# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 436 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.047 0.056 0.093 0.130 0.141 0.123 0.117 0.089 0.061 0.038 0.018 0.009 0.003 2 M 0.076 0.065 0.077 0.131 0.139 0.146 0.133 0.086 0.064 0.039 0.025 0.012 0.005 0.002 3 T 0.232 0.154 0.132 0.137 0.106 0.084 0.064 0.038 0.024 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 4 H 0.227 0.143 0.148 0.135 0.124 0.086 0.060 0.034 0.023 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 5 Y 0.148 0.106 0.127 0.156 0.156 0.127 0.080 0.047 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 6 S 0.348 0.177 0.143 0.120 0.099 0.054 0.028 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 D 0.459 0.181 0.135 0.100 0.065 0.027 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.484 0.195 0.125 0.089 0.050 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.331 0.173 0.162 0.117 0.106 0.053 0.028 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.166 0.102 0.120 0.170 0.173 0.121 0.075 0.043 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 11 K 0.589 0.228 0.093 0.046 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.188 0.159 0.174 0.177 0.143 0.080 0.040 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.054 0.042 0.062 0.130 0.196 0.203 0.140 0.092 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 14 H 0.123 0.159 0.186 0.214 0.164 0.085 0.036 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.398 0.287 0.148 0.084 0.043 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 G 0.014 0.020 0.042 0.111 0.176 0.214 0.212 0.166 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 17 F 0.006 0.009 0.030 0.059 0.127 0.221 0.290 0.165 0.062 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 18 E 0.213 0.276 0.220 0.125 0.095 0.040 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.083 0.135 0.173 0.207 0.164 0.116 0.069 0.032 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 20 F 0.007 0.007 0.018 0.061 0.114 0.180 0.281 0.219 0.083 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 21 T 0.023 0.050 0.094 0.141 0.176 0.199 0.165 0.092 0.038 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 22 Q 0.339 0.288 0.182 0.088 0.054 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.071 0.074 0.113 0.178 0.191 0.157 0.122 0.058 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 24 L 0.043 0.047 0.092 0.140 0.199 0.194 0.163 0.066 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 25 A 0.284 0.214 0.162 0.136 0.092 0.058 0.030 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 T 0.397 0.191 0.153 0.108 0.072 0.040 0.020 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.433 0.201 0.137 0.102 0.068 0.034 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.264 0.202 0.162 0.141 0.119 0.060 0.026 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 W 0.075 0.060 0.088 0.165 0.196 0.187 0.118 0.062 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.458 0.265 0.147 0.064 0.037 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.232 0.227 0.200 0.146 0.103 0.049 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 F 0.021 0.018 0.030 0.092 0.175 0.225 0.203 0.139 0.074 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 33 L 0.034 0.060 0.106 0.194 0.219 0.155 0.123 0.063 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 34 D 0.450 0.303 0.153 0.048 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.047 0.062 0.121 0.191 0.243 0.159 0.089 0.055 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 36 L 0.016 0.018 0.043 0.099 0.173 0.188 0.228 0.144 0.059 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 37 T 0.064 0.080 0.085 0.149 0.197 0.173 0.107 0.072 0.042 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 38 E 0.186 0.152 0.160 0.165 0.119 0.085 0.058 0.027 0.021 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 39 D 0.049 0.047 0.079 0.150 0.210 0.168 0.110 0.047 0.063 0.045 0.017 0.010 0.003 0.003 40 F 0.027 0.014 0.024 0.041 0.066 0.116 0.134 0.172 0.156 0.102 0.078 0.038 0.025 0.007 41 T 0.042 0.040 0.047 0.099 0.122 0.126 0.122 0.134 0.102 0.069 0.041 0.030 0.016 0.010 42 F 0.026 0.013 0.016 0.028 0.039 0.064 0.084 0.113 0.143 0.165 0.149 0.104 0.042 0.015 43 W 0.036 0.035 0.048 0.078 0.103 0.109 0.121 0.122 0.132 0.089 0.063 0.038 0.016 0.010 44 F 0.038 0.032 0.041 0.062 0.077 0.105 0.114 0.128 0.123 0.104 