# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.082 0.234 0.282 0.008 0.061 0.012 0.013 0.011 0.003 0.026 0.035 0.127 0.004 0.014 0.036 2 M 0.029 0.084 0.179 0.365 0.015 0.106 0.018 0.009 0.012 0.007 0.023 0.025 0.089 0.006 0.005 0.028 3 T 0.041 0.100 0.124 0.313 0.012 0.170 0.010 0.019 0.007 0.004 0.049 0.029 0.098 0.003 0.008 0.014 4 H 0.021 0.096 0.096 0.315 0.020 0.135 0.011 0.014 0.014 0.004 0.112 0.050 0.085 0.005 0.005 0.019 5 Y 0.031 0.125 0.133 0.265 0.016 0.083 0.015 0.019 0.007 0.004 0.067 0.123 0.078 0.005 0.013 0.015 6 S 0.013 0.046 0.067 0.078 0.038 0.305 0.055 0.014 0.009 0.007 0.072 0.093 0.157 0.019 0.008 0.019 7 D 0.022 0.057 0.040 0.067 0.006 0.103 0.009 0.066 0.006 0.003 0.304 0.068 0.196 0.005 0.035 0.012 8 N 0.015 0.086 0.041 0.056 0.002 0.046 0.007 0.006 0.031 0.014 0.113 0.340 0.185 0.005 0.009 0.043 9 T 0.047 0.018 0.052 0.028 0.002 0.064 0.010 0.002 0.003 0.001 0.064 0.149 0.528 0.004 0.010 0.018 10 L 0.007 0.011 0.048 0.022 0.001 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 0.098 0.070 0.678 0.003 0.005 0.012 11 K 0.002 0.018 0.017 0.024 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 0.130 0.735 0.004 0.004 0.008 12 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.928 0.002 0.002 0.003 13 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.024 0.928 0.001 0.001 0.002 14 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.942 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.005 0.003 23 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.030 0.004 0.033 24 L 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.914 0.010 0.039 0.011 25 A 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.003 0.109 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.127 0.698 0.002 0.032 26 T 0.013 0.005 0.011 0.002 0.001 0.004 0.004 0.037 0.001 0.001 0.005 0.010 0.103 0.002 0.796 0.008 27 G 0.003 0.012 0.067 0.006 0.001 0.006 0.008 0.001 0.026 0.084 0.013 0.019 0.243 0.002 0.002 0.506 28 E 0.148 0.002 0.003 0.001 0.001 0.149 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.059 0.593 0.001 0.001 0.001 29 W 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.045 0.404 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.662 0.316 0.001 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 32 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 33 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.002 0.001 34 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.008 0.006 0.028 35 M 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.770 0.026 0.015 0.162 36 L 0.027 0.014 0.169 0.011 0.001 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.409 0.025 0.035 0.276 37 T 0.024 0.010 0.106 0.011 0.003 0.160 0.063 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.420 0.068 0.016 0.101 38 E 0.029 0.174 0.065 0.039 0.001 0.028 0.011 0.018 0.002 0.001 0.269 0.021 0.251 0.011 0.045 0.034 39 D 0.016 0.360 0.088 0.205 0.001 0.014 0.005 0.001 0.020 0.001 0.006 0.143 0.044 0.003 0.007 0.085 40 F 0.080 0.007 0.617 0.134 0.001 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.081 0.002 0.004 0.019 41 T 0.005 0.111 0.484 0.335 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 0.008 42 F 0.004 0.010 0.037 0.789 0.022 0.080 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.032 0.003 0.001 0.003 43 W 0.003 0.122 0.156 0.589 0.015 0.039 0.003 0.022 0.002 0.001 0.008 0.005 0.023 0.001 0.002 0.008 44 F 0.005 0.015 0.028 0.569 0.096 0.197 0.012 0.011 0.008 0.017 0.013 0.007 0.014 0.005 0.001 0.003 45 P 0.014 0.142 0.059 0.145 0.237 0.111 0.045 0.058 0.007 0.004 0.107 0.017 0.019 0.022 0.008 0.004 46 M 0.007 0.133 0.034 0.378 0.023 0.032 0.010 0.173 0.034 0.016 0.044 0.053 0.013 0.004 0.035 0.009 47 G 0.068 0.027 0.104 0.119 0.040 0.133 