# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.030 0.460 0.012 0.030 0.079 0.004 0.004 0.051 0.103 0.055 0.095 0.062 2 M 0.012 0.027 0.520 0.010 0.034 0.067 0.004 0.003 0.033 0.091 0.070 0.028 0.101 3 T 0.007 0.026 0.459 0.008 0.034 0.071 0.002 0.002 0.030 0.161 0.094 0.072 0.033 4 H 0.004 0.031 0.465 0.004 0.030 0.071 0.002 0.002 0.020 0.176 0.119 0.013 0.064 5 Y 0.001 0.028 0.587 0.003 0.020 0.046 0.001 0.001 0.012 0.183 0.083 0.020 0.015 6 S 0.001 0.015 0.592 0.002 0.027 0.077 0.001 0.001 0.007 0.164 0.092 0.006 0.017 7 D 0.001 0.009 0.192 0.002 0.067 0.292 0.001 0.001 0.002 0.147 0.283 0.003 0.004 8 N 0.001 0.008 0.132 0.001 0.081 0.389 0.001 0.001 0.001 0.105 0.276 0.003 0.003 9 T 0.001 0.011 0.149 0.001 0.097 0.583 0.001 0.001 0.001 0.064 0.082 0.003 0.007 10 L 0.001 0.004 0.049 0.001 0.038 0.855 0.001 0.001 0.001 0.020 0.028 0.001 0.003 11 K 0.001 0.002 0.015 0.001 0.016 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 12 V 0.001 0.002 0.019 0.001 0.016 0.928 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.001 0.002 13 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.043 0.001 0.036 0.699 0.001 0.001 0.001 0.059 0.158 0.001 0.002 26 T 0.001 0.001 0.030 0.001 0.017 0.119 0.001 0.001 0.001 0.059 0.772 0.001 0.001 27 G 0.001 0.002 0.069 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.220 0.683 0.001 0.001 28 E 0.001 0.008 0.765 0.001 0.010 0.048 0.001 0.001 0.001 0.152 0.014 0.001 0.001 29 W 0.001 0.001 0.029 0.001 0.081 0.863 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.831 0.001 0.001 0.001 0.002 0.100 0.001 0.001 35 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.069 0.783 0.001 0.001 0.001 0.015 0.122 0.001 0.002 36 L 0.002 0.008 0.141 0.002 0.027 0.372 0.001 0.001 0.004 0.153 0.279 0.003 0.010 37 T 0.001 0.005 0.592 0.003 0.021 0.085 0.001 0.001 0.006 0.118 0.159 0.005 0.004 38 E 0.001 0.003 0.233 0.009 0.074 0.084 0.001 0.001 0.014 0.143 0.432 0.003 0.004 39 D 0.002 0.005 0.171 0.014 0.088 0.055 0.001 0.003 0.032 0.244 0.371 0.005 0.010 40 F 0.030 0.009 0.224 0.017 0.043 0.043 0.017 0.054 0.225 0.178 0.057 0.051 0.053 41 T 0.110 0.011 0.078 0.030 0.013 0.018 0.094 0.169 0.273 0.030 0.013 0.043 0.117 42 F 0.128 0.012 0.028 0.009 0.005 0.009 0.106 0.184 0.337 0.009 0.007 0.118 0.049 43 W 0.143 0.027 0.100 0.024 0.008 0.012 0.079 0.141 0.225 0.024 0.014 0.033 0.171 44 F 0.030 0.010 0.404 0.014 0.004 0.005 0.009 0.010 0.134 0.081 0.013 0.214 0.071 45 P 0.011 0.013 0.444 0.011 0.012 0.010 0.004 0.002 0.045 0.155 0.156 0.022 0.115 46 M 0.007 0.025 0.412 0.007 0.034 0.013 0.002 0.001 0.010 0.221 0.212 0.029 0.025 47 G 0.003 0.020 0.440 0.004 0.032 0.015 0.001 0.001 0.009 0.312 0.097 0.032 0.033 48 E 0.004 0.033 0.359 0.003 0.062 0.032 0.001 0.001 0.003 0.212 0.240 0.010 0.039 49 F 0.003 0.029 0.300 0.008 0.090 0.080 0.001 0.001 0.003 0.175 0.288 0.014 0.010 50 H 0.002 0.015 0.229 0.007 0.065 0.067 0.001 0.001 0.003 0.185 0.401 0.008 0.017 51 G 0.004 0.024 0.342 0.005 0.052 0.069 0.001 0.001 0.004 0.209 0.245 0.023 0.023 52 L 0.009 0.045 0.426 0.004 0.067 0.131 0.002 0.001 0.010 0.146 0.089 0.023 