# TARGET T0449 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1138 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.002 0.001 0.001 0.054 0.823 2 D 0.796 0.002 0.001 0.001 0.019 0.183 3 Y 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 4 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 5 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 6 E 0.960 0.001 0.001 0.001 0.017 0.022 7 N 0.527 0.004 0.002 0.001 0.445 0.021 8 N 0.194 0.005 0.003 0.001 0.778 0.021 9 M 0.145 0.002 0.004 0.001 0.779 0.069 10 I 0.855 0.005 0.001 0.001 0.119 0.021 11 K 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 12 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 15 S 0.879 0.002 0.001 0.001 0.087 0.031 16 D 0.421 0.004 0.008 0.002 0.444 0.121 17 H 0.137 0.006 0.017 0.004 0.696 0.141 18 G 0.252 0.011 0.006 0.001 0.423 0.307 19 A 0.638 0.005 0.003 0.001 0.055 0.299 20 E 0.941 0.004 0.001 0.001 0.013 0.040 21 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 22 Q 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 23 S 0.977 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 24 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 25 K 0.841 0.013 0.001 0.001 0.027 0.117 26 S 0.305 0.024 0.006 0.003 0.612 0.050 27 A 0.034 0.003 0.006 0.002 0.913 0.043 28 H 0.012 0.001 0.006 0.001 0.934 0.045 29 T 0.162 0.027 0.003 0.002 0.754 0.052 30 D 0.376 0.013 0.003 0.005 0.139 0.464 31 E 0.775 0.020 0.006 0.008 0.063 0.127 32 E 0.842 0.005 0.006 0.009 0.042 0.096 33 F 0.843 0.012 0.008 0.019 0.031 0.086 34 M 0.706 0.011 0.013 0.023 0.094 0.153 35 W 0.509 0.019 0.018 0.027 0.142 0.286 36 Q 0.285 0.014 0.022 0.023 0.258 0.399 37 A 0.106 0.030 0.019 0.030 0.279 0.535 38 N 0.034 0.018 0.017 0.018 0.345 0.568 39 P 0.018 0.006 0.292 0.136 0.393 0.154 40 E 0.027 0.015 0.357 0.129 0.375 0.098 41 I 0.043 0.055 0.259 0.162 0.396 0.084 42 W 0.058 0.041 0.072 0.132 0.423 0.275 43 G 0.027 0.014 0.043 0.067 0.623 0.227 44 R 0.015 0.011 0.046 0.046 0.652 0.230 45 H 0.026 0.017 0.018 0.013 0.525 0.400 46 A 0.054 0.012 0.010 0.004 0.421 0.500 47 P 0.200 0.022 0.013 0.006 0.230 0.528 48 V 0.567 0.083 0.010 0.005 0.105 0.230 49 L 0.778 0.035 0.009 0.004 0.068 0.106 50 F 0.687 0.012 0.011 0.008 0.096 0.186 51 P 0.611 0.007 0.022 0.015 0.132 0.214 52 I 0.473 0.022 0.037 0.023 0.238 0.208 53 V 0.355 0.037 0.046 0.044 0.311 0.207 54 G 0.245 0.023 0.063 0.043 0.378 0.248 55 R 0.323 0.031 0.052 0.032 0.320 0.242 56 L 0.256 0.057 0.063 0.023 0.529 0.073 57 K 0.173 0.026 0.042 0.015 0.662 0.082 58 N 0.052 0.006 0.028 0.012 0.814 0.089 59 D 0.144 0.009 0.015 0.007 0.697 0.128 60 E 0.481 0.017 0.014 0.013 0.214 0.263 61 Y 0.822 0.045 0.008 0.007 0.057 0.061 62 T 0.835 0.043 0.004 0.005 0.089 0.024 63 Y 0.523 0.012 0.009 0.005 0.442 0.009 64 K 0.143 0.003 0.005 0.003 0.834 0.013 65 G 0.108 0.002 0.003 0.003 0.862 0.021 66 K 0.819 0.008 0.001 0.001 0.129 0.042 67 T 0.973 0.007 0.001 0.001 0.003 0.016 68 Y 0.978 0.007 0.001 0.001 0.004 0.010 69 H 0.908 0.007 0.001 0.002 0.021 0.060 70 L 0.582 0.018 0.003 0.002 0.108 0.286 71 G 0.267 0.015 0.011 0.003 0.359 0.346 72 Q 0.116 0.015 0.036 0.006 0.569 0.258 73 H 0.067 0.024 0.067 0.008 0.603 0.232 74 G 0.116 0.034 0.108 0.014 0.508 0.219 75 F 0.157 0.092 0.126 0.019 0.361 0.245 76 A 0.108 0.087 0.122 0.024 0.543 0.116 77 R 0.087 0.021 0.145 0.024 0.598 0.125 78 N 0.058 0.015 0.081 0.019 0.683 0.143 79 A 0.091 