# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.144 0.052 0.014 0.243 0.015 0.037 0.103 0.068 0.098 0.061 2 M 0.115 0.195 0.077 0.034 0.188 0.031 0.046 0.089 0.076 0.091 0.059 3 T 0.057 0.316 0.185 0.039 0.182 0.022 0.036 0.066 0.040 0.028 0.029 4 H 0.112 0.098 0.047 0.018 0.133 0.021 0.050 0.168 0.113 0.167 0.074 5 Y 0.060 0.223 0.094 0.020 0.161 0.023 0.048 0.132 0.087 0.108 0.044 6 S 0.103 0.210 0.093 0.024 0.169 0.019 0.026 0.147 0.069 0.088 0.053 7 D 0.038 0.093 0.040 0.017 0.076 0.023 0.040 0.396 0.172 0.078 0.027 8 N 0.024 0.062 0.034 0.012 0.035 0.022 0.035 0.452 0.159 0.141 0.024 9 T 0.032 0.081 0.026 0.005 0.047 0.005 0.014 0.552 0.116 0.102 0.020 10 L 0.009 0.029 0.009 0.002 0.017 0.003 0.006 0.805 0.097 0.018 0.005 11 K 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.883 0.075 0.011 0.003 12 V 0.003 0.009 0.004 0.001 0.005 0.002 0.008 0.891 0.059 0.016 0.002 13 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.909 0.054 0.020 0.001 14 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.048 0.002 0.001 15 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.022 0.002 0.001 16 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.038 0.014 0.001 17 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.972 0.018 0.003 0.001 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.016 0.002 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.074 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.961 0.024 0.002 0.001 23 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.929 0.039 0.012 0.001 24 L 0.005 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.025 0.829 0.106 0.014 0.004 25 A 0.005 0.008 0.005 0.005 0.005 0.010 0.063 0.774 0.067 0.053 0.006 26 T 0.006 0.604 0.151 0.012 0.039 0.011 0.035 0.089 0.021 0.022 0.007 27 G 0.011 0.018 0.043 0.050 0.011 0.062 0.026 0.083 0.048 0.471 0.178 28 E 0.091 0.301 0.096 0.005 0.106 0.004 0.016 0.162 0.034 0.155 0.030 29 W 0.006 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.573 0.348 0.034 0.006 30 Q 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.838 0.142 0.004 0.001 31 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.925 0.047 0.016 0.001 32 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.853 0.087 0.052 0.001 33 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.844 0.140 0.004 0.001 34 D 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.016 0.765 0.183 0.020 0.001 35 M 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.039 0.716 0.139 0.090 0.002 36 L 0.024 0.031 0.010 0.005 0.031 0.015 0.037 0.272 0.215 0.346 0.015 37 T 0.035 0.107 0.056 0.026 0.075 0.031 0.102 0.347 0.160 0.049 0.012 38 E 0.017 0.032 0.042 0.018 0.031 0.052 0.191 0.397 0.151 0.055 0.012 39 D 0.084 0.054 0.034 0.012 0.089 0.026 0.135 0.118 0.090 0.303 0.055 40 F 0.278 0.139 0.009 0.003 0.431 0.004 0.009 0.028 0.019 0.040 0.042 41 T 0.208 0.127 0.014 0.006 0.479 0.016 0.025 0.045 0.016 0.020 0.046 42 F 0.235 0.116 0.017 0.002 0.559 0.003 0.006 0.013 0.005 0.007 0.035 43 W 0.266 0.105 0.028 0.022 0.334 0.028 0.036 0.032 0.020 0.056 0.073 44 F 0.100 0.230 0.260 0.028 0.264 0.010 0.008 0.016 0.012 0.015 0.058 45 P 0.122 0.141 0.039 0.018 0.168 0.029 0.079 0.148 0.118 0.084 0.054 46 M 0.032 