# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.043 0.003 0.038 0.034 0.050 0.136 0.007 0.001 0.056 0.571 2 M 0.061 0.024 0.002 0.032 0.043 0.045 0.101 0.008 0.001 0.082 0.603 3 T 0.055 0.031 0.002 0.037 0.046 0.054 0.087 0.005 0.001 0.087 0.594 4 H 0.035 0.027 0.002 0.040 0.032 0.038 0.108 0.003 0.001 0.090 0.625 5 Y 0.040 0.014 0.002 0.031 0.023 0.026 0.140 0.006 0.001 0.214 0.503 6 S 0.120 0.117 0.003 0.024 0.018 0.017 0.113 0.007 0.002 0.094 0.484 7 D 0.144 0.201 0.002 0.016 0.014 0.016 0.069 0.007 0.001 0.049 0.482 8 N 0.046 0.444 0.002 0.009 0.010 0.013 0.052 0.005 0.001 0.034 0.384 9 T 0.049 0.665 0.003 0.005 0.007 0.012 0.031 0.007 0.001 0.045 0.176 10 L 0.045 0.735 0.003 0.003 0.007 0.007 0.025 0.007 0.002 0.050 0.118 11 K 0.024 0.844 0.003 0.002 0.004 0.003 0.010 0.003 0.001 0.035 0.070 12 V 0.022 0.770 0.006 0.003 0.005 0.004 0.014 0.005 0.003 0.074 0.094 13 A 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.017 14 H 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.019 15 Q 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 16 G 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 17 F 0.018 0.140 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.003 0.783 0.035 18 E 0.011 0.752 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.176 0.029 19 F 0.009 0.919 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.024 0.035 20 F 0.012 0.904 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.026 0.031 21 T 0.039 0.836 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.043 0.057 22 Q 0.038 0.236 0.011 0.007 0.003 0.004 0.042 0.005 0.005 0.506 0.144 23 G 0.040 0.123 0.046 0.017 0.004 0.004 0.113 0.007 0.018 0.468 0.161 24 L 0.287 0.054 0.051 0.025 0.005 0.008 0.051 0.017 0.026 0.153 0.324 25 A 0.205 0.018 0.003 0.015 0.004 0.005 0.052 0.007 0.003 0.025 0.664 26 T 0.012 0.017 0.001 0.011 0.002 0.004 0.088 0.002 0.001 0.014 0.849 27 G 0.012 0.076 0.001 0.012 0.004 0.004 0.151 0.004 0.001 0.040 0.694 28 E 0.115 0.535 0.003 0.010 0.003 0.004 0.044 0.026 0.002 0.060 0.198 29 W 0.064 0.777 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.019 0.113 30 Q 0.029 0.745 0.002 0.005 0.002 0.003 0.014 0.005 0.001 0.079 0.114 31 K 0.029 0.791 0.010 0.004 0.002 0.003 0.011 0.005 0.005 0.066 0.074 32 F 0.069 0.696 0.035 0.006 0.005 0.005 0.013 0.013 0.011 0.059 0.089 33 L 0.210 0.115 0.015 0.009 0.010 0.017 0.056 0.032 0.009 0.285 0.244 34 D 0.061 0.112 0.016 0.027 0.014 0.016 0.105 0.008 0.010 0.207 0.423 35 M 0.023 0.092 0.050 0.057 0.023 0.015 0.147 0.005 0.013 0.081 0.494 36 L 0.112 0.066 0.038 0.039 0.019 0.039 0.105 0.031 0.012 0.080 0.460 37 T 0.375 0.011 0.004 0.018 0.007 0.014 0.113 0.016 0.003 0.109 0.329 38 E 0.024 0.013 0.005 0.073 0.022 0.014 0.164 0.002 0.001 0.043 0.639 39 D 0.013 0.009 0.002 0.118 0.023 0.040 0.151 0.003 0.001 0.054 0.587 40 F 0.021 0.007 0.002 0.161 0.055 0.097 0.114 0.007 0.001 0.065 0.471 41 T 0.008 0.002 0.001 0.242 0.105 0.117 0.084 0.001 0.001 0.060 0.380 42 F 0.003 0.002 0.001 0.377 0.109 0.172 0.065 0.001 0.001 0.028 0.244 43 W 0.009 0.005 0.001 0.307 0.103 0.102 0.069 0.002 0.001 0.022 0.381 44 F 0.101 0.006 0.001 0.162 0.093 0.111 0.072 0.007 0.001 0.072 0.373 45 P 0.075 0.007 0.001 