# TARGET T0449 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 399 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 D 0.525 0.014 0.002 0.007 0.008 0.009 0.434 3 Y 0.853 0.010 0.001 0.004 0.012 0.002 0.118 4 T 0.898 0.004 0.001 0.003 0.004 0.002 0.089 5 I 0.815 0.010 0.002 0.006 0.013 0.010 0.144 6 E 0.466 0.013 0.014 0.007 0.102 0.096 0.302 7 N 0.075 0.002 0.024 0.003 0.447 0.318 0.131 8 N 0.007 0.001 0.010 0.001 0.122 0.847 0.013 9 M 0.124 0.005 0.018 0.001 0.133 0.569 0.151 10 I 0.774 0.006 0.001 0.001 0.016 0.004 0.199 11 K 0.973 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 12 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 13 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 14 I 0.937 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 15 S 0.649 0.007 0.003 0.001 0.063 0.027 0.250 16 D 0.274 0.005 0.046 0.004 0.269 0.235 0.166 17 H 0.137 0.010 0.073 0.006 0.333 0.327 0.114 18 G 0.388 0.017 0.034 0.003 0.139 0.193 0.225 19 A 0.683 0.003 0.002 0.001 0.034 0.005 0.272 20 E 0.941 0.003 0.001 0.001 0.024 0.001 0.030 21 I 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 22 Q 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 23 S 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 24 V 0.948 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 25 K 0.886 0.007 0.001 0.001 0.016 0.002 0.087 26 S 0.610 0.009 0.006 0.003 0.043 0.020 0.310 27 A 0.061 0.004 0.019 0.006 0.140 0.686 0.084 28 H 0.029 0.002 0.019 0.004 0.158 0.733 0.055 29 T 0.198 0.009 0.022 0.012 0.250 0.198 0.311 30 D 0.476 0.022 0.013 0.012 0.104 0.077 0.297 31 E 0.736 0.019 0.011 0.011 0.045 0.017 0.160 32 E 0.801 0.016 0.012 0.014 0.021 0.014 0.120 33 F 0.806 0.015 0.017 0.019 0.030 0.020 0.094 34 M 0.691 0.016 0.024 0.031 0.047 0.029 0.163 35 W 0.469 0.022 0.037 0.047 0.085 0.051 0.290 36 Q 0.287 0.018 0.036 0.046 0.176 0.099 0.338 37 A 0.113 0.015 0.036 0.043 0.261 0.186 0.347 38 N 0.049 0.012 0.033 0.031 0.223 0.127 0.526 39 P 0.050 0.021 0.076 0.069 0.228 0.138 0.418 40 E 0.059 0.019 0.096 0.119 0.189 0.162 0.355 41 I 0.068 0.032 0.135 0.144 0.125 0.160 0.336 42 W 0.064 0.045 0.129 0.126 0.132 0.163 0.340 43 G 0.057 0.032 0.111 0.104 0.173 0.294 0.229 44 R 0.037 0.013 0.059 0.068 0.194 0.463 0.165 45 H 0.050 0.021 0.029 0.033 0.251 0.308 0.309 46 A 0.093 0.021 0.014 0.017 0.190 0.042 0.622 47 P 0.201 0.018 0.024 0.025 0.169 0.066 0.496 48 V 0.434 0.045 0.050 0.050 0.084 0.080 0.257 49 L 0.492 0.045 0.035 0.050 0.071 0.048 0.258 50 F 0.468 0.028 0.013 0.021 0.075 0.018 0.378 51 P 0.398 0.022 0.023 0.016 0.078 0.036 0.428 52 I 0.316 0.033 0.057 0.022 0.086 0.108 0.378 53 V 0.229 0.026 0.079 0.024 0.154 0.172 0.316 54 G 0.173 0.016 0.075 0.018 0.267 0.147 0.304 55 R 0.159 0.064 0.058 0.017 0.188 0.067 0.447 56 L 0.121 0.051 0.115 0.015 0.132 0.148 0.419 57 K 0.029 0.005 0.052 0.005 0.095 0.750 0.064 58 N 0.012 0.001 0.034 0.002 0.128 0.778 0.045 59 D 0.107 0.005 0.011 0.002 0.502 0.155 0.217 60 E 0.479 0.017 0.004 0.001 0.094 0.032 0.373 61 Y 0.854 0.060 0.001 0.001 0.010 0.002 