# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.262 0.194 0.147 0.057 0.048 0.027 0.003 0.024 0.003 0.001 2 M 0.187 0.301 0.296 0.085 0.061 0.033 0.011 0.002 0.021 0.003 0.001 3 T 0.208 0.252 0.333 0.060 0.072 0.031 0.014 0.002 0.023 0.004 0.001 4 H 0.262 0.138 0.285 0.111 0.049 0.077 0.033 0.009 0.028 0.006 0.002 5 Y 0.204 0.222 0.296 0.159 0.038 0.042 0.012 0.002 0.021 0.003 0.001 6 S 0.269 0.139 0.330 0.075 0.068 0.044 0.021 0.005 0.030 0.016 0.002 7 D 0.686 0.030 0.139 0.082 0.013 0.019 0.013 0.003 0.006 0.003 0.005 8 N 0.444 0.028 0.070 0.243 0.023 0.041 0.092 0.039 0.010 0.008 0.001 9 T 0.478 0.121 0.142 0.160 0.027 0.025 0.019 0.002 0.023 0.002 0.001 10 L 0.801 0.027 0.108 0.033 0.006 0.014 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 11 K 0.855 0.020 0.049 0.051 0.004 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.912 0.021 0.027 0.020 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 13 A 0.975 0.002 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 T 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.971 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.959 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.895 0.004 0.017 0.078 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.830 0.005 0.015 0.104 0.003 0.006 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 26 T 0.341 0.014 0.036 0.575 0.005 0.004 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 27 G 0.094 0.001 0.017 0.020 0.028 0.003 0.057 0.598 0.001 0.182 0.001 28 E 0.491 0.042 0.249 0.074 0.024 0.080 0.015 0.002 0.020 0.002 0.001 29 W 0.952 0.003 0.020 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.982 0.002 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.975 0.002 0.003 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.976 0.001 0.002 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.913 0.003 0.005 0.072 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.516 0.022 0.083 0.350 0.004 0.007 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 37 T 0.505 0.074 0.188 0.076 0.032 0.029 0.065 0.003 0.024 0.003 0.001 38 E 0.764 0.018 0.088 0.094 0.009 0.009 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 39 D 0.264 0.063 0.091 0.479 0.019 0.017 0.047 0.007 0.012 0.001 0.001 40 F 0.144 0.337 0.194 0.115 0.077 0.030 0.063 0.015 0.022 0.002 0.001 41 T 0.046 0.799 0.092 0.014 0.031 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 42 F 0.030 0.635 0.194 0.020 0.056 0.045 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 43 W 0.042 0.599 0.182 0.041 0.050 0.056 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 44 F 0.005 0.309 0.229 0.002 0.056 0.020 0.003 0.001 0.373 0.002 0.001 45 P 0.135 0.004 0.792 0.015 0.001 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 46 M 0.169 0.097 0.191 0.236 0.101 0.022 0.062 0.080 0.018 0.023 0.001 47 G 0.095 0.061 0.307 0.036 0.196 0.024 0.025 0.065 0.016 0.174 0.001 48 E 0.334 0.089 0.349 0.127 0.033 0.027 0.015 0.003 0.009 0.010 0.004 49 F 0.288 0.158 0.181 0.228 0.047 0.033 0.026 0.007 0.022 0.009 0.001 50 H 0.237 0.100 0.179 0.329 0.047 0.020 0.056 0.010 0.017 0.005 0.001 51 G 0.114 0.025 0.095 0.036 0.127 0.016 0.069 0.362 0.006 0.150 0.001 52 L 0.220 0.215 0.402 0.089 0.025 0.022 0.006 0.001 0.017 0.002 0.001 53 N 0.199 0.170 0.305 0.129 0.029 0.080 0.040 0.006 0.036 0.005 0.002 54 V 0.212 0.241 0.228 0.230 0.047 0.021 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 55 G 0.078 0.017 0.205 0.007 0.198 0.026 0.026 0.097 0.017 0.327 0.001 56 K 0.966 0.001 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.986 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.979 0.002 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.978 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 T 0.968 0.002 0.005 0.019 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.900 0.003 0.006 0.081 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.830 0.013 0.033 0.112 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 67 S 0.901 0.006 0.026 0.043 0.005 0.005 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 68 E 0.895 0.010 0.022 0.056 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 69 S 0.706 0.021 0.047 0.193 0.006 0.011 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 70 F 0.504 0.073 0.159 0.173 0.019 0.018 0.027 0.004 0.019 0.003 0.001 71 H 0.555 0.050 0.180 0.099 0.015 0.031 0.045 0.005 0.015 0.003 0.001 72 T 0.370 0.051 0.155 0.332 0.020 0.017 0.038 0.005 0.009 0.002 0.001 73 G 0.144 0.024 0.085 0.042 0.122 0.012 0.094 0.342 0.007 0.128 0.001 74 I 0.250 0.192 0.414 0.058 0.028 0.032 0.006 0.001 0.016 0.001 0.002 75 Q 0.184 0.356 0.304 0.061 0.032 0.039 0.007 0.001 0.015 0.001 0.002 76 I 0.108 0.544 