0.047 53 N 0.007 0.042 0.381 0.004 0.038 0.217 0.002 0.001 0.015 0.138 0.076 0.036 0.043 54 V 0.003 0.032 0.342 0.005 0.027 0.254 0.001 0.001 0.008 0.140 0.126 0.018 0.042 55 G 0.001 0.011 0.330 0.002 0.014 0.463 0.001 0.001 0.003 0.104 0.053 0.006 0.012 56 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.915 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.911 0.001 0.001 0.001 0.015 0.040 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.046 0.001 0.069 0.788 0.001 0.001 0.001 0.023 0.067 0.002 0.002 68 E 0.001 0.003 0.031 0.002 0.119 0.587 0.001 0.001 0.001 0.034 0.217 0.002 0.002 69 S 0.001 0.007 0.060 0.001 0.106 0.456 0.001 0.001 0.003 0.055 0.302 0.002 0.007 70 F 0.001 0.012 0.290 0.003 0.064 0.264 0.001 0.001 0.008 0.153 0.183 0.011 0.009 71 H 0.002 0.014 0.346 0.008 0.076 0.115 0.001 0.001 0.011 0.151 0.238 0.015 0.024 72 T 0.003 0.013 0.231 0.020 0.070 0.075 0.001 0.001 0.009 0.185 0.356 0.012 0.025 73 G 0.006 0.012 0.320 0.021 0.035 0.064 0.002 0.002 0.029 0.266 0.159 0.054 0.028 74 I 0.023 0.017 0.380 0.013 0.020 0.037 0.011 0.007 0.073 0.075 0.067 0.026 0.250 75 Q 0.052 0.016 0.237 0.028 0.009 0.022 0.016 0.012 0.110 0.047 0.013 0.365 0.073 76 I 0.079 0.015 0.146 0.020 0.007 0.018 0.025 0.014 0.111 0.027 0.016 0.081 0.440 77 S 0.102 0.014 0.175 0.074 0.012 0.012 0.027 0.018 0.110 0.039 0.018 0.218 0.180 78 S 0.085 0.009 0.167 0.084 0.007 0.009 0.015 0.006 0.080 0.050 0.019 0.226 0.242 79 L 0.125 0.008 0.124 0.027 0.016 0.015 0.015 0.004 0.050 0.029 0.031 0.070 0.484 80 D 0.140 0.005 0.108 0.116 0.019 0.016 0.013 0.004 0.028 0.034 0.025 0.370 0.121 81 R 0.257 0.005 0.056 0.009 0.010 0.011 0.015 0.004 0.021 0.014 0.010 0.212 0.379 82 V 0.302 0.013 0.085 0.013 0.012 0.015 0.021 0.005 0.019 0.013 0.011 0.130 0.361 83 T 0.174 0.016 0.099 0.013 0.009 0.010 0.016 0.004 0.016 0.021 0.016 0.418 0.188 84 S 0.047 0.011 0.201 0.010 0.009 0.005 0.004 0.002 0.009 0.060 0.069 0.122 0.453 85 N 0.009 0.003 0.146 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.198 0.418 0.082 0.078 86 E 0.002 0.001 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.688 0.010 0.013 87 T 0.052 0.007 0.158 0.032 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.351 0.155 0.153 0.083 88 T 0.359 0.004 0.053 0.006 0.001 0.002 0.019 0.004 0.005 0.018 0.006 0.066 0.458 89 V 0.665 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.072 0.009 0.005 0.001 0.001 0.150 0.081 90 V 0.811 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.084 0.007 0.002 0.001 0.001 0.023 0.062 91 F 0.829 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.056 0.006 0.002 0.001 0.001 0.075 0.021 92 E 0.796 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.060 0.005 0.005 0.001 0.001 0.037 0.084 93 F 0.639 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.036 0.004 0.013 0.001 0.001 0.129 0.159 94 R 0.525 0.002 0.035 0.057 0.003 0.005 0.024 0.002 0.014 0.007 0.008 0.117 0.199 95 D 0.253 0.005 0.074 0.044 0.019 0.028 0.006 0.001 0.011 0.048 0.047 0.266 0.196 96 E 0.147 0.007 0.077 0.053 0.036 0.043 0.007 0.001 0.009 0.070 0.162 0.082 0.307 97 G 0.167 0.013 