0.072 62 T 0.830 0.027 0.002 0.001 0.006 0.005 0.131 63 Y 0.669 0.008 0.015 0.001 0.025 0.097 0.185 64 K 0.009 0.001 0.009 0.001 0.020 0.959 0.002 65 G 0.016 0.001 0.010 0.001 0.071 0.889 0.013 66 K 0.619 0.011 0.002 0.001 0.040 0.014 0.314 67 T 0.854 0.057 0.001 0.001 0.006 0.002 0.081 68 Y 0.870 0.015 0.001 0.001 0.018 0.003 0.094 69 H 0.659 0.018 0.001 0.001 0.054 0.010 0.258 70 L 0.288 0.018 0.015 0.008 0.234 0.024 0.412 71 G 0.105 0.013 0.088 0.024 0.137 0.143 0.489 72 Q 0.075 0.018 0.159 0.044 0.154 0.326 0.224 73 H 0.143 0.043 0.142 0.058 0.109 0.217 0.288 74 G 0.207 0.026 0.102 0.056 0.145 0.184 0.280 75 F 0.303 0.048 0.081 0.050 0.124 0.137 0.256 76 A 0.292 0.053 0.078 0.052 0.141 0.132 0.250 77 R 0.242 0.034 0.053 0.044 0.140 0.271 0.215 78 N 0.118 0.011 0.029 0.019 0.308 0.242 0.273 79 A 0.151 0.014 0.012 0.011 0.395 0.068 0.350 80 D 0.274 0.007 0.009 0.006 0.197 0.078 0.429 81 F 0.790 0.019 0.005 0.004 0.030 0.012 0.140 82 E 0.904 0.009 0.002 0.002 0.010 0.002 0.071 83 V 0.886 0.008 0.003 0.003 0.008 0.003 0.090 84 E 0.882 0.007 0.003 0.003 0.015 0.005 0.085 85 N 0.786 0.011 0.007 0.003 0.035 0.014 0.144 86 H 0.520 0.010 0.008 0.004 0.122 0.048 0.288 87 T 0.307 0.020 0.008 0.001 0.163 0.048 0.453 88 K 0.100 0.007 0.045 0.003 0.367 0.306 0.172 89 E 0.090 0.005 0.035 0.001 0.398 0.366 0.105 90 S 0.586 0.010 0.014 0.001 0.090 0.039 0.261 91 I 0.921 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.065 92 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 93 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 94 L 0.947 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 95 L 0.872 0.006 0.001 0.001 0.016 0.002 0.103 96 K 0.604 0.012 0.001 0.001 0.055 0.008 0.319 97 D 0.270 0.033 0.003 0.002 0.212 0.018 0.462 98 N 0.052 0.009 0.003 0.004 0.125 0.012 0.796 99 E 0.004 0.001 0.321 0.452 0.060 0.140 0.023 100 E 0.003 0.001 0.387 0.419 0.040 0.130 0.019 101 T 0.004 0.005 0.481 0.341 0.028 0.113 0.028 102 R 0.016 0.007 0.425 0.304 0.041 0.134 0.072 103 K 0.035 0.006 0.311 0.129 0.051 0.413 0.056 104 V 0.053 0.013 0.151 0.090 0.151 0.449 0.092 105 Y 0.073 0.037 0.012 0.012 0.402 0.059 0.405 106 P 0.072 0.013 0.010 0.002 0.345 0.116 0.442 107 F 0.153 0.016 0.015 0.001 0.416 0.136 0.263 108 K 0.431 0.015 0.021 0.001 0.140 0.049 0.342 109 F 0.881 0.003 0.001 0.001 0.019 0.003 0.092 110 E 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 111 F 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 112 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 113 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 114 N 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 116 N 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 117 L 0.932 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 118 M 0.501 0.006 0.004 0.001 0.125 0.115 0.249 119 N 0.006 0.001 0.009 0.001 0.213 0.765 0.006 120 N 0.004 0.001 0.011 0.001 0.114 0.858 0.012 121 L 0.408 0.005 0.005 0.001 0.097 0.086 0.398 122 L 0.939 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 123 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 