0.058 46 M 0.083 0.138 0.091 0.055 0.129 0.042 0.064 0.091 0.084 0.164 0.059 47 G 0.067 0.183 0.165 0.076 0.130 0.036 0.049 0.068 0.062 0.112 0.052 48 E 0.087 0.161 0.134 0.040 0.154 0.023 0.045 0.116 0.112 0.084 0.044 49 F 0.089 0.096 0.065 0.037 0.127 0.035 0.074 0.167 0.127 0.132 0.050 50 H 0.048 0.123 0.092 0.097 0.076 0.079 0.094 0.099 0.076 0.164 0.052 51 G 0.055 0.126 0.164 0.138 0.101 0.041 0.033 0.071 0.064 0.151 0.058 52 L 0.082 0.136 0.090 0.028 0.147 0.023 0.044 0.144 0.151 0.113 0.040 53 N 0.061 0.100 0.097 0.040 0.108 0.027 0.055 0.183 0.127 0.144 0.057 54 V 0.031 0.180 0.092 0.059 0.067 0.067 0.101 0.179 0.070 0.122 0.032 55 G 0.034 0.239 0.345 0.048 0.072 0.010 0.009 0.080 0.038 0.085 0.039 56 K 0.007 0.022 0.009 0.002 0.010 0.002 0.006 0.662 0.263 0.013 0.006 57 E 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.893 0.071 0.009 0.001 58 R 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.912 0.040 0.030 0.002 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.087 0.006 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.077 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.944 0.047 0.004 0.001 62 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.860 0.095 0.025 0.001 63 F 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.690 0.243 0.030 0.004 64 T 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.002 0.040 0.745 0.179 0.015 0.002 65 Y 0.019 0.027 0.014 0.002 0.026 0.003 0.149 0.537 0.091 0.123 0.010 66 V 0.090 0.186 0.051 0.004 0.156 0.006 0.024 0.207 0.087 0.138 0.050 67 S 0.061 0.117 0.061 0.025 0.110 0.029 0.046 0.331 0.130 0.054 0.036 68 E 0.028 0.039 0.019 0.007 0.048 0.010 0.049 0.496 0.231 0.060 0.014 69 S 0.050 0.062 0.022 0.004 0.097 0.007 0.065 0.358 0.167 0.145 0.024 70 F 0.105 0.146 0.062 0.010 0.187 0.015 0.043 0.228 0.079 0.082 0.043 71 H 0.140 0.103 0.062 0.033 0.168 0.034 0.048 0.198 0.063 0.090 0.062 72 T 0.046 0.213 0.091 0.071 0.090 0.065 0.101 0.161 0.075 0.062 0.025 73 G 0.048 0.063 0.073 0.112 0.064 0.046 0.037 0.093 0.083 0.281 0.101 74 I 0.156 0.178 0.049 0.009 0.301 0.009 0.022 0.086 0.061 0.085 0.043 75 Q 0.190 0.155 0.042 0.013 0.356 0.015 0.030 0.057 0.036 0.055 0.050 76 I 0.193 0.171 0.060 0.023 0.328 0.023 0.029 0.050 0.030 0.043 0.050 77 S 0.116 0.214 0.100 0.036 0.243 0.032 0.037 0.078 0.044 0.055 0.044 78 S 0.174 0.173 0.065 0.015 0.287 0.012 0.022 0.079 0.048 0.071 0.055 79 L 0.189 0.146 0.034 0.009 0.304 0.014 0.028 0.103 0.069 0.055 0.050 80 D 0.161 0.157 0.048 0.017 0.288 0.025 0.035 0.089 0.053 0.067 0.058 81 R 0.154 0.215 0.050 0.009 0.344 0.009 0.016 0.077 0.043 0.045 0.038 82 V 0.228 0.091 0.023 0.008 0.305 0.013 0.034 0.087 0.058 0.084 0.069 83 T 0.156 0.147 0.092 0.047 0.191 0.041 0.051 0.083 0.048 0.085 0.058 84 S 0.087 0.069 0.066 0.128 0.100 0.100 0.099 0.091 0.070 0.143 0.046 85 N 0.164 0.123 0.134 0.045 0.281 0.017 0.017 0.048 0.043 0.094 0.034 86 E 0.073 0.102 0.064 0.028 0.122 0.045 0.066 0.146 0.178 0.127 0.048 87 T 0.124 0.265 0.062 0.013 0.315 0.016 0.038 0.030 0.022 0.068 0.049 88 T 0.285 0.078 0.005 0.001 0.610 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.008 89 V 0.165 0.075 0.004 0.001 0.745 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 90 V 0.361 0.023 0.001 