# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.081 0.068 0.044 0.083 0.070 0.015 0.531 2 M 0.079 0.088 0.079 0.058 0.111 0.096 0.013 0.476 3 T 0.068 0.058 0.049 0.055 0.082 0.138 0.012 0.539 4 H 0.061 0.031 0.028 0.017 0.032 0.059 0.010 0.762 5 Y 0.105 0.051 0.060 0.028 0.047 0.140 0.017 0.554 6 S 0.077 0.031 0.020 0.014 0.016 0.247 0.012 0.583 7 D 0.048 0.030 0.014 0.006 0.010 0.087 0.008 0.796 8 N 0.065 0.044 0.017 0.004 0.007 0.290 0.011 0.562 9 T 0.075 0.047 0.005 0.002 0.003 0.655 0.008 0.205 10 L 0.196 0.324 0.014 0.003 0.007 0.121 0.015 0.318 11 K 0.069 0.419 0.017 0.003 0.007 0.115 0.008 0.361 12 V 0.063 0.517 0.014 0.004 0.007 0.115 0.007 0.273 13 A 0.056 0.756 0.006 0.002 0.005 0.030 0.007 0.138 14 H 0.043 0.814 0.006 0.001 0.003 0.012 0.007 0.114 15 Q 0.027 0.759 0.006 0.001 0.001 0.029 0.006 0.170 16 G 0.024 0.819 0.004 0.001 0.001 0.020 0.005 0.128 17 F 0.012 0.931 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.042 18 E 0.014 0.944 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.029 19 F 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 20 F 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 21 T 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 22 Q 0.006 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 23 G 0.018 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 24 L 0.027 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 25 A 0.039 0.909 0.006 0.001 0.001 0.006 0.014 0.025 26 T 0.104 0.722 0.020 0.001 0.001 0.008 0.060 0.084 27 G 0.351 0.281 0.030 0.002 0.001 0.026 0.084 0.224 28 E 0.101 0.188 0.025 0.003 0.001 0.282 0.015 0.385 29 W 0.020 0.191 0.011 0.001 0.002 0.067 0.004 0.705 30 Q 0.016 0.265 0.008 0.001 0.002 0.184 0.002 0.522 31 K 0.014 0.449 0.004 0.001 0.001 0.309 0.001 0.222 32 F 0.009 0.963 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 33 L 0.006 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 34 D 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 M 0.044 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 36 L 0.240 0.668 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 0.016 37 T 0.080 0.726 0.040 0.007 0.004 0.015 0.070 0.059 38 E 0.056 0.156 0.037 0.006 0.003 0.032 0.055 0.656 39 D 0.143 0.129 0.193 0.014 0.007 0.049 0.067 0.398 40 F 0.319 0.060 0.290 0.042 0.013 0.056 0.034 0.185 41 T 0.030 0.099 0.386 0.123 0.058 0.117 0.007 0.180 42 F 0.051 0.067 0.376 0.108 0.156 0.064 0.007 0.171 43 W 0.063 0.047 0.304 0.090 0.143 0.047 0.008 0.297 44 F 0.020 0.025 0.263 0.143 0.180 0.089 0.005 0.274 45 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.003 0.001 0.980 46 M 0.028 0.008 0.051 0.064 0.152 0.162 0.008 0.528 47 G 0.143 0.006 0.030 0.033 0.046 0.113 0.011 0.617 48 E 0.057 0.007 0.011 0.009 0.017 0.047 0.006 0.846 49 F 0.085 0.022 0.044 0.030 0.049 0.133 0.012 0.624 50 H 0.107 0.020 0.026 0.022 0.037 0.143 0.013 0.633 51 G 0.139 0.034 0.039 0.038 0.075 0.137 0.017 0.521 52 L 0.129 0.043 0.059 0.033 0.054 0.095 0.009 0.578 53 N 0.048 0.077 0.062 0.065 0.082 0.131 0.007 0.527 54 V 0.060 0.063 0.040 0.028 0.064 0.139 0.007 0.598 55 G 0.063 0.085 0.034 0.019 0.049 0.169 0.007 0.575 56 K 0.058 0.124 0.023 0.019 0.033 0.127 0.006 0.609 57 E 0.022 0.191 0.012 0.006 0.011 0.150 0.003 0.605 58 R 0.035 0.451 0.008 0.002 0.007 0.143 0.004 0.351 59 A 0.036 0.865 0.005 0.001 0.004 0.018 0.003 0.068 60 K 0.031 0.920 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.037 61 E 0.011 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.035 62 F 0.022 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.035 63 F 0.017 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 64 T 0.020 0.922 0.013 0.002 0.001 0.006 0.006 0.030 65 