# TARGET T0449 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1151 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.579 0.264 0.087 0.044 0.022 0.004 0.001 2 D 0.491 0.355 0.115 0.031 0.007 0.001 0.001 3 Y 0.069 0.099 0.258 0.330 0.208 0.035 0.001 4 T 0.196 0.419 0.273 0.087 0.022 0.003 0.001 5 I 0.046 0.062 0.180 0.360 0.266 0.082 0.003 6 E 0.410 0.379 0.143 0.050 0.015 0.002 0.001 7 N 0.348 0.328 0.186 0.107 0.026 0.005 0.001 8 N 0.507 0.361 0.093 0.030 0.007 0.001 0.001 9 M 0.114 0.392 0.294 0.144 0.043 0.010 0.001 10 I 0.010 0.025 0.065 0.201 0.484 0.193 0.021 11 K 0.007 0.102 0.287 0.400 0.153 0.048 0.003 12 V 0.002 0.009 0.015 0.044 0.191 0.597 0.142 13 V 0.003 0.039 0.168 0.423 0.272 0.089 0.007 14 I 0.004 0.016 0.031 0.092 0.319 0.443 0.096 15 S 0.010 0.058 0.146 0.257 0.271 0.207 0.051 16 D 0.036 0.149 0.283 0.271 0.164 0.081 0.016 17 H 0.010 0.061 0.233 0.335 0.212 0.126 0.024 18 G 0.018 0.053 0.100 0.188 0.291 0.291 0.060 19 A 0.005 0.010 0.019 0.067 0.182 0.464 0.252 20 E 0.009 0.056 0.150 0.240 0.244 0.226 0.075 21 I 0.003 0.009 0.016 0.041 0.167 0.476 0.286 22 Q 0.005 0.036 0.098 0.191 0.344 0.274 0.052 23 S 0.015 0.093 0.150 0.264 0.273 0.181 0.025 24 V 0.006 0.021 0.071 0.188 0.382 0.304 0.028 25 K 0.045 0.188 0.315 0.295 0.125 0.031 0.001 26 S 0.169 0.256 0.268 0.187 0.097 0.022 0.001 27 A 0.490 0.329 0.119 0.049 0.011 0.002 0.001 28 H 0.615 0.250 0.084 0.037 0.011 0.002 0.001 29 T 0.450 0.279 0.167 0.080 0.021 0.004 0.001 30 D 0.466 0.349 0.120 0.046 0.015 0.003 0.001 31 E 0.112 0.187 0.214 0.263 0.163 0.055 0.005 32 E 0.063 0.155 0.214 0.260 0.202 0.097 0.009 33 F 0.038 0.074 0.117 0.186 0.274 0.262 0.047 34 M 0.037 0.071 0.100 0.169 0.260 0.283 0.080 35 W 0.035 0.081 0.157 0.241 0.263 0.180 0.043 36 Q 0.078 0.168 0.240 0.269 0.158 0.074 0.014 37 A 0.130 0.217 0.238 0.202 0.144 0.061 0.008 38 N 0.239 0.262 0.170 0.171 0.101 0.048 0.008 39 P 0.272 0.273 0.220 0.144 0.063 0.025 0.003 40 E 0.179 0.277 0.271 0.197 0.054 0.020 0.003 41 I 0.049 0.079 0.118 0.215 0.330 0.184 0.026 42 W 0.041 0.080 0.105 0.225 0.264 0.240 0.045 43 G 0.062 0.139 0.206 0.223 0.182 0.152 0.034 44 R 0.046 0.095 0.169 0.243 0.200 0.171 0.076 45 H 0.010 0.019 0.032 0.070 0.175 0.355 0.338 46 A 0.004 0.008 0.016 0.038 0.113 0.342 0.479 47 P 0.005 0.012 0.022 0.048 0.117 0.311 0.486 48 V 0.002 0.005 0.011 0.026 0.083 0.278 0.596 49 L 0.001 0.002 0.004 0.012 0.038 0.209 0.734 50 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.043 0.237 0.705 51 P 0.003 