# TARGET T0449 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 399 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.001 0.003 0.003 0.124 0.803 2 D 0.534 0.016 0.003 0.006 0.044 0.395 3 Y 0.842 0.013 0.001 0.006 0.017 0.120 4 T 0.928 0.004 0.004 0.006 0.020 0.039 5 I 0.922 0.007 0.004 0.004 0.027 0.036 6 E 0.713 0.007 0.025 0.011 0.163 0.080 7 N 0.149 0.007 0.080 0.026 0.646 0.091 8 N 0.047 0.003 0.066 0.018 0.782 0.084 9 M 0.171 0.007 0.026 0.006 0.619 0.173 10 I 0.735 0.008 0.003 0.003 0.105 0.146 11 K 0.957 0.003 0.001 0.001 0.010 0.029 12 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 13 V 0.979 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 14 I 0.961 0.003 0.001 0.003 0.013 0.019 15 S 0.682 0.004 0.011 0.014 0.215 0.075 16 D 0.158 0.004 0.046 0.028 0.676 0.088 17 H 0.093 0.007 0.046 0.021 0.740 0.094 18 G 0.267 0.014 0.011 0.003 0.546 0.159 19 A 0.760 0.005 0.001 0.001 0.072 0.161 20 E 0.969 0.003 0.001 0.001 0.008 0.020 21 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 22 Q 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 23 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 24 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 25 K 0.957 0.004 0.001 0.001 0.017 0.021 26 S 0.788 0.009 0.004 0.002 0.148 0.049 27 A 0.171 0.007 0.019 0.009 0.688 0.106 28 H 0.060 0.005 0.028 0.011 0.815 0.082 29 T 0.151 0.015 0.034 0.023 0.662 0.114 30 D 0.415 0.022 0.019 0.031 0.227 0.287 31 E 0.700 0.015 0.009 0.023 0.080 0.172 32 E 0.802 0.015 0.008 0.021 0.053 0.101 33 F 0.746 0.022 0.014 0.031 0.072 0.115 34 M 0.641 0.018 0.031 0.047 0.140 0.123 35 W 0.432 0.007 0.052 0.062 0.249 0.197 36 Q 0.208 0.009 0.055 0.052 0.435 0.241 37 A 0.111 0.022 0.055 0.036 0.509 0.268 38 N 0.062 0.017 0.041 0.029 0.500 0.351 39 P 0.039 0.017 0.196 0.065 0.468 0.216 40 E 0.043 0.019 0.225 0.081 0.429 0.204 41 I 0.044 0.020 0.260 0.096 0.409 0.171 42 W 0.046 0.026 0.131 0.108 0.484 0.204 43 G 0.061 0.014 0.080 0.048 0.552 0.245 44 R 0.083 0.013 0.040 0.013 0.583 0.268 45 H 0.115 0.024 0.038 0.005 0.510 0.308 46 A 0.279 0.017 0.019 0.002 0.329 0.354 47 P 0.397 0.005 0.025 0.002 0.185 0.386 48 V 0.718 0.024 0.016 0.001 0.084 0.157 49 L 0.860 0.025 0.005 0.001 0.034 0.076 50 F 0.777 0.005 0.003 0.001 0.051 0.163 51 P 0.710 0.008 0.005 0.001 0.107 0.169 52 I 0.581 0.025 0.014 0.002 0.232 0.146 53 V 0.410 0.022 0.021 0.004 0.294 0.248 54 G 0.264 0.033 0.025 0.004 0.439 0.235 55 R 0.308 0.049 0.027 0.005 0.366 0.245 56 L 0.255 0.077 0.028 0.007 0.472 0.160 57 K 0.155 0.015 0.028 0.007 0.697 0.099 58 N 0.062 0.002 0.023 0.004 0.846 0.063 59 D 0.130 0.010 0.018 0.006 0.742 0.095 60 E 0.620 0.025 0.008 0.005 0.224 0.118 61 Y 0.867 0.020 0.004 