124 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 125 N 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 126 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 127 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 129 V 0.942 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.044 130 N 0.665 0.027 0.003 0.001 0.037 0.008 0.260 131 K 0.114 0.006 0.022 0.002 0.239 0.240 0.377 132 S 0.029 0.018 0.021 0.001 0.302 0.475 0.153 133 D 0.012 0.013 0.020 0.001 0.447 0.194 0.314 134 E 0.017 0.014 0.008 0.002 0.612 0.050 0.298 135 T 0.093 0.088 0.011 0.004 0.202 0.071 0.531 136 M 0.192 0.024 0.003 0.004 0.302 0.015 0.460 137 I 0.395 0.026 0.004 0.003 0.115 0.010 0.447 138 F 0.637 0.069 0.007 0.005 0.031 0.008 0.242 139 G 0.685 0.026 0.016 0.005 0.052 0.013 0.203 140 V 0.675 0.012 0.023 0.005 0.053 0.027 0.206 141 G 0.554 0.024 0.025 0.005 0.100 0.062 0.229 142 G 0.421 0.037 0.031 0.009 0.168 0.063 0.270 143 H 0.216 0.012 0.048 0.009 0.149 0.074 0.492 144 P 0.169 0.011 0.085 0.011 0.177 0.306 0.241 145 G 0.369 0.022 0.064 0.012 0.115 0.258 0.160 146 F 0.499 0.057 0.030 0.014 0.099 0.056 0.246 147 N 0.580 0.079 0.008 0.008 0.057 0.025 0.243 148 L 0.424 0.036 0.007 0.007 0.082 0.026 0.418 149 P 0.323 0.032 0.022 0.013 0.135 0.154 0.320 150 T 0.135 0.020 0.051 0.028 0.175 0.328 0.263 151 D 0.095 0.015 0.083 0.045 0.231 0.251 0.280 152 H 0.095 0.009 0.083 0.083 0.212 0.348 0.171 153 G 0.153 0.008 0.060 0.086 0.201 0.234 0.259 154 E 0.351 0.028 0.025 0.114 0.112 0.044 0.325 155 N 0.575 0.047 0.011 0.082 0.036 0.021 0.229 156 K 0.479 0.021 0.035 0.163 0.041 0.039 0.223 157 E 0.346 0.013 0.073 0.211 0.075 0.106 0.176 158 D 0.230 0.009 0.094 0.218 0.116 0.148 0.185 159 F 0.275 0.011 0.076 0.190 0.110 0.097 0.242 160 Y 0.417 0.016 0.050 0.166 0.074 0.066 0.211 161 F 0.448 0.016 0.047 0.148 0.069 0.057 0.215 162 D 0.389 0.021 0.042 0.166 0.086 0.059 0.238 163 M 0.228 0.022 0.048 0.215 0.114 0.060 0.313 164 H 0.113 0.011 0.066 0.231 0.103 0.087 0.388 165 P 0.056 0.008 0.115 0.286 0.111 0.194 0.230 166 S 0.051 0.006 0.124 0.271 0.106 0.247 0.194 167 V 0.073 0.013 0.087 0.242 0.148 0.175 0.262 168 T 0.100 0.020 0.046 0.206 0.147 0.107 0.374 169 R 0.127 0.015 0.037 0.189 0.139 0.079 0.414 170 V 0.138 0.019 0.048 0.198 0.110 0.091 0.398 171 R 0.130 0.028 0.061 0.213 0.109 0.073 0.387 172 I 0.126 0.020 0.069 0.224 0.095 0.088 0.378 173 P 0.118 0.014 0.081 0.230 0.098 0.173 0.287 174 L 0.098 0.018 0.066 0.197 0.145 0.158 0.319 175 K 0.079 0.023 0.054 0.159 0.203 0.106 0.376 176 D 0.067 0.013 0.061 0.165 0.179 0.174 0.341 177 A 0.057 0.015 0.073 0.143 0.150 0.254 0.310 178 S 0.064 0.018 0.082 0.119 0.174 0.204 0.339 179 L 0.092 0.024 0.066 0.118 0.168 0.153 0.379 180 D 0.108 0.033 0.062 0.149 0.143 0.114 0.391 181 W 0.106 0.019 0.064 0.137 0.163 0.149 0.362 182 N 0.105 0.020 0.058 0.127 0.144 0.153 0.393 183 N 0.116 0.029 0.059 0.163 0.158 0.101 0.372 184 R 0.135 0.019 0.059 0.179 0.124 0.149 0.335 185 S 0.115 0.021 0.058 0.154 0.125 0.146 0.381 186 L 0.104 0.029 0.060 