0.024 0.027 0.010 0.644 0.204 80 D 0.165 0.010 0.010 0.010 0.334 0.470 81 F 0.507 0.013 0.009 0.013 0.182 0.276 82 E 0.794 0.007 0.004 0.012 0.075 0.108 83 V 0.926 0.005 0.003 0.012 0.023 0.031 84 E 0.944 0.002 0.001 0.009 0.019 0.025 85 N 0.922 0.002 0.001 0.005 0.028 0.042 86 H 0.827 0.012 0.002 0.003 0.050 0.106 87 T 0.455 0.024 0.007 0.002 0.446 0.066 88 K 0.061 0.003 0.065 0.001 0.839 0.031 89 E 0.034 0.001 0.065 0.001 0.866 0.034 90 S 0.526 0.008 0.024 0.001 0.413 0.028 91 I 0.891 0.004 0.001 0.001 0.027 0.078 92 T 0.982 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 93 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 94 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 95 L 0.951 0.001 0.001 0.001 0.014 0.034 96 K 0.774 0.007 0.001 0.001 0.046 0.171 97 D 0.286 0.013 0.001 0.003 0.201 0.496 98 N 0.051 0.008 0.012 0.040 0.423 0.466 99 E 0.016 0.002 0.113 0.434 0.373 0.062 100 E 0.026 0.004 0.172 0.253 0.510 0.035 101 T 0.066 0.019 0.128 0.322 0.386 0.079 102 R 0.194 0.027 0.119 0.256 0.330 0.075 103 K 0.165 0.013 0.076 0.225 0.375 0.145 104 V 0.227 0.014 0.059 0.132 0.333 0.236 105 Y 0.340 0.032 0.011 0.023 0.297 0.297 106 P 0.395 0.011 0.012 0.007 0.224 0.351 107 F 0.622 0.007 0.009 0.002 0.167 0.193 108 K 0.847 0.002 0.003 0.001 0.063 0.084 109 F 0.954 0.003 0.001 0.001 0.012 0.031 110 E 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 111 F 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 112 R 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 113 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 114 N 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 115 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 116 N 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 117 L 0.924 0.004 0.001 0.001 0.045 0.026 118 M 0.411 0.005 0.002 0.001 0.537 0.044 119 N 0.045 0.001 0.014 0.001 0.905 0.034 120 N 0.053 0.002 0.013 0.001 0.882 0.049 121 L 0.565 0.014 0.011 0.001 0.281 0.129 122 L 0.882 0.009 0.002 0.001 0.029 0.078 123 E 0.944 0.003 0.001 0.001 0.011 0.040 124 E 0.952 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 125 N 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 126 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 127 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 128 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 129 V 0.961 0.003 0.001 0.003 0.009 0.024 130 N 0.798 0.011 0.002 0.005 0.085 0.100 131 K 0.218 0.007 0.016 0.011 0.499 0.248 132 S 0.049 0.007 0.043 0.012 0.598 0.290 133 D 0.030 0.010 0.016 0.006 0.503 0.435 134 E 0.094 0.013 0.010 0.012 0.333 0.537 135 T 0.253 0.023 0.007 0.011 0.170 0.535 136 M 0.562 0.026 0.009 0.023 0.134 0.245 137 I 0.760 0.012 0.010 0.023 0.066 0.129 138 F 0.817 0.014 0.020 0.045 0.036 0.068 139 G 0.722 0.014 0.032 0.075 0.056 0.100 140 V 0.586 0.012 0.092 0.081 0.119 0.110 141 G 0.412 0.023 0.110 0.056 0.251 0.148 142 G 0.265 0.032 0.124 0.053 0.361 0.165 143 H 0.154 0.026 0.102 0.028 0.511 0.178 144 P 0.099 0.010 0.178 0.025 0.535 0.155 145 G 0.147 0.038 0.164 0.021 0.466 0.164 146 F 0.195 0.086 0.080 0.019 0.412 0.208 147 N 0.166 0.078 0.039 0.016 0.368 0.333 148 L 0.107 0.051 0.023 0.010 0.399 0.410 149 P 0.070 0.039 0.030 0.008 0.526 0.327 150 T 0.047 0.030 0.089 0.010 0.668 0.156 151 D 0.025 0.021 0.085 0.009 0.793 0.067 152 H 0.021 0.010 0.071 0.012 0.804 0.081 153 G 0.020 0.009 0.028 0.008 0.761 0.174 