# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.206 0.103 0.115 0.141 0.142 0.112 0.074 0.048 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 2 M 0.113 0.068 0.093 0.129 0.161 0.151 0.117 0.081 0.042 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 3 T 0.251 0.152 0.139 0.136 0.116 0.083 0.052 0.034 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 4 H 0.268 0.155 0.136 0.142 0.116 0.077 0.045 0.028 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.200 0.122 0.140 0.162 0.148 0.107 0.064 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 6 S 0.349 0.183 0.146 0.118 0.089 0.055 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.567 0.218 0.096 0.052 0.032 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.476 0.217 0.124 0.089 0.053 0.022 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.373 0.195 0.132 0.111 0.086 0.047 0.036 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.144 0.124 0.170 0.190 0.172 0.108 0.055 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.591 0.227 0.088 0.041 0.027 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.132 0.135 0.163 0.204 0.169 0.103 0.044 0.027 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.053 0.038 0.055 0.108 0.200 0.203 0.157 0.102 0.053 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 14 H 0.178 0.209 0.188 0.179 0.117 0.073 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.376 0.339 0.153 0.066 0.029 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.029 0.025 0.043 0.099 0.198 0.221 0.169 0.133 0.059 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 17 F 0.033 0.032 0.048 0.111 0.195 0.195 0.203 0.112 0.047 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 18 E 0.482 0.235 0.137 0.071 0.033 0.018 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.095 0.072 0.136 0.218 0.204 0.140 0.061 0.041 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 20 F 0.034 0.018 0.030 0.068 0.127 0.206 0.219 0.173 0.078 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 21 T 0.093 0.117 0.136 0.173 0.184 0.132 0.076 0.049 0.024 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.345 0.228 0.165 0.112 0.067 0.039 0.022 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.131 0.072 0.112 0.165 0.191 0.139 0.091 0.049 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 24 L 0.085 0.057 0.092 0.143 0.193 0.172 0.121 0.071 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 25 A 0.214 0.152 0.129 0.130 0.127 0.107 0.069 0.040 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 26 T 0.250 0.202 0.152 0.141 0.110 0.065 0.042 0.019 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 27 G 0.369 0.167 0.131 0.118 0.096 0.057 0.033 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.226 0.182 0.167 0.161 0.130 0.061 0.042 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 W 0.049 0.041 0.077 0.147 0.211 0.195 0.121 0.085 0.046 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 30 Q 0.433 0.255 0.132 0.088 0.043 0.028 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.247 0.365 0.208 0.087 0.041 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.020 0.019 0.032 0.073 0.175 0.211 0.171 0.166 0.093 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 33 L 0.041 0.067 0.101 0.163 0.224 0.181 0.123 0.063 0.025 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 34 D 0.578 0.254 0.097 0.037 0.014 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.061 0.062 0.120 0.211 0.234 0.155 0.073 0.050 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 36 L 0.023 0.018 0.034 0.079 0.154 0.218 0.208 0.159 0.069 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 37 T 0.076 0.113 0.129 0.173 0.187 0.136 0.086 0.056 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 38 E 0.194 0.198 0.181 0.156 0.100 0.070 0.047 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 39 D 0.045 0.043 0.074 0.143 0.209 0.171 0.135 0.083 0.052 0.022 0.012 0.007 0.004 0.001 40 F 0.022 0.016 0.027 0.044 0.084 0.117 0.164 0.150 0.142 0.102 0.068 0.039 0.019 0.006 41 T 0.057 0.052 0.061 0.100 0.130 0.132 0.126 0.129 0.087 0.058 0.035 0.018 0.010 0.005 42 F 0.022 0.015 0.020 0.026 0.042 0.063 0.091 0.120 0.144 0.158 0.132 0.096 0.046 0.024 43 W 0.026 0.027 0.039 0.065 0.096 0.111 0.126 0.143 0.123 0.099 0.074 0.041 0.020 0.012 44 F 0.027 0.024 0.032 0.052 0.072 0.088 0.099 0.126 0.142 0.130 0.100 0.063 0.028 0.016 45 P 0.034 0.039 0.054 0.083 0.114 0.135 0.135 0.131 0.096 0.075 0.053 0.029 0.013 