# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.025 0.521 0.008 0.054 0.046 0.003 0.002 0.039 0.112 0.099 0.025 0.061 2 M 0.004 0.029 0.551 0.010 0.081 0.038 0.003 0.002 0.024 0.122 0.078 0.023 0.035 3 T 0.003 0.016 0.498 0.005 0.076 0.034 0.002 0.001 0.026 0.180 0.082 0.045 0.031 4 H 0.002 0.029 0.449 0.003 0.080 0.043 0.001 0.001 0.018 0.144 0.168 0.010 0.052 5 Y 0.001 0.039 0.559 0.003 0.035 0.033 0.001 0.001 0.012 0.210 0.077 0.018 0.012 6 S 0.001 0.010 0.729 0.001 0.019 0.030 0.001 0.001 0.005 0.157 0.032 0.006 0.011 7 D 0.001 0.012 0.251 0.002 0.147 0.233 0.001 0.001 0.003 0.151 0.192 0.003 0.008 8 N 0.001 0.010 0.137 0.002 0.141 0.335 0.001 0.001 0.002 0.095 0.268 0.003 0.005 9 T 0.001 0.011 0.173 0.001 0.144 0.469 0.001 0.001 0.003 0.074 0.107 0.003 0.014 10 L 0.001 0.004 0.061 0.001 0.049 0.800 0.001 0.001 0.001 0.031 0.047 0.001 0.005 11 K 0.001 0.002 0.017 0.001 0.032 0.904 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.001 0.002 12 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.002 13 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.839 0.001 0.001 0.001 0.003 0.120 0.001 0.001 25 A 0.001 0.003 0.035 0.001 0.033 0.731 0.001 0.001 0.001 0.027 0.168 0.001 0.001 26 T 0.001 0.001 0.033 0.001 0.018 0.394 0.001 0.001 0.001 0.055 0.497 0.001 0.001 27 G 0.001 0.002 0.028 0.001 0.007 0.075 0.001 0.001 0.001 0.135 0.751 0.001 0.001 28 E 0.001 0.009 0.631 0.001 0.014 0.127 0.001 0.001 0.001 0.184 0.031 0.001 0.002 29 W 0.001 0.002 0.056 0.001 0.024 0.884 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.076 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 32 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.892 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 35 M 0.001 0.002 0.009 0.001 0.069 0.811 0.001 0.001 0.001 0.009 0.098 0.001 0.001 36 L 0.001 0.009 0.090 0.001 0.028 0.558 0.001 0.001 0.002 0.045 0.259 0.001 0.005 37 T 0.001 0.003 0.223 0.002 0.041 0.186 0.001 0.001 0.009 0.113 0.417 0.003 0.003 38 E 0.001 0.003 0.187 0.003 0.033 0.079 0.001 0.001 0.009 0.195 0.485 0.002 0.004 39 D 0.001 0.010 0.388 0.010 0.055 0.048 0.001 0.007 0.036 0.272 0.153 0.006 0.014 40 F 0.009 0.015 0.346 0.007 0.039 0.039 0.012 0.049 0.223 0.141 0.048 0.031 0.041 41 T 0.036 0.010 0.083 0.008 0.018 0.020 0.056 0.187 0.444 0.018 0.016 0.030 0.074 42 F 0.094 0.013 0.042 0.017 0.009 0.016 0.123 0.215 0.222 0.012 0.013 0.160 0.065 43 W 0.169 0.017 0.116 0.032 0.007 0.015 0.086 0.094 0.118 0.028 0.018 0.054 0.246 44 F 0.068 0.012 0.269 0.028 0.012 0.011 0.021 0.022 0.095 0.089 0.021 0.273 0.081 45 P 0.013 0.010 0.395 0.011 0.021 0.018 0.007 0.004 0.042 0.117 0.159 0.026 0.178 46 M 0.010 0.025 0.273 0.025 0.045 0.019 0.003 0.002 0.017 0.228 0.276 0.046 0.031 47 G 0.004 0.019 0.398 0.003 0.024 0.010 0.001 0.001 0.006 0.388 0.090 0.035 0.021 48 E 0.002 0.019 0.431 0.003 0.064 0.039 0.001 0.001 0.004 0.210 0.175 0.009 0.043 49 F 0.004 0.036 0.199 0.009 0.127 0.121 0.001 0.001 0.006 0.166 0.292 0.021 0.017 50 H 0.006 0.019 0.214 0.014 0.088 0.126 0.001 0.001 0.006 0.182 0.298 0.008 0.037 51 G 0.007 0.016 0.265 0.005 0.089 0.113 