# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.055 0.188 0.335 0.005 0.035 0.012 0.006 0.020 0.007 0.021 0.039 0.133 0.004 0.009 0.071 2 M 0.056 0.036 0.279 0.362 0.013 0.061 0.028 0.003 0.004 0.004 0.013 0.021 0.090 0.007 0.004 0.017 3 T 0.021 0.056 0.132 0.294 0.019 0.241 0.020 0.019 0.003 0.004 0.039 0.028 0.100 0.005 0.009 0.010 4 H 0.013 0.147 0.057 0.306 0.016 0.109 0.009 0.018 0.017 0.008 0.136 0.040 0.080 0.007 0.005 0.032 5 Y 0.033 0.137 0.119 0.307 0.017 0.048 0.019 0.011 0.009 0.007 0.040 0.125 0.093 0.007 0.010 0.018 6 S 0.011 0.021 0.065 0.040 0.017 0.482 0.026 0.014 0.003 0.009 0.046 0.057 0.180 0.007 0.012 0.010 7 D 0.005 0.031 0.014 0.017 0.002 0.052 0.002 0.020 0.003 0.003 0.642 0.040 0.147 0.002 0.010 0.008 8 N 0.011 0.039 0.010 0.019 0.001 0.013 0.002 0.003 0.010 0.005 0.060 0.673 0.136 0.003 0.004 0.011 9 T 0.013 0.005 0.022 0.008 0.001 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.097 0.753 0.002 0.006 0.009 10 L 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.075 0.037 0.844 0.001 0.001 0.003 11 K 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.155 0.805 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.966 0.001 0.001 0.002 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.979 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.007 0.002 0.012 24 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.006 0.012 0.009 25 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.097 0.845 0.002 0.013 26 T 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.079 0.002 0.886 0.006 27 G 0.004 0.003 0.026 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.048 0.011 0.009 0.241 0.001 0.004 0.633 28 E 0.324 0.002 0.003 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.103 0.456 0.001 0.001 0.001 29 W 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.072 0.557 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.523 0.450 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.986 0.001 0.001 0.001 32 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.001 0.004 35 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.019 0.012 0.047 36 L 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.015 0.030 0.041 37 T 0.004 0.002 0.017 0.001 0.002 0.053 0.067 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.720 0.081 0.011 0.031 38 E 0.011 0.247 0.013 0.010 0.001 0.007 0.010 0.015 0.002 0.001 0.180 0.025 0.340 0.015 0.087 0.037 39 D 0.029 0.139 0.124 0.028 0.001 0.004 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 0.086 0.146 0.005 0.034 0.353 40 F 0.084 0.005 0.769 0.042 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054 0.001 0.002 0.023 41 T 0.008 0.030 0.742 0.175 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 42 F 0.004 0.012 0.036 0.836 0.012 0.054 0.003 0.002 0.002 0.001 0.013 0.002 0.018 0.002 0.001 0.004 43 W 0.003 0.075 0.064 0.801 0.014 0.014 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.003 44 F 0.005 0.018 0.039 0.497 0.106 0.273 0.013 0.006 0.003 0.007 0.005 0.007 0.015 0.001 0.001 0.003 45 P 0.005 0.099 0.039 0.191 0.305 0.123 0.029 0.051 0.004 0.006 0.116 0.006 0.010 0.009 0.002 0.004 46 M 0.008 0.227 0.023 0.317 0.017 0.025 0.004 0.187 0.054 0.012 0.030 0.053 0.009 0.003 0.024 0.006 47 G 0.025 0.024 0.068 0.140 0.076 0.151 0.040 0.016 0.121 0.178 0.031 0.048 0.041 0.005 0.007 0.029 48 E 0.110 0.104 0.072 0.097 0.063 0.079 0.016 0.064 0.010 0.008 0.238 0.051 0.058 0.007 0.011 0.012 49 F 0.013 0.031 0.039 0.063 0.300 0.034 0.107 0.029 0.022 0.016 0.048 0.101 0.016 0.166 0.006 0.010 50 H 0.014 0.063 0.077 0.110 0.003 0.009 0.005 0.253 0.017 0.005 0.007 0.026 0.024 0.001 0.379 0.007 51 G 0.020 