# TARGET T0449 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0449.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1139 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.537 0.211 0.181 0.046 0.019 0.005 0.001 2 D 0.188 0.327 0.305 0.141 0.031 0.007 0.001 3 Y 0.041 0.105 0.127 0.299 0.297 0.128 0.003 4 T 0.123 0.319 0.333 0.162 0.052 0.010 0.001 5 I 0.044 0.053 0.086 0.312 0.362 0.137 0.006 6 E 0.216 0.299 0.292 0.144 0.043 0.006 0.001 7 N 0.369 0.283 0.209 0.102 0.028 0.008 0.001 8 N 0.634 0.248 0.097 0.016 0.004 0.001 0.001 9 M 0.249 0.451 0.180 0.088 0.023 0.008 0.001 10 I 0.017 0.052 0.096 0.265 0.428 0.138 0.005 11 K 0.051 0.196 0.294 0.311 0.104 0.039 0.005 12 V 0.009 0.020 0.041 0.089 0.273 0.484 0.084 13 V 0.016 0.079 0.195 0.380 0.229 0.083 0.017 14 I 0.007 0.012 0.021 0.058 0.220 0.457 0.225 15 S 0.021 0.075 0.129 0.231 0.241 0.211 0.092 16 D 0.089 0.215 0.259 0.198 0.107 0.097 0.036 17 H 0.020 0.077 0.114 0.230 0.283 0.207 0.068 18 G 0.020 0.064 0.113 0.172 0.226 0.273 0.133 19 A 0.008 0.023 0.042 0.088 0.215 0.455 0.168 20 E 0.015 0.068 0.148 0.316 0.252 0.143 0.058 21 I 0.005 0.008 0.019 0.041 0.159 0.455 0.314 22 Q 0.012 0.050 0.082 0.165 0.246 0.328 0.117 23 S 0.023 0.102 0.221 0.323 0.203 0.103 0.025 24 V 0.009 0.020 0.041 0.128 0.353 0.400 0.049 25 K 0.055 0.211 0.312 0.246 0.123 0.049 0.004 26 S 0.078 0.140 0.201 0.314 0.211 0.053 0.003 27 A 0.435 0.321 0.159 0.066 0.016 0.003 0.001 28 H 0.574 0.259 0.120 0.036 0.009 0.002 0.001 29 T 0.568 0.257 0.134 0.030 0.009 0.002 0.001 30 D 0.393 0.408 0.118 0.063 0.013 0.004 0.001 31 E 0.083 0.152 0.207 0.254 0.233 0.068 0.003 32 E 0.053 0.126 0.220 0.298 0.218 0.079 0.007 33 F 0.019 0.046 0.104 0.163 0.262 0.341 0.065 34 M 0.017 0.042 0.107 0.180 0.277 0.327 0.051 35 W 0.015 0.038 0.082 0.214 0.368 0.243 0.041 36 Q 0.110 0.283 0.280 0.187 0.091 0.041 0.007 37 A 0.080 0.188 0.216 0.250 0.177 0.079 0.010 38 N 0.098 0.193 0.228 0.262 0.145 0.067 0.007 39 P 0.294 0.331 0.207 0.121 0.038 0.009 0.001 40 E 0.266 0.402 0.191 0.101 0.031 0.007 0.001 41 I 0.041 0.058 0.113 0.242 0.347 0.186 0.013 42 W 0.074 0.156 0.231 0.275 0.183 0.071 0.010 43 G 0.200 0.328 0.211 0.156 0.069 0.030 0.007 44 R 0.120 0.200 0.204 0.204 0.168 0.084 0.020 45 H 0.034 0.098 0.141 0.205 0.242 0.207 0.073 46 A 0.008 0.021 0.042 0.096 0.207 0.380 0.246 47 P 0.005 0.012 0.026 0.054 0.137 0.408 0.357 48 V 0.001 0.004 0.010 0.029 0.079 0.288 0.588 49 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.181 0.792 50 