0.024 0.027 0.069 0.215 0.027 0.034 0.058 0.005 0.013 0.036 48 E 0.095 0.078 0.060 0.141 0.037 0.082 0.008 0.029 0.021 0.010 0.288 0.037 0.080 0.006 0.007 0.021 49 F 0.015 0.076 0.029 0.090 0.245 0.056 0.112 0.020 0.017 0.012 0.043 0.113 0.016 0.148 0.004 0.005 50 H 0.021 0.057 0.129 0.079 0.004 0.027 0.010 0.265 0.010 0.004 0.022 0.039 0.083 0.002 0.233 0.015 51 G 0.020 0.013 0.045 0.073 0.020 0.051 0.024 0.006 0.199 0.206 0.053 0.026 0.140 0.007 0.003 0.114 52 L 0.367 0.041 0.075 0.120 0.007 0.027 0.008 0.032 0.003 0.003 0.088 0.078 0.125 0.003 0.017 0.006 53 N 0.003 0.029 0.061 0.053 0.179 0.124 0.216 0.008 0.014 0.019 0.027 0.073 0.062 0.116 0.003 0.013 54 V 0.034 0.042 0.085 0.219 0.001 0.028 0.003 0.285 0.001 0.001 0.049 0.040 0.092 0.001 0.114 0.005 55 G 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.259 0.001 0.001 0.012 0.237 0.073 0.087 0.316 0.001 0.001 0.005 56 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.604 0.036 0.352 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.747 0.241 0.001 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 64 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.017 0.003 0.026 66 V 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.924 0.010 0.022 0.016 67 S 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.897 0.012 0.008 0.030 68 E 0.007 0.011 0.015 0.017 0.001 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.033 0.009 0.819 0.025 0.014 0.027 69 S 0.010 0.038 0.079 0.028 0.004 0.019 0.046 0.003 0.004 0.001 0.008 0.060 0.516 0.059 0.029 0.095 70 F 0.013 0.015 0.127 0.035 0.005 0.043 0.051 0.008 0.003 0.001 0.025 0.014 0.538 0.015 0.048 0.059 71 H 0.011 0.047 0.047 0.022 0.059 0.034 0.253 0.009 0.007 0.006 0.044 0.024 0.137 0.256 0.012 0.033 72 T 0.051 0.111 0.082 0.135 0.002 0.017 0.009 0.143 0.009 0.001 0.031 0.028 0.087 0.004 0.264 0.028 73 G 0.029 0.018 0.230 0.129 0.003 0.035 0.011 0.002 0.127 0.080 0.021 0.029 0.089 0.005 0.004 0.189 74 I 0.308 0.061 0.186 0.270 0.004 0.026 0.004 0.004 0.002 0.001 0.021 0.021 0.073 0.002 0.006 0.011 75 Q 0.007 0.068 0.170 0.619 0.004 0.054 0.004 0.004 0.003 0.002 0.006 0.016 0.028 0.001 0.001 0.012 76 I 0.014 0.041 0.144 0.586 0.008 0.137 0.006 0.005 0.003 0.001 0.008 0.006 0.031 0.001 0.002 0.006 77 S 0.005 0.098 0.083 0.720 0.002 0.034 0.001 0.006 0.002 0.001 0.016 0.009 0.018 0.001 0.001 0.003 78 S 0.011 0.051 0.056 0.564 0.012 0.211 0.004 0.002 0.005 0.002 0.019 0.023 0.032 0.001 0.001 0.007 79 L 0.013 0.021 0.089 0.318 0.030 0.274 0.006 0.010 0.001 0.001 0.167 0.020 0.040 0.006 0.002 0.002 80 D 0.002 0.506 0.036 0.276 0.003 0.019 0.003 0.010 0.004 0.002 0.011 0.089 0.028 0.001 0.006 0.005 81 R 0.012 0.025 0.050 0.678 0.004 0.042 0.005 0.002 0.011 0.002 0.015 0.011 0.097 0.001 0.006 0.039 82 V 0.024 0.042 0.548 0.281 0.004 0.019 0.004 0.003 0.002 0.001 0.008 0.009 0.031 0.001 0.002 0.022 83 T 0.011 0.033 0.074 0.179 0.141 0.459 0.028 0.005 0.002 0.002 0.007 0.009 0.033 0.008 0.002 0.006 84 S 0.006 0.068 0.064 0.121 0.339 0.032 0.056 0.060 0.001 0.001 0.179 0.004 0.012 0.043 0.005 0.007 85 N 0.011 0.073 0.028 0.057 0.018 0.108 0.011 0.376 0.034 0.021 0.024 0.076 0.010 0.005 0.133 0.014 86 E 0.031 0.087 0.099 0.060 0.004 0.021 0.012 0.029 0.252 0.030 0.131 0.021 0.028 0.005 0.020 0.172 87 T 0.297 0.458 0.086 0.093 0.001 0.002 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.006 0.017 88 T 0.035 0.007 0.854 0.085 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 89 V 0.013 0.019 0.668 0.281 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.011 0.018 0.969 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 F 0.001 0.002 0.006 0.986 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.003 0.005 0.982 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.009 0.003 