0.008 0.019 0.045 0.106 0.246 0.573 52 I 0.001 0.004 0.006 0.016 0.062 0.316 0.594 53 V 0.003 0.007 0.012 0.035 0.111 0.358 0.475 54 G 0.006 0.024 0.042 0.083 0.210 0.410 0.224 55 R 0.014 0.061 0.130 0.231 0.281 0.218 0.064 56 L 0.020 0.041 0.081 0.171 0.310 0.312 0.065 57 K 0.116 0.255 0.271 0.208 0.107 0.038 0.004 58 N 0.325 0.329 0.198 0.103 0.032 0.011 0.001 59 D 0.250 0.258 0.202 0.187 0.082 0.020 0.001 60 E 0.224 0.377 0.223 0.123 0.040 0.012 0.001 61 Y 0.049 0.077 0.151 0.303 0.318 0.099 0.004 62 T 0.132 0.377 0.277 0.155 0.048 0.011 0.001 63 Y 0.074 0.120 0.271 0.330 0.167 0.037 0.001 64 K 0.563 0.339 0.072 0.020 0.006 0.001 0.001 65 G 0.447 0.317 0.135 0.075 0.022 0.004 0.001 66 K 0.289 0.319 0.206 0.129 0.047 0.010 0.001 67 T 0.146 0.365 0.247 0.170 0.054 0.017 0.001 68 Y 0.038 0.067 0.142 0.263 0.317 0.157 0.017 69 H 0.058 0.169 0.243 0.274 0.160 0.083 0.012 70 L 0.026 0.037 0.068 0.133 0.263 0.357 0.117 71 G 0.042 0.104 0.173 0.227 0.201 0.177 0.077 72 Q 0.028 0.047 0.062 0.108 0.212 0.320 0.222 73 H 0.014 0.022 0.033 0.069 0.138 0.333 0.391 74 G 0.014 0.029 0.041 0.068 0.164 0.368 0.317 75 F 0.022 0.044 0.072 0.125 0.188 0.263 0.285 76 A 0.012 0.019 0.024 0.044 0.128 0.385 0.389 77 R 0.026 0.074 0.129 0.179 0.221 0.241 0.129 78 N 0.053 0.130 0.216 0.254 0.180 0.123 0.044 79 A 0.057 0.160 0.218 0.253 0.199 0.101 0.012 80 D 0.090 0.261 0.246 0.212 0.123 0.061 0.006 81 F 0.023 0.041 0.109 0.253 0.376 0.185 0.012 82 E 0.092 0.378 0.293 0.175 0.051 0.011 0.001 83 V 0.036 0.067 0.145 0.273 0.319 0.156 0.005 84 E 0.169 0.369 0.261 0.148 0.048 0.005 0.001 85 N 0.454 0.396 0.112 0.029 0.007 0.001 0.001 86 H 0.232 0.253 0.275 0.194 0.043 0.003 0.001 87 T 0.649 0.281 0.052 0.013 0.004 0.001 0.001 88 K 0.556 0.330 0.083 0.026 0.005 0.001 0.001 89 E 0.599 0.334 0.052 0.012 0.002 0.001 0.001 90 S 0.083 0.353 0.351 0.169 0.038 0.006 0.001 91 I 0.008 0.026 0.070 0.197 0.495 0.191 0.012 92 T 0.005 0.081 0.267 0.442 0.158 0.046 0.001 93 F 0.003 0.015 0.030 0.081 0.289 0.533 0.049 94 L 0.005 0.058 0.218 0.404 0.233 0.078 0.003 95 L 0.008 0.033 0.095 0.205 0.400 0.246 0.013 96 K 0.066 0.260 0.361 0.218 0.080 0.015 0.001 97 D 0.243 0.291 0.206 0.166 0.080 0.014 0.001 98 N 0.468 0.344 0.118 0.050 0.017 0.003 0.001 99 E 0.671 0.252 0.054 0.017 0.005 0.001 0.001 100 E 0.559 0.287 0.107 0.038 0.008 0.001 0.001 101 T 0.434 0.300 0.167 0.075 0.020 0.004 0.001 102 R 0.161 0.173 0.275 0.251 0.113 0.026 0.001 103 K 0.364 0.339 0.174 0.083 0.030 0.009 0.001 104 V 0.213 