# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.059 0.006 0.054 0.053 0.086 0.145 0.002 0.001 0.006 0.499 2 M 0.078 0.083 0.006 0.063 0.054 0.109 0.084 0.003 0.001 0.004 0.514 3 T 0.072 0.063 0.005 0.070 0.082 0.108 0.116 0.004 0.001 0.006 0.475 4 H 0.094 0.035 0.006 0.022 0.029 0.047 0.051 0.004 0.001 0.004 0.707 5 Y 0.072 0.048 0.013 0.047 0.039 0.083 0.139 0.004 0.001 0.005 0.550 6 S 0.059 0.022 0.004 0.022 0.020 0.026 0.211 0.003 0.001 0.004 0.629 7 D 0.048 0.036 0.004 0.012 0.009 0.012 0.069 0.001 0.001 0.003 0.806 8 N 0.028 0.046 0.004 0.008 0.005 0.011 0.323 0.001 0.001 0.010 0.564 9 T 0.105 0.052 0.004 0.003 0.002 0.004 0.556 0.001 0.001 0.014 0.259 10 L 0.080 0.268 0.007 0.004 0.004 0.006 0.248 0.002 0.001 0.006 0.376 11 K 0.026 0.445 0.007 0.003 0.005 0.009 0.176 0.002 0.001 0.003 0.323 12 V 0.032 0.655 0.004 0.002 0.002 0.003 0.079 0.003 0.001 0.001 0.220 13 A 0.017 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.073 14 H 0.011 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.070 15 Q 0.009 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.073 16 G 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.042 17 F 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 18 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 19 F 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 20 F 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 21 T 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 22 Q 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 23 G 0.021 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.010 24 L 0.015 0.956 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 25 A 0.019 0.932 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.009 26 T 0.202 0.600 0.024 0.004 0.001 0.001 0.003 0.104 0.001 0.001 0.061 27 G 0.467 0.224 0.036 0.004 0.001 0.002 0.014 0.072 0.001 0.003 0.177 28 E 0.106 0.083 0.234 0.006 0.001 0.001 0.334 0.009 0.001 0.005 0.220 29 W 0.018 0.037 0.016 0.008 0.002 0.007 0.095 0.001 0.001 0.002 0.813 30 Q 0.010 0.063 0.005 0.011 0.004 0.016 0.207 0.001 0.001 0.005 0.679 31 K 0.101 0.163 0.001 0.025 0.001 0.001 0.258 0.001 0.001 0.002 0.447 32 F 0.058 0.833 0.003 0.006 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.084 33 L 0.009 0.946 0.002 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.028 34 D 0.032 0.839 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.109 35 M 0.175 0.694 0.002 0.004 0.001 0.002 0.005 0.038 0.001 0.001 0.078 36 L 0.296 0.546 0.013 0.002 0.001 0.002 0.006 0.060 0.001 0.001 0.073 37 T 0.152 0.391 0.201 0.020 0.007 0.009 0.018 0.050 0.001 0.002 0.151 38 E 0.060 0.100 0.018 0.026 0.010 0.013 0.036 0.019 0.001 0.003 0.715 39 D 0.231 0.050 0.032 0.044 0.015 0.018 0.098 0.011 0.001 0.011 0.490 40 F 0.343 0.031 0.049 0.242 0.038 0.035 0.052 0.005 0.001 0.006 0.198 41 T 0.010 0.016 0.009 0.391 0.111 0.120 0.114 0.002 0.001 0.002 0.226 42 F 0.006 0.005 0.005 0.606 0.091 0.095 0.035 0.001 0.001 0.003 0.152 43 W 0.007 0.006 0.003 0.623 0.054 0.099 0.034 0.001 0.001 0.003 0.171 44 F 0.007 0.004 0.002 0.357 0.160 0.131 0.066 0.001 0.001 0.003 0.270 45 P 0.001 0.001 0.001 0.042 0.016 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 0.893 46 M 0.006 0.002 