0.010 0.046 0.091 0.007 0.046 0.011 0.004 0.210 0.223 0.023 0.014 0.051 0.004 0.002 0.238 52 L 0.678 0.036 0.065 0.088 0.002 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 0.034 0.035 0.028 0.001 0.003 0.004 53 N 0.020 0.029 0.179 0.142 0.123 0.216 0.044 0.004 0.008 0.015 0.033 0.091 0.050 0.031 0.002 0.014 54 V 0.016 0.171 0.116 0.297 0.004 0.045 0.002 0.124 0.002 0.002 0.053 0.041 0.072 0.001 0.051 0.005 55 G 0.002 0.006 0.007 0.029 0.001 0.499 0.001 0.004 0.015 0.082 0.094 0.086 0.163 0.001 0.001 0.009 56 K 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.633 0.086 0.210 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.705 0.239 0.001 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.958 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.988 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.014 0.003 0.034 66 V 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.006 0.024 0.008 67 S 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.942 0.006 0.005 0.010 68 E 0.005 0.015 0.007 0.007 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.056 0.017 0.829 0.020 0.011 0.020 69 S 0.011 0.022 0.048 0.011 0.001 0.006 0.052 0.001 0.003 0.001 0.007 0.043 0.556 0.094 0.031 0.113 70 F 0.008 0.013 0.336 0.022 0.002 0.010 0.043 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.452 0.005 0.050 0.040 71 H 0.009 0.010 0.052 0.013 0.114 0.066 0.278 0.004 0.002 0.004 0.019 0.008 0.155 0.225 0.003 0.037 72 T 0.023 0.139 0.042 0.057 0.002 0.011 0.007 0.293 0.004 0.002 0.064 0.019 0.067 0.006 0.253 0.011 73 G 0.011 0.035 0.060 0.071 0.003 0.052 0.012 0.004 0.244 0.096 0.024 0.065 0.100 0.005 0.009 0.210 74 I 0.465 0.058 0.174 0.100 0.002 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.039 0.028 0.081 0.001 0.006 0.013 75 Q 0.017 0.086 0.404 0.319 0.002 0.046 0.004 0.006 0.003 0.002 0.013 0.044 0.036 0.002 0.003 0.013 76 I 0.019 0.041 0.212 0.581 0.009 0.063 0.006 0.003 0.003 0.001 0.011 0.005 0.034 0.001 0.002 0.008 77 S 0.010 0.065 0.135 0.707 0.003 0.032 0.002 0.005 0.001 0.001 0.012 0.006 0.017 0.001 0.001 0.004 78 S 0.009 0.051 0.066 0.614 0.013 0.183 0.002 0.004 0.004 0.003 0.013 0.013 0.019 0.001 0.001 0.005 79 L 0.011 0.035 0.060 0.428 0.019 0.266 0.004 0.012 0.002 0.001 0.111 0.011 0.034 0.002 0.002 0.002 80 D 0.003 0.433 0.063 0.370 0.002 0.021 0.002 0.009 0.005 0.001 0.009 0.057 0.017 0.001 0.004 0.004 81 R 0.011 0.013 0.055 0.811 0.003 0.018 0.002 0.003 0.007 0.002 0.017 0.004 0.030 0.001 0.002 0.019 82 V 0.037 0.023 0.464 0.379 0.013 0.021 0.009 0.003 0.002 0.001 0.007 0.005 0.020 0.002 0.002 0.011 83 T 0.015 0.034 0.071 0.403 0.131 0.270 0.014 0.010 0.002 0.005 0.009 0.007 0.018 0.004 0.001 0.005 84 S 0.007 0.084 0.031 0.204 0.329 0.088 0.034 0.075 0.003 0.005 0.095 0.007 0.013 0.018 0.004 0.004 85 N 0.005 0.102 0.012 0.064 0.014 0.200 0.005 0.362 0.031 0.026 0.056 0.041 0.016 0.003 0.055 0.008 86 E 0.039 0.098 0.043 0.059 0.001 0.057 0.006 0.020 0.248 0.049 0.192 0.034 0.025 0.003 0.014 0.111 87 T 0.249 0.430 0.128 0.088 0.001 0.005 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 0.051 0.005 0.001 0.004 0.018 88 T 0.028 0.014 0.770 0.174 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 89 V 0.005 0.002 0.709 0.275 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.015 0.048 0.931 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.005 0.016 0.960 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.009 0.004 0.834 0.034 0.111 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.002 0.094 0.004 0.262 0.058 0.537 0.001 0.015 0.001 0.002 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.002 0.216 0.008 0.249 0.079 0.125 0.005 0.055 0.010 