0.246 0.205 0.179 0.109 0.045 0.004 105 Y 0.065 0.108 0.170 0.243 0.234 0.157 0.022 106 P 0.077 0.139 0.220 0.240 0.182 0.116 0.025 107 F 0.050 0.118 0.216 0.254 0.203 0.132 0.027 108 K 0.088 0.281 0.300 0.187 0.096 0.039 0.009 109 F 0.006 0.018 0.040 0.145 0.313 0.388 0.089 110 E 0.013 0.106 0.219 0.328 0.205 0.114 0.015 111 F 0.002 0.010 0.024 0.096 0.247 0.516 0.104 112 R 0.008 0.084 0.247 0.366 0.213 0.074 0.009 113 V 0.001 0.010 0.023 0.092 0.316 0.497 0.061 114 N 0.007 0.084 0.234 0.348 0.237 0.083 0.006 115 Y 0.003 0.020 0.061 0.158 0.353 0.380 0.024 116 N 0.030 0.245 0.350 0.257 0.101 0.018 0.001 117 L 0.013 0.034 0.114 0.289 0.373 0.169 0.007 118 M 0.159 0.359 0.261 0.156 0.056 0.009 0.001 119 N 0.564 0.353 0.062 0.016 0.004 0.001 0.001 120 N 0.276 0.374 0.204 0.121 0.022 0.003 0.001 121 L 0.133 0.343 0.279 0.165 0.065 0.014 0.001 122 L 0.033 0.058 0.144 0.328 0.327 0.103 0.007 123 E 0.107 0.329 0.304 0.174 0.069 0.016 0.001 124 E 0.036 0.120 0.184 0.282 0.252 0.116 0.009 125 N 0.049 0.211 0.304 0.274 0.122 0.036 0.004 126 F 0.010 0.029 0.061 0.175 0.384 0.306 0.035 127 S 0.044 0.184 0.255 0.277 0.160 0.071 0.008 128 V 0.021 0.042 0.081 0.165 0.294 0.347 0.051 129 V 0.048 0.170 0.256 0.287 0.166 0.066 0.007 130 N 0.046 0.087 0.183 0.249 0.291 0.133 0.011 131 K 0.216 0.297 0.222 0.164 0.078 0.020 0.002 132 S 0.507 0.313 0.094 0.050 0.027 0.009 0.001 133 D 0.286 0.255 0.216 0.160 0.060 0.019 0.003 134 E 0.305 0.278 0.224 0.127 0.047 0.016 0.002 135 T 0.137 0.205 0.220 0.215 0.134 0.073 0.016 136 M 0.038 0.044 0.075 0.158 0.297 0.295 0.093 137 I 0.024 0.041 0.065 0.123 0.182 0.354 0.210 138 F 0.009 0.010 0.014 0.026 0.078 0.300 0.564 139 G 0.006 0.009 0.011 0.023 0.060 0.200 0.691 140 V 0.003 0.005 0.006 0.015 0.043 0.207 0.722 141 G 0.005 0.010 0.014 0.036 0.080 0.222 0.632 142 G 0.002 0.006 0.008 0.019 0.061 0.260 0.644 143 H 0.003 0.005 0.009 0.022 0.062 0.218 0.682 144 P 0.004 0.008 0.011 0.025 0.077 0.251 0.624 145 G 0.008 0.017 0.026 0.058 0.121 0.254 0.516 146 F 0.003 0.006 0.010 0.025 0.086 0.339 0.530 147 N 0.012 0.043 0.070 0.142 0.237 0.295 0.201 148 L 0.020 0.046 0.075 0.144 0.287 0.324 0.104 149 P 0.075 0.175 0.227 0.269 0.157 0.084 0.012 150 T 0.141 0.189 0.281 0.234 0.107 0.044 0.003 151 D 0.311 0.230 0.211 0.164 0.064 0.018 0.001 152 H 0.629 0.243 0.075 0.034 0.014 0.004 0.001 153 G 0.592 0.236 0.100 0.052 0.016 0.004 0.001 154 E 0.548 0.253 0.124 0.053 0.018 0.003 0.001 155 N 0.422 0.315 0.160 0.074 0.023 0.006 0.001 156 K 0.167 