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.040 0.202 0.745 51 P 0.001 0.003 0.013 0.035 0.091 0.263 0.593 52 I 0.001 0.001 0.003 0.014 0.077 0.395 0.510 53 V 0.001 0.002 0.009 0.028 0.131 0.405 0.424 54 G 0.003 0.016 0.039 0.072 0.157 0.471 0.241 55 R 0.006 0.046 0.161 0.316 0.273 0.170 0.028 56 L 0.007 0.018 0.053 0.170 0.363 0.339 0.049 57 K 0.065 0.212 0.291 0.218 0.149 0.057 0.008 58 N 0.278 0.389 0.194 0.105 0.024 0.009 0.001 59 D 0.223 0.305 0.240 0.138 0.073 0.019 0.001 60 E 0.195 0.405 0.224 0.136 0.031 0.008 0.001 61 Y 0.026 0.053 0.088 0.245 0.403 0.178 0.006 62 T 0.094 0.296 0.330 0.204 0.064 0.012 0.001 63 Y 0.048 0.080 0.155 0.371 0.283 0.060 0.002 64 K 0.407 0.361 0.171 0.046 0.013 0.003 0.001 65 G 0.296 0.362 0.185 0.108 0.036 0.011 0.001 66 K 0.332 0.339 0.197 0.083 0.039 0.008 0.001 67 T 0.147 0.416 0.165 0.203 0.052 0.016 0.001 68 Y 0.034 0.077 0.155 0.284 0.346 0.099 0.004 69 H 0.045 0.158 0.260 0.304 0.159 0.065 0.009 70 L 0.011 0.020 0.051 0.117 0.307 0.391 0.104 71 G 0.042 0.166 0.212 0.279 0.175 0.097 0.029 72 Q 0.042 0.106 0.144 0.209 0.217 0.197 0.086 73 H 0.028 0.044 0.074 0.140 0.231 0.307 0.177 74 G 0.034 0.070 0.097 0.151 0.194 0.301 0.154 75 F 0.045 0.099 0.136 0.212 0.239 0.201 0.069 76 A 0.051 0.066 0.097 0.166 0.252 0.278 0.089 77 R 0.076 0.155 0.190 0.224 0.188 0.134 0.033 78 N 0.130 0.207 0.212 0.201 0.137 0.094 0.019 79 A 0.106 0.160 0.170 0.234 0.204 0.109 0.017 80 D 0.224 0.331 0.237 0.138 0.047 0.021 0.003 81 F 0.100 0.140 0.165 0.273 0.232 0.083 0.007 82 E 0.118 0.316 0.317 0.183 0.052 0.013 0.001 83 V 0.038 0.053 0.105 0.251 0.400 0.149 0.004 84 E 0.224 0.399 0.234 0.114 0.025 0.004 0.001 85 N 0.378 0.483 0.098 0.033 0.007 0.001 0.001 86 H 0.202 0.233 0.263 0.239 0.059 0.005 0.001 87 T 0.548 0.309 0.105 0.033 0.005 0.001 0.001 88 K 0.573 0.298 0.099 0.026 0.004 0.001 0.001 89 E 0.507 0.309 0.142 0.033 0.008 0.001 0.001 90 S 0.152 0.425 0.283 0.109 0.025 0.006 0.001 91 I 0.004 0.020 0.058 0.212 0.494 0.209 0.004 92 T 0.029 0.165 0.297 0.353 0.125 0.029 0.003 93 F 0.005 0.017 0.031 0.064 0.220 0.584 0.078 94 L 0.015 0.086 0.228 0.395 0.207 0.064 0.005 95 L 0.008 0.019 0.043 0.158 0.409 0.327 0.035 96 K 0.094 0.252 0.332 0.205 0.089 0.026 0.002 97 D 0.180 0.255 0.235 0.207 0.093 0.028 0.002 98 N 0.458 0.274 0.184 0.065 0.016 0.003 0.001 99 E 0.793 0.153 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 100 E 0.514 0.312 0.126 0.036 0.010 0.002 0.001 101 T 0.254 0.203 0.213 0.183 0.116 0.030 0.001 102 R 0.328 0.326 