# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.045 0.004 0.059 0.044 0.081 0.112 0.009 0.001 0.072 0.509 2 M 0.043 0.027 0.005 0.068 0.070 0.097 0.121 0.007 0.002 0.085 0.477 3 T 0.037 0.023 0.002 0.052 0.051 0.076 0.106 0.004 0.001 0.080 0.569 4 H 0.047 0.028 0.003 0.038 0.033 0.060 0.138 0.003 0.001 0.138 0.511 5 Y 0.023 0.029 0.002 0.024 0.017 0.023 0.151 0.003 0.001 0.257 0.469 6 S 0.129 0.229 0.002 0.012 0.008 0.012 0.097 0.012 0.001 0.090 0.408 7 D 0.074 0.311 0.002 0.008 0.008 0.009 0.080 0.008 0.001 0.046 0.454 8 N 0.017 0.532 0.003 0.009 0.007 0.010 0.054 0.003 0.001 0.034 0.332 9 T 0.019 0.814 0.002 0.004 0.003 0.005 0.015 0.005 0.001 0.062 0.071 10 L 0.019 0.870 0.002 0.002 0.002 0.002 0.012 0.005 0.001 0.054 0.033 11 K 0.011 0.849 0.003 0.003 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.068 0.048 12 V 0.006 0.767 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.163 0.045 13 A 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.014 0.005 14 H 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.008 15 Q 0.001 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 16 G 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 0.006 17 F 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.938 0.002 18 E 0.002 0.688 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.282 0.015 19 F 0.007 0.952 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.019 0.012 20 F 0.010 0.892 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.033 0.023 21 T 0.017 0.833 0.005 0.003 0.001 0.003 0.017 0.009 0.002 0.044 0.066 22 Q 0.025 0.088 0.005 0.004 0.002 0.003 0.032 0.002 0.002 0.729 0.109 23 G 0.022 0.136 0.064 0.017 0.004 0.006 0.139 0.009 0.017 0.386 0.200 24 L 0.240 0.164 0.020 0.013 0.005 0.007 0.120 0.014 0.005 0.065 0.346 25 A 0.184 0.133 0.003 0.005 0.002 0.003 0.053 0.005 0.001 0.022 0.589 26 T 0.014 0.136 0.001 0.007 0.001 0.003 0.090 0.002 0.001 0.010 0.737 27 G 0.015 0.301 0.004 0.013 0.006 0.008 0.088 0.002 0.001 0.028 0.534 28 E 0.010 0.936 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.010 0.030 29 W 0.029 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.005 0.007 30 Q 0.018 0.904 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.040 0.024 31 K 0.018 0.896 0.006 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.016 0.048 32 F 0.093 0.730 0.021 0.003 0.002 0.002 0.016 0.025 0.002 0.051 0.055 33 L 0.043 0.172 0.018 0.010 0.004 0.016 0.045 0.010 0.006 0.590 0.088 34 D 0.058 0.136 0.005 0.008 0.009 0.011 0.115 0.005 0.003 0.167 0.484 35 M 0.046 0.071 0.045 0.033 0.022 0.037 0.150 0.013 0.007 0.102 0.473 36 L 0.065 0.060 0.017 0.028 0.021 0.040 0.153 0.017 0.005 0.079 0.515 37 T 0.374 0.021 0.005 0.013 0.005 0.008 0.104 0.014 0.003 0.139 0.314 38 E 0.020 0.013 0.002 0.061 0.013 0.029 0.149 0.003 0.001 0.050 0.658 39 D 0.013 0.009 0.002 0.101 0.013 0.061 0.111 0.002 0.001 0.074 0.614 40 F 0.007 0.005 0.001 0.215 0.165 0.182 0.078 0.002 0.001 0.075 0.269 41 T 0.008 0.003 0.001 0.314 0.102 0.135 0.052 0.001 0.001 0.107 0.276 42 F 0.004 0.002 0.001 0.209 0.211 0.250 0.042 0.001 0.001 0.049 0.230 43 W 0.010 0.004 0.001 0.300 0.089 0.178 0.064 0.002 0.001 0.065 0.288 44 F 0.060 0.006 0.002 0.127 0.088 0.128 0.099 0.004 