0.185 0.252 0.244 0.116 0.034 0.002 157 E 0.285 0.318 0.211 0.120 0.050 0.015 0.001 158 D 0.274 0.389 0.200 0.090 0.035 0.011 0.001 159 F 0.023 0.055 0.114 0.278 0.363 0.154 0.013 160 Y 0.030 0.161 0.250 0.304 0.166 0.083 0.005 161 F 0.014 0.037 0.084 0.183 0.303 0.342 0.037 162 D 0.047 0.185 0.315 0.294 0.117 0.038 0.003 163 M 0.019 0.034 0.070 0.185 0.344 0.311 0.037 164 H 0.147 0.298 0.246 0.177 0.097 0.031 0.003 165 P 0.222 0.277 0.187 0.180 0.093 0.037 0.004 166 S 0.285 0.300 0.209 0.125 0.060 0.019 0.002 167 V 0.190 0.269 0.231 0.192 0.084 0.031 0.003 168 T 0.099 0.132 0.192 0.230 0.233 0.103 0.012 169 R 0.138 0.178 0.216 0.227 0.160 0.073 0.008 170 V 0.240 0.269 0.193 0.145 0.101 0.046 0.005 171 R 0.202 0.226 0.217 0.200 0.105 0.044 0.005 172 I 0.237 0.210 0.197 0.177 0.123 0.051 0.005 173 P 0.247 0.257 0.216 0.162 0.081 0.034 0.004 174 L 0.183 0.135 0.191 0.228 0.180 0.075 0.008 175 K 0.409 0.320 0.152 0.076 0.031 0.010 0.001 176 D 0.469 0.274 0.134 0.082 0.030 0.010 0.001 177 A 0.450 0.243 0.144 0.101 0.048 0.013 0.001 178 S 0.383 0.324 0.163 0.087 0.032 0.011 0.001 179 L 0.132 0.123 0.193 0.258 0.212 0.076 0.006 180 D 0.270 0.331 0.207 0.120 0.053 0.017 0.001 181 W 0.213 0.215 0.232 0.196 0.102 0.039 0.003 182 N 0.312 0.224 0.192 0.157 0.083 0.028 0.003 183 N 0.361 0.266 0.182 0.117 0.055 0.018 0.002 184 R 0.391 0.271 0.172 0.105 0.046 0.014 0.002 185 S 0.310 0.295 0.169 0.129 0.070 0.025 0.002 186 L 0.146 0.204 0.208 0.228 0.140 0.068 0.006 187 A 0.119 0.142 0.233 0.254 0.169 0.076 0.007 188 P 0.217 0.306 0.252 0.147 0.056 0.020 0.002 189 T 0.088 0.088 0.142 0.254 0.279 0.134 0.015 190 D 0.271 0.309 0.197 0.131 0.066 0.023 0.002 191 S 0.297 0.314 0.179 0.125 0.059 0.024 0.003 192 L 0.161 0.203 0.210 0.227 0.140 0.055 0.006 193 I 0.095 0.167 0.232 0.248 0.183 0.071 0.005 194 A 0.118 0.230 0.278 0.220 0.109 0.042 0.004 195 L 0.089 0.098 0.170 0.261 0.263 0.109 0.009 196 S 0.375 0.315 0.159 0.096 0.041 0.013 0.001 197 D 0.526 0.285 0.113 0.053 0.017 0.005 0.001 198 D 0.365 0.291 0.181 0.114 0.035 0.012 0.002 199 L 0.104 0.154 0.201 0.234 0.196 0.099 0.012 200 F 0.053 0.086 0.150 0.222 0.263 0.190 0.036 201 K 0.067 0.184 0.231 0.217 0.170 0.106 0.025 202 D 0.033 0.087 0.144 0.219 0.264 0.196 0.057 203 D 0.009 0.037 0.069 0.145 0.296 0.347 0.097 204 A 0.004 0.011 0.024 0.065 0.199 0.475 0.222 205 L 0.002 0.009 0.023 0.071 0.186 0.448 0.260 206 I 0.003 0.012 0.029 0.061 0.192 0.466 0.237 207 Y 0.010 0.044 0.129 0.263 0.310 0.209 0.035 208 E 0.089 