0.001 0.001 0.006 0.222 0.224 0.033 0.018 52 L 0.005 0.039 0.289 0.003 0.050 0.244 0.001 0.001 0.009 0.144 0.153 0.012 0.052 53 N 0.009 0.052 0.184 0.005 0.054 0.329 0.002 0.001 0.008 0.156 0.140 0.037 0.024 54 V 0.006 0.042 0.181 0.004 0.040 0.244 0.001 0.001 0.007 0.159 0.261 0.013 0.042 55 G 0.001 0.007 0.222 0.002 0.015 0.460 0.001 0.001 0.004 0.107 0.165 0.005 0.014 56 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.020 0.001 0.020 0.885 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.001 0.001 67 S 0.001 0.002 0.047 0.001 0.054 0.750 0.001 0.001 0.003 0.022 0.119 0.001 0.002 68 E 0.001 0.002 0.038 0.001 0.101 0.652 0.001 0.001 0.004 0.026 0.174 0.001 0.002 69 S 0.001 0.009 0.109 0.001 0.101 0.442 0.001 0.001 0.007 0.064 0.249 0.003 0.014 70 F 0.001 0.018 0.319 0.003 0.070 0.212 0.001 0.001 0.010 0.143 0.196 0.012 0.015 71 H 0.001 0.007 0.437 0.003 0.037 0.086 0.001 0.001 0.011 0.164 0.227 0.010 0.015 72 T 0.001 0.011 0.241 0.007 0.056 0.068 0.001 0.001 0.010 0.214 0.370 0.007 0.015 73 G 0.003 0.014 0.336 0.008 0.048 0.059 0.001 0.001 0.012 0.226 0.237 0.030 0.025 74 I 0.014 0.025 0.436 0.012 0.059 0.062 0.004 0.002 0.033 0.113 0.079 0.024 0.137 75 Q 0.039 0.028 0.325 0.024 0.039 0.070 0.009 0.005 0.064 0.077 0.051 0.180 0.088 76 I 0.060 0.022 0.230 0.024 0.023 0.043 0.014 0.006 0.048 0.049 0.049 0.068 0.365 77 S 0.099 0.015 0.232 0.049 0.011 0.022 0.010 0.005 0.036 0.071 0.035 0.250 0.165 78 S 0.093 0.009 0.238 0.031 0.011 0.023 0.009 0.003 0.042 0.065 0.033 0.193 0.250 79 L 0.107 0.007 0.191 0.061 0.024 0.033 0.011 0.004 0.043 0.032 0.068 0.057 0.361 80 D 0.174 0.007 0.125 0.094 0.022 0.032 0.023 0.004 0.031 0.032 0.033 0.293 0.129 81 R 0.346 0.007 0.043 0.021 0.017 0.022 0.034 0.006 0.030 0.015 0.011 0.151 0.296 82 V 0.322 0.011 0.034 0.023 0.007 0.016 0.057 0.007 0.019 0.008 0.012 0.152 0.334 83 T 0.279 0.014 0.075 0.026 0.006 0.010 0.022 0.009 0.031 0.015 0.018 0.290 0.205 84 S 0.095 0.013 0.161 0.024 0.006 0.006 0.008 0.003 0.013 0.084 0.122 0.108 0.356 85 N 0.012 0.003 0.145 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.226 0.438 0.096 0.044 86 E 0.004 0.001 0.036 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.710 0.007 0.014 87 T 0.042 0.008 0.171 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.306 0.189 0.159 0.087 88 T 0.261 0.006 0.061 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.008 0.013 0.006 0.084 0.531 89 V 0.744 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.029 0.002 0.005 0.001 0.001 0.121 0.087 90 V 0.831 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.040 0.002 0.002 0.001 0.001 0.047 0.073 91 F 0.790 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.055 92 E 0.813 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.061 0.093 93 F 0.637 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.014 0.002 0.006 0.002 0.001 0.151 0.167 94 R 0.338 0.003 0.057 0.053 0.002 0.003 0.011 0.002 0.012 0.013 0.013 0.159 0.334 95 D 0.188 0.003 0.092 0.059 0.021 0.011 0.008 0.001 0.010 0.071 0.078 0.303 0.156 96 E 0.152 0.007 0.094 0.066 0.034 0.015 0.008 0.002 0.011 0.080 0.196 0.060 