0.009 46 M 0.031 0.036 0.055 0.075 0.107 0.133 0.142 0.138 0.095 0.080 0.054 0.031 0.015 0.007 47 G 0.130 0.133 0.132 0.138 0.127 0.100 0.081 0.059 0.049 0.025 0.014 0.007 0.003 0.002 48 E 0.206 0.147 0.126 0.126 0.113 0.089 0.065 0.046 0.041 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 49 F 0.126 0.084 0.103 0.128 0.143 0.136 0.113 0.071 0.046 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 50 H 0.172 0.121 0.137 0.142 0.135 0.101 0.072 0.050 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 51 G 0.210 0.132 0.118 0.131 0.129 0.096 0.064 0.046 0.040 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 52 L 0.144 0.099 0.109 0.126 0.143 0.128 0.099 0.066 0.041 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 53 N 0.249 0.153 0.141 0.129 0.114 0.082 0.055 0.032 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 54 V 0.207 0.157 0.141 0.156 0.139 0.087 0.045 0.028 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 55 G 0.128 0.090 0.094 0.130 0.146 0.148 0.141 0.059 0.038 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 56 K 0.072 0.128 0.199 0.217 0.175 0.107 0.057 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.727 0.198 0.047 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.058 0.146 0.190 0.235 0.201 0.099 0.040 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.021 0.014 0.023 0.054 0.142 0.207 0.224 0.191 0.087 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 60 K 0.130 0.314 0.260 0.181 0.068 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.546 0.318 0.094 0.026 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.014 0.019 0.049 0.138 0.278 0.235 0.142 0.083 0.030 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 63 F 0.038 0.035 0.056 0.109 0.204 0.198 0.175 0.117 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 64 T 0.438 0.267 0.131 0.073 0.039 0.022 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.174 0.117 0.168 0.209 0.156 0.089 0.037 0.025 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 66 V 0.043 0.027 0.049 0.101 0.176 0.205 0.197 0.110 0.053 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 67 S 0.150 0.138 0.157 0.170 0.165 0.104 0.052 0.033 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 68 E 0.449 0.234 0.120 0.081 0.051 0.030 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.139 0.096 0.124 0.160 0.168 0.131 0.085 0.048 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 70 F 0.114 0.077 0.106 0.146 0.183 0.148 0.106 0.060 0.032 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 71 H 0.343 0.206 0.130 0.106 0.083 0.052 0.038 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 72 T 0.164 0.091 0.110 0.139 0.153 0.124 0.079 0.062 0.039 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 73 G 0.165 0.114 0.112 0.149 0.145 0.110 0.085 0.053 0.033 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 74 I 0.124 0.079 0.098 0.131 0.145 0.133 0.096 0.077 0.052 0.031 0.017 0.009 0.004 0.002 75 Q 0.109 0.078 0.093 0.124 0.145 0.138 0.106 0.083 0.054 0.033 0.020 0.009 0.004 0.002 76 I 0.084 0.060 0.072 0.103 0.133 0.133 0.113 0.107 0.079 0.054 0.034 0.017 0.008 0.003 77 S 0.113 0.083 0.088 0.115 0.125 0.120 0.099 0.085 0.070 0.045 0.030 0.016 0.007 0.004 78 S 0.097 0.068 0.080 0.103 0.121 0.121 0.110 0.098 0.077 0.054 0.036 0.021 0.010 0.005 79 L 0.068 0.056 0.072 0.098 0.125 0.133 0.128 0.115 0.079 0.059 0.036 0.019 0.009 0.004 80 D 0.146 0.120 0.122 0.133 0.129 0.103 0.077 0.065 0.049 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 81 R 0.135 0.103 0.112 0.141 0.145 0.118 0.080 0.065 0.050 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 82 V 0.103 0.087 0.116 0.155 0.163 0.145 0.099 0.061 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 83 T 0.156 0.144 0.164 0.161 0.138 0.101 0.069 0.033 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 84 S 0.281 0.219 0.153 0.124 0.089 0.055 0.041 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 85 N 0.257 0.242 0.163 0.134 0.085 0.051 0.036 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 86 E 0.116 0.166 0.164 0.175 0.134 0.095 0.073 0.036 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 87 T 0.022 0.026 0.053 0.090 0.148 0.179 0.167 0.136 0.093 0.042 0.023 0.011 0.007 0.003 88 T 0.007 0.008 0.015 0.034 0.074 0.103 0.137 0.167 0.158 0.121 0.091 0.050 0.024 0.011 89 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.018 0.035 0.069 0.127 0.215 0.223 0.173 0.077 0.040 90 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.014 