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 91 F 0.222 0.119 0.012 0.002 0.605 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.026 92 E 0.314 0.079 0.009 0.002 0.508 0.003 0.004 0.004 0.002 0.010 0.066 93 F 0.279 0.132 0.024 0.008 0.353 0.010 0.013 0.020 0.018 0.047 0.096 94 R 0.104 0.166 0.091 0.098 0.180 0.085 0.081 0.052 0.029 0.053 0.063 95 D 0.156 0.146 0.132 0.078 0.183 0.038 0.027 0.074 0.036 0.075 0.053 96 E 0.046 0.152 0.076 0.055 0.087 0.056 0.085 0.197 0.119 0.087 0.040 97 G 0.104 0.143 0.074 0.032 0.181 0.024 0.035 0.101 0.061 0.168 0.077 98 L 0.173 0.151 0.081 0.011 0.222 0.010 0.025 0.139 0.075 0.052 0.061 99 F 0.085 0.055 0.066 0.072 0.080 0.095 0.075 0.221 0.072 0.111 0.067 100 L 0.019 0.344 0.113 0.144 0.051 0.091 0.161 0.031 0.015 0.020 0.011 101 G 0.023 0.011 0.029 0.133 0.013 0.028 0.009 0.006 0.012 0.556 0.180 102 K 0.013 0.554 0.307 0.012 0.092 0.003 0.004 0.004 0.004 0.004 0.003 103 P 0.317 0.128 0.021 0.005 0.422 0.006 0.019 0.019 0.025 0.017 0.021 104 Y 0.116 0.262 0.141 0.034 0.218 0.026 0.029 0.037 0.051 0.040 0.045 105 K 0.105 0.080 0.047 0.060 0.136 0.096 0.105 0.118 0.110 0.080 0.062 106 N 0.148 0.099 0.091 0.053 0.194 0.030 0.028 0.053 0.061 0.181 0.063 107 R 0.169 0.207 0.046 0.009 0.379 0.012 0.024 0.030 0.031 0.057 0.038 108 V 0.232 0.110 0.008 0.002 0.599 0.004 0.009 0.005 0.004 0.008 0.019 109 A 0.341 0.053 0.003 0.002 0.573 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.015 110 V 0.271 0.057 0.008 0.002 0.629 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 111 S 0.333 0.031 0.003 0.001 0.605 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 112 F 0.109 0.128 0.007 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 D 0.389 0.047 0.004 0.001 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 114 V 0.149 0.103 0.168 0.167 0.097 0.087 0.014 0.021 0.007 0.040 0.147 115 R 0.002 0.021 0.025 0.569 0.003 0.263 0.105 0.007 0.002 0.001 0.001 116 G 0.031 0.043 0.083 0.407 0.024 0.032 0.022 0.013 0.019 0.273 0.052 117 D 0.018 0.112 0.086 0.157 0.037 0.066 0.035 0.037 0.125 0.239 0.087 118 K 0.139 0.352 0.047 0.006 0.365 0.006 0.012 0.013 0.008 0.025 0.027 119 I 0.443 0.051 0.007 0.005 0.363 0.004 0.007 0.019 0.013 0.019 0.068 120 C 0.136 0.122 0.057 0.073 0.245 0.128 0.090 0.056 0.023 0.025 0.045 121 S 0.195 0.228 0.056 0.010 0.396 0.010 0.009 0.030 0.008 0.023 0.036 122 Y 0.376 0.045 0.007 0.002 0.318 0.004 0.013 0.072 0.064 0.038 0.060 123 R 0.093 0.160 0.033 0.013 0.253 0.029 0.050 0.174 0.129 0.031 0.034 124 E 0.169 0.066 0.014 0.005 0.193 0.010 0.070 0.220 0.119 0.078 0.057 125 Y 0.115 0.086 0.038 0.009 0.145 0.013 0.094 0.177 0.100 0.165 0.057 126 F 0.060 0.206 0.109 0.083 0.119 0.082 0.086 0.075 0.041 0.094 0.043 127 G 0.153 0.142 0.195 0.049 0.203 0.017 0.016 0.048 0.028 0.097 0.052 128 S 0.038 0.103 0.066 0.026 0.078 0.028 0.063 0.240 0.263 0.070 0.024 129 D 0.058 0.119 0.066 0.041 0.105 0.037 0.100 0.137 0.113 0.177 0.047 130 G 0.080 0.141 0.110 0.044 0.126 0.024 0.029 0.111 0.090 0.171 0.074 131 K 0.091 0.112 0.086 0.041 0.142 0.030 0.053 0.158 0.102 0.130 0.055 132 S 0.081 0.190 0.108 0.054 0.158 0.037 0.049 0.123 0.073 0.093 0.034 133 N 0.096 0.115 0.094 0.046 0.157 0.029 0.034 0.128 0.089 0.153 0.059