# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.025 0.006 0.079 0.063 0.118 0.081 0.003 0.001 0.007 0.552 2 M 0.075 0.027 0.007 0.113 0.059 0.128 0.099 0.003 0.001 0.009 0.482 3 T 0.045 0.019 0.003 0.066 0.044 0.065 0.125 0.004 0.001 0.005 0.624 4 H 0.052 0.012 0.002 0.045 0.022 0.046 0.062 0.004 0.001 0.004 0.751 5 Y 0.084 0.022 0.011 0.068 0.032 0.059 0.207 0.003 0.001 0.006 0.508 6 S 0.053 0.013 0.003 0.029 0.015 0.029 0.264 0.002 0.001 0.009 0.583 7 D 0.039 0.010 0.002 0.017 0.005 0.012 0.069 0.001 0.001 0.010 0.835 8 N 0.027 0.014 0.003 0.009 0.003 0.005 0.442 0.001 0.001 0.011 0.486 9 T 0.150 0.023 0.003 0.006 0.002 0.004 0.616 0.001 0.001 0.015 0.181 10 L 0.190 0.310 0.008 0.014 0.003 0.010 0.089 0.003 0.001 0.012 0.362 11 K 0.029 0.358 0.013 0.009 0.004 0.007 0.130 0.002 0.001 0.005 0.444 12 V 0.049 0.460 0.007 0.004 0.003 0.005 0.133 0.004 0.001 0.003 0.333 13 A 0.033 0.825 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.120 14 H 0.016 0.867 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.103 15 Q 0.010 0.919 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.058 16 G 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 17 F 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 18 E 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 19 F 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 20 F 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 21 T 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 22 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 23 G 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 24 L 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 25 A 0.038 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.009 26 T 0.112 0.771 0.022 0.002 0.001 0.001 0.005 0.058 0.001 0.001 0.029 27 G 0.313 0.353 0.058 0.005 0.001 0.001 0.008 0.099 0.001 0.012 0.150 28 E 0.039 0.025 0.780 0.002 0.001 0.001 0.075 0.005 0.001 0.001 0.072 29 W 0.030 0.050 0.065 0.027 0.002 0.004 0.134 0.003 0.001 0.003 0.682 30 Q 0.017 0.172 0.009 0.018 0.004 0.011 0.177 0.001 0.001 0.005 0.586 31 K 0.043 0.318 0.003 0.009 0.002 0.003 0.163 0.002 0.001 0.003 0.453 32 F 0.054 0.762 0.003 0.004 0.001 0.004 0.015 0.005 0.001 0.001 0.151 33 L 0.015 0.923 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 34 D 0.023 0.913 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.051 35 M 0.145 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.035 36 L 0.292 0.556 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.100 0.001 0.001 0.034 37 T 0.210 0.417 0.110 0.017 0.006 0.010 0.021 0.073 0.001 0.002 0.135 38 E 0.030 0.054 0.022 0.015 0.007 0.009 0.019 0.030 0.001 0.006 0.810 39 D 0.131 0.029 0.073 0.056 0.014 0.017 0.251 0.011 0.001 0.021 0.398 40 F 0.327 0.025 0.029 0.121 0.027 0.025 0.271 0.003 0.001 0.009 0.163 41 T 0.041 0.019 0.012 0.446 0.113 0.124 0.115 0.001 0.001 0.008 0.121 42 F 0.007 0.008 0.005 0.548 0.117 0.180 0.018 0.001 0.001 0.002 0.115 43 W 0.007 0.005 0.001 0.461 0.097 0.288 0.013 0.001 0.001 0.002 0.125 44 F 0.007 0.006 0.001 0.268 0.196 0.217 0.060 0.001 0.001 0.002 0.242 45 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.961 46 M 0.011 0.003 0.001 