# TARGET T0449 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 399 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.513 0.252 0.137 0.070 0.022 0.005 0.001 2 D 0.359 0.262 0.171 0.129 0.060 0.017 0.001 3 Y 0.157 0.166 0.175 0.231 0.193 0.074 0.006 4 T 0.383 0.334 0.164 0.081 0.028 0.008 0.001 5 I 0.150 0.147 0.191 0.266 0.193 0.051 0.003 6 E 0.473 0.305 0.130 0.067 0.020 0.004 0.001 7 N 0.591 0.257 0.105 0.038 0.008 0.001 0.001 8 N 0.684 0.222 0.064 0.024 0.005 0.001 0.001 9 M 0.497 0.348 0.111 0.034 0.008 0.001 0.001 10 I 0.065 0.111 0.203 0.359 0.220 0.040 0.002 11 K 0.119 0.325 0.317 0.186 0.047 0.006 0.001 12 V 0.086 0.108 0.119 0.230 0.319 0.131 0.007 13 V 0.027 0.160 0.327 0.339 0.125 0.021 0.001 14 I 0.032 0.060 0.100 0.239 0.338 0.212 0.018 15 S 0.107 0.257 0.240 0.220 0.125 0.046 0.006 16 D 0.167 0.281 0.216 0.175 0.106 0.048 0.008 17 H 0.063 0.161 0.208 0.261 0.195 0.099 0.013 18 G 0.041 0.136 0.187 0.238 0.223 0.153 0.023 19 A 0.029 0.064 0.110 0.216 0.267 0.251 0.064 20 E 0.022 0.096 0.196 0.280 0.249 0.137 0.020 21 I 0.006 0.007 0.022 0.078 0.250 0.494 0.143 22 Q 0.011 0.056 0.136 0.267 0.303 0.193 0.035 23 S 0.020 0.094 0.225 0.272 0.229 0.144 0.016 24 V 0.003 0.012 0.048 0.189 0.430 0.299 0.018 25 K 0.033 0.204 0.335 0.271 0.130 0.025 0.001 26 S 0.114 0.226 0.302 0.252 0.092 0.014 0.001 27 A 0.657 0.248 0.069 0.021 0.004 0.001 0.001 28 H 0.782 0.156 0.042 0.015 0.004 0.001 0.001 29 T 0.735 0.180 0.059 0.020 0.005 0.001 0.001 30 D 0.679 0.214 0.072 0.027 0.007 0.001 0.001 31 E 0.343 0.275 0.196 0.131 0.047 0.008 0.001 32 E 0.240 0.285 0.223 0.164 0.071 0.017 0.001 33 F 0.079 0.146 0.201 0.279 0.208 0.082 0.005 34 M 0.092 0.145 0.206 0.263 0.205 0.084 0.005 35 W 0.149 0.201 0.209 0.242 0.153 0.044 0.002 36 Q 0.277 0.247 0.212 0.171 0.074 0.016 0.001 37 A 0.544 0.252 0.109 0.065 0.024 0.005 0.001 38 N 0.565 0.267 0.103 0.048 0.014 0.003 0.001 39 P 0.409 0.271 0.161 0.107 0.041 0.009 0.001 40 E 0.323 0.287 0.188 0.125 0.059 0.016 0.002 41 I 0.156 0.219 0.226 0.226 0.127 0.041 0.005 42 W 0.088 0.119 0.160 0.246 0.246 0.122 0.020 43 G 0.112 0.202 0.209 0.216 0.163 0.082 0.018 44 R 0.061 0.102 0.138 0.206 0.238 0.191 0.065 45 H 0.028 0.056 0.079 0.146 0.231 0.302 0.158 46 A 0.012 0.025 0.038 0.086 0.167 0.324 0.348 47 P 0.006 0.014 0.024 0.062 0.125 0.289 0.479 48 V 0.003 0.005 0.012 0.034 0.091 0.247 0.609 49 L 0.001 0.003 0.006 0.014 0.041 0.193 0.743 50 F 0.003 0.006 0.014 0.037 0.080 0.242 0.618 51 P 0.006 0.018 0.037 0.073 0.113 0.242 0.510 