0.090 0.050 0.021 0.014 45 P 0.054 0.039 0.047 0.065 0.097 0.124 0.114 0.141 0.120 0.085 0.055 0.035 0.017 0.008 46 M 0.073 0.060 0.062 0.097 0.118 0.125 0.119 0.097 0.090 0.067 0.046 0.027 0.012 0.007 47 G 0.128 0.103 0.113 0.133 0.123 0.112 0.101 0.065 0.053 0.032 0.022 0.009 0.004 0.002 48 E 0.223 0.148 0.142 0.116 0.105 0.089 0.066 0.041 0.031 0.015 0.015 0.005 0.002 0.001 49 F 0.149 0.102 0.107 0.118 0.127 0.129 0.102 0.065 0.044 0.026 0.019 0.007 0.003 0.001 50 H 0.202 0.132 0.112 0.121 0.123 0.110 0.082 0.051 0.031 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 51 G 0.233 0.158 0.146 0.134 0.116 0.077 0.057 0.035 0.021 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 52 L 0.152 0.112 0.124 0.139 0.139 0.122 0.090 0.052 0.034 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 53 N 0.368 0.167 0.134 0.098 0.080 0.059 0.042 0.024 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 54 V 0.232 0.179 0.170 0.148 0.103 0.071 0.047 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 55 G 0.101 0.076 0.090 0.124 0.166 0.166 0.110 0.071 0.067 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 56 K 0.062 0.100 0.175 0.224 0.197 0.118 0.060 0.032 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 57 E 0.680 0.228 0.062 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 R 0.046 0.116 0.167 0.256 0.208 0.106 0.059 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.004 0.004 0.011 0.044 0.107 0.202 0.288 0.206 0.111 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 60 K 0.139 0.248 0.268 0.200 0.091 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.636 0.274 0.074 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 F 0.007 0.015 0.038 0.126 0.263 0.246 0.166 0.111 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.005 0.015 0.044 0.112 0.211 0.212 0.233 0.114 0.039 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 64 T 0.452 0.290 0.132 0.059 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.108 0.146 0.196 0.223 0.154 0.087 0.054 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 V 0.015 0.014 0.038 0.087 0.162 0.224 0.233 0.136 0.064 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 67 S 0.079 0.121 0.165 0.189 0.182 0.127 0.073 0.036 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 E 0.602 0.204 0.092 0.052 0.025 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.179 0.154 0.168 0.175 0.148 0.091 0.048 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 F 0.073 0.053 0.089 0.132 0.191 0.190 0.140 0.072 0.037 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 71 H 0.396 0.212 0.160 0.100 0.063 0.035 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 T 0.492 0.175 0.133 0.078 0.053 0.031 0.018 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 73 G 0.226 0.151 0.137 0.143 0.146 0.081 0.049 0.030 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 74 I 0.099 0.109 0.108 0.137 0.152 0.121 0.104 0.087 0.042 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 75 Q 0.073 0.054 0.069 0.110 0.132 0.169 0.141 0.092 0.064 0.052 0.025 0.011 0.005 0.003 76 I 0.052 0.051 0.086 0.112 0.167 0.138 0.122 0.081 0.068 0.052 0.038 0.020 0.007 0.006 77 S 0.032 0.015 0.023 0.040 0.058 0.106 0.105 0.109 0.117 0.154 0.107 0.076 0.042 0.015 78 S 0.051 0.055 0.068 0.122 0.123 0.101 0.119 0.107 0.096 0.057 0.044 0.036 0.011 0.008 79 L 0.010 0.009 0.013 0.026 0.037 0.074 0.099 0.197 0.168 0.154 0.123 0.057 0.026 0.007 80 D 0.034 0.047 0.061 0.090 0.114 0.119 0.120 0.141 0.105 0.071 0.049 0.029 0.013 0.006 81 R 0.055 0.070 0.091 0.111 0.131 0.117 0.101 0.113 0.080 0.066 0.040 0.015 0.006 0.005 82 V 0.037 0.035 0.056 0.096 0.159 0.172 0.131 0.121 0.093 0.055 0.023 0.014 0.006 0.003 83 T 0.030 0.044 0.067 0.150 0.165 0.165 0.152 0.095 0.069 0.034 0.016 0.007 0.003 0.002 84 S 0.083 0.118 0.131 0.187 0.158 0.125 0.081 0.054 0.039 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 85 N 0.183 0.210 0.193 0.157 0.104 0.069 0.038 0.020 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 86 E 0.194 0.227 0.190 0.128 0.109 0.064 0.038 0.023 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 87 T 0.039 0.078 0.099 0.155 0.202 0.151 0.104 0.065 0.048 0.031 0.019 0.004 0.003 0.002 88 T 0.015 0.020 0.035 0.066 0.111 0.144 0.190 0.128 0.122 0.073 0.052 0.023 0.012 0.010 89 V 0.003 0.003 0.006 0.013 0.028 0.053 0.077 0.132 0.154 0.179 0.170 0.088 0.063 0.031 