0.277 97 G 0.153 0.018 0.091 0.024 0.041 0.023 0.010 0.002 0.008 0.082 0.065 0.359 0.123 98 L 0.209 0.038 0.150 0.008 0.021 0.023 0.015 0.007 0.022 0.033 0.030 0.074 0.371 99 F 0.124 0.036 0.174 0.029 0.033 0.045 0.015 0.006 0.020 0.069 0.115 0.228 0.106 100 L 0.019 0.010 0.142 0.031 0.017 0.026 0.003 0.001 0.010 0.128 0.499 0.061 0.052 101 G 0.009 0.018 0.193 0.011 0.012 0.009 0.001 0.001 0.005 0.361 0.329 0.016 0.036 102 K 0.005 0.016 0.498 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.007 0.208 0.017 0.199 0.032 103 P 0.005 0.040 0.380 0.004 0.013 0.012 0.002 0.001 0.011 0.053 0.026 0.012 0.442 104 Y 0.014 0.029 0.356 0.044 0.046 0.030 0.002 0.001 0.013 0.069 0.038 0.303 0.056 105 K 0.020 0.010 0.297 0.055 0.050 0.033 0.003 0.001 0.017 0.100 0.118 0.043 0.253 106 N 0.056 0.005 0.212 0.050 0.046 0.013 0.002 0.001 0.009 0.108 0.160 0.129 0.209 107 R 0.147 0.005 0.123 0.057 0.017 0.010 0.005 0.001 0.013 0.067 0.050 0.305 0.201 108 V 0.487 0.003 0.017 0.012 0.003 0.002 0.012 0.003 0.010 0.005 0.008 0.105 0.333 109 A 0.736 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.057 0.163 110 V 0.761 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.181 0.026 111 S 0.902 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.070 112 F 0.832 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.025 113 D 0.751 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.157 114 V 0.469 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.412 115 R 0.209 0.002 0.020 0.131 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.030 0.142 0.370 0.085 116 G 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.938 0.005 0.010 117 D 0.026 0.006 0.093 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.479 0.303 0.039 0.045 118 K 0.051 0.015 0.108 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.068 0.012 0.656 0.072 119 I 0.209 0.004 0.012 0.005 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.734 120 C 0.413 0.002 0.010 0.130 0.001 0.005 0.011 0.001 0.003 0.002 0.001 0.362 0.059 121 S 0.464 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.187 0.299 122 Y 0.648 0.001 0.003 0.005 0.001 0.006 0.050 0.003 0.003 0.001 0.001 0.044 0.235 123 R 0.362 0.002 0.007 0.062 0.005 0.019 0.031 0.002 0.004 0.003 0.004 0.463 0.035 124 E 0.462 0.003 0.012 0.017 0.022 0.037 0.015 0.002 0.006 0.007 0.029 0.052 0.335 125 Y 0.250 0.012 0.058 0.037 0.063 0.133 0.021 0.005 0.011 0.026 0.111 0.160 0.113 126 F 0.133 0.038 0.128 0.028 0.037 0.096 0.013 0.008 0.020 0.107 0.163 0.100 0.127 127 G 0.012 0.011 0.520 0.007 0.018 0.029 0.002 0.001 0.005 0.194 0.069 0.078 0.055 128 S 0.002 0.007 0.223 0.004 0.102 0.084 0.001 0.001 0.003 0.191 0.365 0.006 0.013 129 D 0.001 0.008 0.097 0.004 0.211 0.064 0.001 0.001 0.002 0.127 0.477 0.004 0.004 130 G 0.002 0.020 0.225 0.002 0.274 0.051 0.001 0.001 0.003 0.218 0.188 0.005 0.012 131 K 0.002 0.035 0.456 0.003 0.109 0.058 0.001 0.001 0.007 0.161 0.134 0.011 0.022 132 S 0.002 0.068 0.428 0.003 0.035 0.033 0.001 0.001 0.013 0.243 0.133 0.018 0.024 133 N 0.001 0.011 0.675 0.002 0.017 0.017 0.001 0.001 0.003 0.186 0.059 0.011 0.017