0.186 0.047 0.055 0.031 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 77 S 0.063 0.593 0.161 0.034 0.098 0.025 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 78 S 0.048 0.575 0.175 0.024 0.101 0.043 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 79 L 0.154 0.351 0.321 0.031 0.038 0.062 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 80 D 0.217 0.269 0.216 0.108 0.076 0.050 0.026 0.003 0.031 0.002 0.001 81 R 0.091 0.508 0.135 0.056 0.147 0.026 0.013 0.003 0.020 0.001 0.001 82 V 0.074 0.606 0.212 0.023 0.029 0.036 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 83 T 0.079 0.577 0.171 0.033 0.079 0.034 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 84 S 0.136 0.402 0.152 0.097 0.135 0.030 0.016 0.004 0.019 0.008 0.001 85 N 0.051 0.177 0.237 0.167 0.094 0.047 0.147 0.015 0.051 0.012 0.001 86 E 0.112 0.089 0.240 0.092 0.075 0.027 0.177 0.136 0.013 0.039 0.002 87 T 0.047 0.371 0.329 0.122 0.048 0.018 0.036 0.006 0.020 0.002 0.001 88 T 0.006 0.737 0.153 0.013 0.063 0.010 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 89 V 0.003 0.842 0.105 0.002 0.034 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 90 V 0.002 0.892 0.073 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 F 0.001 0.888 0.044 0.001 0.049 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 92 E 0.002 0.886 0.033 0.001 0.063 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 93 F 0.013 0.587 0.204 0.008 0.108 0.051 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 94 R 0.054 0.568 0.179 0.025 0.108 0.028 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 95 D 0.132 0.219 0.209 0.129 0.103 0.093 0.059 0.011 0.037 0.007 0.001 96 E 0.102 0.388 0.133 0.188 0.124 0.017 0.026 0.002 0.018 0.002 0.001 97 G 0.078 0.129 0.160 0.029 0.350 0.022 0.040 0.084 0.010 0.098 0.001 98 L 0.122 0.412 0.324 0.036 0.047 0.030 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 99 F 0.095 0.410 0.270 0.063 0.060 0.040 0.012 0.002 0.043 0.003 0.001 100 L 0.121 0.154 0.399 0.213 0.036 0.025 0.031 0.002 0.014 0.002 0.002 101 G 0.022 0.013 0.054 0.017 0.092 0.014 0.083 0.504 0.009 0.192 0.001 102 K 0.020 0.330 0.464 0.005 0.078 0.011 0.002 0.001 0.088 0.002 0.001 103 P 0.110 0.009 0.783 0.012 0.002 0.032 0.002 0.001 0.002 0.001 0.046 104 Y 0.215 0.374 0.179 0.100 0.064 0.031 0.013 0.007 0.014 0.002 0.001 105 K 0.164 0.360 0.192 0.106 0.094 0.034 0.014 0.003 0.029 0.002 0.001 106 N 0.073 0.284 0.270 0.092 0.100 0.052 0.080 0.007 0.035 0.004 0.002 107 R 0.094 0.291 0.346 0.073 0.049 0.072 0.038 0.005 0.029 0.002 0.002 108 V 0.020 0.751 0.127 0.024 0.057 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 109 A 0.004 0.773 0.085 0.005 0.120 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 110 V 0.002 0.891 0.038 0.002 0.054 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 111 S 0.001 0.937 0.015 0.001 0.041 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 F 0.001 0.910 0.019 0.001 0.063 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 D 0.005 0.678 0.188 0.002 0.040 0.048 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 114 V 0.029 0.629 0.229 0.013 0.030 0.051 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 115 R 0.124 0.356 0.224 0.123 0.084 0.045 0.014 0.001 0.022 0.004 0.002 116 G 0.035 0.016 0.029 0.093 0.077 0.014 0.445 0.218 0.007 0.066 0.001 117 D 0.026 0.066 0.090 0.146 0.062 0.026 0.456 0.085 0.029 0.015 0.001 118 K 0.024 0.647 0.238 0.019 0.041 0.015 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 119 I 0.055 0.359 0.445 0.017 0.019 0.078 0.002 0.001 0.020 0.001 0.004 120 C 0.099 0.491 0.255 0.040 0.066 0.028 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 121 S 0.059 0.523 0.096 0.028 0.248 0.021 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 122 Y 0.074 0.617 0.164 0.017 0.081 0.022 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 123 R 0.130 0.589 0.166 0.018 0.058 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 124 E 0.260 0.396 0.186 0.034 0.050 0.050 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 125 Y 0.199 0.413 0.124 0.092 0.076 0.045 0.020 0.002 0.027 0.002 0.001 126 F 0.085 0.326 0.250 0.211 0.035 0.034 0.023 0.001 0.033 0.001 0.001 127 G 0.028 0.032 0.168 0.036 0.097 0.046 0.210 0.180 0.039 0.164 0.001 128 S 0.407 0.098 0.321 0.080 0.041 0.022 0.007 0.003 0.009 0.010 0.001 129 D 0.386 0.055 0.192 0.267 0.021 0.027 0.026 0.004 0.011 0.006 0.004 130 G 0.211 0.035 0.107 0.074 0.103 0.021 0.094 0.202 0.014 0.139 0.001 131 K 0.375 0.092 0.292 0.159 0.025 0.022 0.014 0.003 0.011 0.005 0.002 132 S 0.249 0.146 0.308 0.150 0.053 0.028 0.025 0.007 0.019 0.013 0.002 133 N 0.300 0.125 0.222 0.150 0.058 0.040 0.056 0.019 0.019 0.009 0.002