0.001 0.139 0.057 0.244 0.082 0.001 0.001 0.003 0.467 47 G 0.101 0.008 0.002 0.047 0.047 0.072 0.150 0.001 0.001 0.024 0.546 48 E 0.034 0.004 0.001 0.010 0.011 0.019 0.044 0.001 0.001 0.002 0.875 49 F 0.085 0.015 0.004 0.024 0.041 0.074 0.119 0.001 0.001 0.006 0.631 50 H 0.100 0.017 0.003 0.019 0.023 0.031 0.101 0.001 0.001 0.009 0.696 51 G 0.160 0.035 0.005 0.019 0.032 0.040 0.120 0.003 0.001 0.010 0.576 52 L 0.174 0.052 0.021 0.051 0.034 0.048 0.128 0.003 0.001 0.007 0.482 53 N 0.042 0.053 0.004 0.060 0.063 0.077 0.172 0.002 0.001 0.004 0.522 54 V 0.029 0.086 0.006 0.029 0.024 0.037 0.197 0.002 0.001 0.007 0.583 55 G 0.049 0.132 0.004 0.029 0.016 0.051 0.270 0.002 0.001 0.012 0.435 56 K 0.106 0.184 0.008 0.016 0.008 0.024 0.191 0.002 0.001 0.005 0.457 57 E 0.020 0.266 0.001 0.007 0.002 0.006 0.111 0.001 0.001 0.001 0.585 58 R 0.073 0.492 0.002 0.005 0.001 0.003 0.140 0.003 0.001 0.001 0.280 59 A 0.038 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.059 60 K 0.007 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 61 E 0.017 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.114 62 F 0.067 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.058 63 F 0.031 0.922 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.029 64 T 0.018 0.900 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.053 65 Y 0.057 0.826 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.088 66 V 0.084 0.845 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.044 67 S 0.068 0.767 0.012 0.003 0.002 0.003 0.008 0.022 0.001 0.001 0.115 68 E 0.090 0.508 0.026 0.007 0.003 0.006 0.023 0.025 0.001 0.002 0.310 69 S 0.239 0.378 0.015 0.007 0.002 0.004 0.056 0.029 0.001 0.003 0.267 70 F 0.321 0.335 0.042 0.010 0.005 0.008 0.035 0.023 0.001 0.003 0.217 71 H 0.075 0.208 0.032 0.022 0.017 0.022 0.113 0.012 0.001 0.004 0.494 72 T 0.051 0.051 0.009 0.019 0.008 0.009 0.093 0.004 0.001 0.004 0.751 73 G 0.296 0.086 0.020 0.031 0.025 0.036 0.072 0.007 0.001 0.015 0.414 74 I 0.183 0.069 0.028 0.066 0.034 0.036 0.182 0.004 0.001 0.009 0.389 75 Q 0.043 0.041 0.010 0.082 0.111 0.136 0.117 0.004 0.001 0.005 0.452 76 I 0.040 0.024 0.010 0.090 0.102 0.179 0.058 0.002 0.001 0.005 0.490 77 S 0.037 0.025 0.004 0.160 0.137 0.204 0.077 0.002 0.001 0.004 0.349 78 S 0.029 0.011 0.003 0.100 0.138 0.148 0.118 0.001 0.001 0.005 0.446 79 L 0.029 0.014 0.004 0.132 0.112 0.191 0.079 0.001 0.001 0.006 0.432 80 D 0.025 0.015 0.003 0.124 0.178 0.289 0.158 0.001 0.001 0.010 0.196 81 R 0.047 0.014 0.003 0.063 0.156 0.239 0.122 0.001 0.001 0.010 0.344 82 V 0.041 0.025 0.005 0.089 0.223 0.338 0.046 0.002 0.001 0.005 0.226 83 T 0.019 0.014 0.006 0.092 0.239 0.352 0.049 0.003 0.001 0.004 0.221 84 S 0.021 0.012 0.004 0.086 0.226 0.264 0.087 0.003 0.001 0.005 0.292 85 N 0.025 0.010 0.010 0.067 0.186 0.216 0.166 0.002 0.001 0.020 0.298 86 E 0.072 0.004 0.010 0.029 0.038 0.060 0.226 0.001 0.001 0.078 0.481 87 T 0.062 0.001 0.005 0.022 0.021 0.025 0.596 0.001 0.001 0.079 0.190 88 T 0.346 0.002 0.008 0.033 0.105 0.093 0.193 0.001 0.001 0.022 0.198 89 V 0.011 0.004 0.003 0.088 0.417 0.364 0.047 0.001 0.001 0.001 0.065 90 V 0.001 0.001 0.001 0.062 0.329 0.548 0.015 0.001 0.001 0.001 0.043 91 F 0.001 0.001 0.001 0.069 