0.262 0.300 0.205 0.105 0.036 0.002 209 L 0.091 0.168 0.259 0.281 0.157 0.042 0.001 210 R 0.481 0.317 0.132 0.049 0.016 0.004 0.001 211 G 0.320 0.294 0.221 0.125 0.033 0.006 0.001 212 N 0.609 0.281 0.076 0.025 0.008 0.001 0.001 213 D 0.227 0.421 0.221 0.093 0.032 0.006 0.001 214 N 0.092 0.274 0.214 0.258 0.138 0.024 0.001 215 K 0.005 0.076 0.244 0.425 0.192 0.057 0.002 216 V 0.001 0.007 0.012 0.037 0.278 0.614 0.052 217 S 0.001 0.028 0.186 0.515 0.202 0.066 0.002 218 L 0.002 0.011 0.028 0.066 0.262 0.580 0.052 219 R 0.006 0.060 0.320 0.403 0.174 0.037 0.001 220 T 0.081 0.208 0.257 0.270 0.158 0.026 0.001 221 D 0.381 0.434 0.129 0.041 0.013 0.002 0.001 222 K 0.554 0.343 0.069 0.025 0.008 0.001 0.001 223 N 0.327 0.365 0.202 0.085 0.019 0.002 0.001 224 K 0.228 0.533 0.181 0.043 0.012 0.002 0.001 225 F 0.013 0.066 0.160 0.399 0.300 0.060 0.002 226 H 0.005 0.065 0.258 0.397 0.210 0.063 0.002 227 V 0.001 0.005 0.008 0.027 0.171 0.676 0.112 228 N 0.002 0.032 0.171 0.475 0.241 0.075 0.005 229 V 0.001 0.007 0.016 0.049 0.220 0.575 0.132 230 W 0.003 0.037 0.156 0.272 0.307 0.201 0.025 231 T 0.017 0.077 0.162 0.318 0.280 0.131 0.015 232 R 0.057 0.250 0.328 0.210 0.118 0.033 0.003 233 D 0.093 0.271 0.214 0.195 0.154 0.065 0.008 234 A 0.005 0.015 0.051 0.143 0.416 0.318 0.051 235 P 0.012 0.080 0.178 0.247 0.244 0.205 0.034 236 F 0.002 0.009 0.042 0.103 0.255 0.402 0.187 237 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.267 0.715 238 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.137 0.848 239 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.128 0.851 240 W 0.001 0.002 0.005 0.016 0.084 0.387 0.507 241 S 0.002 0.011 0.031 0.081 0.280 0.450 0.145 242 Q 0.025 0.136 0.224 0.251 0.197 0.147 0.021 243 Y 0.055 0.125 0.237 0.279 0.203 0.094 0.007 244 P 0.263 0.245 0.210 0.149 0.096 0.033 0.003 245 K 0.322 0.325 0.180 0.108 0.049 0.015 0.002 246 T 0.243 0.337 0.176 0.117 0.092 0.031 0.004 247 D 0.039 0.134 0.195 0.276 0.246 0.101 0.010 248 N 0.005 0.036 0.120 0.219 0.365 0.223 0.032 249 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.086 0.547 0.358 250 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.312 0.660 251 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 0.924 252 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.971 253 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.970 254 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.955 255 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.143 0.847 256 W 0.001 0.001 0.002 