# TARGET T0451 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0451.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 381 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.545 0.206 0.148 0.058 0.031 0.011 0.001 2 M 0.314 0.175 0.162 0.193 0.108 0.044 0.004 3 T 0.588 0.216 0.121 0.052 0.017 0.006 0.001 4 H 0.557 0.246 0.124 0.047 0.019 0.007 0.001 5 Y 0.315 0.193 0.173 0.187 0.095 0.033 0.003 6 S 0.491 0.253 0.138 0.073 0.032 0.012 0.001 7 D 0.509 0.236 0.128 0.087 0.030 0.009 0.001 8 N 0.438 0.236 0.177 0.090 0.041 0.016 0.001 9 T 0.241 0.223 0.206 0.160 0.114 0.051 0.005 10 L 0.126 0.155 0.230 0.282 0.153 0.049 0.004 11 K 0.411 0.355 0.156 0.055 0.016 0.007 0.001 12 V 0.055 0.152 0.273 0.278 0.183 0.054 0.005 13 A 0.015 0.032 0.063 0.163 0.335 0.342 0.050 14 H 0.031 0.155 0.307 0.313 0.148 0.041 0.005 15 Q 0.057 0.266 0.344 0.217 0.087 0.025 0.004 16 G 0.003 0.012 0.036 0.102 0.276 0.468 0.104 17 F 0.001 0.004 0.015 0.070 0.257 0.490 0.162 18 E 0.013 0.135 0.299 0.288 0.171 0.076 0.018 19 F 0.006 0.049 0.141 0.319 0.292 0.153 0.039 20 F 0.002 0.007 0.013 0.037 0.148 0.577 0.216 21 T 0.006 0.027 0.078 0.218 0.328 0.269 0.075 22 Q 0.067 0.295 0.318 0.196 0.084 0.033 0.007 23 G 0.030 0.083 0.198 0.300 0.238 0.137 0.014 24 L 0.034 0.053 0.098 0.207 0.336 0.240 0.033 25 A 0.191 0.372 0.240 0.127 0.052 0.017 0.001 26 T 0.324 0.344 0.190 0.098 0.036 0.007 0.001 27 G 0.251 0.351 0.181 0.148 0.051 0.017 0.001 28 E 0.168 0.282 0.230 0.184 0.103 0.031 0.003 29 W 0.046 0.091 0.184 0.323 0.255 0.095 0.006 30 Q 0.227 0.354 0.244 0.124 0.040 0.010 0.001 31 K 0.057 0.243 0.254 0.268 0.141 0.034 0.004 32 F 0.011 0.018 0.042 0.103 0.278 0.463 0.086 33 L 0.010 0.047 0.128 0.286 0.287 0.209 0.034 34 D 0.061 0.247 0.305 0.229 0.103 0.043 0.011 35 M 0.010 0.034 0.088 0.167 0.295 0.328 0.078 36 L 0.005 0.013 0.025 0.069 0.181 0.465 0.241 37 T 0.016 0.065 0.136 0.252 0.280 0.188 0.063 38 E 0.057 0.203 0.233 0.244 0.145 0.082 0.036 39 D 0.018 0.079 0.174 0.235 0.239 0.189 0.065 40 F 0.004 0.009 0.017 0.059 0.219 0.479 0.213 41 T 0.021 0.079 0.142 0.247 0.243 0.177 0.091 42 F 0.013 0.024 0.032 0.063 0.146 0.411 0.310 43 W 0.031 0.078 0.111 0.210 0.223 0.227 0.121 44 F 0.038 0.052 0.072 0.136 0.207 0.291 0.204 45 P 0.068 0.099 0.114 0.163 0.219 0.222 0.115 46 M 0.125 0.153 0.153 0.191 0.156 0.157 0.065 47 G 0.191 0.180 0.177 0.180 0.151 0.087 0.033 48 E 0.391 0.294 0.140 0.093 0.042 0.029 0.011 49 F 0.169 0.128 0.149 0.189 0.208 0.127 0.030 50 H 0.191 0.170 0.172 0.181 0.144 0.112 0.030 51 G 0.138 0.172 0.184 0.194 0.161 0.116 0.035 52 L 0.102 0.126 0.190 0.210 0.198 0.139 0.035 53 N 0.086 0.150 0.177 0.210 0.184 0.157 0.036 54 V 0.052 0.129 0.280 0.252 0.176 0.098 0.012 55 G 0.020 0.041 0.067 0.145 0.354 0.314 0.059 56 K 0.020 0.089 0.251 0.311 0.219 0.094 0.016 57 E 0.161 0.450 0.232 0.113 0.031 0.011 0.002 58 R 0.010 0.090 0.290 0.394 0.181 0.033 0.003 59 A 0.001 0.002 0.005 0.035 0.312 0.575 0.070 60 K 0.008 0.102 0.312 0.377 0.159 0.039 0.004 61 E 0.045 0.348 0.348 0.177 0.061 0.018 0.003 62 F 0.003 0.023 0.076 0.239 0.329 0.298 0.033 63 F 0.002 0.007 0.023 0.106 0.342 0.423 0.098 64 T 0.036 0.300 0.349 0.200 0.082 0.029 0.004 65 Y 0.020 0.103 0.226 0.352 0.212 0.077 0.011 66 