0.003 0.058 0.047 62 T 0.865 0.012 0.003 0.003 0.082 0.036 63 Y 0.633 0.018 0.007 0.003 0.304 0.035 64 K 0.105 0.002 0.013 0.004 0.835 0.040 65 G 0.082 0.003 0.016 0.007 0.850 0.042 66 K 0.473 0.030 0.010 0.011 0.329 0.148 67 T 0.741 0.023 0.003 0.008 0.073 0.153 68 Y 0.760 0.030 0.002 0.006 0.051 0.153 69 H 0.568 0.044 0.005 0.010 0.107 0.265 70 L 0.298 0.018 0.048 0.024 0.297 0.315 71 G 0.216 0.010 0.124 0.025 0.390 0.235 72 Q 0.151 0.011 0.121 0.029 0.444 0.244 73 H 0.207 0.027 0.070 0.034 0.431 0.231 74 G 0.267 0.040 0.041 0.037 0.321 0.294 75 F 0.247 0.038 0.080 0.050 0.325 0.259 76 A 0.204 0.028 0.129 0.052 0.476 0.112 77 R 0.175 0.014 0.095 0.051 0.492 0.172 78 N 0.150 0.015 0.031 0.016 0.606 0.182 79 A 0.139 0.016 0.022 0.011 0.562 0.250 80 D 0.239 0.007 0.011 0.005 0.283 0.454 81 F 0.726 0.014 0.006 0.005 0.098 0.152 82 E 0.903 0.004 0.002 0.003 0.025 0.064 83 V 0.953 0.004 0.001 0.002 0.009 0.031 84 E 0.941 0.002 0.002 0.002 0.014 0.040 85 N 0.888 0.004 0.002 0.002 0.031 0.074 86 H 0.626 0.011 0.004 0.002 0.120 0.237 87 T 0.272 0.025 0.004 0.001 0.554 0.144 88 K 0.042 0.003 0.016 0.002 0.872 0.064 89 E 0.053 0.004 0.024 0.004 0.855 0.061 90 S 0.506 0.014 0.010 0.003 0.399 0.068 91 I 0.861 0.003 0.001 0.002 0.042 0.091 92 T 0.967 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 93 F 0.983 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 94 L 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 95 L 0.919 0.003 0.001 0.001 0.015 0.062 96 K 0.655 0.016 0.001 0.001 0.059 0.267 97 D 0.138 0.032 0.001 0.001 0.119 0.710 98 N 0.006 0.002 0.001 0.002 0.112 0.878 99 E 0.002 0.001 0.248 0.508 0.195 0.046 100 E 0.003 0.001 0.213 0.573 0.192 0.018 101 T 0.004 0.001 0.305 0.483 0.196 0.011 102 R 0.018 0.003 0.103 0.538 0.222 0.116 103 K 0.053 0.015 0.068 0.448 0.273 0.142 104 V 0.105 0.067 0.062 0.308 0.273 0.186 105 Y 0.119 0.046 0.032 0.045 0.452 0.307 106 P 0.092 0.007 0.033 0.015 0.531 0.322 107 F 0.129 0.008 0.030 0.008 0.511 0.314 108 K 0.375 0.013 0.007 0.001 0.255 0.350 109 F 0.898 0.005 0.001 0.001 0.018 0.079 110 E 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 111 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 112 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 113 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 114 N 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 115 Y 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 116 N 0.990 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 117 L 0.978 0.002 0.001 0.001 0.009 0.011 118 M 0.845 0.007 0.001 0.001 0.127 0.020 119 N 0.077 0.001 0.011 0.001 0.890 0.020 120 N 0.062 0.002 0.016 0.002 0.893 0.025 121 L 0.628 0.012 0.004 0.001 0.316 0.038 122 