This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA D A 3 3 NATAA Y A 4 4 NATAA T A 5 5 NATAA I A 6 6 NATAA E A 7 7 NATAA N A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA M A 10 10 NATAA I A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA V A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA I A 15 15 NATAA S A 16 16 NATAA D A 17 17 NATAA H A 18 18 NATAA G A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA E A 21 21 NATAA I A 22 22 NATAA Q A 23 23 NATAA S A 24 24 NATAA V A 25 25 NATAA K A 26 26 NATAA S A 27 27 NATAA A A 28 28 NATAA H A 29 29 NATAA T A 30 30 NATAA D A 31 31 NATAA E A 32 32 NATAA E A 33 33 NATAA F A 34 34 NATAA M A 35 35 NATAA W A 36 36 NATAA Q A 37 37 NATAA A A 38 38 NATAA N A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA E A 41 41 NATAA I A 42 42 NATAA W A 43 43 NATAA G A 44 44 NATAA R A 45 45 NATAA H A 46 46 NATAA A A 47 47 NATRO P A 48 48 NATAA V A 49 49 NATAA L A 50 50 NATAA F A 51 51 NATRO P A 52 52 NATAA I A 53 53 NATAA V A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA R A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA K A 58 58 NATAA N A 59 59 NATAA D A 60 60 NATAA E A 61 61 NATAA Y A 62 62 NATAA T A 63 63 NATAA Y A 64 64 NATAA K A 65 65 NATAA G A 66 66 NATAA K A 67 67 NATAA T A 68 68 NATAA Y A 69 69 NATAA H A 70 70 NATAA L A 71 71 NATAA G A 72 72 NATAA Q A 73 73 NATAA H A 74 74 NATAA G A 75 75 NATAA F A 76 76 NATAA A A 77 77 NATAA R A 78 78 NATAA N A 79 79 NATAA A A 80 80 NATAA D A 81 81 NATAA F A 82 82 NATAA E A 83 83 NATAA V A 84 84 NATAA E A 85 85 NATAA N A 86 86 NATAA H A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA K A 89 89 NATAA E A 90 90 NATAA S A 91 91 NATAA I A 92 92 NATAA T A 93 93 NATAA F A 94 94 NATAA L A 95 95 NATAA L A 96 96 NATAA K A 97 97 NATAA D A 98 98 NATAA N A 99 99 NATAA E A 100 100 NATAA E A 101 101 NATAA T A 102 102 NATAA R A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA V A 105 105 NATAA Y A 106 106 NATRO P A 107 107 NATAA F A 108 108 NATAA K A 109 109 NATAA F A 110 110 NATAA E A 111 111 NATAA F A 112 112 NATAA R A 113 113 NATAA V A 114 114 NATAA N A 115 115 NATAA Y A 116 116 NATAA N A 117 117 NATAA L A 118 118 NATAA M A 119 119 NATAA N A 120 120 NATAA N A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA L A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA N A 126 126 NATAA F A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA V A 130 130 NATAA N A 131 131 NATAA K A 132 132 NATAA S A 133 133 NATAA D A 134 134 NATAA E A 135 135 NATAA T A 136 136 NATAA M A 137 137 NATAA I A 138 138 NATAA F A 139 139 NATAA G A 140 140 NATAA V A 141 141 NATAA G A 142 142 NATAA G A 143 143 NATAA H A 144 144 NATRO P A 145 145 NATAA G A 146 146 NATAA F A 147 147 NATAA N A 148 148 NATAA L A 149 149 NATRO P A 150 150 NATAA T A 151 151 NATAA D A 