V 0.009 0.024 0.042 0.106 0.285 0.454 0.081 67 S 0.034 0.114 0.213 0.311 0.221 0.091 0.016 68 E 0.215 0.392 0.215 0.116 0.044 0.016 0.003 69 S 0.089 0.174 0.237 0.256 0.162 0.073 0.009 70 F 0.081 0.092 0.126 0.230 0.282 0.162 0.027 71 H 0.285 0.308 0.200 0.133 0.051 0.020 0.003 72 T 0.450 0.271 0.146 0.079 0.038 0.015 0.003 73 G 0.212 0.228 0.184 0.182 0.119 0.065 0.011 74 I 0.180 0.176 0.190 0.202 0.146 0.088 0.018 75 Q 0.181 0.200 0.174 0.179 0.142 0.101 0.024 76 I 0.124 0.149 0.196 0.206 0.168 0.122 0.034 77 S 0.088 0.115 0.140 0.194 0.217 0.186 0.059 78 S 0.119 0.202 0.232 0.214 0.125 0.077 0.030 79 L 0.046 0.052 0.076 0.150 0.277 0.301 0.099 80 D 0.063 0.133 0.201 0.249 0.201 0.127 0.027 81 R 0.075 0.177 0.212 0.231 0.175 0.111 0.020 82 V 0.051 0.086 0.144 0.225 0.247 0.223 0.024 83 T 0.072 0.116 0.183 0.264 0.243 0.112 0.010 84 S 0.186 0.277 0.252 0.196 0.071 0.017 0.001 85 N 0.489 0.300 0.146 0.046 0.016 0.004 0.001 86 E 0.466 0.338 0.132 0.048 0.011 0.004 0.001 87 T 0.204 0.288 0.263 0.152 0.071 0.021 0.002 88 T 0.013 0.076 0.181 0.333 0.299 0.091 0.006 89 V 0.002 0.007 0.024 0.071 0.251 0.528 0.117 90 V 0.002 0.004 0.013 0.029 0.089 0.454 0.409 91 F 0.003 0.008 0.017 0.046 0.106 0.392 0.427 92 E 0.005 0.016 0.041 0.110 0.211 0.300 0.317 93 F 0.005 0.010 0.021 0.056 0.162 0.390 0.356 94 R 0.030 0.086 0.141 0.204 0.206 0.222 0.111 95 D 0.060 0.120 0.138 0.215 0.225 0.190 0.052 96 E 0.190 0.218 0.227 0.180 0.103 0.064 0.017 97 G 0.134 0.130 0.135 0.187 0.211 0.168 0.034 98 L 0.199 0.238 0.215 0.179 0.107 0.053 0.008 99 F 0.209 0.157 0.167 0.198 0.166 0.090 0.012 100 L 0.323 0.261 0.189 0.134 0.064 0.025 0.004 101 G 0.376 0.278 0.159 0.113 0.050 0.021 0.003 102 K 0.382 0.253 0.175 0.113 0.055 0.019 0.003 103 P 0.249 0.315 0.186 0.149 0.066 0.030 0.004 104 Y 0.048 0.080 0.136 0.267 0.306 0.144 0.019 105 K 0.099 0.234 0.273 0.224 0.095 0.058 0.018 106 N 0.014 0.045 0.090 0.184 0.305 0.290 0.072 107 R 0.011 0.059 0.111 0.214 0.280 0.237 0.088 108 V 0.001 0.005 0.012 0.037 0.118 0.431 0.397 109 A 0.001 0.003 0.010 0.022 0.078 0.400 0.486 110 V 0.001 0.003 0.007 0.031 0.108 0.466 0.385 111 S 0.002 0.005 0.019 0.053 0.163 0.363 0.396 112 F 0.001 0.002 0.005 0.016 0.067 0.578 0.330 113 D 0.006 0.067 0.239 0.412 0.205 0.063 0.009 114 V 0.004 0.010 0.038 0.200 0.467 0.261 0.019 115 R 0.184 0.367 0.292 0.111 0.036 0.009 0.001 116 G 0.562 0.315 0.088 0.029 0.005 0.001 0.001 117 D 0.464 0.300 0.170 0.047 0.016 0.002 0.001 118 K 0.152 0.374 0.246 0.162 0.053 0.013 0.001 119 I 0.027 0.063 0.135 0.259 0.356 0.155 0.006 120 C 0.095 0.222 0.264 0.260 0.115 0.041 0.003 121 S 0.076 0.218 0.287 0.235 0.137 0.042 0.005 122 Y 0.032 0.059 0.116 0.218 0.321 0.223 0.030 123 R 0.049 0.129 0.205 0.305 0.192 0.101 0.020 124 E 0.146 0.302 0.298 0.153 0.066 0.030 0.006 125 Y 0.051 0.083 0.115 0.222 0.283 0.210 0.037 126 F 0.066 0.120 0.135 0.232 0.242 0.174 0.030 127 G 0.219 0.286 0.217 0.164 0.074 0.034 0.006 128 S 0.216 0.189 0.167 0.193 0.151 0.075 0.009 129 D 0.320 0.294 0.184 0.121 0.053 0.024 0.004 130 G 0.479 0.253 0.133 0.085 0.037 0.011 0.002 131 K 0.578 0.241 0.096 0.057 0.022 0.006 0.001 132 S 0.480 0.226 0.138 0.100 0.042 0.012 0.001 133 N 0.711 0.187 0.072 0.022 0.007 0.002 0.001