0.009 0.056 0.308 0.624 257 G 0.001 0.003 0.006 0.018 0.091 0.354 0.528 258 I 0.002 0.011 0.014 0.034 0.117 0.377 0.444 259 A 0.014 0.033 0.043 0.086 0.212 0.321 0.290 260 D 0.040 0.096 0.105 0.157 0.202 0.255 0.145 261 R 0.064 0.117 0.190 0.205 0.194 0.170 0.061 262 D 0.102 0.132 0.184 0.251 0.181 0.121 0.030 263 D 0.223 0.226 0.200 0.162 0.121 0.059 0.009 264 A 0.276 0.215 0.176 0.171 0.105 0.050 0.006 265 D 0.543 0.261 0.111 0.053 0.022 0.008 0.001 266 G 0.447 0.253 0.165 0.098 0.027 0.008 0.001 267 D 0.477 0.270 0.141 0.075 0.027 0.009 0.001 268 L 0.181 0.143 0.242 0.271 0.121 0.039 0.002 269 E 0.541 0.278 0.108 0.048 0.019 0.006 0.001 270 H 0.485 0.297 0.115 0.064 0.028 0.009 0.001 271 K 0.338 0.274 0.173 0.132 0.060 0.020 0.002 272 Y 0.179 0.216 0.243 0.201 0.110 0.047 0.005 273 G 0.155 0.246 0.221 0.194 0.120 0.056 0.008 274 M 0.052 0.095 0.170 0.270 0.244 0.154 0.016 275 N 0.071 0.162 0.198 0.233 0.200 0.125 0.011 276 H 0.051 0.140 0.231 0.248 0.202 0.115 0.012 277 L 0.045 0.065 0.127 0.253 0.307 0.182 0.020 278 K 0.197 0.310 0.229 0.157 0.083 0.023 0.001 279 P 0.264 0.300 0.197 0.146 0.070 0.023 0.001 280 G 0.315 0.266 0.204 0.148 0.054 0.012 0.001 281 K 0.465 0.323 0.123 0.060 0.024 0.005 0.001 282 E 0.377 0.360 0.162 0.073 0.022 0.006 0.001 283 F 0.083 0.098 0.224 0.310 0.219 0.062 0.004 284 Q 0.228 0.341 0.254 0.118 0.043 0.015 0.001 285 A 0.095 0.143 0.209 0.272 0.191 0.083 0.009 286 G 0.101 0.228 0.261 0.234 0.118 0.052 0.007 287 F 0.020 0.043 0.079 0.184 0.318 0.302 0.054 288 S 0.040 0.153 0.228 0.288 0.186 0.090 0.015 289 M 0.016 0.034 0.059 0.158 0.319 0.357 0.057 290 T 0.027 0.145 0.252 0.306 0.189 0.074 0.006 291 Y 0.017 0.042 0.094 0.211 0.343 0.273 0.022 292 H 0.075 0.229 0.307 0.248 0.113 0.028 0.001 293 S 0.209 0.259 0.244 0.188 0.080 0.019 0.001 294 T 0.403 0.303 0.164 0.090 0.034 0.007 0.001 295 T 0.607 0.271 0.083 0.030 0.008 0.001 0.001 296 D 0.516 0.303 0.108 0.055 0.016 0.003 0.001 297 E 0.353 0.346 0.182 0.086 0.027 0.006 0.001 298 V 0.124 0.128 0.242 0.300 0.167 0.038 0.001 299 K 0.374 0.419 0.147 0.042 0.015 0.003 0.001 300 L 0.113 0.132 0.218 0.310 0.178 0.047 0.002 301 E 0.375 0.316 0.173 0.089 0.039 0.007 0.001 302 H 0.504 0.312 0.118 0.049 0.014 0.003 0.001 303 H 0.425 0.240 0.183 0.106 0.039 0.007 0.001 304 H 0.518 0.265 0.131 0.062 0.020 0.004 0.001 305 H 0.675 0.212 0.076 0.028 0.007 0.002 0.001 306 H 0.763 0.159 0.052 0.020 0.005 0.001 0.001 307 H 0.816 0.142 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001