Y 0.054 0.865 0.005 0.001 0.001 0.005 0.015 0.054 66 V 0.114 0.799 0.010 0.001 0.001 0.004 0.021 0.050 67 S 0.049 0.796 0.021 0.005 0.003 0.017 0.018 0.091 68 E 0.107 0.485 0.035 0.010 0.009 0.036 0.040 0.277 69 S 0.344 0.250 0.033 0.008 0.007 0.041 0.067 0.250 70 F 0.264 0.238 0.058 0.021 0.015 0.055 0.044 0.304 71 H 0.058 0.125 0.057 0.022 0.020 0.132 0.017 0.568 72 T 0.057 0.051 0.030 0.011 0.015 0.101 0.016 0.718 73 G 0.266 0.043 0.050 0.023 0.027 0.084 0.034 0.474 74 I 0.150 0.046 0.085 0.044 0.034 0.127 0.014 0.500 75 Q 0.043 0.051 0.084 0.117 0.139 0.102 0.006 0.457 76 I 0.060 0.051 0.078 0.088 0.189 0.064 0.006 0.464 77 S 0.050 0.045 0.088 0.154 0.228 0.056 0.006 0.373 78 S 0.045 0.030 0.078 0.092 0.155 0.097 0.010 0.492 79 L 0.050 0.027 0.093 0.123 0.181 0.078 0.008 0.440 80 D 0.031 0.025 0.071 0.191 0.267 0.137 0.009 0.270 81 R 0.064 0.027 0.066 0.188 0.229 0.125 0.010 0.291 82 V 0.057 0.042 0.096 0.229 0.295 0.059 0.008 0.214 83 T 0.027 0.030 0.056 0.277 0.357 0.048 0.006 0.198 84 S 0.027 0.021 0.046 0.189 0.293 0.078 0.007 0.340 85 N 0.024 0.014 0.037 0.116 0.181 0.132 0.011 0.485 86 E 0.041 0.004 0.018 0.023 0.037 0.137 0.020 0.719 87 T 0.147 0.007 0.030 0.052 0.043 0.470 0.043 0.208 88 T 0.225 0.012 0.064 0.080 0.091 0.232 0.035 0.262 89 V 0.018 0.005 0.090 0.385 0.380 0.043 0.002 0.077 90 V 0.002 0.002 0.083 0.335 0.509 0.016 0.001 0.053 91 F 0.001 0.001 0.048 0.430 0.495 0.005 0.001 0.020 92 E 0.001 0.003 0.074 0.274 0.581 0.012 0.001 0.055 93 F 0.002 0.002 0.038 0.332 0.580 0.009 0.001 0.036 94 R 0.005 0.006 0.053 0.279 0.518 0.031 0.002 0.106 95 D 0.012 0.008 0.044 0.227 0.423 0.046 0.005 0.236 96 E 0.035 0.015 0.045 0.122 0.290 0.114 0.017 0.362 97 G 0.113 0.019 0.046 0.175 0.254 0.095 0.022 0.277 98 L 0.098 0.023 0.049 0.210 0.226 0.078 0.014 0.303 99 F 0.035 0.029 0.072 0.294 0.261 0.059 0.006 0.245 100 L 0.015 0.012 0.040 0.134 0.252 0.029 0.005 0.513 101 G 0.051 0.016 0.055 0.097 0.267 0.079 0.016 0.421 102 K 0.155 0.006 0.081 0.198 0.154 0.156 0.007 0.244 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 Y 0.006 0.001 0.021 0.195 0.525 0.060 0.001 0.191 105 K 0.069 0.005 0.023 0.088 0.160 0.055 0.002 0.599 106 N 0.066 0.014 0.027 0.127 0.268 0.044 0.006 0.447 107 R 0.145 0.013 0.061 0.136 0.233 0.074 0.010 0.328 108 V 0.051 0.012 0.079 0.286 0.304 0.051 0.007 0.210 109 A 0.009 0.006 0.102 0.412 0.395 0.016 0.002 0.058 110 V 0.004 0.004 0.103 0.339 0.487 0.015 0.001 0.047 111 S 0.003 0.002 0.086 0.262 0.527 0.008 0.001 0.111 112 F 0.003 0.001 0.091 0.424 0.442 0.009 0.001 0.028 113 D 0.002 0.001 0.047 0.307 0.383 0.013 0.001 0.246 114 V 0.002 0.001 0.060 0.315 0.503 0.027 0.001 0.090 115 R 0.007 0.002 0.050 0.167 0.292 0.239 0.004 0.238 116 G 0.013 0.001 0.012 0.015 0.028 0.108 0.006 0.818 117 D 0.166 0.003 0.023 0.027 0.038 0.197 0.089 0.457 118 K 0.363 0.002 0.027 0.048 0.038 0.311 0.024 0.186 119 I 0.008 0.002 0.059 0.112 0.180 0.042 0.001 0.596 120 C 0.002 0.001 0.042 0.314 0.590 0.023 0.001 0.028 121 S 0.009 0.002 0.090 0.279 0.420 0.038 0.001 0.162 122 Y 0.004 0.004 0.108 0.249 0.486 0.029 0.001 0.119 123 R 0.006 0.005 0.075 0.302 0.448 0.058 0.001 0.105 124 E 0.015 0.010 0.056 0.173 0.314 0.087 0.004 0.341 125 Y 0.043 0.032 0.073 0.136 0.397 0.075 0.011 0.233 126 F 0.106 0.047 0.057 0.094 0.225 0.089 0.021 0.361 127 G 0.094 0.039 0.040 0.085 0.137 0.077 0.019 0.509 128 S 0.043 0.019 0.020 0.025 0.045 0.092 0.008 0.749 129 D 0.032 0.018 0.015 0.021 0.030 0.105 0.008 0.771 130 G 0.095 0.037 0.019 0.019 0.026 0.298 0.017 0.487 131 K 0.214 0.085 0.018 0.016 0.019 0.375 0.020 0.252 132 S 0.234 0.249 0.040 0.028 0.046 0.089 0.029 0.286 133 N 0.083 0.079 0.027 0.022 0.038 0.066 0.016 0.669