# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.209 0.106 0.055 0.120 0.103 0.080 0.118 0.083 0.063 0.038 0.025 2 M 0.053 0.046 0.030 0.060 0.066 0.071 0.138 0.129 0.157 0.137 0.113 3 T 0.182 0.180 0.104 0.194 0.139 0.072 0.058 0.032 0.021 0.012 0.007 4 H 0.302 0.171 0.089 0.176 0.104 0.056 0.046 0.027 0.015 0.008 0.005 5 Y 0.060 0.050 0.026 0.074 0.087 0.104 0.169 0.153 0.121 0.092 0.063 6 S 0.158 0.251 0.075 0.158 0.106 0.076 0.080 0.042 0.029 0.017 0.008 7 D 0.349 0.143 0.086 0.149 0.099 0.063 0.055 0.027 0.016 0.009 0.005 8 N 0.562 0.146 0.059 0.089 0.052 0.030 0.030 0.016 0.009 0.005 0.003 9 T 0.109 0.177 0.057 0.157 0.121 0.091 0.120 0.075 0.050 0.029 0.014 10 L 0.043 0.040 0.039 0.092 0.126 0.163 0.211 0.128 0.082 0.052 0.024 11 K 0.254 0.160 0.289 0.184 0.067 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 12 V 0.030 0.068 0.085 0.199 0.193 0.155 0.143 0.074 0.029 0.015 0.007 13 A 0.005 0.009 0.013 0.020 0.034 0.047 0.122 0.166 0.215 0.221 0.148 14 H 0.042 0.033 0.127 0.179 0.198 0.175 0.146 0.055 0.027 0.013 0.005 15 Q 0.032 0.070 0.490 0.238 0.097 0.040 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 16 G 0.002 0.003 0.009 0.014 0.028 0.052 0.147 0.150 0.235 0.206 0.155 17 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.026 0.095 0.121 0.246 0.274 0.226 18 E 0.007 0.031 0.495 0.240 0.132 0.052 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 19 F 0.002 0.005 0.046 0.052 0.087 0.224 0.320 0.131 0.070 0.045 0.017 20 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.032 0.065 0.229 0.311 0.347 21 T 0.002 0.003 0.006 0.017 0.041 0.091 0.224 0.182 0.192 0.160 0.083 22 Q 0.018 0.043 0.328 0.227 0.150 0.100 0.066 0.029 0.021 0.012 0.006 23 G 0.010 0.010 0.028 0.043 0.070 0.135 0.278 0.170 0.118 0.083 0.054 24 L 0.004 0.005 0.005 0.011 0.016 0.035 0.085 0.118 0.230 0.255 0.235 25 A 0.035 0.091 0.055 0.120 0.132 0.140 0.187 0.099 0.070 0.047 0.025 26 T 0.121 0.138 0.146 0.209 0.148 0.092 0.066 0.034 0.022 0.014 0.010 27 G 0.634 0.099 0.033 0.065 0.050 0.034 0.041 0.023 0.011 0.006 0.004 28 E 0.097 0.258 0.039 0.133 0.095 0.089 0.104 0.070 0.053 0.041 0.021 29 W 0.009 0.018 0.009 0.033 0.065 0.133 0.193 0.147 0.173 0.129 0.092 30 Q 0.552 0.101 0.113 0.123 0.058 0.024 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 31 K 0.025 0.050 0.093 0.209 0.170 0.186 0.170 0.053 0.025 0.013 0.005 32 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.015 0.043 0.087 0.246 0.316 0.277 33 L 0.001 0.002 0.005 0.019 0.053 0.147 0.294 0.177 0.150 0.113 0.040 34 D 0.005 0.033 0.652 0.198 0.068 0.026 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 35 M 0.001 0.001 0.007 0.010 0.025 0.139 0.271 0.169 0.168 0.148 0.060 36 L 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.017 0.054 0.087 0.251 0.321 0.251 37 T 0.007 0.012 0.026 0.061 0.113 0.141 0.222 0.154 0.124 0.081 0.058 38 E 0.239 0.133 0.309 0.175 0.076 0.032 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 39 D 0.023 0.031 0.033 0.099 0.124 0.148 0.252 0.143 0.077 0.043 0.027 40 F 0.003 0.004 0.003 0.006 0.009 0.022 0.048 0.085 0.210 0.280 0.330 41 T 0.041 0.077 0.062 0.190 0.193 0.131 0.124 0.077 0.051 0.031 0.022 42 F 0.010 0.009 0.026 0.026 0.035 0.064 0.117 0.137 0.203 0.215 0.159 43 W 0.018 0.026 0.022 0.079 0.092 0.110 0.175 0.154 