0.122 0.017 0.048 0.036 0.008 0.002 0.007 0.063 0.067 0.195 0.255 98 L 0.127 0.024 0.171 0.013 0.036 0.041 0.010 0.003 0.016 0.047 0.044 0.208 0.260 99 F 0.098 0.022 0.200 0.032 0.044 0.051 0.010 0.004 0.016 0.058 0.087 0.155 0.223 100 L 0.013 0.011 0.212 0.050 0.026 0.040 0.004 0.001 0.012 0.149 0.314 0.108 0.060 101 G 0.007 0.009 0.228 0.019 0.010 0.010 0.002 0.001 0.004 0.259 0.353 0.019 0.080 102 K 0.009 0.013 0.393 0.007 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 0.159 0.015 0.356 0.031 103 P 0.014 0.017 0.234 0.003 0.007 0.011 0.004 0.001 0.010 0.032 0.022 0.011 0.635 104 Y 0.024 0.020 0.188 0.043 0.019 0.023 0.006 0.003 0.016 0.081 0.034 0.501 0.042 105 K 0.041 0.009 0.135 0.024 0.013 0.011 0.006 0.002 0.012 0.038 0.031 0.038 0.639 106 N 0.119 0.005 0.135 0.096 0.019 0.007 0.005 0.001 0.008 0.064 0.031 0.335 0.175 107 R 0.228 0.002 0.070 0.083 0.007 0.005 0.010 0.001 0.010 0.040 0.025 0.135 0.383 108 V 0.473 0.001 0.017 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.006 0.004 0.134 0.333 109 A 0.775 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.073 0.112 110 V 0.826 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.024 111 S 0.878 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.083 112 F 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.017 113 D 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.105 114 V 0.486 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.178 0.305 115 R 0.122 0.001 0.064 0.060 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.061 0.177 0.351 0.155 116 G 0.004 0.001 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.796 0.014 0.061 117 D 0.003 0.001 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.389 0.472 0.060 0.013 118 K 0.114 0.025 0.229 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.065 0.011 0.315 0.227 119 I 0.143 0.017 0.041 0.004 0.002 0.005 0.019 0.002 0.006 0.006 0.006 0.028 0.721 120 C 0.274 0.005 0.023 0.199 0.003 0.007 0.021 0.002 0.004 0.005 0.003 0.408 0.047 121 S 0.364 0.002 0.012 0.033 0.002 0.007 0.031 0.001 0.008 0.003 0.002 0.119 0.416 122 Y 0.466 0.002 0.018 0.038 0.005 0.012 0.036 0.004 0.008 0.003 0.004 0.135 0.270 123 R 0.453 0.001 0.026 0.056 0.012 0.026 0.031 0.005 0.012 0.005 0.009 0.240 0.122 124 E 0.393 0.003 0.030 0.016 0.027 0.039 0.027 0.003 0.017 0.012 0.028 0.120 0.285 125 Y 0.252 0.022 0.096 0.023 0.048 0.062 0.017 0.005 0.022 0.036 0.079 0.154 0.185 126 F 0.079 0.042 0.256 0.014 0.025 0.037 0.010 0.004 0.030 0.149 0.068 0.118 0.169 127 G 0.006 0.014 0.635 0.004 0.009 0.011 0.001 0.001 0.009 0.160 0.029 0.034 0.086 128 S 0.002 0.008 0.216 0.007 0.097 0.056 0.001 0.001 0.002 0.139 0.449 0.008 0.016 129 D 0.001 0.011 0.180 0.003 0.126 0.036 0.001 0.001 0.002 0.122 0.506 0.007 0.005 130 G 0.001 0.016 0.414 0.001 0.092 0.027 0.001 0.001 0.004 0.296 0.126 0.007 0.014 131 K 0.001 0.027 0.626 0.001 0.022 0.015 0.001 0.001 0.006 0.214 0.068 0.009 0.010 132 S 0.001 0.040 0.603 0.002 0.023 0.016 0.001 0.001 0.005 0.185 0.104 0.007 0.013 133 N 0.001 0.028 0.634 0.003 0.026 0.018 0.001 0.001 0.006 0.176 0.086 0.009 0.012