90 V 0.002 0.001 0.002 0.006 0.011 0.019 0.034 0.075 0.106 0.147 0.183 0.214 0.130 0.069 91 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.022 0.056 0.106 0.185 0.226 0.233 0.108 0.045 92 E 0.002 0.003 0.004 0.011 0.018 0.032 0.066 0.160 0.193 0.166 0.165 0.107 0.045 0.028 93 F 0.002 0.003 0.003 0.007 0.014 0.035 0.052 0.130 0.157 0.194 0.208 0.115 0.053 0.026 94 R 0.009 0.022 0.035 0.052 0.096 0.105 0.119 0.176 0.163 0.117 0.050 0.033 0.013 0.011 95 D 0.021 0.031 0.047 0.073 0.114 0.117 0.118 0.138 0.120 0.118 0.056 0.027 0.011 0.008 96 E 0.046 0.076 0.111 0.122 0.151 0.141 0.119 0.092 0.072 0.037 0.019 0.008 0.003 0.003 97 G 0.065 0.051 0.059 0.093 0.127 0.145 0.134 0.114 0.081 0.067 0.037 0.016 0.008 0.004 98 L 0.119 0.129 0.130 0.158 0.142 0.102 0.094 0.058 0.036 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 99 F 0.137 0.074 0.088 0.101 0.123 0.142 0.110 0.086 0.059 0.040 0.025 0.010 0.005 0.002 100 L 0.229 0.140 0.139 0.135 0.126 0.085 0.060 0.037 0.023 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 101 G 0.237 0.131 0.132 0.132 0.129 0.081 0.055 0.042 0.029 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 102 K 0.194 0.129 0.132 0.168 0.139 0.096 0.059 0.036 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 103 P 0.203 0.159 0.134 0.147 0.123 0.084 0.056 0.042 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 104 Y 0.045 0.052 0.078 0.139 0.157 0.177 0.135 0.104 0.050 0.038 0.015 0.006 0.003 0.001 105 K 0.069 0.111 0.128 0.163 0.169 0.122 0.094 0.066 0.038 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 106 N 0.013 0.021 0.039 0.077 0.115 0.165 0.159 0.118 0.104 0.098 0.050 0.021 0.014 0.007 107 R 0.010 0.013 0.024 0.049 0.083 0.121 0.166 0.142 0.136 0.095 0.084 0.046 0.017 0.015 108 V 0.002 0.002 0.004 0.009 0.015 0.032 0.050 0.093 0.141 0.165 0.234 0.137 0.081 0.037 109 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.017 0.048 0.119 0.177 0.145 0.161 0.184 0.085 0.046 110 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.027 0.134 0.155 0.220 0.221 0.102 0.085 0.036 111 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.024 0.042 0.104 0.131 0.172 0.156 0.144 0.102 0.103 112 F 0.003 0.003 0.005 0.009 0.016 0.033 0.054 0.083 0.122 0.208 0.173 0.132 0.088 0.070 113 D 0.009 0.022 0.045 0.108 0.176 0.133 0.150 0.111 0.121 0.062 0.029 0.016 0.006 0.010 114 V 0.010 0.012 0.019 0.053 0.073 0.164 0.152 0.153 0.139 0.099 0.080 0.028 0.014 0.005 115 R 0.071 0.134 0.137 0.197 0.178 0.120 0.074 0.039 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 116 G 0.219 0.222 0.168 0.141 0.112 0.054 0.037 0.025 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 117 D 0.315 0.298 0.199 0.081 0.051 0.028 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.165 0.131 0.144 0.147 0.172 0.114 0.060 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 119 I 0.042 0.039 0.055 0.101 0.211 0.173 0.147 0.102 0.073 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 120 C 0.121 0.083 0.099 0.149 0.138 0.142 0.103 0.069 0.042 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 121 S 0.197 0.152 0.139 0.130 0.121 0.080 0.061 0.043 0.035 0.017 0.013 0.007 0.002 0.002 122 Y 0.038 0.027 0.044 0.077 0.121 0.140 0.142 0.139 0.112 0.083 0.041 0.023 0.009 0.003 123 R 0.105 0.101 0.131 0.139 0.126 0.117 0.102 0.078 0.046 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 124 E 0.167 0.123 0.123 0.134 0.141 0.100 0.069 0.048 0.040 0.027 0.016 0.007 0.002 0.002 125 Y 0.037 0.032 0.047 0.090 0.137 0.155 0.161 0.137 0.091 0.059 0.029 0.015 0.006 0.002 126 F 0.060 0.057 0.080 0.126 0.147 0.169 0.140 0.097 0.057 0.034 0.020 0.009 0.004 0.002 127 G 0.214 0.139 0.139 0.132 0.126 0.089 0.062 0.042 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 128 S 0.166 0.077 0.079 0.117 0.139 0.133 0.093 0.067 0.056 0.039 0.020 0.009 0.004 0.001 129 D 0.291 0.180 0.143 0.139 0.094 0.061 0.043 0.020 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 130 G 0.428 0.166 0.132 0.089 0.064 0.051 0.033 0.016 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 131 K 0.362 0.161 0.151 0.105 0.091 0.058 0.036 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 132 S 0.300 0.157 0.134 0.118 0.108 0.073 0.049 0.028 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 133 N 0.250 0.144 0.141 0.121 0.119 0.087 0.060 0.037 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001