L 0.950 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 123 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 124 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 N 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 126 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 127 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 128 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.009 0.033 129 V 0.888 0.008 0.001 0.001 0.030 0.073 130 N 0.610 0.031 0.002 0.001 0.268 0.087 131 K 0.133 0.005 0.016 0.004 0.727 0.116 132 S 0.035 0.004 0.016 0.005 0.851 0.089 133 D 0.126 0.022 0.023 0.007 0.696 0.127 134 E 0.281 0.033 0.006 0.006 0.238 0.435 135 T 0.448 0.049 0.008 0.006 0.149 0.339 136 M 0.465 0.022 0.008 0.006 0.161 0.338 137 I 0.517 0.011 0.012 0.010 0.121 0.329 138 F 0.629 0.029 0.021 0.013 0.092 0.216 139 G 0.739 0.022 0.020 0.014 0.099 0.106 140 V 0.645 0.011 0.032 0.014 0.154 0.143 141 G 0.376 0.018 0.035 0.015 0.360 0.196 142 G 0.225 0.030 0.036 0.014 0.408 0.287 143 H 0.140 0.012 0.051 0.013 0.525 0.258 144 P 0.144 0.010 0.101 0.019 0.498 0.228 145 G 0.256 0.026 0.173 0.028 0.371 0.146 146 F 0.420 0.027 0.105 0.031 0.295 0.122 147 N 0.457 0.028 0.033 0.020 0.220 0.242 148 L 0.345 0.021 0.024 0.016 0.263 0.331 149 P 0.201 0.015 0.047 0.023 0.503 0.211 150 T 0.087 0.013 0.100 0.058 0.591 0.151 151 D 0.084 0.013 0.153 0.102 0.542 0.106 152 H 0.081 0.010 0.131 0.162 0.474 0.142 153 G 0.154 0.007 0.060 0.183 0.374 0.223 154 E 0.357 0.027 0.027 0.146 0.212 0.231 155 N 0.485 0.028 0.019 0.112 0.131 0.224 156 K 0.498 0.015 0.042 0.153 0.152 0.139 157 E 0.340 0.009 0.063 0.220 0.212 0.156 158 D 0.221 0.007 0.069 0.254 0.258 0.191 159 F 0.222 0.011 0.071 0.305 0.230 0.162 160 Y 0.250 0.016 0.073 0.298 0.184 0.178 161 F 0.241 0.013 0.079 0.345 0.166 0.156 162 D 0.219 0.014 0.054 0.315 0.185 0.212 163 M 0.178 0.016 0.041 0.308 0.194 0.263 164 H 0.144 0.013 0.052 0.283 0.247 0.260 165 P 0.089 0.009 0.101 0.330 0.266 0.205 166 S 0.095 0.011 0.122 0.294 0.297 0.181 167 V 0.112 0.012 0.095 0.280 0.293 0.208 168 T 0.124 0.018 0.054 0.241 0.259 0.305 169 R 0.124 0.016 0.049 0.215 0.255 0.341 170 V 0.132 0.015 0.052 0.222 0.229 0.350 171 R 0.134 0.018 0.062 0.234 0.228 0.324 172 I 0.144 0.019 0.059 0.193 0.268 0.317 173 P 0.147 0.017 0.060 0.166 0.284 0.325 174 L 0.110 0.018 0.049 0.128 0.323 0.372 175 K 0.081 0.021 0.053 0.097 0.366 0.382 176 D 0.057 0.015 0.061 0.097 0.412 0.358 177 A 0.057 0.015 0.068 0.090 0.417 0.355 178 S 0.071 0.024 0.076 0.098 0.408 0.324 179 L 0.097 0.025 0.068 0.105 0.346 0.359 180 D 0.126 0.028 0.062 0.122 0.302 0.359 181 W 0.112 0.020 0.063 0.135 0.319 0.351 182 N 0.103 0.018 0.052 0.125 0.302 0.401 183 N 