# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.431 0.222 0.136 0.109 0.070 0.028 0.003 2 M 0.350 0.211 0.182 0.144 0.083 0.028 0.003 3 T 0.444 0.267 0.166 0.086 0.029 0.008 0.001 4 H 0.499 0.276 0.141 0.061 0.017 0.005 0.001 5 Y 0.368 0.180 0.187 0.164 0.079 0.020 0.001 6 S 0.581 0.243 0.101 0.049 0.020 0.006 0.001 7 D 0.583 0.254 0.102 0.045 0.013 0.003 0.001 8 N 0.580 0.266 0.094 0.043 0.014 0.003 0.001 9 T 0.322 0.254 0.200 0.137 0.064 0.020 0.002 10 L 0.160 0.170 0.247 0.232 0.147 0.042 0.003 11 K 0.418 0.356 0.148 0.055 0.019 0.004 0.001 12 V 0.146 0.259 0.260 0.201 0.104 0.027 0.003 13 A 0.050 0.096 0.151 0.259 0.282 0.146 0.015 14 H 0.055 0.165 0.289 0.291 0.139 0.058 0.004 15 Q 0.119 0.275 0.286 0.215 0.078 0.025 0.002 16 G 0.010 0.025 0.073 0.173 0.316 0.333 0.070 17 F 0.005 0.013 0.024 0.076 0.257 0.467 0.158 18 E 0.025 0.145 0.266 0.303 0.167 0.082 0.012 19 F 0.013 0.067 0.172 0.281 0.294 0.143 0.030 20 F 0.002 0.009 0.017 0.049 0.181 0.550 0.192 21 T 0.007 0.026 0.073 0.206 0.334 0.290 0.064 22 Q 0.041 0.223 0.344 0.250 0.093 0.044 0.006 23 G 0.019 0.061 0.145 0.268 0.347 0.150 0.010 24 L 0.029 0.055 0.113 0.231 0.328 0.223 0.021 25 A 0.120 0.276 0.270 0.192 0.108 0.032 0.002 26 T 0.303 0.360 0.211 0.095 0.025 0.006 0.001 27 G 0.345 0.324 0.184 0.111 0.031 0.005 0.001 28 E 0.254 0.367 0.197 0.113 0.055 0.014 0.001 29 W 0.034 0.061 0.132 0.302 0.327 0.136 0.009 30 Q 0.193 0.397 0.241 0.114 0.044 0.011 0.001 31 K 0.069 0.227 0.342 0.258 0.081 0.021 0.003 32 F 0.007 0.016 0.035 0.103 0.303 0.417 0.118 33 L 0.005 0.029 0.078 0.205 0.312 0.320 0.049 34 D 0.031 0.133 0.212 0.256 0.187 0.146 0.035 35 M 0.006 0.017 0.048 0.122 0.286 0.387 0.134 36 L 0.004 0.010 0.021 0.059 0.156 0.443 0.308 37 T 0.012 0.037 0.089 0.167 0.238 0.268 0.190 38 E 0.056 0.183 0.231 0.223 0.162 0.109 0.035 39 D 0.042 0.122 0.174 0.233 0.210 0.161 0.057 40 F 0.009 0.012 0.023 0.071 0.220 0.450 0.214 41 T 0.033 0.094 0.131 0.212 0.213 0.220 0.098 42 F 0.015 0.020 0.033 0.073 0.174 0.371 0.315 43 W 0.025 0.060 0.079 0.136 0.207 0.296 0.197 44 F 0.029 0.046 0.062 0.104 0.221 0.329 0.211 45 P 0.066 0.110 0.114 0.178 0.186 0.214 0.133 46 M 0.104 0.134 0.148 0.181 0.185 0.178 0.070 47 G 0.167 0.155 0.170 0.202 0.142 0.119 0.045 48 E 0.308 0.252 0.167 0.126 0.074 0.055 0.018 49 F 0.218 0.149 0.156 0.174 0.149 0.115 0.038 50 H 0.310 0.208 0.153 0.140 0.103 0.066 0.020 51 G 0.296 0.256 0.162 0.124 0.087 0.058 0.017 52 L 0.155 0.181 0.158 0.176 0.179 0.122 0.029 53 N 0.134 0.193 0.224 0.203 0.154 0.079 0.013 54 V 0.097 0.202 0.247 0.229 0.150 0.063 0.011 55 G 0.047 0.081 0.123 0.201 0.285 0.222 0.041 56 K 0.028 0.106 0.213 0.312 0.219 0.112 0.010 57 E 0.243 0.413 0.174 0.105 0.049 0.015 0.001 58 R 0.013 0.080 0.272 0.362 0.212 0.055 0.006 59 A 0.002 0.006 0.009 0.034 0.236 0.590 0.123 60 K 0.004 0.057 0.241 0.444 0.182 0.068 0.003 61 E 0.035 0.191 0.311 0.325 0.101 0.034 0.003 62 F 0.001 0.006 0.026 0.082 0.301 0.514 0.070 63 F 0.002 0.008 0.020 0.080 0.290 0.487 0.112 64 T 0.032 0.238 0.352 0.230 0.100 0.041 0.005 65 Y 0.015 0.086 0.233 0.357 0.232 0.068 0.008 66 V 0.007 0.018 0.031 0.083 0.315 0.481 0.063 67 S 0.029 0.103 