0.024 0.049 0.103 0.182 0.222 0.205 0.117 0.063 91 F 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.011 0.024 0.046 0.106 0.182 0.214 0.197 0.145 0.059 92 E 0.008 0.009 0.014 0.033 0.059 0.068 0.091 0.144 0.170 0.147 0.120 0.071 0.038 0.028 93 F 0.005 0.007 0.011 0.022 0.042 0.058 0.093 0.124 0.149 0.187 0.149 0.085 0.039 0.031 94 R 0.025 0.046 0.073 0.117 0.133 0.144 0.124 0.116 0.090 0.062 0.038 0.020 0.008 0.006 95 D 0.054 0.072 0.106 0.129 0.139 0.133 0.115 0.086 0.076 0.046 0.024 0.012 0.005 0.003 96 E 0.109 0.122 0.135 0.157 0.146 0.115 0.083 0.056 0.044 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 97 G 0.260 0.157 0.136 0.119 0.104 0.079 0.058 0.035 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 98 L 0.177 0.096 0.109 0.124 0.131 0.120 0.092 0.063 0.043 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 99 F 0.157 0.089 0.106 0.118 0.136 0.120 0.095 0.072 0.047 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 100 L 0.134 0.091 0.106 0.131 0.140 0.123 0.093 0.072 0.046 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 101 G 0.180 0.118 0.119 0.129 0.128 0.105 0.077 0.056 0.039 0.023 0.014 0.007 0.003 0.002 102 K 0.229 0.150 0.133 0.133 0.123 0.088 0.058 0.036 0.024 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 103 P 0.165 0.121 0.125 0.141 0.136 0.113 0.080 0.054 0.033 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 104 Y 0.059 0.072 0.106 0.167 0.174 0.150 0.109 0.076 0.040 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 105 K 0.101 0.138 0.155 0.181 0.145 0.108 0.074 0.044 0.029 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 106 N 0.037 0.045 0.071 0.108 0.145 0.172 0.140 0.116 0.081 0.042 0.023 0.011 0.007 0.003 107 R 0.014 0.025 0.037 0.077 0.113 0.138 0.150 0.145 0.132 0.078 0.049 0.023 0.012 0.006 108 V 0.004 0.003 0.005 0.011 0.024 0.043 0.077 0.112 0.155 0.184 0.162 0.138 0.053 0.031 109 A 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.015 0.027 0.049 0.101 0.180 0.220 0.210 0.122 0.060 110 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.013 0.032 0.062 0.120 0.185 0.202 0.196 0.128 0.047 111 S 0.003 0.004 0.005 0.015 0.031 0.037 0.061 0.117 0.172 0.176 0.176 0.107 0.052 0.045 112 F 0.005 0.006 0.008 0.011 0.022 0.035 0.073 0.096 0.141 0.166 0.187 0.135 0.070 0.044 113 D 0.022 0.031 0.057 0.131 0.187 0.153 0.122 0.122 0.084 0.044 0.026 0.012 0.006 0.003 114 V 0.005 0.008 0.021 0.049 0.099 0.135 0.166 0.177 0.153 0.106 0.047 0.020 0.009 0.004 115 R 0.066 0.103 0.150 0.229 0.139 0.143 0.077 0.045 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 116 G 0.397 0.246 0.155 0.084 0.042 0.028 0.028 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 D 0.282 0.219 0.158 0.136 0.093 0.051 0.033 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.115 0.121 0.177 0.169 0.179 0.109 0.067 0.032 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 119 I 0.043 0.031 0.064 0.095 0.159 0.177 0.166 0.135 0.063 0.038 0.017 0.007 0.004 0.001 120 C 0.145 0.092 0.085 0.102 0.136 0.114 0.088 0.083 0.068 0.044 0.025 0.011 0.005 0.002 121 S 0.160 0.136 0.138 0.155 0.132 0.089 0.071 0.046 0.032 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 122 Y 0.030 0.022 0.032 0.055 0.106 0.136 0.138 0.149 0.126 0.101 0.054 0.033 0.013 0.005 123 R 0.096 0.113 0.144 0.169 0.151 0.124 0.079 0.059 0.032 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 124 E 0.414 0.232 0.105 0.078 0.054 0.036 0.028 0.019 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 125 Y 0.059 0.051 0.092 0.137 0.167 0.176 0.126 0.097 0.051 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 126 F 0.071 0.058 0.087 0.139 0.183 0.163 0.131 0.086 0.040 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 127 G 0.281 0.203 0.147 0.127 0.086 0.060 0.043 0.024 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 128 S 0.270 0.109 0.138 0.133 0.132 0.093 0.056 0.032 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 129 D 0.390 0.199 0.121 0.117 0.074 0.043 0.028 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 G 0.326 0.122 0.135 0.123 0.114 0.082 0.048 0.024 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 131 K 0.396 0.174 0.123 0.109 0.080 0.053 0.038 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 132 S 0.419 0.175 0.124 0.094 0.078 0.047 0.031 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 133 N 0.355 0.167 0.129 0.112 0.096 0.063 0.040 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001