0.065 0.029 0.041 0.130 0.003 0.001 0.029 0.621 46 M 0.034 0.010 0.001 0.036 0.015 0.023 0.096 0.002 0.001 0.024 0.759 47 G 0.121 0.010 0.003 0.031 0.035 0.051 0.149 0.007 0.001 0.068 0.525 48 E 0.101 0.011 0.001 0.016 0.013 0.022 0.104 0.005 0.001 0.036 0.691 49 F 0.136 0.010 0.001 0.023 0.023 0.026 0.093 0.004 0.001 0.042 0.641 50 H 0.018 0.012 0.001 0.019 0.022 0.024 0.128 0.001 0.001 0.024 0.750 51 G 0.019 0.031 0.002 0.033 0.040 0.066 0.112 0.003 0.001 0.044 0.649 52 L 0.068 0.052 0.001 0.032 0.080 0.095 0.121 0.007 0.001 0.054 0.489 53 N 0.053 0.156 0.002 0.036 0.060 0.055 0.078 0.006 0.001 0.049 0.504 54 V 0.021 0.432 0.002 0.021 0.027 0.023 0.065 0.004 0.001 0.028 0.377 55 G 0.018 0.861 0.001 0.005 0.006 0.010 0.010 0.005 0.001 0.018 0.064 56 K 0.036 0.908 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.016 0.024 57 E 0.010 0.909 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.035 0.035 58 R 0.013 0.908 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.039 0.027 59 A 0.011 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.017 60 K 0.021 0.102 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.799 0.057 61 E 0.009 0.729 0.008 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.005 0.182 0.047 62 F 0.020 0.856 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.045 0.059 63 F 0.065 0.356 0.011 0.006 0.002 0.004 0.026 0.015 0.009 0.362 0.145 64 T 0.041 0.582 0.010 0.006 0.002 0.003 0.041 0.003 0.007 0.116 0.189 65 Y 0.064 0.249 0.013 0.013 0.005 0.005 0.073 0.008 0.007 0.295 0.270 66 V 0.124 0.261 0.030 0.016 0.004 0.005 0.078 0.019 0.017 0.157 0.288 67 S 0.217 0.108 0.009 0.012 0.004 0.007 0.051 0.011 0.007 0.078 0.497 68 E 0.092 0.025 0.009 0.018 0.008 0.011 0.097 0.007 0.005 0.109 0.619 69 S 0.045 0.019 0.006 0.016 0.006 0.009 0.143 0.004 0.003 0.062 0.686 70 F 0.135 0.017 0.003 0.016 0.008 0.012 0.133 0.006 0.002 0.057 0.612 71 H 0.068 0.019 0.001 0.015 0.010 0.014 0.115 0.003 0.001 0.032 0.722 72 T 0.019 0.027 0.001 0.015 0.015 0.023 0.086 0.001 0.001 0.024 0.789 73 G 0.038 0.027 0.001 0.048 0.047 0.100 0.118 0.003 0.001 0.128 0.489 74 I 0.017 0.012 0.003 0.073 0.092 0.111 0.116 0.002 0.001 0.138 0.437 75 Q 0.023 0.021 0.002 0.084 0.111 0.133 0.121 0.002 0.001 0.076 0.426 76 I 0.027 0.026 0.002 0.082 0.115 0.155 0.083 0.002 0.001 0.070 0.438 77 S 0.020 0.039 0.002 0.068 0.148 0.184 0.075 0.002 0.001 0.044 0.417 78 S 0.041 0.068 0.001 0.056 0.100 0.280 0.060 0.004 0.001 0.051 0.338 79 L 0.034 0.022 0.001 0.047 0.146 0.187 0.083 0.003 0.001 0.116 0.363 80 D 0.011 0.012 0.001 0.089 0.152 0.215 0.093 0.001 0.001 0.141 0.284 81 R 0.010 0.009 0.002 0.088 0.158 0.246 0.064 0.001 0.001 0.077 0.345 82 V 0.020 0.006 0.002 0.064 0.204 0.200 0.057 0.002 0.001 0.062 0.382 83 T 0.034 0.007 0.002 0.044 0.113 0.172 0.099 0.002 0.001 0.091 0.435 84 S 0.026 0.008 0.003 0.021 0.036 0.041 0.134 0.001 0.001 0.068 0.661 85 N 0.127 0.028 0.002 0.022 0.041 0.058 0.132 0.003 0.001 0.096 0.490 86 E 0.017 0.019 0.001 0.015 0.031 0.050 0.150 0.001 0.001 0.056 0.661 87 T 0.004 0.024 0.001 0.049 0.155 0.304 0.092 0.001 0.001 0.051 0.318 88 T 0.003 0.007 0.001 0.041 0.174 0.605 0.030 0.001 0.001 0.036 0.103 89 V 0.001 0.006 0.001 0.049 0.437 0.424 