52 I 0.008 0.018 0.033 0.072 0.147 0.330 0.392 53 V 0.008 0.015 0.027 0.072 0.177 0.419 0.282 54 G 0.017 0.051 0.083 0.153 0.236 0.325 0.136 55 R 0.043 0.123 0.201 0.259 0.210 0.134 0.030 56 L 0.061 0.124 0.159 0.242 0.267 0.130 0.017 57 K 0.203 0.293 0.253 0.179 0.058 0.013 0.001 58 N 0.475 0.309 0.137 0.057 0.017 0.004 0.001 59 D 0.377 0.303 0.171 0.098 0.040 0.010 0.001 60 E 0.307 0.336 0.220 0.101 0.029 0.007 0.001 61 Y 0.085 0.108 0.166 0.286 0.254 0.095 0.005 62 T 0.194 0.356 0.267 0.129 0.045 0.009 0.001 63 Y 0.062 0.097 0.180 0.346 0.249 0.063 0.003 64 K 0.468 0.333 0.123 0.055 0.017 0.003 0.001 65 G 0.463 0.298 0.135 0.072 0.027 0.006 0.001 66 K 0.286 0.332 0.196 0.127 0.046 0.012 0.001 67 T 0.179 0.310 0.241 0.170 0.079 0.019 0.001 68 Y 0.023 0.067 0.143 0.284 0.327 0.143 0.012 69 H 0.058 0.207 0.267 0.255 0.147 0.061 0.006 70 L 0.009 0.021 0.053 0.165 0.352 0.331 0.068 71 G 0.034 0.159 0.225 0.259 0.205 0.098 0.021 72 Q 0.015 0.041 0.083 0.178 0.280 0.286 0.118 73 H 0.008 0.022 0.037 0.082 0.179 0.424 0.248 74 G 0.015 0.031 0.057 0.120 0.178 0.370 0.228 75 F 0.014 0.023 0.038 0.078 0.149 0.366 0.333 76 A 0.019 0.025 0.038 0.082 0.178 0.363 0.295 77 R 0.039 0.094 0.160 0.226 0.222 0.183 0.076 78 N 0.084 0.216 0.235 0.219 0.147 0.080 0.019 79 A 0.024 0.081 0.173 0.307 0.278 0.121 0.015 80 D 0.106 0.275 0.312 0.199 0.082 0.024 0.002 81 F 0.010 0.027 0.074 0.231 0.401 0.234 0.023 82 E 0.067 0.288 0.339 0.196 0.088 0.022 0.001 83 V 0.009 0.026 0.081 0.271 0.405 0.200 0.010 84 E 0.117 0.348 0.304 0.169 0.051 0.010 0.001 85 N 0.317 0.355 0.206 0.095 0.024 0.004 0.001 86 H 0.349 0.297 0.174 0.120 0.049 0.010 0.001 87 T 0.639 0.235 0.083 0.034 0.008 0.001 0.001 88 K 0.563 0.288 0.099 0.039 0.009 0.002 0.001 89 E 0.426 0.373 0.142 0.049 0.009 0.001 0.001 90 S 0.116 0.378 0.292 0.162 0.047 0.006 0.001 91 I 0.005 0.027 0.104 0.307 0.402 0.150 0.006 92 T 0.014 0.140 0.349 0.340 0.132 0.023 0.001 93 F 0.001 0.004 0.018 0.097 0.379 0.466 0.035 94 L 0.005 0.093 0.351 0.374 0.151 0.025 0.001 95 L 0.003 0.018 0.063 0.262 0.474 0.176 0.004 96 K 0.091 0.399 0.341 0.135 0.029 0.004 0.001 97 D 0.249 0.382 0.224 0.117 0.025 0.003 0.001 98 N 0.570 0.299 0.095 0.030 0.006 0.001 0.001 99 E 0.744 0.203 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 100 E 0.696 0.215 0.066 0.019 0.004 0.001 0.001 101 T 0.269 0.289 0.203 0.165 0.064 0.010 0.001 102 R 0.276 0.285 0.228 0.150 0.053 0.009 0.001 103 K 0.437 0.361 0.134 0.054 0.013 0.002 0.001 104 V 0.220 0.294 0.207 0.170 0.083 