0.118 0.092 0.102 0.059 0.073 0.112 0.078 0.111 0.184 0.039 47 G 0.041 0.181 0.307 0.215 0.087 0.016 0.012 0.025 0.032 0.056 0.028 48 E 0.071 0.125 0.099 0.032 0.115 0.028 0.079 0.179 0.142 0.090 0.040 49 F 0.100 0.109 0.068 0.030 0.136 0.042 0.071 0.130 0.106 0.140 0.067 50 H 0.038 0.146 0.095 0.124 0.070 0.085 0.098 0.103 0.086 0.116 0.038 51 G 0.046 0.107 0.298 0.175 0.065 0.020 0.012 0.060 0.054 0.119 0.046 52 L 0.062 0.102 0.037 0.009 0.144 0.016 0.060 0.316 0.155 0.070 0.029 53 N 0.143 0.110 0.054 0.017 0.134 0.020 0.056 0.196 0.053 0.122 0.096 54 V 0.019 0.159 0.111 0.109 0.037 0.100 0.053 0.157 0.048 0.172 0.035 55 G 0.027 0.159 0.328 0.149 0.039 0.015 0.005 0.142 0.029 0.088 0.019 56 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.849 0.126 0.007 0.001 57 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.929 0.060 0.003 0.001 58 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.038 0.008 0.001 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.060 0.020 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.057 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.968 0.019 0.002 0.001 62 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.927 0.048 0.016 0.001 63 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.848 0.127 0.012 0.002 64 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.852 0.117 0.007 0.001 65 Y 0.005 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.050 0.844 0.054 0.030 0.001 66 V 0.014 0.019 0.007 0.002 0.018 0.006 0.025 0.636 0.178 0.088 0.008 67 S 0.017 0.024 0.008 0.004 0.022 0.010 0.024 0.637 0.209 0.036 0.008 68 E 0.010 0.022 0.011 0.005 0.023 0.013 0.056 0.608 0.179 0.066 0.008 69 S 0.049 0.052 0.028 0.006 0.078 0.013 0.094 0.374 0.119 0.165 0.023 70 F 0.106 0.133 0.056 0.014 0.146 0.018 0.052 0.212 0.096 0.114 0.054 71 H 0.081 0.075 0.059 0.044 0.088 0.056 0.086 0.278 0.113 0.076 0.044 72 T 0.035 0.167 0.110 0.089 0.059 0.077 0.125 0.126 0.081 0.105 0.026 73 G 0.087 0.093 0.105 0.097 0.103 0.030 0.025 0.050 0.046 0.249 0.116 74 I 0.172 0.209 0.030 0.008 0.359 0.012 0.024 0.062 0.044 0.039 0.040 75 Q 0.137 0.238 0.050 0.009 0.400 0.018 0.028 0.036 0.020 0.022 0.045 76 I 0.299 0.125 0.029 0.010 0.382 0.009 0.013 0.022 0.016 0.029 0.066 77 S 0.165 0.204 0.052 0.024 0.355 0.034 0.034 0.034 0.025 0.032 0.042 78 S 0.192 0.189 0.074 0.010 0.404 0.011 0.016 0.022 0.013 0.018 0.051 79 L 0.276 0.103 0.018 0.011 0.303 0.015 0.016 0.065 0.071 0.065 0.058 80 D 0.129 0.151 0.040 0.024 0.285 0.054 0.073 0.096 0.074 0.038 0.036 81 R 0.257 0.110 0.031 0.007 0.408 0.007 0.016 0.043 0.029 0.035 0.057 82 V 0.223 0.151 0.034 0.010 0.384 0.011 0.025 0.046 0.025 0.042 0.050 83 T 0.233 0.169 0.093 0.013 0.321 0.013 0.017 0.026 0.017 0.022 0.076 84 S 0.083 0.125 0.073 0.150 0.100 0.120 0.062 0.093 0.069 0.084 0.042 85 N 0.012 0.095 0.159 0.339 0.028 0.091 0.150 0.062 0.034 0.022 0.009 86 E 0.036 0.015 0.022 0.059 0.015 0.050 0.046 0.051 0.074 0.516 0.116 87 T 0.047 0.446 0.061 0.020 0.212 0.025 0.053 0.024 0.022 0.060 0.030 88 T 0.382 0.052 0.004 0.002 0.479 0.004 0.003 0.004 0.003 0.021 0.046 89 V 0.117 0.127 0.002 0.001 0.744 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 90 V 0.322 0.027 0.004 0.001 