0.001 0.111 0.375 45 P 0.022 0.006 0.001 0.083 0.047 0.086 0.148 0.003 0.001 0.055 0.548 46 M 0.059 0.012 0.001 0.035 0.024 0.052 0.153 0.004 0.001 0.045 0.614 47 G 0.092 0.013 0.010 0.028 0.034 0.041 0.158 0.010 0.006 0.106 0.502 48 E 0.169 0.011 0.001 0.017 0.010 0.022 0.117 0.005 0.001 0.040 0.607 49 F 0.131 0.016 0.001 0.019 0.017 0.029 0.125 0.004 0.001 0.061 0.596 50 H 0.012 0.024 0.001 0.031 0.012 0.022 0.140 0.001 0.001 0.023 0.733 51 G 0.040 0.142 0.002 0.024 0.021 0.042 0.106 0.005 0.001 0.095 0.522 52 L 0.066 0.242 0.001 0.024 0.046 0.030 0.086 0.004 0.001 0.049 0.452 53 N 0.035 0.417 0.002 0.039 0.019 0.035 0.073 0.002 0.001 0.025 0.352 54 V 0.010 0.596 0.002 0.017 0.018 0.016 0.043 0.002 0.001 0.028 0.268 55 G 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.011 56 K 0.020 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.008 57 E 0.010 0.890 0.009 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.032 0.044 58 R 0.011 0.869 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.061 0.036 59 A 0.014 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.011 0.005 60 K 0.006 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.829 0.017 61 E 0.003 0.801 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.124 0.049 62 F 0.028 0.875 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.001 0.026 0.020 63 F 0.016 0.510 0.014 0.003 0.001 0.002 0.022 0.014 0.003 0.351 0.063 64 T 0.014 0.581 0.006 0.003 0.002 0.002 0.032 0.005 0.002 0.212 0.141 65 Y 0.040 0.201 0.017 0.005 0.002 0.003 0.051 0.009 0.002 0.535 0.136 66 V 0.044 0.341 0.048 0.008 0.004 0.006 0.072 0.051 0.010 0.273 0.144 67 S 0.170 0.322 0.013 0.005 0.004 0.006 0.066 0.036 0.005 0.066 0.307 68 E 0.073 0.068 0.010 0.009 0.006 0.010 0.099 0.005 0.003 0.170 0.548 69 S 0.025 0.062 0.016 0.016 0.007 0.016 0.140 0.007 0.005 0.141 0.564 70 F 0.211 0.057 0.010 0.014 0.008 0.010 0.124 0.016 0.003 0.062 0.485 71 H 0.185 0.045 0.008 0.010 0.008 0.010 0.111 0.011 0.003 0.063 0.546 72 T 0.038 0.030 0.002 0.013 0.008 0.016 0.120 0.003 0.001 0.026 0.742 73 G 0.045 0.030 0.004 0.030 0.025 0.069 0.130 0.005 0.001 0.100 0.562 74 I 0.020 0.020 0.003 0.042 0.068 0.082 0.147 0.004 0.001 0.126 0.486 75 Q 0.023 0.023 0.003 0.062 0.078 0.120 0.098 0.004 0.001 0.067 0.522 76 I 0.029 0.020 0.003 0.057 0.103 0.142 0.086 0.004 0.001 0.061 0.495 77 S 0.016 0.017 0.004 0.101 0.126 0.199 0.088 0.003 0.001 0.055 0.390 78 S 0.033 0.029 0.003 0.068 0.129 0.281 0.063 0.007 0.001 0.085 0.302 79 L 0.034 0.016 0.002 0.035 0.118 0.175 0.089 0.008 0.001 0.112 0.411 80 D 0.013 0.008 0.001 0.057 0.207 0.319 0.062 0.003 0.001 0.066 0.262 81 R 0.014 0.004 0.001 0.036 0.179 0.323 0.063 0.002 0.001 0.072 0.305 82 V 0.009 0.002 0.002 0.056 0.229 0.273 0.070 0.001 0.001 0.062 0.296 83 T 0.042 0.003 0.002 0.048 0.158 0.238 0.079 0.002 0.002 0.090 0.334 84 S 0.072 0.005 0.002 0.032 0.043 0.084 0.109 0.003 0.001 0.070 0.580 85 N 0.121 0.005 0.001 0.012 0.020 0.035 0.130 0.003 0.001 0.053 0.620 86 E 0.013 0.004 0.001 0.010 0.014 0.036 0.162 0.001 0.001 0.026 0.733 87 T 0.004 0.007 0.001 0.037 0.103 0.249 0.122 0.001 0.001 0.034 0.443 88 T 0.002 0.005 0.001 0.060 0.241 0.496 0.030 0.001 0.001 0.036 0.128 89 V 0.002 0.006 0.001 