0.140 0.107 0.075 44 F 0.017 0.017 0.016 0.041 0.049 0.077 0.143 0.160 0.193 0.175 0.113 45 P 0.059 0.043 0.038 0.093 0.104 0.104 0.141 0.134 0.122 0.090 0.071 46 M 0.093 0.087 0.043 0.119 0.098 0.099 0.142 0.104 0.096 0.075 0.043 47 G 0.090 0.066 0.026 0.090 0.097 0.108 0.144 0.113 0.115 0.086 0.064 48 E 0.402 0.176 0.046 0.115 0.077 0.049 0.050 0.034 0.025 0.016 0.012 49 F 0.066 0.056 0.024 0.085 0.089 0.105 0.147 0.122 0.122 0.102 0.082 50 H 0.143 0.093 0.032 0.106 0.106 0.079 0.106 0.100 0.093 0.076 0.067 51 G 0.172 0.171 0.044 0.142 0.119 0.093 0.097 0.063 0.048 0.032 0.019 52 L 0.085 0.061 0.029 0.116 0.127 0.114 0.144 0.109 0.094 0.069 0.052 53 N 0.255 0.101 0.046 0.102 0.087 0.085 0.118 0.072 0.060 0.049 0.025 54 V 0.080 0.100 0.033 0.196 0.171 0.135 0.124 0.071 0.047 0.027 0.016 55 G 0.037 0.112 0.023 0.037 0.040 0.049 0.106 0.110 0.165 0.191 0.132 56 K 0.026 0.036 0.020 0.133 0.237 0.225 0.182 0.069 0.042 0.019 0.011 57 E 0.715 0.074 0.117 0.062 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.003 0.012 0.011 0.089 0.107 0.325 0.300 0.075 0.050 0.022 0.007 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.031 0.156 0.271 0.530 60 K 0.002 0.004 0.057 0.117 0.266 0.268 0.183 0.059 0.025 0.012 0.005 61 E 0.004 0.024 0.765 0.137 0.044 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 62 F 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.079 0.189 0.165 0.231 0.206 0.106 63 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.067 0.098 0.251 0.314 0.246 64 T 0.014 0.036 0.470 0.242 0.137 0.053 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 65 Y 0.014 0.018 0.118 0.099 0.134 0.222 0.240 0.087 0.038 0.022 0.010 66 V 0.002 0.004 0.005 0.007 0.010 0.021 0.070 0.119 0.233 0.258 0.270 67 S 0.020 0.020 0.016 0.056 0.103 0.152 0.244 0.155 0.112 0.080 0.042 68 E 0.155 0.120 0.335 0.209 0.093 0.040 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 69 S 0.054 0.047 0.042 0.097 0.111 0.176 0.237 0.109 0.067 0.040 0.021 70 F 0.012 0.016 0.007 0.015 0.019 0.036 0.092 0.116 0.212 0.230 0.244 71 H 0.163 0.192 0.082 0.196 0.156 0.079 0.062 0.035 0.018 0.010 0.006 72 T 0.320 0.128 0.107 0.157 0.099 0.061 0.051 0.033 0.021 0.014 0.010 73 G 0.176 0.115 0.041 0.131 0.118 0.096 0.128 0.083 0.052 0.036 0.024 74 I 0.030 0.032 0.016 0.067 0.090 0.122 0.163 0.154 0.140 0.114 0.072 75 Q 0.085 0.077 0.060 0.116 0.120 0.133 0.151 0.101 0.077 0.051 0.029 76 I 0.036 0.055 0.059 0.135 0.131 0.127 0.165 0.104 0.086 0.062 0.040 77 S 0.031 0.020 0.021 0.040 0.054 0.079 0.151 0.135 0.185 0.161 0.121 78 S 0.121 0.201 0.074 0.248 0.152 0.072 0.058 0.033 0.022 0.012 0.007 79 L 0.009 0.008 0.010 0.023 0.038 0.055 0.105 0.138 0.211 0.208 0.196 80 D 0.069 0.079 0.055 0.173 0.178 0.131 0.132 0.081 0.051 0.034 0.018 81 R 0.027 0.043 0.062 0.147 0.134 0.155 0.173 0.104 0.077 0.056 0.024 82 V 0.009 0.009 0.012 0.020 0.029 0.078 0.135 0.121 0.213 0.213 0.163 83 T 0.029 0.038 0.029 0.075 0.084 0.088 0.167 0.134 0.154 0.116 0.086 84 S 0.073 0.121 0.088 0.139 0.123 0.111 0.124 0.072 0.064 0.051 0.034 85 N 0.228 0.264 0.064 0.169 0.111 0.060 0.049 0.025 0.015 0.009 0.006 86 E 0.474 0.144 0.024 0.102 0.073 0.052 0.052 0.036 0.021 0.013 0.008 87 T 0.123 0.093 0.035 0.139 0.128 0.121 0.135 0.097 0.062 0.044 0.023 88 T 0.011 0.032 0.028 0.108 