0.025 0.002 105 Y 0.121 0.188 0.216 0.245 0.168 0.057 0.005 106 P 0.162 0.261 0.210 0.201 0.107 0.053 0.007 107 F 0.087 0.161 0.177 0.242 0.234 0.088 0.010 108 K 0.061 0.275 0.298 0.237 0.091 0.034 0.004 109 F 0.008 0.039 0.083 0.209 0.366 0.243 0.051 110 E 0.014 0.148 0.322 0.332 0.131 0.046 0.007 111 F 0.001 0.009 0.031 0.105 0.342 0.455 0.056 112 R 0.005 0.086 0.293 0.406 0.174 0.033 0.002 113 V 0.001 0.011 0.030 0.089 0.313 0.515 0.041 114 N 0.002 0.049 0.277 0.487 0.155 0.029 0.001 115 Y 0.002 0.016 0.033 0.123 0.392 0.419 0.015 116 N 0.005 0.154 0.422 0.340 0.073 0.006 0.001 117 L 0.006 0.039 0.107 0.361 0.407 0.079 0.001 118 M 0.246 0.540 0.174 0.037 0.003 0.001 0.001 119 N 0.536 0.405 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 120 N 0.533 0.383 0.072 0.011 0.001 0.001 0.001 121 L 0.205 0.540 0.194 0.053 0.007 0.001 0.001 122 L 0.006 0.026 0.116 0.329 0.418 0.102 0.002 123 E 0.015 0.210 0.387 0.295 0.083 0.010 0.001 124 E 0.002 0.014 0.061 0.207 0.442 0.261 0.012 125 N 0.007 0.119 0.350 0.361 0.137 0.025 0.001 126 F 0.001 0.007 0.030 0.165 0.496 0.289 0.012 127 S 0.006 0.128 0.400 0.321 0.124 0.021 0.001 128 V 0.002 0.012 0.037 0.178 0.458 0.304 0.009 129 V 0.023 0.258 0.442 0.227 0.045 0.005 0.001 130 N 0.041 0.156 0.243 0.350 0.181 0.028 0.001 131 K 0.363 0.369 0.174 0.072 0.019 0.003 0.001 132 S 0.630 0.261 0.073 0.029 0.006 0.001 0.001 133 D 0.614 0.271 0.083 0.025 0.005 0.001 0.001 134 E 0.332 0.416 0.171 0.069 0.012 0.001 0.001 135 T 0.099 0.363 0.291 0.183 0.056 0.007 0.001 136 M 0.004 0.023 0.071 0.223 0.398 0.256 0.023 137 I 0.003 0.029 0.086 0.224 0.352 0.255 0.052 138 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.068 0.367 0.546 139 G 0.001 0.001 0.004 0.017 0.064 0.288 0.626 140 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 0.152 0.811 141 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.108 0.874 142 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.154 0.816 143 H 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.177 0.781 144 P 0.001 0.002 0.006 0.017 0.047 0.228 0.699 145 G 0.001 0.003 0.007 0.023 0.078 0.336 0.552 146 F 0.002 0.004 0.009 0.033 0.128 0.394 0.432 147 N 0.006 0.034 0.093 0.152 0.240 0.334 0.140 148 L 0.013 0.042 0.089 0.212 0.281 0.282 0.081 149 P 0.070 0.170 0.200 0.232 0.205 0.103 0.021 150 T 0.109 0.183 0.253 0.242 0.141 0.063 0.009 151 D 0.248 0.283 0.205 0.148 0.079 0.032 0.005 152 H 0.449 0.251 0.143 0.092 0.044 0.017 0.003 153 G 0.455 0.279 0.146 0.074 0.031 0.012 0.002 154 E 0.247 