0.169 0.137 0.034 0.006 0.001 103 K 0.520 0.325 0.102 0.039 0.011 0.003 0.001 104 V 0.117 0.150 0.231 0.260 0.186 0.054 0.002 105 Y 0.054 0.086 0.167 0.280 0.277 0.125 0.009 106 P 0.118 0.251 0.248 0.195 0.122 0.059 0.006 107 F 0.101 0.209 0.203 0.244 0.171 0.065 0.007 108 K 0.127 0.324 0.254 0.197 0.060 0.032 0.005 109 F 0.018 0.042 0.084 0.252 0.346 0.234 0.023 110 E 0.074 0.245 0.318 0.223 0.089 0.044 0.008 111 F 0.013 0.043 0.073 0.227 0.374 0.243 0.027 112 R 0.059 0.234 0.329 0.241 0.096 0.035 0.006 113 V 0.010 0.034 0.054 0.172 0.348 0.344 0.037 114 N 0.036 0.170 0.330 0.289 0.126 0.043 0.005 115 Y 0.019 0.062 0.089 0.242 0.308 0.261 0.020 116 N 0.078 0.283 0.353 0.200 0.069 0.016 0.001 117 L 0.036 0.052 0.104 0.334 0.342 0.125 0.007 118 M 0.254 0.311 0.274 0.117 0.036 0.006 0.001 119 N 0.721 0.196 0.068 0.013 0.002 0.001 0.001 120 N 0.584 0.298 0.089 0.023 0.005 0.001 0.001 121 L 0.219 0.355 0.256 0.116 0.043 0.011 0.001 122 L 0.025 0.061 0.118 0.300 0.372 0.120 0.004 123 E 0.155 0.371 0.257 0.159 0.043 0.013 0.001 124 E 0.050 0.141 0.168 0.259 0.288 0.086 0.008 125 N 0.064 0.218 0.299 0.274 0.098 0.039 0.007 126 F 0.010 0.028 0.050 0.170 0.394 0.307 0.040 127 S 0.039 0.163 0.323 0.298 0.129 0.041 0.008 128 V 0.016 0.037 0.049 0.124 0.296 0.406 0.071 129 V 0.047 0.160 0.270 0.297 0.160 0.059 0.007 130 N 0.059 0.101 0.129 0.241 0.279 0.172 0.019 131 K 0.216 0.295 0.253 0.155 0.059 0.021 0.002 132 S 0.268 0.285 0.203 0.135 0.077 0.029 0.003 133 D 0.281 0.322 0.192 0.129 0.053 0.020 0.003 134 E 0.289 0.290 0.191 0.145 0.060 0.022 0.004 135 T 0.116 0.212 0.252 0.223 0.132 0.056 0.010 136 M 0.017 0.036 0.079 0.190 0.336 0.280 0.062 137 I 0.015 0.033 0.064 0.126 0.231 0.324 0.207 138 F 0.006 0.010 0.016 0.034 0.089 0.356 0.489 139 G 0.005 0.011 0.015 0.042 0.091 0.237 0.598 140 V 0.002 0.003 0.004 0.011 0.035 0.195 0.750 141 G 0.002 0.006 0.009 0.028 0.075 0.205 0.675 142 G 0.001 0.002 0.004 0.013 0.044 0.221 0.715 143 H 0.001 0.003 0.008 0.025 0.079 0.230 0.653 144 P 0.001 0.002 0.004 0.011 0.044 0.254 0.685 145 G 0.002 0.005 0.016 0.044 0.112 0.274 0.546 146 F 0.002 0.002 0.004 0.012 0.053 0.320 0.607 147 N 0.011 0.031 0.062 0.123 0.210 0.300 0.263 148 L 0.014 0.027 0.046 0.114 0.236 0.388 0.176 149 P 0.050 0.115 0.183 0.232 0.226 0.164 0.031 150 T 0.158 0.216 0.216 0.205 0.125 0.069 0.010 151 D 0.324 0.279 0.199 0.121 0.060 0.016 0.002 152 H 0.455 0.321 0.119 0.075 0.023 0.006 0.001 153 G 0.554 0.238 0.130 0.056 0.019 0.004 0.001 154 E 0.654 0.227 0.083 0.029 