0.016 0.001 0.001 0.021 0.046 90 V 0.002 0.004 0.001 0.052 0.368 0.497 0.014 0.001 0.001 0.025 0.036 91 F 0.003 0.010 0.001 0.054 0.461 0.393 0.011 0.001 0.001 0.021 0.045 92 E 0.005 0.010 0.001 0.049 0.316 0.456 0.027 0.001 0.001 0.028 0.106 93 F 0.015 0.032 0.005 0.041 0.251 0.430 0.043 0.002 0.001 0.038 0.142 94 R 0.057 0.040 0.004 0.046 0.190 0.314 0.066 0.007 0.001 0.050 0.225 95 D 0.100 0.067 0.003 0.056 0.149 0.215 0.086 0.006 0.001 0.057 0.260 96 E 0.022 0.030 0.003 0.067 0.118 0.159 0.086 0.002 0.001 0.050 0.463 97 G 0.026 0.010 0.010 0.058 0.130 0.279 0.113 0.005 0.002 0.062 0.305 98 L 0.163 0.005 0.003 0.030 0.090 0.210 0.056 0.005 0.001 0.028 0.411 99 F 0.101 0.001 0.001 0.027 0.063 0.069 0.071 0.002 0.001 0.024 0.641 100 L 0.003 0.001 0.001 0.020 0.034 0.047 0.117 0.001 0.001 0.007 0.770 101 G 0.005 0.002 0.001 0.015 0.036 0.066 0.106 0.001 0.001 0.018 0.751 102 K 0.045 0.008 0.001 0.034 0.139 0.144 0.128 0.002 0.001 0.072 0.427 103 P 0.024 0.009 0.001 0.030 0.059 0.085 0.115 0.001 0.001 0.067 0.609 104 Y 0.053 0.024 0.002 0.083 0.093 0.135 0.084 0.002 0.001 0.070 0.453 105 K 0.022 0.026 0.001 0.077 0.080 0.172 0.114 0.001 0.001 0.062 0.444 106 N 0.012 0.023 0.001 0.081 0.156 0.283 0.067 0.001 0.001 0.080 0.294 107 R 0.005 0.008 0.001 0.072 0.201 0.390 0.060 0.001 0.001 0.071 0.192 108 V 0.003 0.007 0.001 0.078 0.270 0.481 0.035 0.001 0.001 0.029 0.095 109 A 0.003 0.003 0.001 0.088 0.287 0.435 0.025 0.001 0.001 0.033 0.126 110 V 0.002 0.001 0.001 0.090 0.302 0.541 0.015 0.001 0.001 0.015 0.033 111 S 0.001 0.001 0.001 0.116 0.280 0.457 0.031 0.001 0.001 0.015 0.097 112 F 0.001 0.001 0.001 0.149 0.409 0.392 0.009 0.001 0.001 0.008 0.031 113 D 0.005 0.002 0.001 0.083 0.185 0.477 0.113 0.001 0.001 0.044 0.090 114 V 0.131 0.006 0.004 0.044 0.157 0.274 0.032 0.003 0.001 0.060 0.289 115 R 0.571 0.004 0.001 0.019 0.023 0.023 0.041 0.002 0.001 0.015 0.303 116 G 0.008 0.005 0.001 0.010 0.016 0.040 0.032 0.001 0.001 0.010 0.879 117 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.093 0.185 0.001 0.001 0.051 0.612 118 K 0.004 0.008 0.001 0.040 0.183 0.541 0.042 0.001 0.001 0.054 0.125 119 I 0.006 0.018 0.001 0.019 0.416 0.192 0.040 0.001 0.001 0.024 0.285 120 C 0.007 0.049 0.001 0.040 0.368 0.403 0.021 0.001 0.001 0.026 0.084 121 S 0.008 0.101 0.001 0.047 0.150 0.473 0.033 0.001 0.001 0.035 0.152 122 Y 0.021 0.207 0.004 0.036 0.201 0.352 0.031 0.002 0.001 0.052 0.094 123 R 0.067 0.085 0.009 0.032 0.214 0.338 0.044 0.008 0.002 0.058 0.144 124 E 0.062 0.045 0.003 0.052 0.119 0.240 0.065 0.005 0.001 0.077 0.331 125 Y 0.025 0.024 0.004 0.102 0.111 0.135 0.108 0.004 0.002 0.069 0.417 126 F 0.021 0.040 0.008 0.073 0.082 0.089 0.136 0.007 0.003 0.035 0.507 127 G 0.302 0.069 0.003 0.027 0.037 0.064 0.061 0.022 0.002 0.046 0.366 128 S 0.279 0.032 0.002 0.020 0.027 0.030 0.088 0.009 0.001 0.068 0.444 129 D 0.046 0.015 0.004 0.029 0.025 0.031 0.140 0.002 0.001 0.067 0.639 130 G 0.136 0.007 0.003 0.022 0.018 0.043 0.104 0.006 0.001 0.050 0.610 131 K 0.104 0.003 0.001 0.014 0.020 0.027 0.086 0.003 0.001 0.025 0.717 132 S 0.019 0.002 0.001 0.015 0.026 0.032 0.112 0.001 0.001 0.015 0.778 133 N 0.017 0.006 0.001 0.020 0.038 0.059 0.113 0.001 0.001 0.022 0.724