0.131 0.060 0.193 0.117 0.001 0.001 0.007 0.478 47 G 0.151 0.007 0.001 0.053 0.027 0.040 0.123 0.001 0.001 0.023 0.573 48 E 0.033 0.004 0.001 0.013 0.007 0.011 0.069 0.001 0.001 0.003 0.858 49 F 0.102 0.020 0.004 0.040 0.038 0.076 0.161 0.001 0.001 0.005 0.554 50 H 0.098 0.028 0.002 0.027 0.030 0.054 0.122 0.001 0.001 0.009 0.630 51 G 0.116 0.020 0.005 0.024 0.023 0.036 0.098 0.004 0.001 0.017 0.656 52 L 0.167 0.018 0.011 0.030 0.024 0.033 0.115 0.002 0.001 0.003 0.597 53 N 0.044 0.036 0.004 0.049 0.058 0.080 0.241 0.002 0.001 0.005 0.482 54 V 0.053 0.057 0.005 0.031 0.029 0.063 0.135 0.002 0.001 0.007 0.618 55 G 0.058 0.063 0.005 0.026 0.013 0.043 0.199 0.002 0.001 0.007 0.584 56 K 0.079 0.079 0.007 0.025 0.006 0.022 0.163 0.001 0.001 0.005 0.613 57 E 0.007 0.104 0.001 0.003 0.003 0.005 0.183 0.001 0.001 0.003 0.689 58 R 0.037 0.346 0.003 0.003 0.003 0.006 0.265 0.001 0.001 0.003 0.333 59 A 0.016 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 60 K 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 61 E 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 62 F 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 63 F 0.012 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 64 T 0.006 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 65 Y 0.019 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.047 66 V 0.057 0.879 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.033 67 S 0.043 0.866 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.063 68 E 0.066 0.680 0.033 0.005 0.002 0.002 0.015 0.027 0.001 0.001 0.168 69 S 0.268 0.454 0.020 0.010 0.002 0.002 0.030 0.053 0.001 0.002 0.159 70 F 0.226 0.461 0.028 0.016 0.005 0.007 0.025 0.037 0.001 0.002 0.193 71 H 0.094 0.197 0.059 0.029 0.011 0.018 0.100 0.023 0.001 0.005 0.464 72 T 0.067 0.063 0.020 0.023 0.010 0.012 0.122 0.016 0.001 0.008 0.659 73 G 0.267 0.058 0.020 0.031 0.019 0.028 0.106 0.011 0.001 0.018 0.443 74 I 0.167 0.030 0.043 0.043 0.023 0.029 0.178 0.004 0.001 0.007 0.476 75 Q 0.061 0.024 0.014 0.112 0.120 0.148 0.175 0.002 0.001 0.006 0.338 76 I 0.055 0.023 0.003 0.115 0.110 0.236 0.064 0.002 0.001 0.003 0.389 77 S 0.027 0.029 0.002 0.129 0.191 0.249 0.058 0.001 0.001 0.002 0.311 78 S 0.016 0.017 0.001 0.085 0.220 0.265 0.093 0.001 0.001 0.004 0.297 79 L 0.025 0.020 0.002 0.092 0.137 0.265 0.058 0.001 0.001 0.005 0.396 80 D 0.034 0.021 0.003 0.091 0.196 0.359 0.099 0.001 0.001 0.008 0.188 81 R 0.074 0.026 0.004 0.098 0.200 0.236 0.087 0.002 0.001 0.010 0.263 82 V 0.035 0.032 0.005 0.095 0.202 0.271 0.054 0.003 0.001 0.003 0.300 83 T 0.036 0.017 0.002 0.070 0.291 0.414 0.035 0.001 0.001 0.002 0.131 84 S 0.025 0.024 0.002 0.047 0.202 0.260 0.076 0.002 0.001 0.003 0.357 85 N 0.025 0.011 0.001 0.027 0.107 0.191 0.094 0.003 0.001 0.006 0.535 86 E 0.048 0.003 0.002 0.017 0.031 0.054 0.109 0.002 0.001 0.013 0.721 87 T 0.093 0.002 0.007 0.018 0.034 0.040 0.384 0.001 0.001 0.011 0.410 88 T 0.163 0.003 0.004 0.031 0.110 0.124 0.136 0.001 0.001 0.010 0.419 89 V 0.017 0.003 0.002 0.046 0.363 0.424 0.038 0.001 0.001 0.002 0.106 90 V 0.005 0.002 0.001 0.057 0.290 0.577 0.016 0.001 0.001 0.001 0.051 91 F 0.003 0.002 0.001 0.037 0.392 0.536 