0.006 0.001 0.001 155 N 0.372 0.384 0.138 0.075 0.026 0.005 0.001 156 K 0.136 0.253 0.241 0.230 0.113 0.026 0.001 157 E 0.142 0.296 0.219 0.225 0.096 0.020 0.002 158 D 0.099 0.305 0.246 0.234 0.085 0.027 0.003 159 F 0.006 0.021 0.057 0.182 0.450 0.269 0.015 160 Y 0.014 0.071 0.195 0.337 0.239 0.115 0.029 161 F 0.003 0.008 0.015 0.032 0.130 0.591 0.219 162 D 0.022 0.094 0.186 0.365 0.207 0.097 0.029 163 M 0.009 0.018 0.032 0.094 0.268 0.421 0.157 164 H 0.059 0.175 0.211 0.229 0.172 0.115 0.038 165 P 0.082 0.152 0.187 0.239 0.183 0.124 0.033 166 S 0.182 0.334 0.199 0.154 0.078 0.042 0.011 167 V 0.071 0.123 0.174 0.233 0.218 0.148 0.032 168 T 0.064 0.103 0.128 0.197 0.251 0.202 0.056 169 R 0.074 0.157 0.209 0.240 0.167 0.112 0.041 170 V 0.040 0.065 0.100 0.165 0.262 0.274 0.093 171 R 0.051 0.108 0.173 0.212 0.206 0.184 0.064 172 I 0.041 0.058 0.103 0.178 0.258 0.277 0.085 173 P 0.051 0.095 0.164 0.221 0.248 0.179 0.041 174 L 0.070 0.135 0.176 0.241 0.210 0.140 0.028 175 K 0.240 0.311 0.239 0.125 0.061 0.021 0.004 176 D 0.336 0.385 0.139 0.098 0.029 0.012 0.002 177 A 0.087 0.117 0.184 0.248 0.264 0.096 0.005 178 S 0.127 0.217 0.252 0.232 0.120 0.048 0.003 179 L 0.198 0.277 0.228 0.196 0.083 0.017 0.001 180 D 0.278 0.440 0.168 0.084 0.025 0.005 0.001 181 W 0.083 0.098 0.176 0.341 0.236 0.064 0.002 182 N 0.457 0.316 0.154 0.057 0.014 0.003 0.001 183 N 0.453 0.364 0.106 0.058 0.015 0.003 0.001 184 R 0.316 0.240 0.200 0.153 0.076 0.015 0.001 185 S 0.292 0.331 0.192 0.126 0.043 0.015 0.001 186 L 0.172 0.190 0.231 0.219 0.144 0.041 0.002 187 A 0.216 0.236 0.216 0.211 0.091 0.029 0.002 188 P 0.339 0.304 0.196 0.100 0.045 0.016 0.001 189 T 0.233 0.194 0.207 0.200 0.124 0.039 0.004 190 D 0.407 0.297 0.162 0.092 0.029 0.011 0.001 191 S 0.294 0.304 0.192 0.124 0.061 0.022 0.003 192 L 0.108 0.173 0.226 0.253 0.169 0.066 0.005 193 I 0.078 0.168 0.216 0.266 0.186 0.080 0.005 194 A 0.095 0.253 0.291 0.225 0.104 0.029 0.002 195 L 0.032 0.045 0.090 0.239 0.372 0.205 0.017 196 S 0.144 0.284 0.271 0.202 0.076 0.023 0.002 197 D 0.356 0.338 0.175 0.097 0.026 0.007 0.001 198 D 0.325 0.327 0.212 0.089 0.034 0.011 0.001 199 L 0.063 0.121 0.179 0.268 0.242 0.116 0.012 200 F 0.046 0.133 0.205 0.319 0.210 0.079 0.009 201 K 0.216 0.336 0.268 0.109 0.043 0.023 0.005 202 D 0.035 0.115 0.156 0.228 0.251 0.169 0.046 203 D 0.009 0.033 0.073 0.156 0.286 0.321 0.123 204 A 0.009 0.028 0.077 0.122 0.224 0.328 0.212 205 L 0.005 0.015 0.042 0.093 0.194 0.431 0.220 206 I 0.003 0.006 0.021 0.062 0.247 