0.171 0.172 0.094 0.370 187 A 0.092 0.021 0.067 0.205 0.130 0.141 0.343 188 P 0.063 0.015 0.073 0.216 0.120 0.185 0.329 189 T 0.051 0.013 0.065 0.214 0.145 0.232 0.280 190 D 0.050 0.009 0.064 0.233 0.162 0.251 0.232 191 S 0.073 0.015 0.062 0.245 0.167 0.170 0.269 192 L 0.101 0.027 0.059 0.248 0.138 0.111 0.316 193 I 0.146 0.032 0.056 0.231 0.117 0.085 0.334 194 A 0.154 0.027 0.059 0.244 0.101 0.089 0.326 195 L 0.093 0.017 0.064 0.273 0.110 0.124 0.318 196 S 0.060 0.011 0.095 0.269 0.109 0.178 0.279 197 D 0.050 0.009 0.130 0.250 0.121 0.218 0.222 198 D 0.075 0.011 0.111 0.257 0.144 0.161 0.241 199 L 0.107 0.032 0.087 0.234 0.140 0.115 0.284 200 F 0.122 0.028 0.042 0.221 0.151 0.087 0.350 201 K 0.099 0.018 0.033 0.252 0.105 0.103 0.391 202 D 0.060 0.007 0.041 0.339 0.128 0.173 0.251 203 D 0.062 0.008 0.055 0.443 0.111 0.189 0.132 204 A 0.108 0.010 0.050 0.540 0.086 0.065 0.142 205 L 0.252 0.013 0.041 0.504 0.035 0.041 0.114 206 I 0.328 0.009 0.041 0.454 0.032 0.041 0.095 207 Y 0.349 0.010 0.053 0.428 0.034 0.051 0.076 208 E 0.324 0.012 0.052 0.419 0.048 0.060 0.084 209 L 0.305 0.017 0.057 0.316 0.075 0.100 0.131 210 R 0.181 0.014 0.045 0.169 0.161 0.212 0.219 211 G 0.091 0.010 0.033 0.056 0.222 0.249 0.339 212 N 0.090 0.015 0.028 0.030 0.278 0.189 0.371 213 D 0.066 0.009 0.028 0.011 0.321 0.260 0.305 214 N 0.139 0.011 0.029 0.008 0.404 0.120 0.289 215 K 0.461 0.015 0.017 0.004 0.119 0.041 0.344 216 V 0.825 0.010 0.005 0.002 0.020 0.008 0.129 217 S 0.936 0.006 0.002 0.001 0.007 0.003 0.045 218 L 0.944 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.042 219 R 0.930 0.007 0.001 0.001 0.008 0.002 0.051 220 T 0.723 0.015 0.003 0.002 0.023 0.009 0.226 221 D 0.255 0.008 0.021 0.002 0.140 0.234 0.340 222 K 0.026 0.003 0.023 0.002 0.162 0.740 0.044 223 N 0.028 0.005 0.025 0.002 0.332 0.541 0.069 224 K 0.111 0.008 0.011 0.001 0.427 0.113 0.328 225 F 0.349 0.027 0.005 0.001 0.135 0.039 0.445 226 H 0.816 0.012 0.002 0.001 0.023 0.007 0.139 227 V 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 228 N 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 229 V 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 230 W 0.909 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.074 231 T 0.716 0.011 0.008 0.002 0.036 0.032 0.194 232 R 0.107 0.004 0.024 0.003 0.193 0.577 0.092 233 D 0.040 0.005 0.013 0.001 0.288 0.566 0.088 234 A 0.167 0.017 0.005 0.001 0.183 0.031 0.596 235 P 0.201 0.008 0.004 0.001 0.289 0.071 0.426 236 F 0.733 0.005 0.004 0.001 0.148 0.023 0.087 237 V 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 238 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 239 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 240 W 0.942 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 241 S 0.654 0.005 0.001 0.001 0.035 0.004 0.300 242 Q 0.236 0.010 0.020 0.004 0.157 0.112 0.461 243 Y 0.048 0.033 0.066 0.010 0.282 0.197 0.365 244 P 0.020 0.010 0.112 0.010 0.310 0.159 0.379 245 K 0.009 0.010 0.120 0.013 0.193 0.485 0.170 246 T 0.010 0.010 0.076 0.010 0.263 0.463 0.167 247 D 