0.066 0.357 0.421 0.017 0.001 0.001 0.032 0.098 90 V 0.006 0.009 0.001 0.095 0.362 0.330 0.020 0.001 0.001 0.044 0.132 91 F 0.004 0.006 0.001 0.099 0.370 0.387 0.017 0.001 0.001 0.035 0.081 92 E 0.008 0.013 0.002 0.079 0.256 0.421 0.033 0.001 0.001 0.047 0.139 93 F 0.017 0.018 0.004 0.069 0.243 0.356 0.045 0.005 0.002 0.059 0.181 94 R 0.098 0.026 0.004 0.044 0.179 0.191 0.065 0.007 0.002 0.088 0.295 95 D 0.047 0.025 0.002 0.037 0.144 0.256 0.083 0.006 0.001 0.053 0.347 96 E 0.029 0.015 0.002 0.049 0.071 0.165 0.100 0.003 0.001 0.050 0.515 97 G 0.010 0.005 0.013 0.050 0.136 0.298 0.075 0.003 0.009 0.079 0.321 98 L 0.058 0.003 0.001 0.042 0.107 0.150 0.086 0.003 0.001 0.047 0.501 99 F 0.568 0.002 0.001 0.017 0.024 0.029 0.041 0.003 0.001 0.062 0.251 100 L 0.004 0.001 0.001 0.026 0.012 0.033 0.102 0.001 0.001 0.013 0.807 101 G 0.014 0.005 0.001 0.008 0.008 0.028 0.080 0.001 0.001 0.022 0.834 102 K 0.020 0.005 0.001 0.014 0.382 0.106 0.082 0.002 0.001 0.054 0.333 103 P 0.016 0.013 0.001 0.046 0.059 0.099 0.104 0.002 0.001 0.053 0.609 104 Y 0.036 0.016 0.002 0.026 0.195 0.222 0.071 0.004 0.001 0.053 0.374 105 K 0.046 0.015 0.002 0.028 0.128 0.203 0.081 0.004 0.001 0.043 0.449 106 N 0.013 0.008 0.002 0.027 0.194 0.332 0.064 0.002 0.001 0.038 0.320 107 R 0.004 0.003 0.001 0.046 0.186 0.482 0.058 0.001 0.001 0.031 0.189 108 V 0.001 0.001 0.001 0.039 0.214 0.667 0.012 0.001 0.001 0.018 0.046 109 A 0.003 0.002 0.001 0.024 0.328 0.388 0.019 0.001 0.001 0.059 0.175 110 V 0.001 0.001 0.001 0.020 0.480 0.439 0.007 0.001 0.001 0.013 0.040 111 S 0.004 0.001 0.001 0.035 0.290 0.402 0.021 0.001 0.001 0.054 0.192 112 F 0.001 0.001 0.001 0.026 0.488 0.447 0.005 0.001 0.001 0.008 0.026 113 D 0.011 0.001 0.003 0.038 0.257 0.359 0.037 0.001 0.004 0.085 0.204 114 V 0.320 0.002 0.001 0.047 0.132 0.125 0.050 0.007 0.001 0.071 0.245 115 R 0.456 0.002 0.001 0.005 0.011 0.012 0.046 0.003 0.001 0.030 0.434 116 G 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.098 0.001 0.001 0.005 0.879 117 D 0.004 0.013 0.001 0.019 0.106 0.124 0.103 0.001 0.001 0.054 0.577 118 K 0.003 0.012 0.001 0.018 0.428 0.385 0.024 0.001 0.001 0.036 0.093 119 I 0.014 0.040 0.001 0.025 0.216 0.208 0.051 0.003 0.001 0.045 0.396 120 C 0.010 0.036 0.002 0.029 0.358 0.344 0.026 0.002 0.001 0.041 0.152 121 S 0.015 0.052 0.003 0.046 0.210 0.443 0.031 0.002 0.001 0.051 0.147 122 Y 0.044 0.070 0.005 0.050 0.187 0.297 0.055 0.008 0.002 0.078 0.205 123 R 0.030 0.032 0.009 0.063 0.259 0.303 0.042 0.007 0.004 0.077 0.174 124 E 0.060 0.017 0.002 0.048 0.183 0.227 0.056 0.003 0.001 0.063 0.340 125 Y 0.033 0.014 0.004 0.050 0.108 0.134 0.109 0.004 0.001 0.079 0.464 126 F 0.020 0.017 0.003 0.044 0.049 0.063 0.132 0.004 0.001 0.042 0.625 127 G 0.262 0.049 0.003 0.014 0.016 0.029 0.083 0.018 0.002 0.069 0.456 128 S 0.127 0.016 0.002 0.009 0.014 0.014 0.103 0.007 0.002 0.064 0.640 129 D 0.058 0.009 0.004 0.013 0.008 0.015 0.101 0.003 0.002 0.045 0.743 130 G 0.166 0.006 0.001 0.011 0.008 0.011 0.106 0.004 0.001 0.037 0.650 131 K 0.074 0.005 0.001 0.012 0.006 0.009 0.108 0.002 0.001 0.034 0.748 132 S 0.024 0.006 0.001 0.012 0.008 0.011 0.110 0.001 0.001 0.022 0.805 133 N 0.032 0.009 0.001 0.017 0.012 0.015 0.138 0.002 0.001 0.036 0.738