# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.473 0.224 0.128 0.095 0.057 0.021 0.002 2 M 0.336 0.210 0.175 0.152 0.092 0.033 0.003 3 T 0.378 0.254 0.191 0.117 0.047 0.013 0.001 4 H 0.442 0.303 0.160 0.073 0.018 0.004 0.001 5 Y 0.471 0.204 0.162 0.112 0.043 0.008 0.001 6 S 0.686 0.215 0.061 0.027 0.009 0.002 0.001 7 D 0.759 0.191 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 8 N 0.655 0.244 0.069 0.026 0.006 0.001 0.001 9 T 0.474 0.302 0.144 0.060 0.017 0.003 0.001 10 L 0.148 0.177 0.278 0.260 0.112 0.024 0.001 11 K 0.440 0.365 0.129 0.048 0.016 0.003 0.001 12 V 0.110 0.234 0.271 0.233 0.117 0.033 0.002 13 A 0.037 0.070 0.107 0.203 0.337 0.224 0.023 14 H 0.046 0.144 0.274 0.310 0.164 0.059 0.003 15 Q 0.112 0.273 0.301 0.207 0.080 0.025 0.003 16 G 0.015 0.031 0.068 0.157 0.288 0.357 0.084 17 F 0.013 0.031 0.063 0.158 0.316 0.345 0.074 18 E 0.081 0.273 0.289 0.212 0.096 0.043 0.006 19 F 0.025 0.084 0.198 0.303 0.267 0.105 0.018 20 F 0.013 0.022 0.030 0.083 0.235 0.485 0.133 21 T 0.026 0.081 0.181 0.299 0.263 0.133 0.017 22 Q 0.095 0.269 0.330 0.211 0.064 0.028 0.003 23 G 0.049 0.109 0.203 0.281 0.249 0.102 0.007 24 L 0.049 0.069 0.131 0.259 0.302 0.172 0.017 25 A 0.154 0.274 0.246 0.179 0.113 0.033 0.002 26 T 0.355 0.378 0.169 0.073 0.020 0.004 0.001 27 G 0.380 0.307 0.166 0.108 0.033 0.005 0.001 28 E 0.294 0.418 0.176 0.078 0.027 0.006 0.001 29 W 0.038 0.063 0.141 0.307 0.318 0.125 0.007 30 Q 0.213 0.376 0.237 0.121 0.043 0.009 0.001 31 K 0.121 0.299 0.316 0.194 0.055 0.014 0.001 32 F 0.016 0.027 0.055 0.156 0.328 0.338 0.079 33 L 0.012 0.046 0.100 0.227 0.306 0.270 0.040 34 D 0.053 0.165 0.236 0.252 0.156 0.113 0.026 35 M 0.020 0.040 0.085 0.172 0.293 0.287 0.103 36 L 0.008 0.012 0.019 0.053 0.124 0.411 0.373 37 T 0.018 0.035 0.070 0.135 0.205 0.274 0.264 38 E 0.042 0.113 0.180 0.212 0.178 0.174 0.100 39 D 0.033 0.067 0.095 0.154 0.219 0.264 0.167 40 F 0.012 0.014 0.022 0.060 0.150 0.395 0.346 41 T 0.036 0.074 0.098 0.165 0.193 0.249 0.184 42 F 0.016 0.021 0.030 0.066 0.156 0.356 0.355 43 W 0.030 0.057 0.070 0.127 0.188 0.299 0.230 44 F 0.029 0.047 0.068 0.118 0.221 0.325 0.192 45 P 0.070 0.114 0.128 0.200 0.192 0.194 0.102 46 M 0.076 0.093 0.116 0.170 0.233 0.229 0.081 47 G 0.163 0.188 0.184 0.191 0.136 0.102 0.036 48 E 0.234 0.214 0.183 0.160 0.109 0.077 0.024 49 F 0.235 0.183 0.168 0.171 0.126 0.090 0.027 50 H 0.254 0.189 0.151 0.154 0.128 0.096 0.028 51 G 0.210 0.172 0.139 0.155 0.152 0.131 0.040 52 L 0.163 0.171 0.149 0.165 0.174 0.144 0.034 53 N 0.208 0.223 0.220 0.170 0.113 0.057 0.011 54 V 0.184 0.267 0.227 0.175 0.100 0.039 0.008 55 G 0.088 0.116 0.140 0.194 0.256 0.175 0.031 56 K 0.048 0.132 0.230 0.289 0.193 0.099 0.008 57 E 0.294 0.398 0.167 0.090 0.039 0.012 0.001 58 R 0.030 0.119 0.289 0.333 0.178 0.046 0.005 59 A 0.006 0.015 0.023 0.070 0.293 0.514 0.079 60 K 0.015 0.114 0.285 0.376 0.150 0.058 0.002 61 E 0.054 0.231 0.316 0.293 0.079 0.025 0.002 62 F 0.003 0.010 0.034 0.100 0.326 0.463 0.063 63 F 0.005 0.015 0.031 0.112 0.322 0.432 0.082 64 T 0.034 0.191 0.315 0.252 0.137 0.064 0.007 65 Y 0.027 0.110 0.249 0.343 0.194 0.068 0.009 66 V 0.014 0.026 0.046 0.105 0.283 0.450 0.076 67 S 