0.249 0.196 0.167 0.097 0.038 0.005 155 N 0.232 0.294 0.229 0.146 0.071 0.024 0.003 156 K 0.139 0.144 0.188 0.249 0.189 0.082 0.009 157 E 0.364 0.285 0.166 0.108 0.053 0.021 0.003 158 D 0.265 0.267 0.202 0.149 0.081 0.033 0.005 159 F 0.112 0.127 0.161 0.230 0.227 0.128 0.015 160 Y 0.156 0.209 0.207 0.190 0.141 0.085 0.012 161 F 0.125 0.138 0.148 0.201 0.210 0.157 0.021 162 D 0.110 0.185 0.207 0.223 0.171 0.094 0.010 163 M 0.091 0.120 0.153 0.215 0.235 0.166 0.020 164 H 0.161 0.219 0.204 0.203 0.141 0.064 0.008 165 P 0.258 0.233 0.188 0.163 0.103 0.049 0.005 166 S 0.335 0.252 0.167 0.132 0.075 0.035 0.005 167 V 0.369 0.254 0.161 0.111 0.067 0.033 0.004 168 T 0.242 0.213 0.181 0.176 0.122 0.059 0.006 169 R 0.240 0.199 0.181 0.181 0.128 0.065 0.007 170 V 0.338 0.239 0.161 0.129 0.085 0.043 0.005 171 R 0.255 0.210 0.180 0.172 0.118 0.059 0.007 172 I 0.292 0.191 0.159 0.163 0.125 0.064 0.007 173 P 0.302 0.227 0.177 0.148 0.093 0.046 0.007 174 L 0.280 0.190 0.160 0.168 0.131 0.064 0.008 175 K 0.307 0.232 0.172 0.143 0.094 0.046 0.007 176 D 0.357 0.216 0.165 0.137 0.081 0.038 0.005 177 A 0.389 0.234 0.143 0.115 0.077 0.037 0.005 178 S 0.263 0.194 0.171 0.169 0.128 0.068 0.008 179 L 0.292 0.218 0.177 0.163 0.102 0.043 0.005 180 D 0.313 0.242 0.173 0.139 0.087 0.041 0.005 181 W 0.290 0.209 0.165 0.172 0.113 0.046 0.005 182 N 0.442 0.245 0.144 0.095 0.051 0.020 0.003 183 N 0.336 0.218 0.170 0.148 0.087 0.036 0.004 184 R 0.374 0.236 0.151 0.123 0.077 0.035 0.004 185 S 0.370 0.260 0.161 0.113 0.063 0.029 0.004 186 L 0.252 0.196 0.177 0.185 0.127 0.058 0.006 187 A 0.319 0.224 0.162 0.145 0.099 0.046 0.005 188 P 0.325 0.218 0.172 0.155 0.091 0.034 0.004 189 T 0.408 0.232 0.158 0.116 0.062 0.022 0.002 190 D 0.449 0.223 0.132 0.104 0.061 0.027 0.004 191 S 0.409 0.240 0.147 0.108 0.064 0.028 0.005 192 L 0.240 0.225 0.187 0.177 0.113 0.049 0.007 193 I 0.179 0.172 0.175 0.202 0.169 0.089 0.014 194 A 0.228 0.224 0.193 0.175 0.113 0.055 0.011 195 L 0.213 0.161 0.160 0.199 0.170 0.082 0.014 196 S 0.235 0.192 0.156 0.167 0.145 0.086 0.019 197 D 0.265 0.223 0.184 0.156 0.101 0.056 0.014 198 D 0.233 0.241 0.179 0.158 0.106 0.066 0.018 199 L 0.106 0.118 0.136 0.186 0.214 0.190 0.051 200 F 0.082 0.100 0.137 0.201 0.240 0.189 0.051 201 K 0.114 0.161 0.180 0.219 0.185 0.113 0.028 202 D 0.164 0.206 0.200 0.194 0.134 0.077 0.024 203 D 0.192 0.205 0.174 0.162 0.136 0.100 0.031 204 A 0.082 0.132 0.165 0.209 0.200 0.165 0.048 205 L 0.051 0.063 0.098 0.174 0.258 0.285 0.072 206 I 0.064 0.089 0.128 