0.103 0.022 0.070 0.151 0.304 0.351 184 R 0.082 0.016 0.063 0.140 0.322 0.377 185 S 0.077 0.019 0.056 0.119 0.325 0.405 186 L 0.080 0.022 0.056 0.138 0.329 0.375 187 A 0.071 0.021 0.070 0.169 0.328 0.342 188 P 0.065 0.015 0.089 0.168 0.392 0.271 189 T 0.052 0.009 0.104 0.179 0.419 0.238 190 D 0.050 0.012 0.092 0.185 0.410 0.251 191 S 0.078 0.017 0.068 0.179 0.342 0.317 192 L 0.120 0.025 0.051 0.184 0.250 0.371 193 I 0.153 0.025 0.047 0.192 0.217 0.365 194 A 0.167 0.027 0.044 0.189 0.222 0.351 195 L 0.127 0.017 0.049 0.194 0.259 0.355 196 S 0.078 0.009 0.062 0.174 0.327 0.350 197 D 0.061 0.010 0.110 0.208 0.360 0.251 198 D 0.076 0.013 0.113 0.232 0.350 0.216 199 L 0.105 0.021 0.093 0.235 0.314 0.233 200 F 0.113 0.020 0.047 0.198 0.322 0.300 201 K 0.085 0.014 0.044 0.239 0.344 0.274 202 D 0.055 0.008 0.047 0.300 0.335 0.255 203 D 0.058 0.008 0.063 0.390 0.271 0.210 204 A 0.122 0.014 0.076 0.512 0.171 0.106 205 L 0.165 0.009 0.066 0.525 0.131 0.103 206 I 0.209 0.007 0.070 0.511 0.112 0.092 207 Y 0.243 0.007 0.061 0.477 0.121 0.091 208 E 0.242 0.008 0.047 0.431 0.148 0.124 209 L 0.235 0.015 0.037 0.291 0.231 0.191 210 R 0.203 0.021 0.038 0.124 0.342 0.272 211 G 0.128 0.014 0.041 0.056 0.492 0.269 212 N 0.066 0.012 0.054 0.043 0.584 0.241 213 D 0.072 0.008 0.046 0.022 0.583 0.269 214 N 0.199 0.014 0.044 0.019 0.465 0.259 215 K 0.488 0.010 0.023 0.014 0.203 0.262 216 V 0.850 0.006 0.008 0.006 0.049 0.081 217 S 0.941 0.003 0.003 0.003 0.018 0.034 218 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 219 R 0.963 0.003 0.001 0.001 0.013 0.019 220 T 0.904 0.009 0.003 0.001 0.046 0.037 221 D 0.288 0.008 0.029 0.006 0.623 0.047 222 K 0.022 0.002 0.085 0.011 0.857 0.023 223 N 0.019 0.004 0.095 0.013 0.845 0.024 224 K 0.117 0.010 0.034 0.009 0.720 0.110 225 F 0.577 0.010 0.004 0.003 0.114 0.292 226 H 0.941 0.005 0.001 0.001 0.014 0.038 227 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 228 N 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 229 V 0.968 0.002 0.001 0.002 0.010 0.016 230 W 0.881 0.005 0.003 0.005 0.044 0.063 231 T 0.473 0.008 0.025 0.010 0.283 0.200 232 R 0.075 0.007 0.042 0.010 0.609 0.257 233 D 0.039 0.010 0.029 0.005 0.610 0.306 234 A 0.072 0.026 0.050 0.006 0.673 0.171 235 P 0.120 0.008 0.047 0.008 0.548 0.270 236 F 0.409 0.005 0.052 0.012 0.366 0.155 237 V 0.860 0.009 0.008 0.005 0.076 0.042 238 G 0.943 0.003 0.001 0.003 0.017 0.032 239 I 0.971 0.002 0.001 0.002 0.007 0.018 240 W 0.933 0.004 0.001 0.002 0.015 0.045 241 S 0.690 0.009 0.002 0.006 0.088 0.205 242 Q 0.294 0.011 0.009 0.010 0.223 0.453 243 Y 0.076 0.028 0.014 0.011 0.346 0.525 244 P 0.029 0.012 0.037 0.011 0.550 0.361 245 K 0.022 0.010 0.055 0.018 0.583 0.312 246 T 