0.063 0.135 0.219 0.284 0.209 0.080 0.010 68 E 0.210 0.333 0.245 0.139 0.047 0.023 0.003 69 S 0.127 0.164 0.189 0.241 0.181 0.087 0.011 70 F 0.102 0.095 0.135 0.224 0.261 0.157 0.026 71 H 0.204 0.279 0.221 0.154 0.090 0.045 0.007 72 T 0.247 0.214 0.179 0.175 0.110 0.061 0.014 73 G 0.232 0.193 0.165 0.177 0.134 0.080 0.019 74 I 0.183 0.188 0.174 0.176 0.143 0.106 0.030 75 Q 0.154 0.114 0.114 0.175 0.194 0.179 0.070 76 I 0.192 0.188 0.172 0.171 0.144 0.102 0.031 77 S 0.187 0.184 0.182 0.186 0.135 0.095 0.030 78 S 0.185 0.160 0.140 0.167 0.166 0.135 0.048 79 L 0.139 0.146 0.158 0.193 0.195 0.135 0.035 80 D 0.204 0.222 0.184 0.169 0.132 0.076 0.014 81 R 0.153 0.192 0.213 0.202 0.151 0.079 0.010 82 V 0.146 0.164 0.203 0.233 0.161 0.083 0.009 83 T 0.237 0.193 0.212 0.198 0.113 0.043 0.004 84 S 0.469 0.274 0.140 0.076 0.031 0.009 0.001 85 N 0.546 0.285 0.097 0.047 0.018 0.006 0.001 86 E 0.308 0.307 0.183 0.123 0.057 0.020 0.002 87 T 0.082 0.183 0.216 0.252 0.176 0.082 0.009 88 T 0.021 0.058 0.125 0.235 0.303 0.221 0.037 89 V 0.008 0.018 0.036 0.077 0.211 0.469 0.182 90 V 0.007 0.018 0.044 0.100 0.186 0.396 0.250 91 F 0.005 0.013 0.026 0.061 0.178 0.424 0.293 92 E 0.015 0.057 0.124 0.216 0.262 0.237 0.090 93 F 0.010 0.027 0.058 0.134 0.300 0.378 0.092 94 R 0.070 0.173 0.236 0.251 0.170 0.088 0.012 95 D 0.161 0.204 0.204 0.202 0.142 0.077 0.009 96 E 0.271 0.253 0.206 0.158 0.075 0.032 0.004 97 G 0.352 0.259 0.158 0.120 0.072 0.034 0.004 98 L 0.227 0.203 0.191 0.186 0.125 0.059 0.009 99 F 0.219 0.182 0.180 0.173 0.146 0.085 0.015 100 L 0.223 0.205 0.170 0.173 0.127 0.082 0.019 101 G 0.245 0.194 0.157 0.161 0.134 0.087 0.024 102 K 0.206 0.232 0.197 0.161 0.118 0.070 0.016 103 P 0.179 0.205 0.189 0.191 0.126 0.084 0.027 104 Y 0.066 0.073 0.124 0.194 0.248 0.224 0.071 105 K 0.088 0.192 0.231 0.227 0.132 0.094 0.035 106 N 0.034 0.053 0.089 0.171 0.281 0.279 0.093 107 R 0.026 0.089 0.146 0.212 0.254 0.210 0.063 108 V 0.005 0.013 0.029 0.080 0.183 0.443 0.247 109 A 0.004 0.008 0.024 0.067 0.148 0.357 0.391 110 V 0.002 0.006 0.015 0.038 0.150 0.453 0.336 111 S 0.004 0.018 0.056 0.122 0.216 0.341 0.242 112 F 0.001 0.005 0.012 0.027 0.119 0.601 0.235 113 D 0.019 0.147 0.282 0.334 0.162 0.050 0.005 114 V 0.009 0.025 0.080 0.281 0.372 0.221 0.013 115 R 0.160 0.329 0.241 0.159 0.092 0.018 0.001 116 G 0.495 0.376 0.084 0.033 0.010 0.002 0.001 117 D 0.397 0.390 0.138 0.060 0.013 0.002 0.001 118 K 0.129 0.309 0.280 0.204 0.064 0.015 0.001 119 I 0.058 0.064 0.116 0.225 0.332 0.184 0.021 120 C 0.078 0.184 0.271 0.277 0.144 0.044 0.003 121 S 0.157 0.267 0.228 0.183 0.112 0.047 0.006 122 Y 0.034 0.066 0.121 0.216 0.286 0.228 0.049 123 R 0.057 0.112 0.158 0.230 0.261 0.151 0.031 124 E 0.093 0.190 0.209 0.209 0.176 0.103 0.021 125 Y 0.094 0.125 0.169 0.224 0.219 0.141 0.027 126 F 0.132 0.136 0.177 0.233 0.190 0.116 0.016 127 G 0.275 0.247 0.213 0.162 0.067 0.033 0.004 128 S 0.409 0.176 0.140 0.149 0.090 0.033 0.003 129 D 0.683 0.238 0.051 0.019 0.006 0.002 0.001 130 G 0.602 0.204 0.098 0.064 0.024 0.008 0.001 131 K 0.683 0.204 0.070 0.030 0.010 0.003 0.001 132 S 0.718 0.172 0.065 0.031 0.011 0.003 0.001 133 N 0.698 0.181 0.072 0.033 0.011 0.004 0.001