154 E 0.050 0.042 0.017 0.005 0.519 0.368 155 N 0.076 0.045 0.029 0.006 0.391 0.452 156 K 0.046 0.010 0.541 0.016 0.327 0.060 157 E 0.165 0.004 0.311 0.013 0.419 0.088 158 D 0.347 0.004 0.215 0.011 0.325 0.098 159 F 0.780 0.007 0.006 0.003 0.074 0.130 160 Y 0.928 0.006 0.002 0.002 0.014 0.049 161 F 0.960 0.006 0.002 0.002 0.007 0.024 162 D 0.933 0.005 0.001 0.001 0.015 0.044 163 M 0.733 0.017 0.003 0.001 0.048 0.198 164 H 0.392 0.011 0.007 0.001 0.488 0.101 165 P 0.053 0.002 0.053 0.002 0.832 0.058 166 S 0.033 0.001 0.045 0.003 0.861 0.056 167 V 0.360 0.032 0.046 0.004 0.497 0.061 168 T 0.602 0.024 0.006 0.003 0.109 0.255 169 R 0.718 0.031 0.006 0.005 0.068 0.172 170 V 0.652 0.015 0.007 0.008 0.084 0.235 171 R 0.509 0.016 0.005 0.006 0.107 0.357 172 I 0.283 0.018 0.007 0.004 0.145 0.544 173 P 0.184 0.021 0.011 0.005 0.276 0.503 174 L 0.115 0.017 0.030 0.015 0.453 0.371 175 K 0.077 0.010 0.049 0.020 0.566 0.278 176 D 0.109 0.009 0.116 0.038 0.511 0.216 177 A 0.227 0.018 0.099 0.045 0.317 0.294 178 S 0.306 0.030 0.048 0.059 0.208 0.349 179 L 0.324 0.046 0.027 0.033 0.133 0.436 180 D 0.273 0.043 0.021 0.024 0.236 0.403 181 W 0.124 0.022 0.161 0.050 0.511 0.131 182 N 0.091 0.009 0.107 0.032 0.635 0.127 183 N 0.060 0.008 0.101 0.028 0.661 0.143 184 R 0.119 0.032 0.031 0.016 0.473 0.329 185 S 0.170 0.052 0.024 0.020 0.276 0.459 186 L 0.183 0.073 0.052 0.026 0.314 0.351 187 A 0.156 0.041 0.030 0.016 0.349 0.408 188 P 0.115 0.019 0.043 0.014 0.502 0.307 189 T 0.049 0.011 0.112 0.036 0.532 0.259 190 D 0.057 0.012 0.103 0.052 0.533 0.244 191 S 0.084 0.012 0.084 0.055 0.516 0.250 192 L 0.150 0.017 0.058 0.067 0.271 0.437 193 I 0.365 0.059 0.047 0.093 0.147 0.289 194 A 0.410 0.049 0.032 0.070 0.160 0.279 195 L 0.238 0.040 0.036 0.059 0.214 0.413 196 S 0.165 0.019 0.049 0.034 0.346 0.387 197 D 0.056 0.005 0.320 0.095 0.391 0.132 198 D 0.070 0.009 0.318 0.105 0.380 0.117 199 L 0.126 0.029 0.197 0.075 0.416 0.157 200 F 0.189 0.071 0.070 0.076 0.415 0.178 201 K 0.124 0.035 0.031 0.045 0.593 0.172 202 D 0.037 0.005 0.072 0.055 0.697 0.133 203 D 0.101 0.004 0.032 0.020 0.591 0.252 204 A 0.523 0.017 0.030 0.025 0.211 0.192 205 L 0.781 0.023 0.008 0.018 0.062 0.108 206 I 0.829 0.030 0.006 0.017 0.038 0.080 207 Y 0.669 0.018 0.009 0.022 0.108 0.173 208 E 0.354 0.010 0.046 0.022 0.339 0.230 209 L 0.150 0.014 0.092 0.025 0.561 0.159 210 R 0.083 0.020 0.104 0.018 0.625 0.149 211 G 0.072 0.017 0.070 0.010 0.661 0.171 212 N 0.066 0.009 0.051 0.006 0.573 0.295 213 D 0.116 0.013 0.035 0.004 0.422 0.410 214 N 0.301 0.014 0.011 0.001 0.277 0.395 215 K 0.643 0.006 0.003 0.001 0.093 0.255 216 V 0.947 0.003 0.001 0.001 0.013 0.037 217 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 218 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 219 R 0.973 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 220 T 0.715 0.008 0.001 0.001 0.232 0.044 221 D 0.065 0.003 0.022 0.001 0.893 0.017 222 K 0.015 0.002 0.046 0.001 0.921 0.015 223 N 0.028 0.004 0.019 0.001 0.935 0.014 224 K 0.199 0.006 0.002 0.001 0.287 0.506 225 F 0.819 0.011 0.001 0.001 0.024 0.146 226 H 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 227 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 228 N 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 229 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 230 W 0.866 0.002 0.001 0.001 0.028 0.103 231 T 0.541 0.015 0.004 0.001 