0.023 0.012 0.014 0.004 0.311 0.033 0.603 248 N 0.088 0.011 0.016 0.005 0.211 0.074 0.594 249 Y 0.542 0.062 0.018 0.006 0.051 0.047 0.275 250 V 0.696 0.025 0.008 0.003 0.034 0.010 0.224 251 C 0.741 0.011 0.005 0.002 0.031 0.010 0.199 252 I 0.619 0.035 0.004 0.003 0.049 0.008 0.282 253 E 0.225 0.033 0.008 0.004 0.074 0.013 0.643 254 P 0.048 0.006 0.030 0.007 0.107 0.129 0.672 255 W 0.030 0.032 0.060 0.007 0.270 0.252 0.349 256 W 0.019 0.021 0.050 0.010 0.439 0.141 0.320 257 G 0.021 0.031 0.046 0.023 0.283 0.128 0.467 258 I 0.022 0.026 0.054 0.026 0.213 0.091 0.568 259 A 0.036 0.026 0.119 0.050 0.172 0.280 0.317 260 D 0.044 0.024 0.142 0.075 0.132 0.259 0.323 261 R 0.090 0.036 0.124 0.117 0.162 0.138 0.332 262 D 0.131 0.052 0.067 0.180 0.114 0.167 0.289 263 D 0.137 0.037 0.033 0.171 0.105 0.111 0.406 264 A 0.093 0.030 0.028 0.289 0.110 0.112 0.339 265 D 0.067 0.011 0.032 0.389 0.138 0.161 0.204 266 G 0.070 0.010 0.052 0.450 0.117 0.140 0.161 267 D 0.066 0.013 0.067 0.521 0.090 0.105 0.140 268 L 0.112 0.018 0.078 0.500 0.055 0.116 0.120 269 E 0.109 0.015 0.070 0.400 0.104 0.168 0.133 270 H 0.093 0.013 0.055 0.321 0.126 0.241 0.152 271 K 0.095 0.011 0.041 0.118 0.170 0.195 0.369 272 Y 0.133 0.022 0.051 0.056 0.217 0.235 0.288 273 G 0.241 0.009 0.024 0.015 0.232 0.159 0.320 274 M 0.461 0.016 0.015 0.005 0.062 0.026 0.415 275 N 0.805 0.013 0.005 0.002 0.027 0.006 0.143 276 H 0.844 0.019 0.003 0.001 0.025 0.006 0.102 277 L 0.679 0.049 0.002 0.001 0.027 0.004 0.239 278 K 0.202 0.008 0.004 0.001 0.039 0.015 0.731 279 P 0.010 0.002 0.007 0.001 0.137 0.823 0.021 280 G 0.014 0.002 0.008 0.001 0.181 0.761 0.034 281 K 0.217 0.015 0.004 0.001 0.185 0.016 0.562 282 E 0.674 0.055 0.001 0.001 0.037 0.007 0.226 283 F 0.876 0.020 0.001 0.001 0.021 0.004 0.078 284 Q 0.931 0.004 0.002 0.001 0.013 0.004 0.046 285 A 0.945 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.039 286 G 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.040 287 F 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 288 S 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 289 M 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 290 T 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 291 Y 0.930 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.052 292 H 0.584 0.005 0.001 0.001 0.097 0.010 0.303 293 S 0.217 0.019 0.007 0.003 0.341 0.061 0.353 294 T 0.081 0.030 0.013 0.006 0.188 0.085 0.597 295 T 0.056 0.023 0.045 0.015 0.244 0.179 0.438 296 D 0.039 0.023 0.071 0.025 0.307 0.273 0.261 297 E 0.025 0.027 0.139 0.046 0.212 0.277 0.275 298 V 0.017 0.018 0.245 0.056 0.117 0.288 0.259 299 K 0.017 0.011 0.239 0.044 0.134 0.388 0.168 300 L 0.017 0.025 0.237 0.042 0.193 0.289 0.197 301 E 0.021 0.062 0.089 0.060 0.299 0.068 0.401 302 H 0.007 0.014 0.047 0.028 0.069 0.058 0.777 303 H 0.004 0.003 0.226 0.084 0.080 0.442 0.161 304 H 0.005 0.003 0.311 0.075 0.109 0.395 0.103 305 H 0.007 0.010 0.267 0.066 0.236 0.202 0.212 306 H 0.011 0.034 0.077 0.062 0.025 0.171 0.620 307 H 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.991