0.182 0.227 0.250 0.061 207 Y 0.081 0.109 0.124 0.173 0.222 0.236 0.055 208 E 0.070 0.106 0.149 0.226 0.238 0.176 0.035 209 L 0.087 0.125 0.173 0.228 0.222 0.146 0.020 210 R 0.215 0.231 0.196 0.185 0.117 0.049 0.006 211 G 0.377 0.261 0.156 0.115 0.061 0.026 0.004 212 N 0.318 0.203 0.172 0.167 0.099 0.037 0.005 213 D 0.480 0.263 0.128 0.077 0.038 0.014 0.002 214 N 0.317 0.277 0.196 0.133 0.057 0.018 0.002 215 K 0.189 0.237 0.230 0.202 0.105 0.035 0.003 216 V 0.044 0.079 0.130 0.236 0.296 0.196 0.020 217 S 0.034 0.081 0.160 0.239 0.275 0.193 0.018 218 L 0.025 0.045 0.086 0.189 0.321 0.304 0.030 219 R 0.049 0.134 0.226 0.295 0.212 0.080 0.005 220 T 0.135 0.222 0.247 0.233 0.125 0.036 0.002 221 D 0.374 0.313 0.175 0.100 0.031 0.006 0.001 222 K 0.601 0.234 0.093 0.051 0.018 0.004 0.001 223 N 0.623 0.241 0.089 0.036 0.009 0.002 0.001 224 K 0.467 0.320 0.135 0.059 0.016 0.003 0.001 225 F 0.179 0.297 0.244 0.185 0.077 0.017 0.001 226 H 0.068 0.222 0.303 0.269 0.112 0.024 0.001 227 V 0.016 0.035 0.084 0.236 0.377 0.236 0.017 228 N 0.025 0.121 0.234 0.300 0.225 0.086 0.008 229 V 0.008 0.024 0.065 0.205 0.381 0.283 0.034 230 W 0.060 0.223 0.257 0.256 0.149 0.050 0.005 231 T 0.107 0.196 0.221 0.266 0.157 0.048 0.005 232 R 0.291 0.328 0.176 0.119 0.061 0.022 0.003 233 D 0.246 0.368 0.218 0.115 0.041 0.011 0.001 234 A 0.020 0.069 0.145 0.298 0.340 0.121 0.006 235 P 0.013 0.121 0.266 0.348 0.186 0.063 0.003 236 F 0.001 0.009 0.035 0.135 0.345 0.411 0.064 237 V 0.001 0.001 0.004 0.024 0.117 0.502 0.354 238 G 0.001 0.001 0.002 0.012 0.052 0.334 0.600 239 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.143 0.847 240 W 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.274 0.693 241 S 0.001 0.003 0.014 0.053 0.193 0.429 0.308 242 Q 0.001 0.015 0.061 0.172 0.323 0.332 0.095 243 Y 0.016 0.097 0.195 0.314 0.257 0.105 0.016 244 P 0.139 0.273 0.239 0.201 0.112 0.032 0.003 245 K 0.343 0.330 0.189 0.099 0.031 0.007 0.001 246 T 0.256 0.385 0.222 0.103 0.029 0.005 0.001 247 D 0.014 0.087 0.195 0.341 0.288 0.073 0.002 248 N 0.004 0.057 0.190 0.375 0.284 0.088 0.003 249 Y 0.001 0.001 0.003 0.022 0.153 0.594 0.226 250 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.337 0.622 251 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.134 0.852 252 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.083 0.913 253 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.222 0.744 254 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.060 0.247 0.678 255 W 0.001 0.004 0.013 0.035 0.098 