0.867 0.019 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.001 0.107 0.005 0.591 0.025 0.236 0.001 0.018 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.002 0.109 0.004 0.337 0.237 0.151 0.008 0.023 0.008 0.009 0.092 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 96 E 0.009 0.209 0.047 0.458 0.003 0.015 0.001 0.133 0.007 0.002 0.030 0.040 0.007 0.001 0.035 0.003 97 G 0.019 0.015 0.148 0.323 0.030 0.065 0.015 0.003 0.086 0.117 0.025 0.029 0.048 0.004 0.003 0.071 98 L 0.141 0.082 0.183 0.248 0.075 0.064 0.016 0.019 0.002 0.002 0.042 0.024 0.076 0.008 0.007 0.011 99 F 0.003 0.041 0.034 0.140 0.338 0.118 0.106 0.025 0.010 0.010 0.019 0.019 0.015 0.111 0.003 0.007 100 L 0.013 0.093 0.058 0.216 0.006 0.038 0.007 0.354 0.014 0.004 0.024 0.011 0.018 0.001 0.134 0.008 101 G 0.017 0.058 0.081 0.258 0.004 0.013 0.004 0.004 0.317 0.100 0.016 0.012 0.013 0.001 0.001 0.101 102 K 0.602 0.015 0.112 0.163 0.012 0.044 0.004 0.003 0.003 0.002 0.010 0.010 0.015 0.001 0.001 0.003 103 P 0.012 0.059 0.329 0.232 0.077 0.157 0.010 0.017 0.003 0.003 0.056 0.019 0.016 0.003 0.002 0.004 104 Y 0.006 0.093 0.030 0.414 0.152 0.094 0.029 0.050 0.006 0.004 0.054 0.038 0.013 0.008 0.006 0.003 105 K 0.011 0.120 0.076 0.476 0.013 0.029 0.013 0.106 0.044 0.009 0.024 0.023 0.017 0.002 0.019 0.018 106 N 0.057 0.067 0.150 0.464 0.002 0.045 0.004 0.016 0.097 0.020 0.015 0.016 0.019 0.001 0.004 0.023 107 R 0.076 0.121 0.257 0.507 0.001 0.012 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 108 V 0.023 0.028 0.118 0.807 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.018 0.177 0.793 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.008 0.007 0.977 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 S 0.001 0.008 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 D 0.001 0.001 0.012 0.933 0.026 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.005 0.001 0.003 0.261 0.003 0.001 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 G 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.295 0.309 0.318 0.015 0.003 0.001 0.001 0.048 0.001 117 D 0.150 0.043 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.628 0.037 0.017 0.034 0.001 0.001 0.001 0.058 118 K 0.963 0.001 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.009 0.001 0.753 0.006 0.001 0.225 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 C 0.001 0.707 0.016 0.270 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 121 S 0.001 0.008 0.009 0.912 0.003 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 122 Y 0.003 0.011 0.329 0.367 0.004 0.180 0.001 0.003 0.001 0.001 0.054 0.014 0.032 0.001 0.001 0.001 123 R 0.001 0.081 0.014 0.721 0.003 0.053 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.064 0.040 0.001 0.001 0.001 124 E 0.003 0.041 0.018 0.736 0.012 0.047 0.005 0.003 0.002 0.001 0.018 0.014 0.089 0.002 0.002 0.008 125 Y 0.008 0.069 0.137 0.451 0.048 0.069 0.022 0.014 0.006 0.002 0.019 0.020 0.086 0.022 0.006 0.021 126 F 0.009 0.083 0.138 0.492 0.005 0.053 0.007 0.042 0.004 0.002 0.011 0.009 0.073 0.003 0.043 0.026 127 G 0.017 0.049 0.065 0.112 0.013 0.482 0.009 0.006 0.027 0.024 0.023 0.012 0.086 0.003 0.003 0.070 128 S 0.059 0.058 0.014 0.029 0.084 0.081 0.027 0.009 0.003 0.002 0.473 0.028 0.065 0.060 0.003 0.005 129 D 0.007 0.154 0.048 0.053 0.007 0.028 0.009 0.135 0.004 0.001 0.086 0.271 0.047 0.011 0.130 0.008 130 G 0.010 0.036 0.154 0.053 0.011 0.024 0.050 0.008 0.072 0.025 0.031 0.080 0.129 0.017 0.041 0.261 131 K 0.197 0.032 0.138 0.039 0.029 0.025 0.114 0.012 0.009 0.004 0.044 0.041 0.169 0.038 0.035 0.073 132 S 0.029 0.053 0.192 0.058 0.036 0.113 0.076 0.071 0.010 0.013 0.038 0.048 0.129 0.043 0.057 0.035 133 N 0.041 0.103 0.099 0.121 0.013 0.102 0.020 0.067 0.054 0.028 0.090 0.038 0.094 0.010 0.039 0.081