0.364 0.075 232 R 0.143 0.006 0.007 0.001 0.740 0.103 233 D 0.059 0.006 0.012 0.001 0.772 0.150 234 A 0.204 0.021 0.005 0.001 0.648 0.122 235 P 0.308 0.003 0.004 0.001 0.200 0.485 236 F 0.923 0.006 0.001 0.001 0.026 0.043 237 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 238 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 239 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 240 W 0.908 0.003 0.001 0.001 0.014 0.074 241 S 0.435 0.006 0.002 0.001 0.213 0.343 242 Q 0.088 0.017 0.006 0.002 0.422 0.467 243 Y 0.028 0.017 0.012 0.003 0.636 0.305 244 P 0.023 0.024 0.035 0.005 0.816 0.097 245 K 0.015 0.010 0.079 0.011 0.706 0.180 246 T 0.022 0.022 0.081 0.015 0.651 0.209 247 D 0.030 0.012 0.019 0.004 0.542 0.392 248 N 0.064 0.009 0.010 0.002 0.300 0.614 249 Y 0.541 0.045 0.010 0.002 0.125 0.277 250 V 0.868 0.031 0.003 0.001 0.036 0.060 251 C 0.905 0.015 0.003 0.001 0.028 0.049 252 I 0.786 0.013 0.006 0.002 0.066 0.128 253 E 0.432 0.011 0.012 0.004 0.217 0.323 254 P 0.238 0.015 0.033 0.008 0.342 0.364 255 W 0.127 0.054 0.086 0.014 0.441 0.277 256 W 0.093 0.055 0.091 0.024 0.523 0.215 257 G 0.060 0.037 0.071 0.020 0.574 0.238 258 I 0.050 0.037 0.052 0.020 0.559 0.282 259 A 0.053 0.062 0.048 0.021 0.431 0.385 260 D 0.028 0.051 0.026 0.015 0.553 0.326 261 R 0.009 0.021 0.100 0.047 0.711 0.111 262 D 0.011 0.022 0.102 0.059 0.656 0.151 263 D 0.012 0.018 0.077 0.057 0.701 0.135 264 A 0.014 0.021 0.054 0.153 0.553 0.206 265 D 0.026 0.024 0.067 0.281 0.372 0.232 266 G 0.027 0.016 0.141 0.371 0.343 0.102 267 D 0.050 0.017 0.184 0.308 0.322 0.121 268 L 0.078 0.035 0.167 0.338 0.247 0.135 269 E 0.075 0.028 0.145 0.311 0.276 0.165 270 H 0.045 0.013 0.092 0.244 0.336 0.270 271 K 0.045 0.012 0.067 0.153 0.376 0.347 272 Y 0.057 0.012 0.034 0.048 0.467 0.383 273 G 0.086 0.010 0.023 0.014 0.323 0.544 274 M 0.297 0.036 0.031 0.012 0.218 0.406 275 N 0.593 0.034 0.023 0.006 0.106 0.239 276 H 0.735 0.029 0.017 0.003 0.071 0.145 277 L 0.503 0.133 0.007 0.002 0.076 0.278 278 K 0.124 0.011 0.004 0.001 0.843 0.016 279 P 0.016 0.001 0.010 0.001 0.963 0.009 280 G 0.005 0.001 0.010 0.001 0.972 0.011 281 K 0.431 0.045 0.007 0.001 0.502 0.014 282 E 0.858 0.009 0.002 0.001 0.029 0.102 283 F 0.954 0.009 0.002 0.001 0.012 0.024 284 Q 0.962 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 285 A 0.957 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 286 G 0.941 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 287 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 288 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 289 M 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 290 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 291 Y 0.937 0.002 0.001 0.001 0.015 0.045 292 H 0.683 0.005 0.002 0.002 0.106 0.203 293 S 0.297 0.010 0.010 0.004 0.287 0.392 294 T 0.100 0.012 0.072 0.011 0.419 0.386 295 T 0.029 0.005 0.505 0.030 0.334 0.096 296 D 0.030 0.002 0.540 0.035 0.302 0.092 297 E 0.104 0.009 0.425 0.064 0.228 0.169 298 V 0.310 0.044 0.044 0.074 0.170 0.357 299 K 0.338 0.020 0.020 0.040 0.112 0.470 300 L 0.278 0.010 0.053 0.093 0.141 0.424 301 E 0.323 0.009 0.069 0.076 0.187 0.335 302 H 0.307 0.017 0.133 0.113 0.201 0.228 303 H 0.248 0.020 0.064 0.090 0.235 0.343 304 H 0.134 0.011 0.039 0.075 0.323 0.418 305 H 0.067 0.010 0.019 0.042 0.235 0.626 306 H 0.050 0.021 0.012 0.027 0.185 0.706 307 H 0.036 0.011 0.009 0.014 0.144 0.786