0.025 0.021 0.054 0.014 0.572 0.314 247 D 0.041 0.034 0.075 0.009 0.625 0.217 248 N 0.058 0.004 0.062 0.009 0.384 0.483 249 Y 0.446 0.020 0.065 0.013 0.221 0.235 250 V 0.772 0.034 0.012 0.007 0.068 0.107 251 C 0.829 0.011 0.005 0.009 0.038 0.108 252 I 0.792 0.010 0.005 0.009 0.042 0.144 253 E 0.564 0.015 0.006 0.014 0.091 0.310 254 P 0.278 0.016 0.013 0.017 0.268 0.408 255 W 0.146 0.023 0.021 0.019 0.459 0.332 256 W 0.076 0.031 0.031 0.016 0.507 0.339 257 G 0.042 0.030 0.018 0.011 0.541 0.358 258 I 0.040 0.032 0.060 0.025 0.615 0.228 259 A 0.037 0.027 0.121 0.054 0.581 0.181 260 D 0.028 0.018 0.144 0.060 0.643 0.106 261 R 0.065 0.027 0.102 0.106 0.581 0.119 262 D 0.088 0.051 0.057 0.160 0.389 0.255 263 D 0.069 0.043 0.030 0.106 0.443 0.309 264 A 0.038 0.012 0.064 0.184 0.402 0.300 265 D 0.027 0.010 0.083 0.203 0.415 0.261 266 G 0.018 0.009 0.123 0.282 0.414 0.155 267 D 0.021 0.011 0.133 0.429 0.271 0.135 268 L 0.020 0.007 0.165 0.481 0.246 0.082 269 E 0.035 0.015 0.172 0.442 0.247 0.089 270 H 0.034 0.010 0.102 0.362 0.326 0.166 271 K 0.049 0.019 0.051 0.120 0.476 0.284 272 Y 0.067 0.010 0.062 0.070 0.468 0.323 273 G 0.182 0.004 0.052 0.029 0.453 0.280 274 M 0.487 0.027 0.036 0.018 0.188 0.244 275 N 0.743 0.032 0.012 0.010 0.069 0.134 276 H 0.785 0.011 0.005 0.005 0.048 0.146 277 L 0.504 0.054 0.003 0.004 0.098 0.337 278 K 0.181 0.022 0.003 0.003 0.703 0.088 279 P 0.040 0.003 0.008 0.002 0.908 0.040 280 G 0.045 0.001 0.003 0.001 0.923 0.028 281 K 0.439 0.009 0.002 0.001 0.508 0.042 282 E 0.813 0.014 0.001 0.001 0.040 0.133 283 F 0.923 0.009 0.001 0.001 0.017 0.051 284 Q 0.916 0.002 0.001 0.001 0.023 0.059 285 A 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 286 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 287 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 288 S 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 289 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 290 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 291 Y 0.922 0.008 0.001 0.001 0.011 0.059 292 H 0.614 0.007 0.001 0.001 0.119 0.258 293 S 0.286 0.014 0.004 0.004 0.322 0.369 294 T 0.083 0.026 0.018 0.010 0.557 0.306 295 T 0.088 0.026 0.063 0.020 0.621 0.183 296 D 0.109 0.029 0.106 0.028 0.504 0.225 297 E 0.103 0.026 0.135 0.050 0.465 0.221 298 V 0.086 0.016 0.138 0.036 0.512 0.211 299 K 0.090 0.019 0.133 0.054 0.441 0.263 300 L 0.149 0.110 0.094 0.049 0.349 0.249 301 E 0.105 0.189 0.057 0.042 0.278 0.329 302 H 0.028 0.012 0.032 0.009 0.767 0.151 303 H 0.010 0.006 0.122 0.010 0.780 0.072 304 H 0.006 0.007 0.171 0.011 0.749 0.057 305 H 0.027 0.059 0.131 0.013 0.655 0.115 306 H 0.040 0.061 0.026 0.023 0.254 0.597 307 H 0.003 0.017 0.003 0.008 0.067 0.902