0.471 0.190 207 Y 0.006 0.023 0.058 0.145 0.332 0.362 0.073 208 E 0.039 0.231 0.324 0.227 0.118 0.053 0.008 209 L 0.028 0.073 0.155 0.353 0.272 0.112 0.006 210 R 0.300 0.374 0.185 0.100 0.032 0.008 0.001 211 G 0.350 0.314 0.174 0.119 0.036 0.007 0.001 212 N 0.598 0.249 0.123 0.022 0.007 0.001 0.001 213 D 0.198 0.422 0.210 0.128 0.031 0.010 0.001 214 N 0.090 0.239 0.203 0.224 0.191 0.051 0.003 215 K 0.023 0.109 0.221 0.363 0.214 0.063 0.007 216 V 0.004 0.010 0.029 0.070 0.281 0.541 0.065 217 S 0.009 0.058 0.203 0.354 0.263 0.101 0.013 218 L 0.004 0.009 0.024 0.071 0.319 0.498 0.075 219 R 0.024 0.135 0.273 0.307 0.197 0.060 0.005 220 T 0.111 0.245 0.251 0.254 0.104 0.033 0.002 221 D 0.365 0.340 0.191 0.075 0.025 0.004 0.001 222 K 0.488 0.338 0.114 0.048 0.009 0.003 0.001 223 N 0.309 0.336 0.236 0.079 0.034 0.005 0.001 224 K 0.197 0.444 0.217 0.113 0.022 0.007 0.001 225 F 0.011 0.059 0.116 0.313 0.412 0.087 0.003 226 H 0.018 0.095 0.214 0.365 0.224 0.074 0.009 227 V 0.002 0.005 0.012 0.031 0.172 0.653 0.125 228 N 0.016 0.086 0.202 0.399 0.203 0.078 0.017 229 V 0.007 0.015 0.030 0.088 0.284 0.441 0.134 230 W 0.036 0.134 0.205 0.288 0.209 0.106 0.021 231 T 0.084 0.170 0.205 0.248 0.172 0.103 0.018 232 R 0.205 0.320 0.214 0.147 0.079 0.030 0.005 233 D 0.154 0.269 0.225 0.181 0.099 0.058 0.014 234 A 0.038 0.120 0.184 0.264 0.247 0.127 0.020 235 P 0.026 0.102 0.203 0.266 0.235 0.140 0.028 236 F 0.002 0.008 0.026 0.074 0.239 0.442 0.210 237 V 0.001 0.001 0.004 0.011 0.061 0.491 0.431 238 G 0.001 0.002 0.006 0.023 0.065 0.275 0.628 239 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.213 0.768 240 W 0.001 0.003 0.009 0.038 0.132 0.364 0.453 241 S 0.003 0.013 0.032 0.096 0.231 0.407 0.218 242 Q 0.027 0.088 0.183 0.228 0.213 0.213 0.049 243 Y 0.050 0.117 0.196 0.271 0.213 0.138 0.015 244 P 0.128 0.214 0.226 0.226 0.141 0.059 0.005 245 K 0.333 0.291 0.205 0.110 0.047 0.013 0.001 246 T 0.369 0.375 0.162 0.066 0.020 0.007 0.001 247 D 0.088 0.235 0.234 0.241 0.140 0.055 0.007 248 N 0.016 0.076 0.151 0.304 0.305 0.135 0.012 249 Y 0.002 0.008 0.034 0.130 0.375 0.374 0.078 250 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.417 0.543 251 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.178 0.809 252 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.113 0.876 253 E 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.154 0.808 254 P 0.001 0.002 0.005 0.015 0.055 0.266 0.657 255 W 0.001 0.004 0.014 0.042 0.129 0.388 0.422 256 W 0.008 0.035 0.065 0.137 0.224 0.322 