0.339 0.510 256 W 0.003 0.013 0.031 0.089 0.217 0.384 0.263 257 G 0.010 0.024 0.050 0.107 0.194 0.350 0.265 258 I 0.020 0.029 0.053 0.105 0.175 0.349 0.269 259 A 0.045 0.072 0.107 0.153 0.200 0.247 0.175 260 D 0.042 0.074 0.097 0.143 0.195 0.266 0.182 261 R 0.019 0.023 0.035 0.069 0.153 0.386 0.315 262 D 0.036 0.051 0.073 0.143 0.217 0.316 0.164 263 D 0.083 0.133 0.169 0.207 0.200 0.160 0.048 264 A 0.106 0.135 0.155 0.219 0.222 0.133 0.029 265 D 0.290 0.277 0.187 0.124 0.071 0.042 0.009 266 G 0.348 0.230 0.178 0.132 0.073 0.034 0.006 267 D 0.399 0.284 0.147 0.092 0.051 0.023 0.003 268 L 0.166 0.182 0.197 0.220 0.162 0.066 0.007 269 E 0.305 0.305 0.210 0.125 0.044 0.010 0.001 270 H 0.463 0.296 0.144 0.070 0.022 0.005 0.001 271 K 0.405 0.251 0.163 0.120 0.049 0.011 0.001 272 Y 0.499 0.253 0.124 0.077 0.037 0.009 0.001 273 G 0.269 0.331 0.234 0.121 0.037 0.008 0.001 274 M 0.088 0.125 0.193 0.274 0.221 0.093 0.007 275 N 0.108 0.232 0.238 0.227 0.142 0.049 0.003 276 H 0.053 0.196 0.287 0.264 0.155 0.044 0.002 277 L 0.013 0.026 0.087 0.266 0.401 0.198 0.009 278 K 0.191 0.412 0.257 0.112 0.025 0.003 0.001 279 P 0.271 0.319 0.230 0.140 0.036 0.004 0.001 280 G 0.502 0.346 0.106 0.037 0.007 0.001 0.001 281 K 0.527 0.323 0.106 0.038 0.007 0.001 0.001 282 E 0.499 0.374 0.095 0.026 0.005 0.001 0.001 283 F 0.145 0.210 0.252 0.263 0.116 0.014 0.001 284 Q 0.248 0.430 0.210 0.087 0.021 0.004 0.001 285 A 0.071 0.184 0.239 0.290 0.179 0.035 0.002 286 G 0.081 0.340 0.300 0.208 0.060 0.011 0.001 287 F 0.014 0.070 0.127 0.252 0.368 0.157 0.012 288 S 0.019 0.168 0.364 0.335 0.096 0.018 0.001 289 M 0.005 0.016 0.030 0.108 0.355 0.445 0.041 290 T 0.007 0.079 0.301 0.414 0.163 0.034 0.003 291 Y 0.015 0.034 0.049 0.122 0.320 0.406 0.053 292 H 0.029 0.142 0.256 0.313 0.180 0.071 0.010 293 S 0.108 0.185 0.172 0.205 0.174 0.130 0.028 294 T 0.173 0.251 0.188 0.179 0.127 0.070 0.012 295 T 0.242 0.268 0.183 0.159 0.098 0.042 0.009 296 D 0.382 0.212 0.146 0.133 0.082 0.038 0.007 297 E 0.352 0.272 0.156 0.122 0.065 0.029 0.005 298 V 0.491 0.220 0.119 0.091 0.055 0.021 0.003 299 K 0.482 0.257 0.131 0.081 0.036 0.010 0.002 300 L 0.472 0.217 0.141 0.100 0.050 0.018 0.002 301 E 0.515 0.250 0.126 0.067 0.030 0.010 0.001 302 H 0.396 0.280 0.176 0.099 0.039 0.009 0.001 303 H 0.507 0.232 0.149 0.078 0.027 0.006 0.001 304 H 0.678 0.208 0.065 0.031 0.014 0.004 0.001 305 H 0.502 0.233 0.150 0.081 0.027 0.006 0.001 306 H 0.506 0.239 0.130 0.082 0.033 0.009 0.001 307 H 0.571 0.199 0.096 0.074 0.043 0.015 0.003