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 92 E 0.001 0.003 0.001 0.035 0.424 0.493 0.007 0.001 0.001 0.001 0.034 93 F 0.001 0.003 0.001 0.016 0.417 0.532 0.006 0.001 0.001 0.001 0.025 94 R 0.003 0.008 0.001 0.025 0.289 0.588 0.018 0.001 0.001 0.001 0.068 95 D 0.014 0.014 0.001 0.024 0.286 0.413 0.048 0.001 0.001 0.004 0.195 96 E 0.031 0.025 0.002 0.026 0.234 0.399 0.084 0.001 0.001 0.005 0.194 97 G 0.082 0.045 0.004 0.027 0.172 0.280 0.057 0.003 0.001 0.009 0.322 98 L 0.101 0.044 0.007 0.040 0.250 0.244 0.052 0.002 0.001 0.004 0.256 99 F 0.024 0.044 0.004 0.027 0.410 0.249 0.045 0.002 0.001 0.002 0.193 100 L 0.025 0.025 0.001 0.025 0.126 0.307 0.041 0.002 0.001 0.002 0.447 101 G 0.081 0.015 0.004 0.033 0.070 0.211 0.063 0.006 0.001 0.020 0.497 102 K 0.340 0.006 0.032 0.046 0.081 0.064 0.129 0.002 0.001 0.005 0.296 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.980 104 Y 0.008 0.001 0.001 0.043 0.211 0.514 0.036 0.001 0.001 0.001 0.184 105 K 0.035 0.007 0.001 0.083 0.153 0.169 0.074 0.001 0.001 0.004 0.474 106 N 0.063 0.009 0.001 0.079 0.212 0.291 0.051 0.001 0.001 0.006 0.289 107 R 0.051 0.009 0.001 0.118 0.290 0.325 0.044 0.001 0.001 0.005 0.157 108 V 0.015 0.007 0.001 0.111 0.318 0.393 0.035 0.001 0.001 0.003 0.117 109 A 0.008 0.003 0.001 0.090 0.356 0.498 0.008 0.001 0.001 0.003 0.032 110 V 0.002 0.001 0.001 0.042 0.456 0.479 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 111 S 0.003 0.001 0.001 0.041 0.284 0.606 0.008 0.001 0.001 0.001 0.055 112 F 0.001 0.001 0.001 0.019 0.420 0.548 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 113 D 0.002 0.001 0.001 0.017 0.304 0.570 0.012 0.001 0.001 0.001 0.095 114 V 0.001 0.001 0.001 0.019 0.395 0.538 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 115 R 0.003 0.001 0.001 0.019 0.271 0.434 0.074 0.001 0.001 0.002 0.196 116 G 0.007 0.001 0.001 0.016 0.114 0.172 0.070 0.001 0.001 0.007 0.612 117 D 0.053 0.002 0.002 0.015 0.094 0.181 0.199 0.001 0.001 0.011 0.444 118 K 0.456 0.001 0.002 0.025 0.138 0.148 0.083 0.001 0.001 0.010 0.136 119 I 0.021 0.002 0.002 0.025 0.165 0.226 0.102 0.001 0.001 0.002 0.454 120 C 0.010 0.001 0.001 0.037 0.295 0.624 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 121 S 0.005 0.003 0.001 0.049 0.361 0.397 0.050 0.001 0.001 0.001 0.134 122 Y 0.002 0.003 0.001 0.035 0.284 0.623 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 123 R 0.002 0.006 0.001 0.049 0.270 0.610 0.017 0.001 0.001 0.002 0.045 124 E 0.009 0.014 0.001 0.051 0.184 0.257 0.075 0.001 0.001 0.003 0.405 125 Y 0.046 0.047 0.002 0.065 0.211 0.373 0.049 0.002 0.001 0.007 0.197 126 F 0.109 0.082 0.006 0.069 0.095 0.189 0.084 0.006 0.001 0.010 0.350 127 G 0.084 0.035 0.009 0.029 0.040 0.071 0.077 0.011 0.001 0.011 0.632 128 S 0.100 0.010 0.007 0.015 0.011 0.028 0.051 0.003 0.001 0.004 0.770 129 D 0.037 0.009 0.005 0.015 0.009 0.018 0.238 0.002 0.001 0.009 0.658 130 G 0.151 0.015 0.007 0.020 0.009 0.018 0.313 0.002 0.001 0.023 0.442 131 K 0.173 0.035 0.008 0.023 0.010 0.017 0.205 0.003 0.001 0.013 0.514 132 S 0.099 0.043 0.008 0.030 0.017 0.032 0.199 0.004 0.001 0.013 0.555 133 N 0.111 0.052 0.009 0.032 0.029 0.054 0.144 0.004 0.001 0.013 0.552