0.428 0.479 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 92 E 0.001 0.001 0.001 0.045 0.395 0.476 0.010 0.001 0.001 0.001 0.073 93 F 0.001 0.001 0.001 0.040 0.387 0.509 0.011 0.001 0.001 0.001 0.051 94 R 0.001 0.001 0.001 0.035 0.284 0.504 0.030 0.001 0.001 0.001 0.143 95 D 0.004 0.004 0.001 0.040 0.210 0.415 0.058 0.001 0.001 0.002 0.265 96 E 0.024 0.012 0.002 0.042 0.110 0.234 0.150 0.001 0.001 0.017 0.408 97 G 0.116 0.019 0.004 0.032 0.105 0.173 0.138 0.002 0.001 0.028 0.382 98 L 0.093 0.028 0.009 0.051 0.142 0.166 0.107 0.002 0.001 0.009 0.392 99 F 0.030 0.033 0.009 0.057 0.203 0.250 0.072 0.003 0.001 0.004 0.341 100 L 0.038 0.042 0.009 0.048 0.103 0.171 0.080 0.003 0.001 0.007 0.500 101 G 0.090 0.007 0.008 0.045 0.052 0.129 0.089 0.003 0.001 0.020 0.557 102 K 0.385 0.004 0.013 0.016 0.060 0.035 0.056 0.001 0.001 0.005 0.424 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 104 Y 0.010 0.001 0.002 0.026 0.120 0.342 0.079 0.001 0.001 0.001 0.418 105 K 0.058 0.009 0.001 0.022 0.050 0.112 0.101 0.001 0.001 0.010 0.636 106 N 0.115 0.025 0.004 0.033 0.124 0.234 0.063 0.001 0.001 0.011 0.389 107 R 0.138 0.017 0.005 0.050 0.135 0.195 0.075 0.001 0.001 0.008 0.377 108 V 0.073 0.023 0.003 0.078 0.274 0.265 0.060 0.001 0.001 0.004 0.219 109 A 0.016 0.015 0.002 0.078 0.310 0.430 0.028 0.001 0.001 0.001 0.118 110 V 0.003 0.005 0.001 0.037 0.477 0.450 0.008 0.001 0.001 0.001 0.019 111 S 0.002 0.003 0.001 0.041 0.309 0.594 0.004 0.001 0.001 0.001 0.046 112 F 0.001 0.001 0.001 0.043 0.503 0.440 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 113 D 0.001 0.001 0.001 0.008 0.401 0.542 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 114 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.303 0.664 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 115 R 0.001 0.001 0.001 0.013 0.138 0.593 0.051 0.001 0.001 0.001 0.201 116 G 0.004 0.001 0.001 0.019 0.005 0.011 0.095 0.001 0.001 0.002 0.865 117 D 0.367 0.001 0.001 0.011 0.010 0.007 0.125 0.001 0.001 0.023 0.456 118 K 0.663 0.001 0.001 0.009 0.031 0.011 0.103 0.001 0.001 0.004 0.177 119 I 0.011 0.001 0.001 0.037 0.205 0.459 0.061 0.001 0.001 0.001 0.224 120 C 0.001 0.001 0.001 0.011 0.260 0.713 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 121 S 0.001 0.001 0.001 0.032 0.345 0.527 0.014 0.001 0.001 0.001 0.080 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.033 0.288 0.616 0.005 0.001 0.001 0.001 0.056 123 R 0.004 0.004 0.001 0.053 0.267 0.600 0.022 0.001 0.001 0.001 0.049 124 E 0.020 0.010 0.001 0.072 0.170 0.465 0.061 0.001 0.001 0.002 0.199 125 Y 0.086 0.038 0.003 0.065 0.184 0.417 0.044 0.003 0.001 0.004 0.157 126 F 0.148 0.077 0.008 0.056 0.102 0.248 0.078 0.011 0.001 0.007 0.266 127 G 0.207 0.043 0.008 0.067 0.058 0.102 0.115 0.012 0.001 0.009 0.378 128 S 0.046 0.015 0.004 0.035 0.014 0.022 0.099 0.002 0.001 0.003 0.758 129 D 0.017 0.013 0.004 0.022 0.010 0.017 0.386 0.001 0.001 0.011 0.520 130 G 0.176 0.019 0.009 0.016 0.010 0.020 0.400 0.002 0.001 0.061 0.288 131 K 0.425 0.080 0.014 0.026 0.010 0.018 0.178 0.004 0.001 0.016 0.230 132 S 0.142 0.112 0.014 0.041 0.021 0.039 0.099 0.006 0.001 0.005 0.521 133 N 0.077 0.033 0.004 0.041 0.018 0.033 0.067 0.004 0.001 0.003 0.720