152 152 NATAA H A 153 153 NATAA G A 154 154 NATAA E A 155 155 NATAA N A 156 156 NATAA K A 157 157 NATAA E A 158 158 NATAA D A 159 159 NATAA F A 160 160 NATAA Y A 161 161 NATAA F A 162 162 NATAA D A 163 163 NATAA M A 164 164 NATAA H A 165 165 NATRO P A 166 166 NATAA S A 167 167 NATAA V A 168 168 NATAA T A 169 169 NATAA R A 170 170 NATAA V A 171 171 NATAA R A 172 172 NATAA I A 173 173 NATRO P A 174 174 NATAA L A 175 175 NATAA K A 176 176 NATAA D A 177 177 NATAA A A 178 178 NATAA S A 179 179 NATAA L A 180 180 NATAA D A 181 181 NATAA W A 182 182 NATAA N A 183 183 NATAA N A 184 184 NATAA R A 185 185 NATAA S A 186 186 NATAA L A 187 187 NATAA A A 188 188 NATRO P A 189 189 NATAA T A 190 190 NATAA D A 191 191 NATAA S A 192 192 NATAA L A 193 193 NATAA I A 194 194 NATAA A A 195 195 NATAA L A 196 196 NATAA S A 197 197 NATAA D A 198 198 NATAA D A 199 199 NATAA L A 200 200 NATAA F A 201 201 NATAA K A 202 202 NATAA D A 203 203 NATAA D A 204 204 NATAA A A 205 205 NATAA L A 206 206 NATAA I A 207 207 NATAA Y A 208 208 NATAA E A 209 209 NATAA L A 210 210 NATAA R A 211 211 NATAA G A 212 212 NATAA N A 213 213 NATAA D A 214 214 NATAA N A 215 215 NATAA K A 216 216 NATAA V A 217 217 NATAA S A 218 218 NATAA L A 219 219 NATAA R A 220 220 NATAA T A 221 221 NATAA D A 222 222 NATAA K A 223 223 NATAA N A 224 224 NATAA K A 225 225 NATAA F A 226 226 NATAA H A 227 227 NATAA V A 228 228 NATAA N A 229 229 NATAA V A 230 230 NATAA W A 231 231 NATAA T A 232 232 NATAA R A 233 233 NATAA D A 234 234 NATAA A A 235 235 NATRO P A 236 236 NATAA F A 237 237 NATAA V A 238 238 NATAA G A 239 239 NATAA I A 240 240 NATAA W A 241 241 NATAA S A 242 242 NATAA Q A 243 243 NATAA Y A 244 244 NATRO P A 245 245 NATAA K A 246 246 NATAA T A 247 247 NATAA D A 248 248 NATAA N A 249 249 NATAA Y A 250 250 NATAA V A 251 251 NATRO C A 252 252 NATAA I A 253 253 NATAA E A 254 254 NATRO P A 255 255 NATAA W A 256 256 NATAA W A 257 257 NATAA G A 258 258 NATAA I A 259 259 NATAA A A 260 260 NATAA D A 261 261 NATAA R A 262 262 NATAA D A 263 263 NATAA D A 264 264 NATAA A A 265 265 NATAA D A 266 266 NATAA G A 267 267 NATAA D A 268 268 NATAA L A 269 269 NATAA E A 270 270 NATAA H A 271 271 NATAA K A 272 272 NATAA Y A 273 273 NATAA G A 274 274 NATAA M A 275 275 NATAA N A 276 276 NATAA H A 277 277 NATAA L A 278 278 NATAA K A 279 279 NATRO P A 280 280 NATAA G A 281 281 NATAA K A 282 282 NATAA E A 283 283 NATAA F A 284 284 NATAA Q A 285 285 NATAA A A 286 286 NATAA G A 287 287 NATAA F A 288 288 NATAA S A 289 289 NATAA M A 290 290 NATAA T A 291 291 NATAA Y A 292 292 NATAA H A 293 293 NATAA S A 294 294 NATAA T A 295 295 NATAA T A 296 296 NATAA D A 297 297 NATAA E A 298 298 NATAA V A 299 299 NATAA K A 300 300 NATAA L A 301 301 NATAA E A 302 302 NATAA H A 303 303 NATAA H A 304 304 NATAA H A 305 305 NATAA H A 306 306 NATAA H A 307 307 NATAA H