0.007 0.209 0.026 0.003 0.004 0.001 0.001 96 E 0.008 0.215 0.059 0.385 0.005 0.013 0.002 0.107 0.044 0.004 0.027 0.076 0.010 0.001 0.038 0.005 97 G 0.036 0.012 0.184 0.287 0.019 0.070 0.011 0.007 0.077 0.061 0.035 0.022 0.079 0.003 0.004 0.093 98 L 0.150 0.082 0.157 0.304 0.077 0.047 0.018 0.011 0.003 0.003 0.037 0.030 0.065 0.007 0.003 0.007 99 F 0.004 0.012 0.020 0.085 0.574 0.054 0.093 0.016 0.002 0.003 0.011 0.011 0.013 0.097 0.003 0.003 100 L 0.003 0.045 0.032 0.126 0.007 0.014 0.004 0.573 0.015 0.007 0.014 0.005 0.015 0.001 0.132 0.008 101 G 0.022 0.031 0.025 0.168 0.002 0.010 0.002 0.003 0.421 0.164 0.006 0.011 0.013 0.001 0.001 0.120 102 K 0.754 0.009 0.063 0.114 0.006 0.015 0.005 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.008 0.001 0.001 0.003 103 P 0.013 0.058 0.355 0.333 0.015 0.132 0.003 0.017 0.002 0.003 0.023 0.019 0.019 0.001 0.003 0.004 104 Y 0.006 0.047 0.025 0.439 0.032 0.280 0.004 0.010 0.009 0.009 0.073 0.029 0.030 0.001 0.001 0.003 105 K 0.015 0.345 0.041 0.375 0.012 0.041 0.004 0.011 0.008 0.002 0.043 0.062 0.033 0.001 0.002 0.004 106 N 0.021 0.036 0.135 0.504 0.007 0.107 0.005 0.023 0.014 0.005 0.034 0.039 0.054 0.001 0.007 0.009 107 R 0.015 0.139 0.294 0.430 0.002 0.030 0.002 0.005 0.006 0.002 0.016 0.010 0.034 0.001 0.002 0.012 108 V 0.010 0.036 0.059 0.857 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 109 A 0.008 0.022 0.215 0.713 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.043 0.045 0.898 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 S 0.001 0.002 0.016 0.978 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.002 0.002 0.050 0.938 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.001 0.002 0.010 0.940 0.033 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.017 0.001 0.007 0.126 0.013 0.001 0.815 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 116 G 0.001 0.015 0.001 0.005 0.001 0.008 0.001 0.193 0.557 0.179 0.012 0.007 0.001 0.001 0.018 0.004 117 D 0.449 0.080 0.022 0.017 0.001 0.002 0.001 0.002 0.276 0.041 0.009 0.022 0.002 0.001 0.003 0.073 118 K 0.591 0.013 0.332 0.034 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 119 I 0.011 0.002 0.391 0.034 0.001 0.545 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 120 C 0.001 0.874 0.010 0.094 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 121 S 0.001 0.005 0.008 0.944 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 122 Y 0.002 0.008 0.643 0.233 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.070 0.001 0.001 0.001 123 R 0.001 0.016 0.025 0.812 0.009 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.062 0.001 0.001 0.001 124 E 0.001 0.028 0.015 0.708 0.008 0.093 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.121 0.001 0.002 0.001 125 Y 0.003 0.057 0.026 0.426 0.124 0.103 0.044 0.004 0.005 0.003 0.019 0.009 0.102 0.037 0.002 0.037 126 F 0.013 0.119 0.061 0.509 0.010 0.028 0.008 0.103 0.004 0.002 0.017 0.015 0.050 0.004 0.044 0.011 127 G 0.006 0.030 0.040 0.079 0.019 0.512 0.012 0.009 0.032 0.075 0.015 0.018 0.102 0.005 0.003 0.041 128 S 0.033 0.048 0.020 0.028 0.100 0.034 0.088 0.010 0.002 0.003 0.482 0.020 0.062 0.062 0.003 0.006 129 D 0.005 0.108 0.057 0.048 0.004 0.022 0.007 0.146 0.009 0.002 0.030 0.236 0.049 0.010 0.255 0.010 130 G 0.013 0.023 0.073 0.056 0.012 0.025 0.025 0.006 0.122 0.071 0.029 0.031 0.167 0.014 0.020 0.314 131 K 0.326 0.048 0.079 0.057 0.036 0.042 0.058 0.013 0.007 0.005 0.065 0.054 0.149 0.022 0.014 0.026 132 S 0.024 0.046 0.173 0.045 0.065 0.112 0.090 0.060 0.009 0.011 0.063 0.083 0.112 0.051 0.035 0.019 133 N 0.020 0.097 0.077 0.106 0.035 0.054 0.040 0.104 0.039 0.021 0.082 0.075 0.114 0.019 0.074 0.045