0.132 0.191 0.205 0.117 0.091 0.057 0.028 89 V 0.001 0.002 0.005 0.009 0.015 0.036 0.085 0.109 0.237 0.249 0.251 90 V 0.001 0.002 0.007 0.014 0.026 0.044 0.092 0.111 0.221 0.229 0.253 91 F 0.001 0.002 0.009 0.015 0.027 0.041 0.093 0.123 0.219 0.244 0.225 92 E 0.003 0.005 0.015 0.039 0.063 0.081 0.141 0.162 0.189 0.175 0.127 93 F 0.002 0.004 0.007 0.014 0.023 0.055 0.126 0.147 0.236 0.222 0.166 94 R 0.026 0.041 0.047 0.143 0.151 0.127 0.158 0.116 0.089 0.058 0.044 95 D 0.083 0.082 0.063 0.106 0.093 0.133 0.173 0.099 0.082 0.057 0.030 96 E 0.145 0.150 0.052 0.198 0.141 0.093 0.093 0.056 0.036 0.021 0.014 97 G 0.158 0.065 0.026 0.048 0.046 0.056 0.105 0.109 0.136 0.135 0.115 98 L 0.087 0.110 0.060 0.202 0.176 0.127 0.098 0.056 0.039 0.025 0.019 99 F 0.061 0.070 0.050 0.064 0.068 0.106 0.136 0.115 0.129 0.121 0.080 100 L 0.088 0.109 0.033 0.169 0.155 0.123 0.132 0.088 0.053 0.031 0.020 101 G 0.304 0.103 0.028 0.062 0.050 0.055 0.088 0.077 0.092 0.087 0.054 102 K 0.185 0.137 0.047 0.197 0.150 0.094 0.080 0.047 0.032 0.018 0.012 103 P 0.146 0.163 0.053 0.149 0.115 0.104 0.099 0.064 0.049 0.037 0.021 104 Y 0.021 0.021 0.012 0.041 0.060 0.092 0.154 0.158 0.171 0.144 0.126 105 K 0.164 0.188 0.063 0.202 0.139 0.078 0.074 0.042 0.026 0.016 0.009 106 N 0.010 0.009 0.013 0.032 0.045 0.071 0.120 0.123 0.203 0.206 0.168 107 R 0.027 0.054 0.043 0.158 0.177 0.147 0.163 0.099 0.068 0.040 0.024 108 V 0.003 0.008 0.014 0.037 0.052 0.069 0.151 0.152 0.202 0.168 0.143 109 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.025 0.048 0.080 0.184 0.248 0.389 110 V 0.004 0.010 0.016 0.042 0.065 0.090 0.189 0.169 0.185 0.156 0.073 111 S 0.003 0.006 0.014 0.041 0.065 0.082 0.134 0.144 0.188 0.174 0.149 112 F 0.004 0.002 0.005 0.007 0.012 0.022 0.069 0.134 0.220 0.249 0.276 113 D 0.024 0.068 0.057 0.256 0.206 0.133 0.129 0.057 0.040 0.017 0.012 114 V 0.002 0.002 0.004 0.004 0.009 0.010 0.034 0.077 0.145 0.185 0.528 115 R 0.071 0.283 0.080 0.220 0.165 0.080 0.050 0.022 0.014 0.009 0.005 116 G 0.440 0.178 0.053 0.132 0.071 0.045 0.040 0.018 0.013 0.006 0.004 117 D 0.617 0.112 0.030 0.079 0.048 0.036 0.033 0.020 0.013 0.008 0.005 118 K 0.054 0.135 0.042 0.189 0.148 0.134 0.143 0.070 0.048 0.025 0.013 119 I 0.006 0.010 0.013 0.017 0.026 0.049 0.085 0.110 0.200 0.231 0.252 120 C 0.020 0.037 0.070 0.145 0.167 0.177 0.168 0.097 0.061 0.038 0.020 121 S 0.065 0.096 0.160 0.227 0.136 0.100 0.092 0.055 0.036 0.023 0.010 122 Y 0.010 0.012 0.016 0.043 0.059 0.093 0.171 0.162 0.182 0.156 0.096 123 R 0.029 0.040 0.043 0.112 0.116 0.139 0.176 0.124 0.107 0.078 0.036 124 E 0.064 0.102 0.185 0.222 0.146 0.100 0.082 0.045 0.027 0.017 0.008 125 Y 0.011 0.012 0.024 0.034 0.047 0.110 0.181 0.145 0.176 0.165 0.095 126 F 0.022 0.021 0.019 0.041 0.047 0.085 0.170 0.157 0.187 0.156 0.093 127 G 0.112 0.114 0.106 0.193 0.140 0.097 0.100 0.059 0.041 0.023 0.015 128 S 0.066 0.045 0.047 0.068 0.078 0.079 0.142 0.137 0.129 0.105 0.104 129 D 0.165 0.121 0.048 0.150 0.129 0.093 0.107 0.079 0.053 0.033 0.022 130 G 0.320 0.155 0.055 0.113 0.084 0.069 0.078 0.052 0.037 0.022 0.016 131 K 0.200 0.157 0.054 0.143 0.121 0.085 0.092 0.063 0.040 0.024 0.020 132 S 0.316 0.150 0.041 0.092 0.077 0.059 0.088 0.064 0.054 0.035 0.025 133 N 0.368 0.184 0.055 0.126 0.087 0.050 0.051 0.032 0.023 0.013 0.010