0.212 0.319 0.241 0.090 0.007 68 E 0.173 0.369 0.272 0.134 0.038 0.014 0.001 69 S 0.098 0.189 0.256 0.271 0.142 0.042 0.003 70 F 0.071 0.073 0.130 0.248 0.308 0.157 0.013 71 H 0.306 0.322 0.210 0.107 0.042 0.012 0.001 72 T 0.520 0.315 0.106 0.043 0.012 0.004 0.001 73 G 0.277 0.244 0.186 0.171 0.091 0.028 0.003 74 I 0.158 0.215 0.225 0.208 0.124 0.062 0.008 75 Q 0.133 0.172 0.183 0.209 0.178 0.107 0.017 76 I 0.121 0.212 0.216 0.206 0.142 0.085 0.018 77 S 0.070 0.071 0.100 0.187 0.254 0.246 0.072 78 S 0.094 0.195 0.218 0.210 0.153 0.101 0.030 79 L 0.049 0.080 0.112 0.190 0.254 0.235 0.080 80 D 0.073 0.149 0.166 0.214 0.218 0.148 0.032 81 R 0.068 0.169 0.200 0.228 0.191 0.123 0.020 82 V 0.035 0.066 0.120 0.215 0.281 0.237 0.046 83 T 0.051 0.103 0.175 0.263 0.251 0.139 0.018 84 S 0.126 0.200 0.248 0.236 0.141 0.045 0.004 85 N 0.312 0.342 0.179 0.104 0.048 0.014 0.001 86 E 0.278 0.321 0.189 0.131 0.061 0.018 0.002 87 T 0.144 0.257 0.221 0.202 0.125 0.047 0.005 88 T 0.017 0.068 0.178 0.328 0.255 0.137 0.015 89 V 0.004 0.008 0.021 0.052 0.189 0.532 0.194 90 V 0.002 0.004 0.010 0.026 0.078 0.377 0.502 91 F 0.002 0.004 0.011 0.029 0.091 0.304 0.560 92 E 0.004 0.014 0.035 0.070 0.156 0.304 0.418 93 F 0.003 0.011 0.022 0.050 0.166 0.439 0.310 94 R 0.026 0.086 0.146 0.223 0.213 0.212 0.095 95 D 0.048 0.095 0.146 0.216 0.242 0.207 0.046 96 E 0.120 0.211 0.224 0.210 0.130 0.087 0.018 97 G 0.086 0.080 0.104 0.186 0.275 0.230 0.038 98 L 0.167 0.271 0.210 0.179 0.111 0.055 0.008 99 F 0.160 0.152 0.194 0.212 0.177 0.093 0.012 100 L 0.269 0.282 0.207 0.145 0.066 0.026 0.004 101 G 0.381 0.247 0.146 0.120 0.071 0.029 0.005 102 K 0.289 0.263 0.184 0.141 0.085 0.034 0.005 103 P 0.243 0.302 0.201 0.150 0.068 0.031 0.005 104 Y 0.053 0.078 0.161 0.258 0.270 0.154 0.026 105 K 0.074 0.206 0.253 0.235 0.137 0.078 0.017 106 N 0.017 0.028 0.061 0.144 0.301 0.357 0.092 107 R 0.017 0.072 0.153 0.229 0.265 0.208 0.056 108 V 0.002 0.007 0.020 0.056 0.152 0.464 0.298 109 A 0.001 0.003 0.010 0.032 0.100 0.316 0.538 110 V 0.001 0.004 0.011 0.025 0.110 0.418 0.432 111 S 0.002 0.009 0.031 0.079 0.178 0.342 0.359 112 F 0.001 0.003 0.006 0.016 0.090 0.580 0.305 113 D 0.006 0.079 0.215 0.374 0.231 0.086 0.010 114 V 0.004 0.017 0.059 0.235 0.397 0.268 0.020 115 R 0.074 0.276 0.275 0.229 0.121 0.024 0.001 116 G 0.372 0.436 0.118 0.050 0.020 0.005 0.001 117 D 0.271 0.427 0.186 0.094 0.019 0.002 0.001 118 K 0.050 0.209 0.299 0.298 0.114 0.029 0.001 119 I 0.028 0.045 0.092 0.223 0.352 0.230 0.030 120 C 0.033 0.116 0.250 0.336 0.195 0.066 0.005 121 S 0.088 0.229 0.239 0.214 0.153 0.066 0.010 122 Y 0.018 0.059 0.115 0.217 0.284 0.246 0.061 123 R 0.036 0.087 0.154 0.258 0.264 0.163 0.038 124 E 0.071 0.170 0.220 0.230 0.164 0.112 0.032 125 Y 0.056 0.068 0.098 0.196 0.271 0.241 0.068 126 F 0.086 0.097 0.118 0.181 0.233 0.233 0.053 127 G 0.153 0.205 0.211 0.211 0.123 0.081 0.016 128 S 0.285 0.185 0.151 0.168 0.124 0.074 0.014 129 D 0.453 0.243 0.144 0.097 0.042 0.018 0.003 130 G 0.596 0.209 0.101 0.056 0.026 0.011 0.002 131 K 0.654 0.199 0.079 0.044 0.017 0.007 0.001 132 S 0.709 0.170 0.064 0.034 0.015 0.006 0.001 133 N 0.603 0.190 0.104 0.063 0.025 0.012 0.003