0.208 257 G 0.026 0.073 0.117 0.174 0.233 0.259 0.118 258 I 0.040 0.059 0.086 0.162 0.244 0.285 0.124 259 A 0.090 0.124 0.144 0.192 0.195 0.179 0.076 260 D 0.154 0.164 0.160 0.172 0.164 0.135 0.051 261 R 0.214 0.183 0.167 0.185 0.127 0.094 0.030 262 D 0.301 0.217 0.159 0.141 0.099 0.065 0.018 263 D 0.309 0.221 0.164 0.147 0.094 0.054 0.012 264 A 0.321 0.225 0.166 0.143 0.095 0.042 0.008 265 D 0.431 0.294 0.137 0.089 0.035 0.012 0.002 266 G 0.508 0.257 0.115 0.075 0.033 0.010 0.001 267 D 0.443 0.252 0.144 0.103 0.043 0.014 0.001 268 L 0.284 0.228 0.200 0.161 0.096 0.029 0.002 269 E 0.303 0.281 0.198 0.138 0.060 0.018 0.002 270 H 0.358 0.327 0.138 0.114 0.048 0.013 0.001 271 K 0.342 0.309 0.161 0.119 0.050 0.018 0.002 272 Y 0.114 0.140 0.196 0.259 0.206 0.078 0.007 273 G 0.127 0.235 0.230 0.212 0.123 0.063 0.010 274 M 0.053 0.085 0.175 0.246 0.276 0.146 0.019 275 N 0.108 0.236 0.223 0.214 0.130 0.079 0.009 276 H 0.084 0.185 0.289 0.229 0.148 0.062 0.004 277 L 0.058 0.065 0.138 0.260 0.332 0.139 0.008 278 K 0.241 0.437 0.188 0.106 0.023 0.004 0.001 279 P 0.449 0.362 0.124 0.049 0.015 0.002 0.001 280 G 0.559 0.298 0.095 0.039 0.008 0.001 0.001 281 K 0.519 0.332 0.087 0.051 0.010 0.001 0.001 282 E 0.309 0.365 0.196 0.094 0.032 0.005 0.001 283 F 0.071 0.123 0.232 0.323 0.207 0.042 0.001 284 Q 0.208 0.343 0.237 0.149 0.047 0.014 0.001 285 A 0.105 0.173 0.213 0.222 0.200 0.079 0.007 286 G 0.114 0.205 0.266 0.213 0.119 0.070 0.013 287 F 0.039 0.074 0.103 0.206 0.281 0.245 0.053 288 S 0.099 0.192 0.259 0.225 0.136 0.069 0.020 289 M 0.047 0.078 0.092 0.174 0.261 0.281 0.067 290 T 0.069 0.172 0.278 0.256 0.154 0.062 0.009 291 Y 0.038 0.045 0.082 0.179 0.350 0.282 0.024 292 H 0.114 0.234 0.274 0.235 0.108 0.032 0.002 293 S 0.318 0.345 0.194 0.101 0.032 0.009 0.001 294 T 0.379 0.284 0.200 0.096 0.036 0.005 0.001 295 T 0.661 0.232 0.072 0.031 0.004 0.001 0.001 296 D 0.768 0.171 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 297 E 0.609 0.270 0.096 0.020 0.004 0.001 0.001 298 V 0.200 0.207 0.249 0.233 0.100 0.011 0.001 299 K 0.547 0.336 0.082 0.030 0.005 0.001 0.001 300 L 0.437 0.309 0.126 0.093 0.032 0.004 0.001 301 E 0.458 0.223 0.188 0.089 0.036 0.006 0.001 302 H 0.440 0.281 0.165 0.087 0.023 0.004 0.001 303 H 0.514 0.272 0.135 0.059 0.017 0.003 0.001 304 H 0.519 0.273 0.139 0.051 0.015 0.003 0.001 305 H 0.423 0.223 0.200 0.109 0.039 0.005 0.001 306 H 0.684 0.228 0.063 0.021 0.004 0.001 0.001 307 H 0.835 0.133 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001