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 91 F 0.283 0.090 0.008 0.002 0.569 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.037 92 E 0.233 0.129 0.033 0.006 0.452 0.009 0.012 0.008 0.004 0.011 0.102 93 F 0.256 0.183 0.030 0.008 0.357 0.009 0.010 0.014 0.011 0.030 0.093 94 R 0.159 0.183 0.085 0.042 0.281 0.040 0.040 0.049 0.035 0.035 0.051 95 D 0.129 0.085 0.059 0.056 0.144 0.067 0.093 0.153 0.100 0.074 0.041 96 E 0.070 0.113 0.062 0.069 0.103 0.068 0.092 0.128 0.097 0.152 0.047 97 G 0.094 0.216 0.087 0.049 0.252 0.020 0.018 0.068 0.048 0.078 0.070 98 L 0.177 0.159 0.060 0.014 0.242 0.016 0.040 0.122 0.059 0.048 0.063 99 F 0.136 0.090 0.074 0.069 0.152 0.091 0.057 0.110 0.054 0.086 0.081 100 L 0.028 0.291 0.153 0.144 0.076 0.093 0.095 0.043 0.027 0.033 0.016 101 G 0.033 0.027 0.050 0.220 0.024 0.037 0.021 0.028 0.035 0.421 0.104 102 K 0.033 0.337 0.414 0.042 0.108 0.006 0.008 0.013 0.012 0.015 0.013 103 P 0.166 0.265 0.076 0.012 0.247 0.014 0.024 0.050 0.054 0.030 0.063 104 Y 0.103 0.245 0.066 0.027 0.242 0.039 0.084 0.068 0.064 0.028 0.033 105 K 0.198 0.061 0.042 0.036 0.164 0.045 0.077 0.063 0.062 0.156 0.095 106 N 0.190 0.162 0.045 0.026 0.332 0.023 0.026 0.035 0.037 0.065 0.060 107 R 0.209 0.137 0.025 0.023 0.390 0.031 0.046 0.030 0.024 0.044 0.041 108 V 0.359 0.062 0.007 0.006 0.483 0.007 0.009 0.006 0.005 0.018 0.039 109 A 0.297 0.060 0.003 0.003 0.606 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.015 110 V 0.211 0.053 0.006 0.002 0.703 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 111 S 0.458 0.030 0.003 0.001 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 112 F 0.164 0.166 0.020 0.001 0.604 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 113 D 0.256 0.153 0.027 0.001 0.489 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 114 V 0.458 0.092 0.023 0.014 0.192 0.032 0.023 0.020 0.016 0.035 0.094 115 R 0.008 0.021 0.046 0.347 0.013 0.380 0.088 0.029 0.025 0.037 0.009 116 G 0.007 0.046 0.055 0.601 0.012 0.093 0.090 0.042 0.018 0.030 0.006 117 D 0.020 0.017 0.031 0.099 0.011 0.037 0.010 0.031 0.039 0.612 0.093 118 K 0.038 0.532 0.068 0.008 0.231 0.015 0.021 0.033 0.020 0.016 0.017 119 I 0.435 0.053 0.011 0.004 0.311 0.005 0.008 0.050 0.020 0.041 0.062 120 C 0.105 0.263 0.061 0.018 0.313 0.032 0.048 0.089 0.028 0.016 0.027 121 S 0.161 0.240 0.095 0.005 0.294 0.008 0.013 0.077 0.014 0.018 0.075 122 Y 0.129 0.102 0.011 0.005 0.158 0.007 0.008 0.283 0.167 0.086 0.045 123 R 0.048 0.090 0.021 0.010 0.164 0.020 0.035 0.378 0.200 0.019 0.016 124 E 0.098 0.054 0.017 0.006 0.138 0.009 0.091 0.388 0.120 0.056 0.022 125 Y 0.125 0.037 0.020 0.012 0.100 0.015 0.109 0.226 0.090 0.209 0.055 126 F 0.040 0.244 0.074 0.067 0.142 0.062 0.073 0.088 0.068 0.105 0.036 127 G 0.110 0.149 0.201 0.092 0.150 0.017 0.014 0.067 0.045 0.085 0.070 128 S 0.028 0.049 0.023 0.008 0.063 0.013 0.034 0.339 0.355 0.073 0.016 129 D 0.031 0.121 0.044 0.022 0.057 0.040 0.076 0.261 0.205 0.117 0.025 130 G 0.065 0.062 0.038 0.025 0.081 0.019 0.039 0.189 0.121 0.276 0.085 131 K 0.101 0.134 0.068 0.019 0.160 0.021 0.040 0.161 0.094 0.146 0.055 132 S 0.077 0.181 0.087 0.043 0.131 0.040 0.060 0.153 0.091 0.093 0.043 133 N 0.096 0.164 0.112 0.046 0.168 0.029 0.035 0.123 0.079 0.097 0.052